genome.fa.s12908.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012908.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127922, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  429546

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4706--4772	29	2.3	30	86	5	100	40	2	20	35	1.68
4718--4801	29	2.9	28	81	13	82	41	2	17	38	1.63
4799--5140	29	11.7	29	81	7	329	34	2	27	35	1.72
4805--5183	87	4.3	88	81	10	368	35	3	26	34	1.73
4799--5183	29	13.2	31	78	11	259	35	3	27	34	1.73
4796--5183	59	6.6	57	76	12	256	34	3	27	35	1.73
6295--6329	18	1.9	18	94	0	61	60	0	2	37	1.12
6872--6929	10	5.8	10	74	22	59	53	5	0	41	1.23
6885--6932	17	2.8	18	87	9	73	52	6	0	41	1.27
6879--6936	6	10.0	6	75	20	61	51	5	0	43	1.24
8896--9033	16	7.7	16	68	24	80	12	18	31	38	1.87
8890--9101	37	5.7	37	87	0	280	13	18	30	37	1.89
8911--9054	21	7.6	20	66	26	73	12	18	31	37	1.88
12116--12163	18	2.7	18	83	0	69	35	16	12	35	1.87
15485--15606	61	2.0	61	100	0	244	37	4	24	32	1.77
28276--28534	124	2.1	124	100	0	518	32	18	15	32	1.93
34432--34568	63	2.2	63	97	1	256	54	6	8	30	1.57
35968--36026	24	2.5	24	91	0	91	18	30	20	30	1.96
42950--43078	48	2.7	48	81	0	159	21	27	13	36	1.92
42951--43081	24	5.5	24	71	0	100	21	28	14	35	1.93
51834--51910	36	2.1	36	82	0	91	29	11	24	33	1.91
55134--55183	21	2.5	19	76	17	57	32	10	38	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55140--55183	21	2.1	21	83	4	63	29	11	36	22	1.89
57388--57414	14	1.9	14	100	0	54	29	18	7	44	1.77
63579--64131	272	2.0	272	99	0	1097	40	22	11	24	1.88
68296--68362	21	3.1	21	76	2	62	37	22	14	25	1.93
68950--69081	52	2.5	52	85	4	169	36	23	13	26	1.92
69099--69172	37	2.0	37	97	0	139	12	35	16	36	1.86
74988--75041	21	2.6	21	82	5	65	31	27	12	27	1.93
75774--75909	52	2.6	52	90	2	211	36	22	13	28	1.91
83391--83420	15	2.0	15	100	0	60	20	26	20	33	1.97
86953--87092	20	6.9	20	74	7	113	47	4	7	41	1.50
86963--87092	40	3.2	40	83	5	172	46	4	7	40	1.53
97448--97479	6	5.7	6	92	7	50	15	0	0	84	0.63
97447--97479	11	3.0	11	83	16	50	18	0	0	81	0.68
97447--97479	16	2.0	17	94	5	59	18	0	0	81	0.68
97449--97487	17	2.3	17	82	13	53	20	0	0	79	0.73
98592--98657	13	5.1	13	80	10	64	39	12	4	43	1.62
98607--98641	12	2.6	14	91	8	56	40	5	0	54	1.24
102311--102371	16	3.8	15	70	12	50	50	4	18	26	1.66
102310--102372	32	2.0	32	93	0	108	49	4	19	26	1.68
104794--104837	17	2.6	17	77	0	52	45	13	20	20	1.85
107075--107112	20	1.9	20	84	10	51	73	5	5	15	1.19
122429--122486	17	3.4	17	85	0	71	50	12	15	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122429--122494	34	1.9	34	81	6	80	48	12	18	21	1.80
127698--127733	11	3.4	10	92	7	54	80	0	19	0	0.71
127698--127733	5	6.8	5	87	12	54	80	0	19	0	0.71
127698--127733	16	2.2	16	90	9	56	80	0	19	0	0.71
135101--135194	38	2.5	38	74	8	102	31	22	12	32	1.92
140046--140075	14	2.1	15	93	6	53	20	0	56	23	1.42
146047--146086	18	2.2	18	86	0	53	17	20	25	37	1.94
153873--153988	38	3.1	38	96	0	205	28	19	19	31	1.97
157271--157453	94	1.9	94	97	0	348	41	18	9	30	1.82
157694--157733	17	2.4	17	86	0	53	50	10	22	17	1.76
160987--161101	37	3.1	37	74	7	108	26	18	27	27	1.98
165953--166006	26	2.1	26	92	0	90	29	22	20	27	1.98
165996--166083	38	2.3	38	79	9	101	31	13	23	30	1.93
166607--166641	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
166660--166770	6	18.5	6	88	0	123	48	0	9	41	1.41
166660--166770	20	5.7	20	82	4	136	48	0	9	41	1.41
166660--166770	26	4.3	26	94	0	177	48	0	9	41	1.41
170448--170501	26	2.1	26	85	0	72	31	22	18	27	1.97
170572--170680	37	2.9	37	83	0	128	23	19	27	29	1.98
173688--173765	30	2.6	30	85	0	102	35	24	20	19	1.95
173973--174078	30	3.5	30	86	0	140	44	20	13	21	1.86
174506--174539	15	2.2	16	89	5	52	32	26	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180961--180990	15	1.9	15	93	6	51	40	6	23	30	1.80
199812--199851	19	2.1	19	90	9	64	5	20	0	75	0.99
200591--200637	21	2.2	21	92	0	76	0	25	12	61	1.31
213974--214000	11	2.5	11	100	0	54	33	7	0	59	1.25
218241--218329	46	1.9	46	83	0	115	17	33	21	26	1.96
219453--219500	15	3.2	15	85	5	53	33	8	25	33	1.86
224664--224726	27	2.3	27	97	0	117	4	28	19	47	1.69
224666--224715	14	3.6	14	71	17	50	6	26	22	46	1.74
258463--258536	26	2.8	26	89	0	112	27	20	22	29	1.98
258998--259068	35	2.0	35	100	0	142	16	11	16	54	1.70
263873--263919	21	2.2	21	84	0	58	27	12	25	34	1.92
272270--272319	19	2.6	19	77	3	55	2	18	2	78	0.95
272278--272320	19	2.3	19	88	4	61	2	20	2	74	1.04
276882--277072	52	3.7	52	90	0	301	35	21	14	28	1.93
277946--277989	20	2.1	21	87	4	63	38	11	2	47	1.52
284016--284121	34	3.0	34	83	5	113	32	21	17	28	1.96
285848--285938	45	2.0	45	100	0	182	26	13	4	56	1.56
292176--292224	17	2.9	17	81	0	53	46	12	22	18	1.82
308769--308823	23	2.3	23	87	3	74	20	1	29	49	1.59
308835--308907	27	2.6	28	78	4	76	17	0	32	49	1.47
309483--309520	11	3.6	11	82	13	53	47	2	0	50	1.15
309483--309520	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317785--317816	14	2.3	14	100	0	64	37	12	28	21	1.90
319245--319296	23	2.3	23	100	0	104	23	17	19	40	1.91
333679--333732	16	3.0	18	79	20	60	61	0	33	5	1.19
338131--338541	158	2.6	158	82	3	495	33	23	20	22	1.97
351700--351730	16	1.9	16	93	0	53	70	9	3	16	1.26
361457--361625	89	1.9	89	91	0	275	36	11	12	39	1.80
362894--362943	3	16.7	3	95	0	91	68	0	32	0	0.90
362945--362972	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
363120--363157	6	6.7	6	91	8	62	86	0	13	0	0.56
376188--376958	277	2.8	277	89	2	1208	26	21	16	35	1.94
378912--379140	114	2.0	114	100	0	458	38	16	18	26	1.92
387158--387199	21	2.0	21	85	0	57	52	2	0	45	1.13
394071--394115	22	2.0	22	86	0	63	40	0	17	42	1.50
395634--395671	19	2.1	18	85	14	51	42	2	5	50	1.39
428964--429248	36	7.9	36	79	1	275	38	21	14	25	1.91
428967--429248	72	3.9	72	84	0	332	38	21	14	25	1.91
428964--429248	108	2.6	108	82	2	331	38	21	14	25	1.91

Tables:   1

The End!