Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013081.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128099, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1937
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.19, T:0.31
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1431 original size:680 final size:673
Alignment explanation
Indices: 4--1359 Score: 1976
Period size: 680 Copynumber: 2.0 Consensus size: 673
1 ATG
* * * * * * ** *** *
4 TTAAGTACCGTATAATTTTTTAACCAAGTGCACCGTCCTCGTTTTGCTTGGTTAATGATATATTT
1 TTAAGTACAGTATAATTCTTGAACCAAATGCACCGTCCTCATATTAATTAACTAATGATACATTT
69 ATCTTCATGTGGAAGACAATTCAAGACAGCCATCCAAGTAATAAGAGAATGGTTTGGAATTGTTG
66 ATCTTCATGTGGAAGACAATTCAAGACAGCCATCCAAGTAATAAGAGAATGGTTTGGAATTGTTG
134 AGAGTTCTTTTGATGGAGAGAGGAAGCGTTGCAAACAGGCGAATGGGATATATTGGAAAAAAGTA
131 AGAGTTCTTTTGATGGAGAGAGGAAGCGTTGCAAACAGGCGAATGGGATATATTGGAAAAAAGTA
*
199 AAGAGGAAGATCGAACAGATCCGGAAACACTAAGCGTAACAACAGGTGATAGTTGGTAAGATGGA
196 AAGAGGAAGATCGAACAAATCCGGAAACACTAAGCGTAACAACAGGTGATAGTTGGTAAGATGGA
264 GAAAGGAAAAAGTGGCTGAAGATCAAGCTAAACAAAGTAAATAACTTGAGAGGATTTTAAAAAGA
261 GAAAGGAAAAAGTGGCTGAAGATCAAGCTAAACAAAGTAAATAACTTGAGAGGATTTTAAAAAGA
329 ACTTTGAGAGTCAAAATTCTAAAGTATCAAATGTCCTTTCATCGATTGTGAAAGGCTTCTGTTTA
326 ACTTTGAGAGTCAAAATTCTAAAGTATCAAATGTCCTTTCATCGATTGTGAAAGGCTTCTGTTTA
394 TAATGTCTCTAAAAATAGGAGTTATAAAGTTGGCAATGAATAGGAATAATGGAATAAATTTCAAT
391 TAATGTCTCTAAAAATAGGAGTTATAAAGTTGGCAATGAATAGGAATAATGGAATAAATTTCAAT
459 TATAATGACATTAATGGTTAAGGTAAGATGATGAAGAGTGTTTGTTGGTGATGGTAATGGTTATA
456 TATAATGACATTAATGGTTAAGGTAAGATGATGAAGAGTGTTTGTTGGTGATGGTAATGGTTATA
524 GGAAAATGTTTAGAAGAAAACTGTTAAGTATTTTCATGTATGATCTACCAAGCCAAGCTCTCTCG
521 GGAAAATGTTTAGAAGAAAACTGTTAAGTATTTTCATGTATGATCTACCAAGCCAAGCTCTCTCG
****************
589 AATATTCCAACAGTGATGACAATTAGGGATGAGCGTTTGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
586 AATATTCCAACAGTGATGACAATTAGGGATGAGCGTTTGATC-------AGAATAAATATTTTTT
*************************** **
654 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG
644 GCTTGCATAACCTTACATGTTCGTCCAACC
* * * * * * ** *** *
684 TTAAGTACCGTATAATTTTTTAACCAAGTGCACCGTCCTCGTTTTGCTTGGTTAATGATATATTT
1 TTAAGTACAGTATAATTCTTGAACCAAATGCACCGTCCTCATATTAATTAACTAATGATACATTT
749 ATCTTCATGTGGAAGACAATTCAAGACAGCCATCCAAGTAATAAGAGAATGGTTTGGAATTGTTG
66 ATCTTCATGTGGAAGACAATTCAAGACAGCCATCCAAGTAATAAGAGAATGGTTTGGAATTGTTG
814 AGAGTTCTTTTGATGGAGAGAGGAAGCGTTGCAAACAGGCGAATGGGATATATTGGAAAAAAGTA
131 AGAGTTCTTTTGATGGAGAGAGGAAGCGTTGCAAACAGGCGAATGGGATATATTGGAAAAAAGTA
879 AAGAGGAAGATCGAACAAATCCGGAAACACTAAGCGTAACAACAGGTGATAGTTGGTAAGATGGA
196 AAGAGGAAGATCGAACAAATCCGGAAACACTAAGCGTAACAACAGGTGATAGTTGGTAAGATGGA
944 GAAAGGAAAAAGTGGCTGAAGATCAAGCTAAACAAAGTAAATAACTTGAGAGGATTTTAAAAAGA
261 GAAAGGAAAAAGTGGCTGAAGATCAAGCTAAACAAAGTAAATAACTTGAGAGGATTTTAAAAAGA
*
1009 ACTTTGAGAGTCAAAATTCTAAAGTGTCAAATGTCCTTTCATCGATTGTGAAAGGCTTCTGTTTA
326 ACTTTGAGAGTCAAAATTCTAAAGTATCAAATGTCCTTTCATCGATTGTGAAAGGCTTCTGTTTA
1074 TAATGTCTCTAAAAATAGGAGTTATAAAGTTGGCAATGAATAGGAATAATGGAATAAATTTCAAT
391 TAATGTCTCTAAAAATAGGAGTTATAAAGTTGGCAATGAATAGGAATAATGGAATAAATTTCAAT
*
1139 TATAATGACATTAATGGTTAAGGTAGGATGATGAAGAGTGTTTGTTGGTGATGGTAATGGTTATA
456 TATAATGACATTAATGGTTAAGGTAAGATGATGAAGAGTGTTTGTTGGTGATGGTAATGGTTATA
*
1204 GGAAAATGTTTAGAAGAAAACTTTTAAGTATTTTCATGTATGATCTACCAAGCCAAGCTCTCTCG
521 GGAAAATGTTTAGAAGAAAACTGTTAAGTATTTTCATGTATGATCTACCAAGCCAAGCTCTCTCG
*
1269 AATATTCCAACAGTGATGACAATTAGGTATGAGCGTTTGATC-GAATAAATATTTTTTGCTTGCA
586 AATATTCCAACAGTGATGACAATTAGGGATGAGCGTTTGATCAGAATAAATATTTTTTGCTTGCA
1333 TAACCTTACATGTTCGTCCAACC
651 TAACCTTACATGTTCGTCCAACC
1356 TTAA
1 TTAA
1360 TGAAGAAATT
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 49, Indels: 8
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
672 5 0.01
680 622 0.99
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (673 bp):
TTAAGTACAGTATAATTCTTGAACCAAATGCACCGTCCTCATATTAATTAACTAATGATACATTT
ATCTTCATGTGGAAGACAATTCAAGACAGCCATCCAAGTAATAAGAGAATGGTTTGGAATTGTTG
AGAGTTCTTTTGATGGAGAGAGGAAGCGTTGCAAACAGGCGAATGGGATATATTGGAAAAAAGTA
AAGAGGAAGATCGAACAAATCCGGAAACACTAAGCGTAACAACAGGTGATAGTTGGTAAGATGGA
GAAAGGAAAAAGTGGCTGAAGATCAAGCTAAACAAAGTAAATAACTTGAGAGGATTTTAAAAAGA
ACTTTGAGAGTCAAAATTCTAAAGTATCAAATGTCCTTTCATCGATTGTGAAAGGCTTCTGTTTA
TAATGTCTCTAAAAATAGGAGTTATAAAGTTGGCAATGAATAGGAATAATGGAATAAATTTCAAT
TATAATGACATTAATGGTTAAGGTAAGATGATGAAGAGTGTTTGTTGGTGATGGTAATGGTTATA
GGAAAATGTTTAGAAGAAAACTGTTAAGTATTTTCATGTATGATCTACCAAGCCAAGCTCTCTCG
AATATTCCAACAGTGATGACAATTAGGGATGAGCGTTTGATCAGAATAAATATTTTTTGCTTGCA
TAACCTTACATGTTCGTCCAACC
Done.