genome.fa.s12864.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012864.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127878, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  275618

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5969--6009	7	5.9	7	100	0	82	70	0	14	14	1.16
6776--6927	76	2.0	75	91	3	243	38	3	24	33	1.72
7110--7144	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
12495--12645	76	2.0	76	84	2	196	27	11	23	38	1.88
17500--17934	217	2.0	217	95	0	789	30	17	26	25	1.97
21495--21528	17	1.9	18	94	5	61	47	2	2	47	1.32
21730--21764	17	1.9	19	88	11	56	65	5	17	11	1.43
30582--30618	13	2.9	13	88	11	51	62	2	35	0	1.10
38357--38470	36	3.2	36	85	0	147	30	27	14	27	1.95
38463--38552	36	2.5	36	83	3	92	36	25	15	22	1.93
41811--41841	14	2.2	14	94	0	53	48	9	0	41	1.36
52668--52710	23	2.0	23	86	9	63	44	6	9	39	1.64
52883--52939	19	3.0	18	84	7	60	54	1	0	43	1.10
52883--52926	18	2.4	18	84	3	61	59	0	0	40	0.98
52939--52988	21	2.4	21	86	0	73	48	0	0	52	1.00
52948--53017	29	2.5	28	72	11	70	45	0	1	52	1.09
55374--55431	28	2.0	29	83	10	73	25	10	32	31	1.89
55477--55942	29	15.7	29	76	9	338	32	2	29	35	1.71
55486--55925	59	7.4	58	79	9	313	31	2	30	35	1.71
55535--55946	59	7.0	58	81	8	368	32	1	30	35	1.69
58089--58137	17	2.8	17	93	3	80	34	2	0	63	1.06
58089--58149	18	3.4	18	86	4	79	34	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58064--58149	23	3.7	23	76	16	70	32	2	2	62	1.20
58117--58162	23	2.0	24	82	4	58	32	2	2	63	1.19
58136--58183	17	2.8	18	84	12	66	31	4	4	60	1.35
60126--60356	30	7.9	29	73	7	189	29	25	4	41	1.75
60126--60364	59	4.1	58	87	5	302	28	24	4	41	1.75
60146--60364	29	7.4	29	75	8	167	29	23	4	42	1.74
60204--60509	59	5.2	60	77	10	178	31	25	5	37	1.80
60321--60509	59	3.2	59	78	8	181	32	25	6	34	1.83
60406--60513	29	3.8	29	72	18	91	30	30	7	31	1.85
63020--63080	23	2.7	23	84	0	86	39	6	11	42	1.67
62904--63136	127	1.8	127	91	1	387	46	5	5	42	1.50
63105--63163	21	2.8	21	89	2	91	54	6	3	35	1.44
63407--63453	20	2.3	20	78	7	51	53	8	2	36	1.44
63432--63480	24	2.0	24	84	4	62	51	4	0	44	1.20
63464--63526	33	2.0	32	84	12	85	61	3	1	33	1.21
63800--63869	21	3.3	23	76	13	62	37	4	2	55	1.34
64913--65088	94	1.9	94	82	5	223	39	23	7	29	1.82
65220--65284	31	2.1	32	91	2	105	61	3	3	32	1.27
65398--65432	11	3.2	11	91	0	52	85	2	0	11	0.69
65486--65616	56	2.3	53	79	15	140	29	7	3	59	1.43
67714--67777	30	2.1	30	82	5	76	34	7	14	43	1.74
76565--76604	11	3.5	11	83	6	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80219--80247	6	4.8	6	100	0	58	17	48	0	34	1.47
84850--84884	3	12.0	3	87	6	54	37	0	62	0	0.95
84851--84884	14	2.3	15	95	5	61	38	0	61	0	0.96
84862--84915	15	3.6	15	80	7	56	48	0	51	0	1.00
84872--84955	45	2.0	44	82	13	106	58	0	41	0	0.98
84926--84965	16	2.4	17	95	4	73	70	0	30	0	0.88
84926--85006	16	4.7	17	77	18	69	67	1	30	0	0.98
89844--89879	15	2.4	15	90	9	56	47	33	0	19	1.50
93421--93468	19	2.6	17	81	18	60	66	0	0	33	0.92
98101--98180	35	2.3	35	82	10	92	27	8	10	53	1.63
101080--101129	21	2.4	21	76	6	57	46	20	10	24	1.81
109241--109276	17	2.1	17	100	0	72	50	0	27	22	1.50
116603--116730	69	1.9	68	85	4	177	17	22	23	36	1.94
121275--121351	37	2.1	37	82	4	93	36	25	9	28	1.87
124906--125016	30	3.9	29	67	20	74	30	12	37	18	1.88
124936--124968	12	2.8	12	90	0	57	21	9	39	30	1.84
124882--125003	54	2.3	54	89	0	190	27	11	39	21	1.88
124880--124968	24	3.5	24	68	21	72	25	11	37	25	1.89
124996--125154	84	1.9	84	88	0	237	30	10	38	19	1.86
125179--125265	42	2.1	42	93	0	147	29	8	32	29	1.86
129259--129307	18	2.7	18	80	0	53	32	16	34	16	1.91
129375--129452	33	2.4	33	84	4	104	33	20	28	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129459--129550	46	2.0	47	82	2	114	29	17	28	25	1.97
129502--129581	31	2.6	30	84	5	97	30	16	28	25	1.96
129457--129605	77	1.9	77	86	1	208	31	17	27	23	1.97
129631--129696	34	1.9	33	82	11	80	42	19	25	12	1.86
131450--131505	19	2.9	19	75	0	58	30	28	26	14	1.95
132825--132865	14	3.0	14	80	16	50	46	2	0	51	1.14
135850--135874	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
141526--141588	28	2.2	28	80	5	74	58	1	1	38	1.17
141925--141954	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
144797--144862	30	2.2	30	88	0	96	33	12	16	37	1.86
150208--150245	14	2.8	13	88	7	58	39	0	0	60	0.97
157645--157719	35	2.2	34	87	2	105	24	16	26	33	1.95
168933--168978	24	1.9	25	86	8	69	36	6	2	54	1.39
169339--169399	28	2.2	27	85	2	77	49	3	8	39	1.49
173063--173114	13	3.8	13	79	5	50	34	1	1	61	1.18
173391--173624	125	1.9	125	89	1	362	42	18	6	32	1.76
178264--178371	55	2.0	55	86	0	153	28	15	24	31	1.96
178265--178373	29	3.9	28	73	8	105	28	16	23	31	1.96
186620--187008	29	13.3	29	82	6	342	32	6	26	33	1.82
186638--187073	29	14.8	30	79	8	337	32	7	26	33	1.84
187029--187085	29	2.0	29	85	0	78	33	8	24	33	1.86
187611--187654	20	2.2	20	91	0	70	6	52	25	15	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188040--188097	3	18.7	3	76	13	55	34	0	5	60	1.19
188290--188339	24	2.0	24	84	3	64	16	12	20	52	1.75
188709--188739	15	2.1	15	100	0	62	41	6	6	45	1.55
189137--190047	209	4.4	209	89	0	1340	23	22	16	37	1.94
189848--190219	172	2.2	172	93	0	620	21	23	16	38	1.93
190286--190429	39	3.7	39	77	0	144	25	21	27	25	1.99
190286--190448	78	2.1	78	86	2	220	25	22	26	25	2.00
196827--196887	22	2.8	22	85	11	74	73	1	9	14	1.16
196853--196882	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
200234--200284	13	4.1	12	78	14	50	80	0	3	15	0.86
200234--200284	8	6.1	8	76	17	50	80	0	3	15	0.86
202819--202879	22	2.8	22	90	7	90	73	0	11	14	1.09
202831--202875	15	2.9	15	80	6	54	73	0	11	15	1.10
203677--203719	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
209881--210048	87	1.9	87	84	7	225	33	7	26	32	1.84
209830--210253	29	14.6	29	73	12	187	31	6	27	34	1.82
209881--210221	58	5.9	58	71	13	225	31	7	27	33	1.84
209868--210255	117	3.3	115	74	11	328	31	6	27	34	1.83
210206--210270	30	2.2	29	81	15	71	36	4	21	36	1.74
210790--210830	21	2.0	21	90	4	66	36	26	4	31	1.78
211721--211795	33	2.3	33	92	0	123	17	14	46	21	1.83
213954--213991	20	1.9	19	85	15	51	57	0	2	39	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215988--216032	22	2.1	21	84	12	56	26	15	13	44	1.83
215994--216104	50	2.2	50	96	3	206	23	10	18	47	1.79
230567--230607	15	2.6	16	92	3	66	53	14	12	19	1.72
233190--233228	18	2.1	19	86	13	55	58	2	0	38	1.12
234106--234165	11	5.4	11	78	4	66	5	6	28	60	1.43
234106--234175	22	3.1	22	86	8	88	5	5	27	61	1.41
235293--235320	13	2.2	13	100	0	56	32	0	7	60	1.24
244754--244802	22	2.2	23	78	10	57	71	12	0	16	1.14
245082--245136	27	2.0	29	85	7	78	32	3	3	60	1.32
245895--245920	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78

Tables:   1   2