genome.fa.s12773.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012773.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127785, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  176042

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1894--1934	19	2.2	19	86	8	57	56	0	2	41	1.13
2058--2122	31	2.2	29	83	10	78	66	3	3	27	1.22
2234--2276	19	2.2	19	87	4	59	39	2	0	58	1.11
5556--5782	30	7.7	30	79	5	203	37	4	19	38	1.72
5556--5795	59	4.1	59	77	7	227	36	4	20	38	1.73
5614--5779	88	1.9	88	86	2	235	36	3	19	40	1.67
5596--5795	29	6.8	30	80	3	181	36	3	20	40	1.68
7558--7762	79	2.6	78	83	7	238	24	17	26	31	1.97
7558--7742	39	4.7	39	80	7	205	24	17	26	31	1.97
7857--7990	50	2.7	50	89	0	196	19	23	20	37	1.94
14575--14646	31	2.3	31	95	0	126	43	12	19	25	1.86
18089--18134	24	2.0	23	83	12	58	71	8	0	19	1.11
18188--18401	30	7.2	30	77	6	213	32	5	23	38	1.77
22431--22472	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
28761--28812	14	3.5	15	79	10	54	65	7	1	25	1.30
31743--31778	18	2.1	17	89	5	54	44	8	16	30	1.77
34288--34352	27	2.3	29	80	20	75	63	4	0	32	1.15
35006--35071	23	3.0	22	84	8	89	50	0	0	50	1.00
36040--36098	16	3.5	16	77	15	57	57	3	0	38	1.15
36035--36099	9	7.6	8	78	18	53	58	3	0	38	1.14
36060--36143	44	1.9	43	85	7	116	55	4	1	38	1.28
36657--36705	20	2.4	21	76	13	57	36	2	4	57	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38999--39029	11	2.8	11	95	0	53	51	12	9	25	1.70
40583--40634	21	2.5	21	87	6	70	36	40	9	13	1.77
43082--43107	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
44339--44437	37	2.7	37	95	0	171	23	24	25	27	2.00
44868--45187	29	11.0	29	78	8	296	34	28	3	34	1.73
44868--45187	58	5.5	60	84	5	363	34	28	3	34	1.73
44888--45311	58	7.3	58	77	9	194	34	26	3	34	1.74
45299--45355	27	2.1	27	93	0	96	31	29	10	28	1.90
45303--45365	27	2.3	27	86	5	83	25	30	11	33	1.90
46840--46888	14	3.4	14	88	5	80	16	20	34	28	1.94
46837--46880	15	3.0	15	90	3	72	22	20	29	27	1.99
57326--57658	116	2.9	115	80	4	402	34	18	22	23	1.96
57235--57650	116	3.6	115	77	6	401	35	19	22	22	1.96
57235--57658	231	1.8	234	85	4	606	35	19	22	22	1.96
57471--57951	205	2.4	203	82	2	565	36	18	23	22	1.95
57840--57910	37	1.9	37	85	0	97	39	21	21	18	1.93
58274--58361	17	5.2	17	87	1	133	44	0	2	53	1.13
58274--58354	6	14.2	6	72	19	66	44	0	2	53	1.14
60132--60533	59	6.8	59	82	5	431	36	27	1	34	1.66
60153--60533	29	12.9	29	83	5	424	37	27	1	33	1.64
60513--60671	58	2.7	59	75	8	139	30	25	6	37	1.82
60690--60745	26	2.1	26	86	3	76	30	32	8	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63291--63442	26	5.5	27	66	23	68	31	4	2	61	1.30
65402--65490	29	3.0	29	72	11	81	28	0	6	65	1.18
72176--72363	58	3.3	57	75	13	181	36	4	27	31	1.76
72215--72400	58	3.2	58	77	11	191	34	3	27	33	1.75
72215--72413	29	6.8	29	75	14	153	35	4	28	32	1.76
73392--73446	18	2.8	19	76	15	67	41	3	0	54	1.18
73394--73444	21	2.4	21	87	6	68	41	3	0	54	1.19
74207--74270	6	11.0	6	80	12	71	60	1	0	37	1.06
74201--74269	17	4.0	17	80	14	79	57	1	0	40	1.07
74207--74270	23	2.8	22	88	4	92	60	1	0	37	1.06
74693--75234	205	2.6	205	87	3	748	21	22	19	36	1.95
85548--85735	58	3.3	57	75	13	181	36	4	27	31	1.76
85587--85772	58	3.2	58	77	11	191	34	3	27	33	1.75
85587--85785	29	6.8	29	75	14	153	35	4	28	32	1.76
86764--86818	18	2.8	19	76	15	67	41	3	0	54	1.18
86766--86816	21	2.4	21	87	6	68	41	3	0	54	1.19
87579--87642	6	11.0	6	80	12	71	60	1	0	37	1.06
87573--87641	17	4.0	17	80	14	79	57	1	0	40	1.07
87579--87642	23	2.8	22	88	4	92	60	1	0	37	1.06
88065--88606	205	2.6	205	87	3	748	21	22	19	36	1.95
98920--99107	58	3.3	57	75	13	181	36	4	27	31	1.76
98959--99144	58	3.2	58	77	11	191	34	3	27	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98959--99157	29	6.8	29	75	14	153	35	4	28	32	1.76
100136--100190	18	2.8	19	76	15	67	41	3	0	54	1.18
100138--100188	21	2.4	21	87	6	68	41	3	0	54	1.19
100951--101014	6	11.0	6	80	12	71	60	1	0	37	1.06
100945--101013	17	4.0	17	80	14	79	57	1	0	40	1.07
100951--101014	23	2.8	22	88	4	92	60	1	0	37	1.06
101437--101978	205	2.6	205	87	3	748	21	22	19	36	1.95
112805--113101	58	5.1	58	73	12	173	33	3	27	35	1.73
112847--113105	117	2.2	117	84	5	346	34	2	27	35	1.71
112847--113113	30	9.1	29	77	10	258	34	2	28	34	1.73
113917--114047	18	7.3	18	68	20	69	41	3	2	53	1.29
113917--113977	21	3.0	21	74	16	74	42	3	1	52	1.27
113949--114012	32	1.9	35	87	12	100	46	4	4	43	1.45
113992--114069	9	8.0	9	78	16	66	41	2	2	53	1.28
114008--114047	3	13.3	3	94	0	71	37	0	0	62	0.95
113991--114068	12	6.5	12	78	10	79	39	2	2	55	1.27
114724--114792	17	4.0	17	84	1	84	53	1	1	43	1.18
114724--114793	6	12.0	6	75	11	56	54	1	1	42	1.18
114734--114786	11	4.7	11	75	13	54	56	1	1	39	1.21
115201--115261	30	2.0	30	81	12	72	65	0	6	27	1.17
116243--116272	13	2.3	13	94	0	51	26	6	0	66	1.16
117210--117590	30	12.7	30	76	11	343	35	24	1	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117210--117591	90	4.2	89	80	7	382	35	24	1	39	1.65
125869--126104	99	2.4	99	76	9	239	32	14	32	20	1.93
125783--126796	148	6.8	146	74	7	599	34	16	30	17	1.93
125967--126796	99	8.4	99	78	6	607	34	17	30	17	1.93
126184--126797	197	3.1	195	80	6	639	35	17	30	16	1.92
125968--126499	247	2.2	247	79	5	610	34	16	30	18	1.94
125783--126796	50	20.5	50	72	9	492	34	16	30	17	1.93
127855--127884	13	2.3	13	94	0	51	26	6	0	66	1.16
128834--129240	29	13.9	29	79	8	351	38	24	1	34	1.67
128837--129244	59	7.0	57	73	9	281	38	24	1	35	1.67
128835--129242	147	2.8	144	82	6	448	38	24	1	35	1.67
130733--130778	22	2.1	22	100	0	92	60	4	0	34	1.16
137032--137107	26	3.0	24	79	12	80	36	13	10	39	1.79
138589--138625	16	2.2	17	86	13	51	45	27	0	27	1.54
139393--139419	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
143360--143470	43	2.7	42	84	5	145	26	21	18	33	1.97
155780--155899	60	2.0	60	100	0	240	30	30	1	38	1.67
167233--167266	17	2.0	17	88	0	50	41	11	0	47	1.40

Tables:   1

The End!