Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013118.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128137, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3769
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.22, T:0.30
Warning! 100 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:431 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 394--724 Score: 138
Period size: 29 Copynumber: 11.3 Consensus size: 28
384 TAAACATTCG
*
394 GGGTAAAAGGGTAATTTTGGTAGATTT-A
1 GGGTAAAAGGGTAATTTTGGAAG-TTTGA
*
422 GGGTTTAAAATGGG-ATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGG--TAAAA-GGGTAATTTTGGAAGTTTGA
* * *
452 GGGTAAAATGGTAAATTTTGGAAGGTTCA
1 GGGTAAAAGGGT-AATTTTGGAAGTTTGA
* * *
481 GAGTCAAAAAAGGG-ATTTTTGGAAGTTCGA
1 GGGT---AAAAGGGTAATTTTGGAAGTTTGA
* **
511 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTT
1 GGGTAAAAGGGTAA-TTTTGGAAGTTTGA
** *
540 GGGTCAAAAATGAAATTTTGGAAGTTCTG-
1 GGGT-AAAAGGGTAATTTTGGAAGTT-TGA
*
569 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCG-
1 GGGTAAAAGGGTAA-TTTTGGAA-GTTT-GA
* ** * * *
599 GAGTCAAAAATGTAATTTTTGGAGGTTCGG
1 GGGT-AAAAGGGTAA-TTTTGGAAGTTTGA
* *
629 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGA
1 GGGTAAAAGGGTAA-TTTTGG-AAGTTTGA
* * * *
659 -GGTCAAAGATGGG-ATTTTTGGAAATTAGG
1 GGGT-AAA-A-GGGTAATTTTGGAAGTTTGA
* *
688 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG-
1 GGGTAAAAGGGTAA-TTTTGG-AAGTTTGA
717 GGGTAAAA
1 GGGTAAAA
725 AATGGGATTT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 44, Indels: 51
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 10 0.04
28 18 0.08
29 99 0.42
30 77 0.33
31 21 0.09
32 8 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (28 bp):
GGGTAAAAGGGTAATTTTGGAAGTTTGA
Found at i:470 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 390--945 Score: 587
Period size: 59 Copynumber: 9.5 Consensus size: 59
380 AAATTAAACA
* * * **
390 TTCG-GGGTAAAAGGGTAA-TTTTGGTAGATTTAGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAG
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * * *
447 TTTGAGGGTAAAATGGTAAATTTTGGAAG-GTTCAGAGTCAAAAAAGGGATTTTTGGAAG
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * *
506 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTTGGGTCAAAAAT-GAAATTTTGGAAG
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* ** *
564 TTCTG-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGGAGTCAAAAATGTAATTTTTGGAGG
1 TTC-GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTCGG-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * *
624 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-AGTTCGAGGTCAAAGATGGGATTTTTGGAAA
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTCG-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * *
683 TTAGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-AGTTCGGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAG
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * *
742 TTC-AGGGGTAAAATGGAAATTTTTAGAA-AGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
1 TTCGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTCG-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * *
801 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG-GTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTTGAAG
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
* * * * *
860 TT-TAGGGCTAAAATGGTAATTTTTAGTAG-GTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAG
1 TTCGAGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
*
919 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
946 GAGTTCAAGG
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 50, Indels: 32
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 3 0.01
58 62 0.14
59 323 0.75
60 44 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG
Found at i:635 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 393--945 Score: 675
Period size: 118 Copynumber: 4.7 Consensus size: 117
383 TTAAACATTC
* * * ** * *
393 GGGGTAAAAGGGTAA-TTTTGGTAGATTTAGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTA
* * *
457 AAATGGTAAATTTTGGAAGGTTCAGAGTCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTC-
65 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
* * * *
509 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTTGGGTCAAAAAT-GAAATTTTGGAAGTTCTGGGGT
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAG-TTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
** * *
573 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGGAGTCAAAAATGTAATTTTTGGAGGTTCG
64 AAAATGGTAATTTTTGGAAGG-TTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
* * *
628 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAG-TTCGAGGTCAAAGATGGGATTTTTGGAAATTAGGGGGT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTCG-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
692 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
64 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
* *
746 GGGGTAAAATGGAAATTTTTAGAAAG-TTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTT-GGAAGTTTCG-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * * *
810 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTTGAAGTTTA
64 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
* * * * *
864 GGGCTAAAATGGTAATTTTTAGTAGGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTA
929 AAATGGTAATTTTTGGA
65 AAATGGTAATTTTTGGA
946 GAGTTCAAGG
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 48, Indels: 18
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
116 1 0.00
117 55 0.15
118 280 0.74
119 43 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (117 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAA
AATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
Found at i:641 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 393--945 Score: 684
Period size: 177 Copynumber: 3.1 Consensus size: 175
383 TTAAACATTC
* * * * ** * *
393 GGGGTAAAAGGGTAA-TTTTGGTAGATTTAGG-GTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* *
456 AAAATGGTAAATTTTGGAAGGTTCAGAGTCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATG
66 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATG
** * *
521 GTAATTTTTGGAAGTTTTTGGGTCAAAAAT-GAAATTTTGGAAGTTCT
129 GTAATTTTTGGAAG-TTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA
** *
568 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGGAGTCAAAAATGTAATTTTTGGAGGTTCGGGGGT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * * *
633 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAGATGGGATTTTTGGAAATTAGGGGGTAAAATG
66 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATG
* *
698 GTAATTTTTGGAAAGTTCGGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
129 GTAATTTTTGG-AAGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA
* * *
746 GGGGTAAAATGGAAATTTTTAGAAAG-TTC-GAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGGA-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGG
* * * *
809 TAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTTGAAGTTTAGGGCTAAAAT
65 TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTGAGGG-TAAAAT
* * *
874 GGTAATTTTTAGTAGGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCG
128 GGTAATTTTT-GGAAGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA
923 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
946 GAGTTCAAGG
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 45, Indels: 16
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.04
176 20 0.06
177 248 0.77
178 42 0.13
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (175 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTGAGGGTAAAATGGT
AATTTTTGGAAGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA
Found at i:1475 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1382--1529 Score: 224
Period size: 59 Copynumber: 2.5 Consensus size: 59
1372 NNNNNNNNNN
* * * *
1382 AGGGGTAAAATGGAAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAATTGGGATTTTTGGAAGTTT
1 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
* *
1441 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
1 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
* *
1500 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTC
1 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTC
1530 AAGGACCTCC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 10, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
59 79 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.32, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
AGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
Found at i:1529 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1382--1530 Score: 149
Period size: 29 Copynumber: 5.0 Consensus size: 28
1372 NNNNNNNNNN
*
1382 AGGGGTAAAATGGAAATTTTTAGAAAGTTC
1 AGGGGTAAAATGG-AATTTTT-GGAAGTTC
* *
1412 -GGGGTCAAAATTGGGATTTTTGGAAGTTT
1 AGGGGT-AAAA-TGGAATTTTTGGAAGTTC
* *
1441 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC
1 AGGGGTAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTC
1471 -GGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
1 AGGGGT--AAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
1500 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTC
1 AGGGGTAAAATGG-AATTTTTGGA-AGTTC
1530 A
1 A
1531 AGGACCTCCG
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 7, Indels: 20
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
28 10 0.10
29 43 0.42
30 39 0.38
31 10 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.32, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AGGGGTAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
Found at i:3503 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 3483--3537 Score: 92
Period size: 15 Copynumber: 3.7 Consensus size: 15
3473 TTTTGGGTAG
3483 TTTGTAATTGGGCCA
1 TTTGTAATTGGGCCA
* *
3498 TCTGTAATTGGGACA
1 TTTGTAATTGGGCCA
3513 TTTGTAATTGGGCCA
1 TTTGTAATTGGGCCA
3528 TTTGTAATTG
1 TTTGTAATTG
3538 AACTTTGTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 36 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.11, G:0.25, T:0.42
Consensus pattern (15 bp):
TTTGTAATTGGGCCA
Found at i:3609 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 3569--3637 Score: 86
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
3559 AATGGACTTT
* *
3569 ATAAA-TTTAATTTTATAATAAATTTAAATTTCAA
1 ATAAATTTTAA-TTTAAAATAAACTTAAATTT-AA
*
3603 ATAAATTTTAATTTAAAATTAACTTAAATTTAA
1 ATAAATTTTAATTTAAAATAAACTTAAATTTAA
3636 AT
1 AT
3638 TCAATTTCCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 4 0.13
34 22 0.71
35 5 0.16
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (33 bp):
ATAAATTTTAATTTAAAATAAACTTAAATTTAA
Found at i:3632 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3569--3636 Score: 64
Period size: 17 Copynumber: 4.0 Consensus size: 17
3559 AATGGACTTT
* * *
3569 ATAAATTTAATTTTATA
1 ATAAACTTAAATTTAAA
* *
3586 ATAAATTTAAATTTCAA
1 ATAAACTTAAATTTAAA
* *
3603 ATAAATTTTAATTTAAA
1 ATAAACTTAAATTTAAA
*
3620 ATTAACTTAAATTTAAA
1 ATAAACTTAAATTTAAA
3637 TTCAATTTCC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 8, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 43 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATAAACTTAAATTTAAA
Done.