Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012757.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127768, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3492
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1836 original size:759 final size:751
Alignment explanation
Indices: 207--1723 Score: 2147
Period size: 759 Copynumber: 2.0 Consensus size: 751
197 ATTTTTGGTG
* * * * *
207 TGGTGAGAAATTGAAACAACATCGATTCCTTAAAAGTTTTTGTACAAATTAAATTGAAATTTCCT
1 TGGTCAGAAATTGAAACAACATCGATTCCTTAAAAGTTTTGGGACAAA-TAAA-T-AAA-TGCCA
** ** ** * *
272 TTATTGAAAAAAACCCTTGACGTAACTTAGTTATGAAAAGACACATATCGTGCCAAGAAATATCC
62 AAACGGAAAAAAA--CGAGAAGTAACTTAGTGATGAAAAGACACATATCGTGCCAAGAAATATCC
337 TTCGAAGGACATGCAATATAATTTGTAATAGTTCGTTACCCGTATACTAGTTGGTTTCGTTTTGT
125 TTCGAAGGACATGCAATATAATTTGTAATAGTTCGTTACCCGTATACTAGTTGGTTTCGTTTTGT
402 GTTTTTAGTACTTCGACGCTAGTCTGTTAGTTTTGACTTCTTGTTCTTTTTGGGAGAAGAGGGCC
190 GTTTTTAGTACTTCGACGCTAGTCTGTTAGTTTTGACTTCTTGTTCTTTTTGGGAGAAGAGGGCC
467 AATATTGAAATCCTTGTTGAAATTGATTTAACGACTCAAAGTCTTAACTTGATTTCCTTATTCTT
255 AATATTGAAATCCTTGTTGAAATTGATTTAACGACTCAAAGTCTTAACTTGATTTCCTTATTCTT
532 CTTTTTTTTTTTATTACTTTTCTTTAATCTGATCGGGCATTTTCCTCCAAATGTTTCCGAGACAT
320 CTTTTTTTTTTTATTACTTTTCTTTAATCTGATCGGGCATTTTCCTCCAAATGTTTCCGAGACAT
597 ACATCCTACATTCTCACTATAATAATTGTAATATTTACATAATAAATTAAAACATATCCTTAATT
385 ACATCCTACATTCTCACTATAATAATTGTAATATTTACATAATAAATTAAAACATATCCTTAATT
662 CGGGCAATGCCTGCCAATGTGTTGTTGAAATGTAAAATCATTTGTTGCTTCCAATTTAACTCTAT
450 CGGGCAATGCCTGCCAATGTGTTGTTGAAATGTAAAATCATTTGTTGCTTCCAATTTAACTCTAT
*
727 AAGAGAATTTGTTGTTGGACAAGTTCCATTAGTTATTTCACTCAAAGTTGTCGTCCTTAGTTTAG
515 AAGAGAATTTGTTGTTGGACAAGTTCCATTAGTTATTTCACTCAAAGTTGTCGTCCTTAGTTTAC
* *
792 TAAACTTGAGTGATAATGCGGTCACCAAAAAAGACAATGTCGAACAAAGAATACAATAATCGATT
580 TAAACTTGAGTGACAATGCGGTCACCAAAAAAGACAACGTCGAACAAAGAATACAATAATCGATT
*****
857 TGTAGTCTCATGATAAAGAGAAATTGATAAGTGCCAAAAGTAACATGTTTTTACCTCNNNNNNNN
645 TGTAGTCTCATGATAAAGAGAAATTGATAAGTGCCAAAAGTAACATGTTTTTACCTC---AATTC
****************************************** *
922 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTG
707 TTAATACGTTTTTGGATGATTAATCTATTAAAATAATGAATTGTA
* * * * *
967 TGGTGAGAAATTGAAACAACATCGATTCCTTAAAAGTTTTTGTACAAATTAAATTGAAATTTCCT
1 TGGTCAGAAATTGAAACAACATCGATTCCTTAAAAGTTTTGGGACAAA-TAAA-T-AAA-TGCCA
** ** ** * *
1032 TTATTGAAAAAAACCCTTGACGTAACTTAGTTATGAAAAGACACATATCGTGCCAAGAAATATCC
62 AAACGGAAAAAAA--CGAGAAGTAACTTAGTGATGAAAAGACACATATCGTGCCAAGAAATATCC
1097 TTCGAAGGACATGCAATATAATTTGTAATAGTTCGTTACCCGTATACTAGTTGGTTTCGTTTTGT
125 TTCGAAGGACATGCAATATAATTTGTAATAGTTCGTTACCCGTATACTAGTTGGTTTCGTTTTGT
1162 GTTTTTAGTACTTCGACGCTAGTCTGTTAGTTTTGACTTCTTGTTCTTTTTGGGAGAAGAGGGCC
190 GTTTTTAGTACTTCGACGCTAGTCTGTTAGTTTTGACTTCTTGTTCTTTTTGGGAGAAGAGGGCC
*
1227 AATATTGAAATCCTTGTTGAAATTGATTTAACGACTTAAAGTCTTAACTTGATTTCCTTATTCTT
255 AATATTGAAATCCTTGTTGAAATTGATTTAACGACTCAAAGTCTTAACTTGATTTCCTTATTCTT
1292 C-TTTTTTTTTTATTACTTTTCTTTAATCTGATCGGGCATTTTCCTCCAAATGTTTCCGAGACAT
320 CTTTTTTTTTTTATTACTTTTCTTTAATCTGATCGGGCATTTTCCTCCAAATGTTTCCGAGACAT
* *
1356 ACATCCTGCATTCTCACTATAATAATTGTAATATTTACATAATAAATTAAAACCTATCCTTAATT
385 ACATCCTACATTCTCACTATAATAATTGTAATATTTACATAATAAATTAAAACATATCCTTAATT
*
1421 CGGGCAATGCCTGCCAATGTGTTGTTGAAATGTAAAATCATTTGTTGTTTCCAATTTAACTCTAT
450 CGGGCAATGCCTGCCAATGTGTTGTTGAAATGTAAAATCATTTGTTGCTTCCAATTTAACTCTAT
1486 AAGAGAATTTGTTGTTGGACAAGTTCCATTAGTTATTTCACTCAAAGTTGTCGTCCTTAGTTTAC
515 AAGAGAATTTGTTGTTGGACAAGTTCCATTAGTTATTTCACTCAAAGTTGTCGTCCTTAGTTTAC
1551 TAAACTTGAGTGACAATGCGGTCACCAAAAAAGACAACGTCGAACAAAGAATACAATAATCGATT
580 TAAACTTGAGTGACAATGCGGTCACCAAAAAAGACAACGTCGAACAAAGAATACAATAATCGATT
1616 TGTAGTCTCATGATAAAGAGAAATTGATAAGTGCCAAAAGTAACATGTTTTTACCTC-ATTCTTA
645 TGTAGTCTCATGATAAAGAGAAATTGATAAGTGCCAAAAGTAACATGTTTTTACCTCAATTCTTA
*
1680 ATACGTTTTTGGATGATTAATCTATTAAAATAATGAATTTTA
710 ATACGTTTTTGGATGATTAATCTATTAAAATAATGAATTGTA
1722 TG
1 TG
1724 TTCATAATCC
Statistics
Matches: 702, Mismatches: 55, Indels: 5
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
755 3 0.00
759 374 0.53
760 325 0.46
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (751 bp):
TGGTCAGAAATTGAAACAACATCGATTCCTTAAAAGTTTTGGGACAAATAAATAAATGCCAAAAC
GGAAAAAAACGAGAAGTAACTTAGTGATGAAAAGACACATATCGTGCCAAGAAATATCCTTCGAA
GGACATGCAATATAATTTGTAATAGTTCGTTACCCGTATACTAGTTGGTTTCGTTTTGTGTTTTT
AGTACTTCGACGCTAGTCTGTTAGTTTTGACTTCTTGTTCTTTTTGGGAGAAGAGGGCCAATATT
GAAATCCTTGTTGAAATTGATTTAACGACTCAAAGTCTTAACTTGATTTCCTTATTCTTCTTTTT
TTTTTTATTACTTTTCTTTAATCTGATCGGGCATTTTCCTCCAAATGTTTCCGAGACATACATCC
TACATTCTCACTATAATAATTGTAATATTTACATAATAAATTAAAACATATCCTTAATTCGGGCA
ATGCCTGCCAATGTGTTGTTGAAATGTAAAATCATTTGTTGCTTCCAATTTAACTCTATAAGAGA
ATTTGTTGTTGGACAAGTTCCATTAGTTATTTCACTCAAAGTTGTCGTCCTTAGTTTACTAAACT
TGAGTGACAATGCGGTCACCAAAAAAGACAACGTCGAACAAAGAATACAATAATCGATTTGTAGT
CTCATGATAAAGAGAAATTGATAAGTGCCAAAAGTAACATGTTTTTACCTCAATTCTTAATACGT
TTTTGGATGATTAATCTATTAAAATAATGAATTGTA
Done.