Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013126.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128145, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2228
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.24, T:0.29
Warning! 18 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:655 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 623--1273 Score: 433
Period size: 29 Copynumber: 22.3 Consensus size: 28
613 AAAAATAGAA
623 TTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATGGTAAT
* * *
652 TTTTAGAAGATCCGAGGTCAAAATAGG--AT
1 TTTTGGAAG-TTCGGGGT-AAAAT-GGTAAT
681 TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGGTAAT
* * *
710 TTTTAGAAGATAT-GAGGTCAAAAATGG-GAT
1 TTTTGGAAG-T-TCGGGGT--AAAATGGTAAT
*
740 TTTTGGAAGTTTAAGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAG-TT-CGGGGTAAAATGGTAAT
* *
770 TTTTAGAAAGTTCGGTGTCAAAAAT-G-AGAT
1 TTTT-GGAAGTTCGGGGT--AAAATGGTA-AT
*
800 TGTTGGAAGTTCGTGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATGGTAAT
*
829 TTTTGGAAGATTCGGGGTTAAAAATGG-GAT
1 TTTTGGAAG-TTCGGGG-T-AAAATGGTAAT
* *
859 TTTTGGGAGTACGGGGATAAAATGGT-AT
1 TTTTGGAAGTTCGGGG-TAAAATGGTAAT
* * * **
887 TTTTAGAAGGTTTGGGGTTAAAATTGTGGT
1 TTTTGGAA-GTTCGGGG-TAAAATGGTAAT
917 TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGGTAAT
946 TTTTGGAAAGTTCGGGG---AATGG-AAT
1 TTTTGG-AAGTTCGGGGTAAAATGGTAAT
* * *
971 TTGTGGAAGTTTGGGGGTAAAATAGTAAT
1 TTTTGGAAG-TTCGGGGTAAAATGGTAAT
1000 TTTTGGAAGATTCGGGGTCAAAAATAGG--AT
1 TTTTGGAAG-TTCGGGGT--AAAAT-GGTAAT
*
1030 TTTTGGAAGTACGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGGTAAT
* * *
1059 TTTTAGAAGGTTTGGTGCTAAAAAT-G-AGAT
1 TTTTGGAA-GTTCGG-GGT-AAAATGGTA-AT
* *
1089 TCTTGGAAGTTCAGTGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGGTAAT
**
1118 TTTTGGAAGATTCGAGGCCAAAAATAGG--AT
1 TTTTGGAAG-TTCG-GG-GTAAAAT-GGTAAT
*
1148 TTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATGGTAAT
* **
1177 TTTTAGAAGGTTCTGGGCCAAAAATAGG--AT
1 TTTTGGAA-GTTC-GGG-GTAAAAT-GGTAAT
*
1207 TTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGATAAT
1 TTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGGTAAT
1236 TTTTGGAAGATTCGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTGGAAG-TTCGGGGTAAAATGGTAAT
*
1265 TCTTGGAAG
1 TTTTGGAAG
1274 GTTTAGGGAC
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 71, Indels: 118
0.72 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
24 3 0.01
25 14 0.03
26 5 0.01
27 7 0.01
28 51 0.10
29 222 0.45
30 134 0.27
31 51 0.10
32 5 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
TTTTGGAAGTTCGGGGTAAAATGGTAAT
Found at i:843 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 613--1251 Score: 626
Period size: 59 Copynumber: 11.0 Consensus size: 58
603 GTTTGGAATA
* * *
613 AAAAAT-AGAATTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATCCGAGGTC
1 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCG-GGTC
671 -AAAAT-AGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATAT-GAGGTC
1 AAAAATGA-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGAT-TCG-GGTC
* **
729 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAAGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAA-AGTTCGGTGTC
1 AAAAATGAGATTTTTGGAAG-TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGA-TTCGG-GTC
* * * *
789 AAAAATGAGATTGTTGGAAGTTCGTGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTCGGGGTT
1 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTC-GGGTC
* * * * * * *
848 AAAAATGGGATTTTTGGGAGTACGGGGATAAAATGGT-ATTTTTAGAAGGTTTGGGGTT
1 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAA-GATTCGGGTC
* * * *
906 AAAATTGTGGTTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-AGTTCGGG--
1 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGA-TTCGGGTC
* * * * *
962 --GAATG-GAATTTGTGGAAGTTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGATTCGGGGTC
1 AAAAATGAG-ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTC-GGGTC
* * *
1019 AAAAAT-AGGATTTTTGGAAGTACGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTT-TGGTGC
1 AAAAATGA-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGGGT-C
* * * * *
1077 TAAAAATGAGATTCTTGGAAGTTCAGTGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTCGAGGCC
1 -AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCG-GGTC
* * * *
1137 AAAAAT-AGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCTGGGCC
1 AAAAATGA-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTC-GGGTC
* * *
1196 AAAAAT-AGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGATAATTTTTGGAAGATTCGGG
1 AAAAATGA-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGGG
1252 GTAAAATGGT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 66, Indels: 58
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.00
54 41 0.08
55 4 0.01
57 9 0.02
58 102 0.21
59 271 0.56
60 56 0.12
61 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
AAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGATTCGGGTC
Found at i:987 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 937--986 Score: 68
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
927 TCGGGGGTAA
*
937 AATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGGGG
1 AATGGTAATTTGTGGAAAGTTCGGGG
*
963 AATGG-AATTTGTGG-AAGTTTGGGG
1 AATGGTAATTTGTGGAAAGTTCGGGG
987 GTAAAATAGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.41
25 8 0.36
26 5 0.23
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.38, T:0.34
Consensus pattern (26 bp):
AATGGTAATTTGTGGAAAGTTCGGGG
Done.