Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013170.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128189, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31371
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Found at i:3365 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3346--3373 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
3336 TGAATTACAT
3346 AGTAAGATAATATC
1 AGTAAGATAATATC
3360 AGTAAGATAATATC
1 AGTAAGATAATATC
3374 CAAACAATAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
AGTAAGATAATATC
Found at i:11169 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 11121--11199 Score: 113
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
11111 TGCAATTATT
* * * * *
11121 AAGTGTAGAATTAAACTATTATAGCATAAATGGATTAAG
1 AAGTGTAGAATTAAACAATTACAACATAAATAGACTAAG
11160 AAGTGTAGAATTAAACAATTACAACATAAATAGACTAAG
1 AAGTGTAGAATTAAACAATTACAACATAAATAGACTAAG
11199 A
1 A
11200 TTCACAGTAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 35 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.08, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (39 bp):
AAGTGTAGAATTAAACAATTACAACATAAATAGACTAAG
Found at i:12138 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 12129--12153 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
12119 CAACTTCAAC
12129 TGCAAA TGCAAA TGCAAA TGCAAA T
1 TGCAAA TGCAAA TGCAAA TGCAAA T
12154 CCAATCCATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.16, G:0.16, T:0.20
Consensus pattern (6 bp):
TGCAAA
Found at i:19642 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 19596--19674 Score: 158
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
19586 TTTCATTAAA
19596 TCGACGAAGATCTATAGGTATTATTGTGTTAGCTTTACC
1 TCGACGAAGATCTATAGGTATTATTGTGTTAGCTTTACC
19635 TCGACGAAGATCTATAGGTATTATTGTGTTAGCTTTACC
1 TCGACGAAGATCTATAGGTATTATTGTGTTAGCTTTACC
19674 T
1 T
19675 GGAGGATAAG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 40 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (39 bp):
TCGACGAAGATCTATAGGTATTATTGTGTTAGCTTTACC
Found at i:24383 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 24359--24387 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
24349 TTATACAATT
24359 TTTTATGGTATATAA
1 TTTTATGGTATATAA
24374 TTTT-TGGTATATAA
1 TTTTATGGTATATAA
24388 ATTAGGTTTC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.71
15 4 0.29
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.14, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
TTTTATGGTATATAA
Found at i:26351 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 26185--27377 Score: 1996
Period size: 139 Copynumber: 8.6 Consensus size: 139
26175 ATTAAATTAT
26185 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
1 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
* * * *
26250 AAATGGCTATATAATTTAACTGGTTAGATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATGGATTGCATCC
66 AAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
26315 TTTTCTGTG
131 TTTTCTGTG
26324 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
1 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
* *
26389 AAATAACTATATAATTTAACTGGTTAGATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
66 AAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
26454 TTTTCTGTG
131 TTTTCTGTG
26463 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
1 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
* * **
26528 AAATGGCTATATAATTTAAGTGGTTAAATAATGTCATAGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
66 AAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
*
26593 TTTTTTGTG
131 TTTTCTGTG
26602 TATTTATATTAGAATTAAAATTTAAAAAA-TAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATG
1 TATTTATATTAGAATTAAAA-TTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATG
* *
26666 AAAATAACTATATAATTTAACTGGTTAGATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATC
65 AAAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATC
*
26731 CTTTTCTGTG
130 ATTTTCTGTG
*
26741 TATTTATATTAAAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
1 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
* * *
26806 AAATGGCTATATAATTTAAGTGGTTAAATAATGTCATCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
66 AAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
26871 TTTTCTGTG
131 TTTTCTGTG
26880 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
1 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
* * *
26945 AAATAACTATATAATTTAACTGGTTAGATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCC
66 AAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
27010 TTTTCTGTG
131 TTTTCTGTG
*
27019 TATTTATATTAAAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
1 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
* * *
27084 AAATGGCTATATAATTTAAGTGGTTAAATAATGTCATCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
66 AAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
27149 TTTTCTGTG
131 TTTTCTGTG
* *
27158 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAAAATTAAAAATTATTAAATTATATTATAAAGA-T---T
1 TATTTATATTAGAATTAAAATT--AAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAAT
* * *
27219 G--AAT-G--A-A-AATTTAAGTGATTAAATAATGTCATCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCAT
64 GAAAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCAT
27277 CATTTTCTGTG
129 CATTTTCTGTG
27288 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
1 TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
*
27353 AAATAGATATATAATTTAACTGGTT
66 AAATAGCTATATAATTTAACTGGTT
27378 CAATGGATTG
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 48, Indels: 30
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
128 33 0.03
129 1 0.00
130 83 0.08
131 1 0.00
132 3 0.00
134 4 0.00
135 4 0.00
137 3 0.00
138 9 0.01
139 808 0.82
140 9 0.01
141 33 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (139 bp):
TATTTATATTAGAATTAAAATTAAAAAATTAAAAATCATTAAATTAAATTATAAAGATTGAATGA
AAATAGCTATATAATTTAACTGGTTAAATAATGTCACCGTAGCCCTTATTCAATAGATTGCATCA
TTTTCTGTG
Found at i:29542 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 29519--29556 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
29509 ATTTAGTCAT
*
29519 TTTTATTTTTATTTTAATAC
1 TTTTATTTTTAATTTAATAC
29539 TTTTATTTTTAATTTAAT
1 TTTTATTTTTAATTTAAT
29557 TTTTAAATCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.03, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (20 bp):
TTTTATTTTTAATTTAATAC
Done.