Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012817.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127830, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1752
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.19, T:0.25
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1192 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 859--1214 Score: 624
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 168
849 NNNNNNNNNN
859 TCCTGATGAGATACAGAGAAGCGAATTGAAACAGACGACGTGGTCATCTTCCTGATGAGATACTG
1 TCCTGATGAGATACAGAGAAGCGAATTGAAACAGACGACGTGGTCATCTTCCTGATGAGATACTG
924 AGAAGAAGACCAAACCAAATCCACGCTCGATGTGAGTAAATCTTCGAACCCCAGCTTCCTGATGA
66 AGAAGAAGACCAAACCAAATCCACGCTCGATGTGAGTAAATCTTCGAACCCCAGCTTCCTGATGA
989 GACACTGAAAAGCAGGTCGAAGCAATAAAGCGGTTAGC
131 GACACTGAAAAGCAGGTCGAAGCAATAAAGCGGTTAGC
* *
1027 TTCCTGATGAGATACAGAGAAGCGAATTGAAATAGATGACGTGGTCATCTTCCTGATGAGATACT
1 -TCCTGATGAGATACAGAGAAGCGAATTGAAACAGACGACGTGGTCATCTTCCTGATGAGATACT
*
1092 GAGAAGAAGACCAAACCCAAA-CTCACGCTCGATGTGAGTAAATCTTCGAACCCCAGCTTCTTGA
65 GAGAAGAAGACCAAA-CCAAATC-CACGCTCGATGTGAGTAAATCTTCGAACCCCAGCTTCCTGA
*
1156 TGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATAAAGCGGTTAGC
128 TGAGACACTGAAAAGCAGGTCGAAGCAATAAAGCGGTTAGC
*
1197 TCCTTGAGGAGATACAGA
1 TCC-TGATGAGATACAGA
1215 AAAGTGAACC
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 5, Indels: 5
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 81 0.45
170 98 0.55
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (168 bp):
TCCTGATGAGATACAGAGAAGCGAATTGAAACAGACGACGTGGTCATCTTCCTGATGAGATACTG
AGAAGAAGACCAAACCAAATCCACGCTCGATGTGAGTAAATCTTCGAACCCCAGCTTCCTGATGA
GACACTGAAAAGCAGGTCGAAGCAATAAAGCGGTTAGC
Found at i:1664 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1641--1726 Score: 104
Period size: 18 Copynumber: 4.8 Consensus size: 18
1631 CATACTCCCT
1641 TTAAATTTATTTTAAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAAA
*
1659 TTAAATTT-GTTTAAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAAA
*
1676 TTTAAATTTATTTT-AAAT
1 -TTAAATTTATTTTAAAAA
* *
1694 TTAAATTTATTTCAAAAT
1 TTAAATTTATTTTAAAAA
*
1712 TTAAATTTAATTTAA
1 TTAAATTTATTTTAA
1727 GTTTAAAATT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 6
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 20 0.34
18 36 0.61
19 3 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.01, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
TTAAATTTATTTTAAAAA
Found at i:1703 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 1640--1751 Score: 147
Period size: 53 Copynumber: 2.1 Consensus size: 53
1630 CCATACTCCC
* * *
1640 TTTAAATTTATTTTAAAAATTAAATTT-GTTTAAAAATTTAAATTTATTTT-AAA
1 TTTAAATTTATTTCAAAAATTAAATTTAATTT--AAATTTAAAATTATTTTCAAA
* *
1693 TTTAAATTTATTTCAAAATTTAAATTTAATTTAAGTTTAAAATTATTTTCAAA
1 TTTAAATTTATTTCAAAAATTAAATTTAATTTAAATTTAAAATTATTTTCAAA
1746 TTTAAA
1 TTTAAA
1752 G
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 5, Indels: 4
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
52 15 0.29
53 34 0.65
54 3 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (53 bp):
TTTAAATTTATTTCAAAAATTAAATTTAATTTAAATTTAAAATTATTTTCAAA
Found at i:1711 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1640--1751 Score: 145
Period size: 35 Copynumber: 3.2 Consensus size: 35
1630 CCATACTCCC
* * *
1640 TTTAAATTTATTTTAAAAATTAAATTTGTTTAAAAA
1 TTTAAATTTATTTT-AAATTTAAATTTATTTCAAAA
1676 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTCAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTCAAAA
* * *
1711 TTTAAATTTAATTTAAGTTTAAAATTATTTTC-AAA
1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTA-TTTCAAAA
1746 TTTAAA
1 TTTAAA
1752 G
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 51 0.74
36 18 0.26
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (35 bp):
TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTCAAAA
Found at i:1735 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1640--1751 Score: 93
Period size: 18 Copynumber: 6.4 Consensus size: 17
1630 CCATACTCCC
*
1640 TTTAAATTTATTTTAAAA
1 TTTAAATTTAATTT-AAA
* *
1658 ATTAAATTT-GTTTAAAAA
1 TTTAAATTTAATTT--AAA
*
1676 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTAATTTAAA
1693 TTTAAATTT-ATTTCAAAA
1 TTTAAATTTAATTT--AAA
*
1711 TTTAAATTTAATTTAAG
1 TTTAAATTTAATTTAAA
* *
1728 TTTAAAATTATTTTCAAA
1 TTTAAATTTAATTT-AAA
1746 TTTAAA
1 TTTAAA
1752 G
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 9, Indels: 12
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.04
17 29 0.37
18 40 0.51
19 7 0.09
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATTTAATTTAAA
Done.