genome.fa.s12919.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012919.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127935, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150943

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378--882	205	2.5	205	86	1	663	22	21	18	37	1.94
6627--6717	29	3.2	28	69	17	78	34	6	25	34	1.82
6628--6747	59	2.1	59	85	4	163	33	5	25	35	1.80
6699--7160	29	15.8	29	77	7	382	34	3	29	32	1.75
6671--7135	58	7.9	58	82	6	514	34	3	29	32	1.76
6671--7135	117	4.0	116	82	6	530	34	3	29	32	1.76
9076--9177	17	5.9	17	84	7	89	53	0	1	43	1.18
9076--9181	6	18.2	6	75	9	103	54	0	1	42	1.17
9078--9181	11	9.0	11	75	10	68	54	0	1	42	1.17
9076--9175	36	2.9	35	89	4	148	55	1	2	42	1.18
10954--11805	209	4.2	208	83	5	1033	24	21	17	37	1.94
15327--15359	16	2.1	16	100	0	66	12	6	24	57	1.57
22266--22308	11	3.9	11	79	11	52	76	0	20	2	0.89
23181--23218	12	3.2	12	78	14	51	47	0	34	18	1.49
24112--24157	24	1.9	24	82	8	58	47	4	2	45	1.34
24384--24418	18	1.9	18	88	0	52	28	25	31	14	1.95
26282--26331	21	2.4	21	100	0	100	30	22	44	4	1.71
38128--38161	15	2.3	15	90	5	52	70	8	5	14	1.31
38602--38667	26	2.5	26	80	9	80	25	22	22	28	1.99
42628--42720	12	8.2	12	71	9	70	69	18	4	7	1.29
42635--42754	35	3.4	35	73	8	91	68	19	5	7	1.33
42610--42759	24	6.5	22	71	16	92	68	18	5	8	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42655--42786	47	2.7	47	79	8	133	68	18	6	7	1.35
42714--42778	32	2.1	30	83	13	80	67	21	4	6	1.31
42773--42811	21	1.9	21	89	5	62	71	12	7	7	1.29
43215--43253	14	2.8	14	88	0	51	48	5	10	35	1.59
43625--43659	18	2.1	16	89	10	52	40	0	0	60	0.97
43625--43659	8	4.1	8	89	10	52	40	0	0	60	0.97
47815--47873	19	2.9	19	79	18	59	44	1	0	54	1.10
48830--49036	30	6.9	30	82	1	218	34	28	1	34	1.69
48829--49023	60	3.3	60	82	7	252	35	28	1	34	1.67
49961--50045	6	14.3	6	72	16	70	41	3	1	54	1.25
49948--50060	17	6.4	17	80	12	97	42	2	2	52	1.29
49959--50030	37	1.9	37	91	5	119	37	4	1	56	1.27
52389--52442	28	2.0	28	88	3	83	50	1	1	46	1.23
52543--52569	12	2.2	12	100	0	54	29	7	0	62	1.22
68612--68703	23	4.0	23	81	4	114	15	19	20	44	1.86
68603--68748	69	2.1	68	85	12	190	14	21	18	45	1.85
74145--74204	30	2.0	30	83	6	77	40	3	16	40	1.65
80173--80392	84	2.6	84	83	1	289	17	14	42	25	1.87
80322--80379	29	2.0	29	86	0	80	17	20	44	17	1.86
80343--80420	41	1.9	41	83	0	102	14	15	43	26	1.85
80343--80432	41	2.2	41	82	4	101	15	14	42	27	1.86
81045--81156	29	3.9	29	77	4	100	25	18	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83488--83579	41	2.2	43	84	7	134	19	11	38	30	1.88
83534--83709	86	2.0	86	88	0	262	15	13	42	28	1.86
83704--83785	41	2.0	42	85	2	112	21	17	34	26	1.95
84226--84334	40	2.7	40	89	0	137	35	23	18	22	1.95
92983--93158	57	3.1	57	84	4	228	32	18	19	28	1.96
93010--93153	29	5.0	29	67	16	93	32	18	18	29	1.95
93244--93328	29	3.0	28	78	13	93	30	20	18	30	1.96
93172--93328	57	2.7	57	76	6	156	30	19	18	31	1.95
102550--102584	12	2.9	12	95	0	61	65	2	31	0	1.07
102753--102826	32	2.3	32	88	4	105	27	0	18	54	1.44
103766--103880	59	1.9	59	87	0	167	27	8	20	42	1.82
103857--103931	22	3.3	22	67	20	64	32	8	18	41	1.80
103825--103972	46	3.2	46	91	0	233	29	9	20	39	1.84
103879--103955	24	3.3	24	66	14	70	33	7	18	40	1.79
103874--103945	22	3.2	22	65	27	60	37	9	16	36	1.82
118924--118966	22	2.0	22	86	9	61	20	6	0	72	1.08
124558--124615	6	9.3	6	75	14	55	18	3	0	77	0.91
124557--124618	27	2.3	26	86	2	79	19	3	0	77	0.90
125394--125588	104	1.9	103	81	9	236	39	13	23	23	1.90
127123--127199	15	5.1	15	77	0	64	22	23	25	28	1.99
133615--133679	15	4.3	15	78	0	67	24	24	24	26	2.00
137961--138035	37	2.0	37	100	0	150	30	26	5	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142170--142454	30	9.6	30	74	8	192	34	27	3	35	1.73
142688--142726	19	2.1	19	85	0	51	28	20	7	43	1.79
148675--148849	50	3.5	50	71	1	172	33	14	31	20	1.93
148743--148919	49	3.6	48	71	5	165	31	19	28	20	1.97
148673--149056	99	3.9	99	83	3	411	34	16	29	19	1.94
148675--149283	48	12.4	50	72	6	395	33	16	29	19	1.94
148828--149260	98	4.4	97	79	3	262	33	18	29	18	1.95
148828--149156	145	2.3	147	83	1	428	34	17	29	18	1.95
148768--149283	243	2.1	246	82	3	623	33	17	29	19	1.94
149031--149260	98	2.4	97	85	1	300	33	17	30	18	1.94
148922--149265	145	2.4	144	81	5	381	34	17	29	18	1.94
149545--149693	44	3.4	44	82	12	166	30	26	14	28	1.95
149680--149861	39	4.7	39	77	5	154	26	29	15	27	1.96
149721--149867	78	1.9	78	82	0	186	25	29	15	29	1.96
150269--150328	22	2.8	22	82	7	61	71	1	10	16	1.21

Tables:   1

The End!