genome.fa.s13163.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013163.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128182, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  269659

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3827--3859	7	4.7	7	88	11	50	33	0	12	54	1.37
10881--10913	16	2.1	16	100	0	66	36	6	30	27	1.81
18711--18761	13	4.0	13	79	16	54	66	7	0	25	1.18
18902--18954	12	4.4	12	75	0	61	71	16	1	9	1.21
18915--18961	24	2.0	24	87	8	69	68	12	6	12	1.39
18945--19014	19	3.4	20	73	13	54	64	17	8	10	1.48
18960--18999	20	2.0	20	100	0	80	65	15	10	10	1.48
19004--19064	20	3.0	21	80	17	74	65	22	6	4	1.36
19005--19064	22	2.8	21	87	9	86	66	23	6	3	1.30
21661--21707	21	2.4	19	79	10	51	36	0	2	61	1.08
23747--23874	57	2.2	57	91	0	211	30	22	16	30	1.96
23858--23904	20	2.3	20	81	0	58	29	23	8	38	1.84
26066--26126	20	3.1	20	79	11	72	34	22	11	31	1.90
47504--47649	72	2.0	72	100	0	292	47	9	2	39	1.50
49203--49485	141	2.0	141	98	0	548	24	20	10	44	1.83
51297--51356	12	5.1	12	83	4	86	71	18	3	6	1.22
51297--51356	23	2.6	23	83	2	77	71	18	3	6	1.22
51348--51403	18	3.1	18	84	2	67	71	17	5	5	1.24
51359--51418	18	3.0	20	79	16	63	70	21	5	3	1.22
54281--54385	42	2.5	42	87	0	147	31	14	25	28	1.95
62968--63056	45	2.0	45	100	0	178	34	6	15	42	1.74
64170--64224	24	2.3	24	87	0	74	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70904--70939	19	1.9	19	88	5	56	19	25	11	44	1.83
78627--78682	24	2.2	24	82	14	69	48	7	14	30	1.70
79416--79460	18	2.4	19	85	7	65	17	22	11	48	1.78
88985--89047	27	2.4	26	89	5	101	30	19	9	41	1.83
88985--89058	27	2.8	27	87	2	87	32	17	8	41	1.79
90306--90374	34	2.0	34	100	0	138	33	11	20	34	1.89
90764--90808	16	2.9	16	90	9	67	40	6	0	53	1.27
95194--95545	27	12.6	28	74	7	202	33	22	13	30	1.92
95364--95457	29	3.3	29	79	11	113	32	24	17	25	1.96
95311--95519	56	3.8	56	83	0	204	33	22	13	30	1.93
97426--97464	6	6.5	6	81	0	51	20	0	15	64	1.30
114328--114382	23	2.4	23	87	0	83	30	21	20	27	1.98
115120--115148	12	2.5	12	94	5	51	0	24	0	75	0.80
115158--115187	8	3.6	8	95	4	51	0	10	0	90	0.47
115157--115207	17	3.2	15	75	22	50	0	15	3	80	0.86
115158--115188	9	3.6	9	91	8	55	0	9	0	90	0.46
116106--116174	4	15.8	4	78	15	66	73	1	1	23	0.99
116105--116175	23	3.2	23	77	18	87	74	1	1	22	0.97
121807--121840	17	2.0	17	88	0	50	64	5	5	23	1.38
122672--122725	23	2.3	23	90	0	81	24	18	22	35	1.96
124595--124672	29	2.9	27	86	7	113	32	24	17	25	1.97
124681--124891	56	3.8	56	81	0	242	27	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124745--124776	15	2.0	17	88	11	50	21	25	15	37	1.93
124775--124872	28	3.5	28	65	15	67	28	26	17	27	1.98
124659--124911	112	2.2	113	80	6	289	28	23	18	30	1.97
124795--124881	28	3.1	28	65	6	68	27	22	20	28	1.99
124884--125058	29	6.0	29	74	10	133	36	16	14	33	1.89
124887--125067	58	3.1	57	75	10	179	37	18	13	30	1.89
128543--128592	16	3.1	16	80	8	57	38	2	0	60	1.09
128565--128599	17	2.1	16	89	5	52	40	0	0	60	0.97
130987--131029	16	2.5	17	77	7	52	39	6	4	48	1.51
133083--133132	20	2.8	17	75	16	55	58	12	10	20	1.62
133094--133143	20	2.5	20	96	0	91	56	16	6	22	1.62
134978--135015	19	2.0	19	89	0	58	36	13	5	44	1.66
136469--136504	18	2.1	17	89	5	54	27	0	2	69	1.02
136996--137033	20	1.9	20	84	10	51	44	5	0	50	1.24
138157--138197	20	2.0	20	100	0	82	39	9	14	36	1.79
140040--140090	24	2.1	24	92	0	84	21	11	11	54	1.68
142021--142095	24	3.1	24	94	0	123	22	10	12	54	1.67
147314--147360	20	2.3	21	81	7	60	12	14	0	72	1.13
150738--150769	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
164232--164335	37	2.7	37	72	8	93	33	26	17	22	1.96
171218--171332	29	4.0	29	89	0	167	23	29	25	21	1.99
171364--171474	56	2.0	56	83	0	141	25	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172100--172133	17	1.9	18	94	5	61	70	5	17	5	1.28
172101--172138	17	2.2	17	86	9	51	73	5	15	5	1.19
178645--178688	22	2.0	22	95	0	79	43	4	25	27	1.74
191249--191281	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
194659--194771	29	3.8	30	81	8	151	30	16	29	23	1.97
200895--200925	10	2.9	11	90	9	55	64	6	9	19	1.45
201345--201551	23	9.0	23	88	5	260	14	19	24	41	1.89
202129--202156	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
206712--206776	22	2.9	23	86	4	87	7	24	9	58	1.55
212531--212588	24	2.4	23	78	16	55	22	5	6	65	1.37
213484--213602	59	2.0	59	100	0	238	38	6	41	13	1.71
221438--221522	18	4.8	18	82	4	102	28	22	23	25	1.99
223872--223907	18	2.0	18	94	0	63	33	25	22	19	1.97
228500--228536	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
229092--229161	34	2.1	34	83	0	86	50	7	20	22	1.72
240949--240985	19	1.9	19	100	0	74	16	16	21	45	1.84
240980--241039	30	2.0	30	93	0	102	30	10	25	35	1.88
241593--241778	80	2.3	80	88	0	273	29	26	17	26	1.98
245439--245486	19	2.6	17	75	18	51	35	0	0	64	0.94
245436--245484	20	2.5	19	78	12	55	38	0	0	61	0.96
245602--245660	30	2.0	30	89	0	91	25	5	10	59	1.50
246892--246922	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247133--247183	19	3.2	15	73	21	50	54	1	0	43	1.11
247851--247880	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
253698--253741	22	2.0	22	82	8	54	22	4	2	70	1.17
254865--254909	20	2.3	19	82	17	56	55	0	0	44	0.99
257637--257678	19	2.3	19	95	4	77	42	0	28	28	1.56
263466--263504	18	2.1	19	86	13	55	35	5	2	56	1.35
266190--266280	44	2.0	45	93	2	157	23	17	19	39	1.92
266572--266631	30	2.0	30	93	0	102	51	11	1	35	1.48
267999--268034	17	2.1	17	100	0	72	25	22	22	30	1.99
268245--268295	20	2.6	20	76	14	61	29	5	7	56	1.51
269627--269659	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00

Tables:   1

The End!