Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01012998.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128016, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3084
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.32
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2500 original size:622 final size:623
Alignment explanation
Indices: 801--3082 Score: 4001
Period size: 622 Copynumber: 3.7 Consensus size: 623
791 NNNNNNNNNN
*
801 CCAATTTACATTCCTACCTGCAACAAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
1 CCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
866 CATGTTTATGTT-TTATTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTT
66 CATGTTTATGTTATT-TTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTT
* *
930 GTGATCTTATATATCGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCG
130 GTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCG
* * * *
995 ATAGTGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAATCTTAACAGGGATGTCAATGAGGTG
195 ATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAATGAGGCG
* *
1060 GGTTTCGTAGAGTCCTGTTTCACTTCGCACCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGAT
260 GGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGAT
* *
1125 GGTGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGATGTGAGTATGACTTTGTACACGC
325 GATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGTACACGC
* *
1190 TACATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATAAAGCAAGGATTAGATGGA
390 TTCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATTAGATGGA
* *
1255 TCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGTCGCAAGACAAGAAT
455 TCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGTCGCAGGACGAGAAT
* * *
1320 AATTTTGAATTTTGTACGCATAACTAATCACAAAGCAAAGATAAAAATAAAAACTCTTAGCAAAA
520 AATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAAATAAAAACTCTTAGCAAAA
* * *
1385 ATGAATAAAAAAAAAAGTATCCTTGCATATTCATTCCGC
585 ATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGC
*
1424 CCAATTTACATTCCTACCTGCAGCTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
1 CCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
* *
1489 CATGTTTTAAGTTATTTTCGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTT
66 CATG-TTTATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTT
1554 GTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCG
130 GTGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCG
*
1619 AT---------AGCTTGATATTATGTATTTATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAATGAGGCG
195 ATAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAATGAGGCG
* *
1675 GGTTTCGAAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTGATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGAT
260 GGTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGAT
* *
1740 AATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTCGTACACGC
325 GATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGTACACGC
*
1805 TTCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCAGGGTGGATATAGCAAGGATTAGATGGA
390 TTCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATTAGATGGA
*
1870 TCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGTCGTAGGACGAGAAT
455 TCTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGTCGCAGGACGAGAAT
1935 AATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAAATAAAAACTCTTAGCAAAA
520 AATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAAATAAAAACTCTTAGCAAAA
2000 ATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGC
585 ATGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGC
2039 CCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
1 CCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
2104 CATGTTTATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTG
66 CATGTTTATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTG
2169 TGATCATATATATTGTATTTC-AAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGA
131 TGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGA
*
2233 TAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTATCAGGGATGTCAATGAGGCGG
196 TAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAATGAGGCGG
2298 GTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGATG
261 GTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGATG
*
2363 ATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATAAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGTACACGCT
326 ATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGTACACGCT
* **
2428 TCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCTATCGCGGGGTGGATATAGCTGGGATTAGATGGAT
391 TCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATTAGATGGAT
* * *
2493 CTGAGGACCCATGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGTAGCAGGATGAGAATA
456 CTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGTCGCAGGACGAGAATA
*
2558 ATTTTGAATTTTGTACCTACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAAATAAAAACTCTTAGCAAAAA
521 ATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAAATAAAAACTCTTAGCAAAAA
*
2623 TGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCTGC
586 TGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGC
*
2661 CCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTGAAATATATATTTTATATATGAAGA
1 CCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
*
2726 CATGTTTATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCGCAGAATAATTTG
66 CATGTTTATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTG
* * *
2791 TTATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATCGCTGGCCATCTTCCCGA
131 TGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGA
2856 TAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAATGAGGCGG
196 TAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAATGAGGCGG
* * *
2921 GTTTCGTAGAGTCCCATTTCACTTTGCACCTAATTTGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGATG
261 GTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGATG
*
2986 ATGGAGATAAAAATGAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGTACACGCT
326 ATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGTACACGCT
**
3051 TCATCCCTACTTACCCCGTATAATATAATCCA
391 TCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCA
3083 AC
Statistics
Matches: 1583, Mismatches: 64, Indels: 24
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
613 44 0.03
614 80 0.05
615 462 0.29
622 549 0.35
623 326 0.21
624 120 0.08
625 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (623 bp):
CCAATTTACATTCCTACCTGCAACTAAGTTTATTATTATTAAAATATATATTTTATATATGAAGA
CATGTTTATGTTATTTTTGTTTTATATTATGTTTTGCATAGATAATCTATTCACAGAATAATTTG
TGATCATATATATTGTATTTCAAAAAAAAAAAAGTCAGAAATCTGATTGCTGGCCCTCTTCCCGA
TAGCGAAAAAAGCTTGATATTATGTATATATATACATAACCTTACCAGGGATGTCAATGAGGCGG
GTTTCGTAGAGTCCCGTTTCACTTCGCACCTAATTGGGTGGAGATAAATACAGGTTTCGTGGATG
ATGGAGATAAAAATTAGACCTACCATGAGTGGTGGGGCAGACGTGAGTATGACTTTGTACACGCT
TCATCCCCGCTTACCCCGTATAATATAATCCATCGCGGGGTGGATATAGCAAGGATTAGATGGAT
CTGAGGACCCACGTGAGTGATGGAACGAAGATAGTTTTAATCTTACGGGTCGCAGGACGAGAATA
ATTTTGAATTTTGTACCCACAACTAATCACAAAGCGAAGATAAAAATAAAAACTCTTAGCAAAAA
TGGATATAAAAAAAAGTATCCTTGCATATCCATTCCGC
Done.