Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013014.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128032, whole genome shotgun sequence
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* *
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** * *
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* * * *
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** ** *
7095 ATATATAAGCTGACGAGCAAAAACGTGTGCAAGCTGATGAGCGTAAATGC
1 ATATATAAGCTGACGAGCGTAAACGTGTGCAAGCTGGCGAGCGTAAACGC
* *
7145 ATATATAAGCTGACGAGCGTAAACGTGTGCAAGCTGGTGAGCGTAAACAC
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* * *
7195 ATATATAAGCTGACGAGCGTAAATGTGTGCAAGCTAGCGAGCATAAACGC
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* *
7245 ATATAT-AGATGACAAGCGTAAA
1 ATATATAAGCTGACGAGCGTAAA
7267 TACAATGATT
Statistics
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49 14 0.06
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ATATATAAGCTGACGAGCGTAAACGTGTGCAAGCTGGCGAGCGTAAACGC
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7015 AAACGTGTGC
* *
7025 AAGCTGGCGAGCGTAAATGCACATAT
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* * * **
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1 AAGCTGACGAGCGTAAATGCATATAT
* * **
7075 AAGTTGGCGAGCGTAAACACATATAT
1 AAGCTGACGAGCGTAAATGCATATAT
** * * **
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1 AAGCTGACGAGCGTAAATGCATATAT
*
7125 AAGCTGATGAGCGTAAATGCATATAT
1 AAGCTGACGAGCGTAAATGCATATAT
* * **
7151 AAGCTGACGAGCGTAAA--CGTGTGC
1 AAGCTGACGAGCGTAAATGCATATAT
** **
7175 AAGCTGGTGAGCGTAAACACATATAT
1 AAGCTGACGAGCGTAAATGCATATAT
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1 AAGCTGACGAGCGTAAATG
7220 TGTGCAAGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGCTGACGAGCGTAAATGCATATAT
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19754 AATTTTATAT
19764 TAAAATTATATTT-A
1 TAAAATTAT-TTTAA
19778 TAAAATTATTTTAA
1 TAAAATTATTTTAA
19792 TAAAA
1 TAAAA
19797 GAAAATATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
13 3 0.17
14 15 0.83
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TAAAATTATTTTAA
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19404 TAGGTGTGAA
* * * * * *
19414 GATGAGAATAAAGTTGAAAATTCTACATTTGAAAAGGTGGAAATTTTACATGATGGTGGCTTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* * *
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*
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*
19608 AATAGATATTGAAGCAATG
196 AATAGATATTGAAGCAAGG
*
19627 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCCACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* *
19692 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGGGATATTAAATTTTATATATCACATTCACAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
* *
19757 TTTATATTAAAATTATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAATATTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
19822 AATAGATATTGAAGCAAGG
196 AATAGATATTGAAGCAAGG
*
19841 GACGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* *
19906 ACCCACTAAGTCAAACTACACAAACCGGATAAGGGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
*
19971 TTTATATTAAAATTATATTTATAAAATTATTTTAATAAAA-AAAACATTTAATTTATTCATG---
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
** * *
20032 AAGGGATGA--GAA-TAA-A
196 AATAGAT-ATTGAAGCAAGG
** ** * * ** * ** * * * * * *
20048 CTTGA-AA-ATTC-T-ACATTTGGAAAGGTGGAAA-ATTGACATGATGGTAGCCT--T--TAACC
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGA-A-AATTG-A-CATGATGGT-AGC
** * * * *** * * * * * * *
20104 CACTAAGTCAAGCTACA--CAAACCGGATAAA--GGA-AATTAGATTTTATATATCACAT-TCAC
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*
20163 A------ATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACCTTTAATTTA
122 ATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTA
*
20222 TTCATGATTAATAGATATTGAAGCAATG
187 TTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGG
* *
20250 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTATATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* *
20315 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACTGGATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
*
20380 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAAAAAACATTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
*
20445 AATAGATATTGAAGCAAGA
196 AATAGATATTGAAGCAAGG
* * *
20464 GATGAGAATAAACTTGAAATTTCTATATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* * * * *
20529 ACTCACTAAGTCAAGCTATACAAACTGGATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCATAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
20594 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
20659 AATAGATATTGAAGCAAGG
196 AATAGATATTGAAGCAAGG
* *
20678 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGATAGCGTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* * *
20743 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAAAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCAGAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
*
20808 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACCTTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
*
20873 AATAGATATTGAAGCAAAG
196 AATAGATATTGAAGCAAGG
20892 GATGAGAATAAACTTGAAAA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAA
20912 AAATTGACAT
Statistics
Matches: 1130, Mismatches: 115, Indels: 79
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
195 41 0.04
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199 5 0.00
200 3 0.00
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TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
AATAGATATTGAAGCAAGG
Found at i:19997 original size:14 final size:14
Alignment explanation
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19968 AATTTTATAT
19978 TAAAATTATATTT-A
1 TAAAATTAT-TTTAA
19992 TAAAATTATTTTAA
1 TAAAATTATTTTAA
20006 TAAAA
1 TAAAA
20011 AAAACATTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.17
14 15 0.83
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (14 bp):
TAAAATTATTTTAA
Found at i:20363 original size:623 final size:628
Alignment explanation
Indices: 19414--21039 Score: 2471
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19404 TAGGTGTGAA
* * * * * *
19414 GATGAGAATAAAGTTGAAAATTCTACATTTGAAAAGGTGGAAATTTTACATGATGGTGGCTTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* * * *
19479 ACCCACGAAATCAAGCTACACAAACCGGATAAGGGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAAGGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
* *
19544 TTTATATTAAAATTATATTTATAAAATTATTTTAAT-AAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACCTTTAATTTATTCATGATT
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196 AATAGATATTGAAGCAATGGATGAGAATAAACTTGAAAATTCCACATTTGGAAAGGTGGAAAATT
* *
19673 GACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGGGATATTAAATTT
261 GACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAAATTT
* * *
19738 TATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAATTATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAAT
326 TATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAAAAAAC
*
19803 ATTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGGGACGAGAATAAACTTGAAAATTCTACA
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* * *
19933 GATAAGGGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAATTATATTTATAAAAT
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586 TATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCAATTAGCAAGG
20036 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
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* *
20231 AATAGATATTGAAGCAATGGATGAGAATAAACTTGAAAATTCTATATTTGGAAAGGTGGAAAATT
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* * *
20296 GACATGATGGTAGCTTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACTGGATAAGAGAAATTAGATTT
261 GACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAAATTT
20361 TATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAAAAAAC
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* * *
20426 ATTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGAGATGAGAATAAACTTGAAATTTCTATA
391 ATTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGAGACGAGAATAAACTTGAAAATTCTACA
* * * * *
20491 TTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTAACTCACTAAGTCAAGCTATACAAACTG
456 TTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAACTACACAAACCG
*
20556 GATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCATAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAAT
521 GATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAAT
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586 TATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTC-----------A-ATT--AGCAAGG
* *
20678 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGATAGCGTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
* *
20743 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAAAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCAGAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAAGGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
20808 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACCTTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACCTTTAATTTATTCATGATT
*
20873 AATAGATATTGAAGCAAAGGATGAG----AA--T---AA----AC--TT-GAAA-----AAAATT
196 AATAGATATTGAAGCAATGGATGAGAATAAACTTGAAAATTCCACATTTGGAAAGGTGGAAAATT
* * * *
20917 GACATGATGGTAGCCTTTAACCTACTAAGTCAAGCTACACAAACCACG-TAAGGGAAATTAGATT
261 GACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACC-GGATAAGAGAAATTAAATT
* * * * *
20981 TTATATATTACATCCACGATTTTATATTAAAAAATATATGTATAAAATTATTTCAATAA
325 TTATATATCACATTCACAATTTTATATT-AAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAA
21040 TATTATTAAT
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 51, Indels: 44
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
621 88 0.09
622 184 0.20
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624 18 0.02
626 4 0.00
627 2 0.00
629 1 0.00
633 2 0.00
636 1 0.00
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642 219 0.24
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Consensus pattern (628 bp):
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TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACCTTTAATTTATTCATGATT
AATAGATATTGAAGCAATGGATGAGAATAAACTTGAAAATTCCACATTTGGAAAGGTGGAAAATT
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TATTTTAATAAAAGAAAACATTTAATTTATTCAATTAGCAAGG
Found at i:20833 original size:428 final size:426
Alignment explanation
Indices: 19414--21039 Score: 2477
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19404 TAGGTGTGAA
* * * * *
19414 GATGAGAATAAAGTTGAAAATTCTACATTTGAAAAGGTGGAAATTTTACATGATGGTGGCTTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
* * * *
19479 ACCCACGAAATCAAGCTACACAAACCGGATAAGGGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
* *
19544 TTTATATTAAAATTATATTTATAAAATTATTTTAATAAAGAAAACATTTAATTTATTCATGATTA
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAAAAACATTTAATTTATTCATGATTA
*
19609 ATAGATATTGAAGCAATGGATGAGAATAAACTTGAAAATTCCACATTTGGAAAGGTGGAAAATTG
196 ATAGATATTGAAGCAA-GGATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTG
* * *
19674 ACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGGGATATTAAATTTT
260 ACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAGATTTT
* *
19739 ATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAATTATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAATA
325 ATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACA
19804 TTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGG
390 TTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGG
* *
19841 GACGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCCTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
* * *
19906 ACCCACTAAGTCAAACTACACAAACCGGATAAGGGATATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
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*
19971 TTTATATTAAAATTATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAAAAACATTTAATTTATTC-------
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20029 ------A-TGAAG---GGATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGA
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*
20148 ATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACC
325 ATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACA
*
20213 TTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAATG
390 TTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGG
*
20250 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTATATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
*
20315 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACTGGATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
20380 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAAAAAACATTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAAT-AAAAAAAACATTTAATTTATTCATGATT
* *
20445 AATAGATATTGAAGCAAGAGATGAGAATAAACTTGAAATTTCTATATTTGGAAAGGTGGAAAATT
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* * * *
20510 GACATGATGGTAGCTTTTAACTCACTAAGTCAAGCTATACAAACTGGATAAGAGAAATTAGATTT
259 GACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAGATTT
*
20575 TATATATCACATTCATAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAAC
324 TATATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAAC
20640 ATTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGG
389 ATTTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGG
* *
20678 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGATAGCGTTTA
1 GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
* *
20743 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAAAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCAGAAT
66 ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
*
20808 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACCTTTAATTTATTCATGATT
131 TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAA-AAAACATTTAATTTATTCATGATT
20873 AATAGATATTGAAGCAAAGGATGAG----AA--T---AA----AC--TT-GAAA-----AAAATT
195 AATAGATATTGAAGC-AAGGATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATT
* * *
20917 GACATGATGGTAGCCTTTAACCTACTAAGTCAAGCTACACAAACCACG-TAAGGGAAATTAGATT
259 GACATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACC-GGATAAGAGAAATTAGATT
* * * * *
20981 TTATATATTACATCCACGATTTTATATTAAAAAATATATGTATAAAATTATTTCAATAA
323 TTATATATCACATTCACAATTTTATATT-AAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAA
21040 TATTATTAAT
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 58, Indels: 69
0.90 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
407 85 0.08
408 29 0.03
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429 4 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (426 bp):
GATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGACATGATGGTAGCTTTTA
ACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAGATTTTATATATCACATTCACAAT
TTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAAAAACATTTAATTTATTCATGATTA
ATAGATATTGAAGCAAGGATGAGAATAAACTTGAAAATTCTACATTTGGAAAGGTGGAAAATTGA
CATGATGGTAGCCTTTAACCCACTAAGTCAAGCTACACAAACCGGATAAGAGAAATTAGATTTTA
TATATCACATTCACAATTTTATATTAAAAATATATTTATAAAATTATTTTAATAAAAGAAAACAT
TTAATTTATTCATGATTAATAGATATTGAAGCAAGG
Found at i:21999 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 21965--22047 Score: 87
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
21955 AGTAAGTTTG
*
21965 TTAATTATAATTTATTAAAT-AAAAAATATC
1 TTAATTATAATTTATTAAATAAAAAAATATA
* * *
21995 TTAATTAAAATATTATTTCAATAAAAAAATTTA
1 TTAATTATAAT-TTA-TTAAATAAAAAAATATA
* *
22028 TTAATCATATTTTATTAAAT
1 TTAATTATAATTTATTAAAT
22048 GAAATAATCT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 5
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 10 0.24
31 8 0.19
32 8 0.19
33 16 0.38
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (31 bp):
TTAATTATAATTTATTAAATAAAAAAATATA
Found at i:27592 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 27563--27651 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 5.2 Consensus size: 17
27553 GATGTTTTTA
*
27563 AAAAT-ATTTAATATAT
1 AAAATAATTGAATATAT
27579 AAAATAATTGAATATAT
1 AAAATAATTGAATATAT
*
27596 TAAATGAATT-AA-AT-T
1 AAAAT-AATTGAATATAT
* *
27611 -AAATAATTTTAAATATAA
1 AAAATAA--TTGAATATAT
*
27629 AAATATTAATTGATTATAT
1 AAA-A-TAATTGAATATAT
27648 AAAA
1 AAAA
27652 CACTCATCAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 18
0.70 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.04
14 4 0.07
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16 9 0.16
17 18 0.32
18 5 0.09
19 12 0.21
20 1 0.02
21 3 0.05
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAAATAATTGAATATAT
Done.