Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013181.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128200, whole genome shotgun sequence
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Warning! 129 characters in sequence are not A, C, G, or T
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* * *
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* * * *
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* *
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131 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCATG-TCGA-GGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG-T
* * *
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** * * * *
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* * ** *** * *
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* * * * *
344 AAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGA-GAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAG
129 CATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATT-CATG-TCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
408 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
192 TTT-TCATTTTGTAAACAAGTTTT
* *
432 GGCCATTGAATTAAAAACTTAATTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTAGTTGTTGGACGAACTTCC
1 GGCCATTGAATTAAAAACTTAATTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCC
* * * * *
497 TAACTTGACAGACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCA
66 GAACTTGTCAGACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCA
** * *
562 TTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCCATGT-GAAGGAAATCTCATCATTTGCTCTAAATAGTT
131 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATT-CATGTCG-AGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
*
626 TTCAATTTTGTAAACAACTTTT
194 TTC-ATTTTGTAAACAAGTTTT
** * * * ** **
648 GATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTTTGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCC
1 GGCCATTGAATTAAAAACTTAATTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCC
* * *
713 GAACTTGTCA-ATCTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCCAGTTCCTTAAATTGTTCAGGACGATCC
66 GAACTTGTCAGA-CTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCC
777 ATTCCTTCGAGTAATT
130 ATTCCTTCGAGTAATT
793 AAAAACTTAT
Statistics
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GGCCATTGAATTAAAAACTTAATTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCC
GAACTTGTCAGACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCA
TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCATGTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTT
CATTTTGTAAACAAGTTTT
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675 TTTGAATTAC
*
685 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAATCTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCC
1 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAATCTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATCC
* * * * *
750 AGTTCCTTAAATTGTTCAGGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTAAAAACTTATTAAGAGAGAATT
66 AGTTCCTTAAAGTATTAAGGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTAAAAACTTATTAAGAGAGAATT
815 GT
131 GT
* * ***
817 TTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCGAA-CTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTT
1 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AATCTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAAT
*
881 CGA-TTCCTTAAAGTATTGAAGG-CGATCCAATCCTTCGAGCAATT
64 CCAGTTCCTTAAAGTATT-AAGGACGATCCAATCCTTCGAGCAATT
925 TTCTGAACAT
Statistics
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132 83 0.89
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TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAATCTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATCC
AGTTCCTTAAAGTATTAAGGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTAAAAACTTATTAAGAGAGAATT
GT
Found at i:1507 original size:216 final size:216
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1123 NNNNNNNNNN
** *
1133 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * **
1198 AG-TTTTCAAATTTGTAAACTAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * *
1262 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAATCTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCA
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
*
1327 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGATG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* *
1349 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCAAAT-CGAGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTC-CATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* *
1413 TAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTT
65 TAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * *
1478 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAAATCCA
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
1543 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * *
1565 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* ** *
1630 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * *
1695 CTCTCTTAGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTATTTTTTAAATCCAG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
1760 TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
196 TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
1781 ATCCATTCCTTCAAGTAATTTTTCAAACATTCCGTTCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
** * * * *
1846 AGTTTTTC-TCTTTGGGAACATGTTTTGATATTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGAGAGAATTGTT
66 AGTTTTTCAT-TTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * * ** **
1909 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACATGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTG
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* * *
1974 GTTCCTTAAAGTATGCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * * ** * * * *
1996 ATCAAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGAGAAGTCGCATTATTTGGTCTAAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* ** *
2061 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * *
2126 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGG
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* * *
2191 ATCCTTAAAGTGTTCAAGACA
196 TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
** *
2212 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * **
2277 AG-TTTTCAAATTTGTAAGCAAGTTTTGATCTTTTAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * *
2341 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAAGTTTCACTAGTTCTTTTTTAAA-TCT
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC-
*
2405 AGTTCCTTAAAATGTTCAGGACG
194 AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
2428 ATCCATTCC-TCTGAGTAATTTTTCGAACATTCCTAT-CGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
1 ATCCATTCCTTC-GAGTAATTTTTCGAACATTCC-ATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
* *
2491 ATAGTTTTTCATTTCGTAAACAACTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
64 ATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
*
2556 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTTTAAATAT
129 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAAT-T
*
2620 -AGTTCCTTAAAGTGTTAAGGACG
193 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
2643 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGGG-AATCGTATTATTTGATCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * *
2707 AGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATATTTGAATTTAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTGT
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* * * * * * * ** *
2772 CTCTGTTGGTTCTTGGACAAAATTTCGAACTTGT-AGAACTTTTACGAGTTCGTTTATAGCTTCG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
** * *
2836 GTTCCTTAAAGAATTCAAGACA
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * ** *
2858 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTAGATG-GTCA-GGAAGTCGCATCATTTGGTCTAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCG--AGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
* * * *
2921 AAAGTTTTTTATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACATATTT-CAGTGAGAATTG
64 ATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC-GTGAGAATTG
2985 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAA-T
128 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATT
*
3049 CTAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACG
193 C-AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
3074 ATCCATTTCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGG-AATCGCATAATTTTGTCTAAGA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA-A
* * *
3138 -AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAAGTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
65 TAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * ** *
3202 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCTGAACTT-TTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATATCTTT
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
* * * *
3266 GGTTCCTTGAAGTATTGAAGG-CG
194 AGTTCCTTAAAGTGTT-CAGGACG
* * * * * * *
3289 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCA-AGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* * * ** * *
3353 AAGTTTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTT
65 TAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * *
3418 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTTTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCG
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* * * *
3483 GATCCTTAGAGTGTTCAAGACA
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
** * *
3505 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTCGGACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * **
3570 AG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * *
3634 TCTCTCGTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCA
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
*
3699 ATTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
3721 ATCCATTCCTCCGAGTGATTTTTCGAACATTCAATTCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * *
3786 AGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGGGAATTATGT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * * * * ** *
3851 GTCTCTTGGTTCTTGGACAAAATTTCAAACTTGT-AGAACTTTTACAAGTTCTTTTATAGCTTCG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* *
3915 GTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * * * *
3937 ATCTAATCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTACATG-GTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCG-AGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* * *
4001 -ATGTTTTTTATATTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT-CAGTGAGAATTG
65 TA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC-GTGAGAATTG
* * * * * *
4064 TTTCTCTCTTCGTTGTTGAACGAACTTCCGAACTTCTCGAACATTTACGAGTTCTTTTTTAAATC
128 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATT
*
4129 CAGTT-C------T-TT-AGGATG
193 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
4144 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTCCAAGCGAGGGAAATCGCATCATTTTGTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * *
4209 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTCGAATTAAAAACTTAGTTACGTGAGAATTGTTA
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * * * * ** *
4274 CTCACTTGATTGTTGGATGAACTTCTGAACTTTTCGAACTTTTACGAGTACTTTTATATCTTCGG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
* *
4339 TTCCTTAAAGTATGCAAGG-CG
196 TTCCTTAAAGTGTTC-AGGACG
* * * * * * * *
4360 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCA-GGAAGTCACATAATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* *
4424 -AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
65 TA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
*
4487 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATT
128 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATT
* * *
4552 CGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
193 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
** ** * **
4576 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCTGTGCGAGGGAAATCTCATCATTAAGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * *
4641 AG-TTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAGACTTATTTACGTGAGAATT-TC
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT-
* * ** * * * * *
4704 CTCTATCTTGGTTCATGGACGGACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTTCTAGTTCTTTTTTAAATCC
129 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
*
4769 AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACG
194 AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
4792 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAAGATTCCATGCGAGGGAAATCACATCAGTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* *
4857 AGTTTTTC-TTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGT
66 AGTTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATT-AAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
* * * * ** * * * **
4920 TCCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACAAGATCTTTTATAGCTTC
129 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
* * *
4985 GGTTCCTTAAAGTATGCAAGG-CG
194 AGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACG
* * * * * * * *
5008 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCA-GGAAGTCACATAATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* * *
5072 -AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTG
65 TA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
* * * * *
5135 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATC
128 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATT
* *
5200 CAGTTCCTTAAAGTGTTTAGGACA
193 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
** *
5224 ATTTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGTGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * *
5289 AGTTTATCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * * ** *
5354 CTCTCATGGTTCTTTGACGAAATTTCGAACTTGT-AGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
** *
5418 GTTCCTTAAAGAATTCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
5440 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGGTCGA--GAAGTCGCATCA-TTGGTCTAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCAT-G-CGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
* * *
5502 A-ACGTTTTTTATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTCCGTGAGAATTG
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* *
5566 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAATTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATC
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** *
5631 CAGCACCTTAAACTGTTCAGGACG
193 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * *
5655 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTTGTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * *
5720 AGTTTATCATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAATTAAAAATTTATTTACGTGAGAATTGTTA
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * ** *
5785 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCTGAACTTTTCGAACTTGTACGAGTTCTTTTATATCTTCGG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
* * *
5850 TTCATTAAAGTATTGAAGG-CG
196 TTCCTTAAAGTGTT-CAGGACG
* * * * * ** * * * *
5871 ATCCAATCCTTCGTGCAATTTTTCGAACATTACAAGCTCGAGAAGTCGCATCATTTTGACTAAA-
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* ** * *
5935 AATTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTT
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* * *
6000 TCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATT-A
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* * *
6064 GGATCCTTAAAGTGTTCAAGACT
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* * *
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* * **
6152 AG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTTAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * *
6216 TCTCTCCTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCA
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* *
6281 GTTCCTTAAAATGTTCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
6303 ATCCATTCCATCGAGTAATTTTCCAAACATTCTATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* *
6368 AGTTTTTCATTTTCTAAACAAGTTTTCG-TCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAA-----
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTT-GATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
** * * **
6427 T-TCTCTTGGTT-TGTGGACGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGACTTCTTTTATAGCTTC
130 TCTCTCTTGGTTGT-TGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
*
6490 -GCTTCCTTAAAGTATTCTA-GACG
194 AG-TTCCTTAAAGTGTTC-AGGACG
* * * * * * ** * * *
6513 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTAGAACCTTACAAGCTCGGGAAGTCGTATCATTTGGTCTAAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* ** *
6578 AGTTTGTT-ATTTAGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTT
66 AGTTT-TTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * *
6642 ACTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAGACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCA
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
6707 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * *
6729 ATCCATTCCTTCGAG----TTTTCGAACATTCCATGCAATGGAAAT--CAT--TTT-GTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * *
6785 AGTTTTTCCTTTTGTAAACAAGATTGGATATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * **
6850 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCGAAA-TTTTATGAGTTCTTTTATAGCTTC-
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* *
6913 GATTCCTTAAAGTATTGAAGG-CG
195 G-TTCCTTAAAGTGTT-CAGGACG
* * * * ** * * * *
6936 ATTCAATCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACATGCTCGAGAAGTCACATCATTTGGTCTAAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* ** * * * *
7001 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATT-AAAACTAATTTCCGTGAGAATTATTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * *
7065 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCTAACATGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAAATCCAG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
*
7130 TTCCTTAAAGTGTTCAAGACG
196 TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
7151 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTTGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTTGTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* *
7216 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * * **
7281 GTCTCTTGGTTGTTTGACGAACTTCTGAACTTGTCGAACTTTTATGAGTTCTTTTATAGCTTC-G
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
* *
7345 ATTCCTTAAAGTATTGAAGG-CG
196 -TTCCTTAAAGTGTT-CAGGACG
* * * ** * * *
7367 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGAGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* ** * *
7432 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTCCGTGAGAATTGTTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * *
7497 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTTCAAACTTCTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCAG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
7562 TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
196 TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
7583 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCTTTTTGTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * *
7648 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAATTAAAAATTTATTTACGTAAGAATTGTTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * * ** *
7713 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCTGAACTTATCGAACTTTTACTAGTTGTTTTATAGCTTCGG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
* * *
7778 TTCCATAAAGTATTGAAGG-CG
196 TTCCTTAAAGTGTT-CAGGACG
* * * * ** * ** *
7799 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGAGATGTCGCATCATTTGGTCTAAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
** *
7864 AGTTTGTT-ATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
66 AGTTT-TTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* *
7928 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCG
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* *
7993 GATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
** *
8015 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * **
8080 AG--TTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATCTACGTGAGAATTACT
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * ** * * * *
8143 TCTCTCTTGGTTCTTAGACGAACTTCCTCATTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCA
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
** *
8208 AATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * * * *
8230 ATCCATTCGTTCGAGTAATTTTCCAAACATTCCATGTGAGGGAATTCACATCATTTTGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* *
8295 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTCG-TCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAA-----T
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * * * *** *
8354 -TCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTAGTCGAACTTTTACAACTTCTTTTATCGCTTCAC
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
* * *
8418 TTCCTTAAGGTATTCAAGACG
196 TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * * * * *
8439 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTACGAACATTACAAGCTCA-GGAAGTCACATCATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* * * ** *
8503 AAGTTTGTCATTTAGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAACCTTATTTACGTGAGAATTGTT
65 TAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
** * * * * *
8568 TCTCTCTCAGTTGTTGGACGAACTGCTGAACTTGTCAAACTTTAACGAGTTCTTTTTTAAATCCG
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* * *
8633 GTTCCGTAAAGTGTTCAAGATG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * * *
8655 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTTGAACATTTCATTCGTGGGAAATCGCAACATTTGGACTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * *
8720 AGTTTTTC-TTTTAGTAAACATGTTTTGAACTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTT
66 AGTTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * **
8783 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTTCGAACTTGT-AGAACTTTTACGAGTT-TTTTTATAGCTT
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTT-TAAATT
* * * *
8846 CGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATG
193 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * *
8870 ATCCAATCCTTCGTGTAATTTTTCGAACATTACATTGTC--GGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCA-TG-CGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
* * *
8933 A-AGTTTTTTATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTCCGTGAGAATTGT
64 ATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
* * *
8997 TTATCTTTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCC
129 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
9062 AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
194 AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * *
9085 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCACCATTTTGTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * *
9150 AGTTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGAACTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATGGTTT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * **
9214 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTC-G
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
* *
9278 ATTCCTTAAAGTATTGAAGG-CG
196 -TTCCTTAAAGTGTT-CAGGACG
* * * ** * *
9300 ATCCAATCCTTCGAGCAA-TTTTCTGAACATTACATGCTCGAGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* * ** * * *
9364 AAGTTTGTT-ATTTTGTGAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACCTATTTACGTGGGAATTGT
65 TAGTTT-TTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
* * * *
9428 TTCTCTCTTGGTTGTTGGATGAACTTCCAAACTTGGCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATT-
129 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
* * *
9492 TGAATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
194 AG-TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
*
9516 ATCCATTCCTTC---------TT-G-----T--A-GCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* **
9563 AG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * * *
9627 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCCA
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
*
9692 GTTCCTTAAAGTGTTCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * *
9714 ATCTATTCCTACGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCAGTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * *
9779 TGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTC
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * ** * ** *
9843 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
* *
9908 TTCCTTAAAGTATGCAAGG-CG
196 TTCCTTAAAGTGTTC-AGGACG
* * * * * * * *
9929 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCGTATAATTTGGCCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCG-AGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* * * * *
9993 -AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTGTTTGAATTAAAAACTTATTTTCGTGAGATTTGT
65 TA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
* *
10057 TTCTCTCTTTGTTGTTGGAC--A------AACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
129 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
* *
10114 -GAATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
194 AG-TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
** * *
10137 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTTGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* **
10202 AG-TTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAAA-TTATTTACGTGAGAATTAC
66 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTA-AAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
* * * ** *
10265 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTACTAAATCC
129 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC
10330 AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGG-CG
194 AGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACG
* * ** *
10353 ATCCATTTCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGAAAGAAATCACATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
** *
10418 AGTTTTTC-TTTTCGTAAACTTGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTT
66 AGTTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * ** * ** *
10481 CCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCG
130 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* * *
10546 GTTCCTTAAAGTATGCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * * * * * **
10568 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATTCTCA-GGAAGTCACAAAATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA
* * *
10632 -AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAATA-TTATTTAAGTGAGAATT
65 TA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTAAAA-ACTTATTTACGTGAGAATT
* * * **
10694 GTTTCTCTCTTGATTGTTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTTGTTC-TTTTTAAAT
127 GTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAAT
*
10758 TCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGATG
192 TC-AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
** * *
10784 ATTTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGATGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * * *
10849 AATTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTCGCTCTTTGAATTAAAATCTTATTTACGTGAGAATTGTGT
66 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
* * * * * ** *
10914 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTCTGAACTTGT-AGAAC-TTTACGAGTTCCTTTATAGCTTCG
131 CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCA
* *
10977 GTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
195 GTTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
* * * * *
10999 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCAAACATTACATGGTCGA--GAAGTCGCATCATTTGGTCTAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCAT-G-CGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
* * * *
11062 A-ACGTTTTTTATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTAGAATTAAAAACTTATTTCCGTGAGAATTG
64 ATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
*
11126 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATC
128 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATT
11191 CAGTTCCT
193 CAGTTCCT
11199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 8223, Mismatches: 1395, Indels: 464
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
196 2 0.00
197 2 0.00
198 159 0.02
199 2 0.00
201 1 0.00
206 4 0.00
207 310 0.04
208 173 0.02
209 150 0.02
210 202 0.02
211 24 0.00
212 19 0.00
213 11 0.00
214 195 0.02
215 2079 0.25
216 4790 0.58
217 98 0.01
218 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (216 bp):
ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
CTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCAG
TTCCTTAAAGTGTTCAGGACG
Found at i:11152 original size:639 final size:627
Alignment explanation
Indices: 1133--11152 Score: 7352
Period size: 647 Copynumber: 15.6 Consensus size: 627
1123 NNNNNNNNNN
**
1133 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* *
1198 AGTTTTCAAATTTGTAAACTAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTT
66 AGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTT
* * *
1263 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAATCTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAG
131 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTATAAATCCAG
* * * * *
1328 TTCCTTAAAGTGTTCAGGATGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCAAATCGAGAGAA
195 TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTC-CAT-GCGAGAA
* * * *
1393 ATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAAC
258 ATCACATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAAC
* *
1458 TTATTTACA-TGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTT
322 TTA-TTA-AGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT--G---TTG---AACTTTT
* ** * * * * * * *
1522 ACTAGTTCTTTTATAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
377 ACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTT
* * * * ** ** * *
1587 TCGAACATTCCATTCG-AGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
442 CCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAA
* *
1651 GTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACA-TGAGAATTGTTTCTCTCTTAGTTGTTGGACGA
506 GTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTA-AGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGAC--
* * * * * *
1715 ACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTATTTTTTAAA-TCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGA
568 A------AACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGA-ATCCTTAAAGTGTTCAAGA
1779 CG
626 CG
* * * * *
1781 ATCCATTCCTTCAAGTAATTTTTCAAACATTCCGTTCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
** * * * * * **
1846 AGTTTTTC--TCTTTGGGAACATGTTTTGATATTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGAGAGAATTGT
66 AG-TTTTCAAT-TTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTAC
* * ** *
1908 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT-TCGAACATGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTT
129 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCT-GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTATAAATC
** * * * * * *
1972 TGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCAAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGA
192 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG--CGA
* * * * * * ** *
2037 GAAGTCGCATTATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAA
255 GAAATCACATCATTTGGTCT-AAAAGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAA
* * * *
2102 AACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTT
319 AACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT-----GTTG---AACTT
* ** * * * * * ** *
2167 TTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACAATCCATTCCTTCTTGTAATT
375 TTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATT
* * * * ** * *
2232 TTTCGAACATTCCATGCG-AGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAATA-GTTT-TCAAATTTGTAA
440 TTCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAA-AGGTTTGTC-ATTTTGTAA
* * * * * ** * *
2294 GCAAGTTTTGATC-TTTTAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGG
502 ACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGG
* * * * * * *
2358 ACGAACTTCCGAACTTGTCAAAGTTTCACTAGTTCTTTTTTAAA-TCTAGTTCCTTAAAATGTTC
566 AC--A------AACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGA-ATCCTTAAAGTGTTC
*
2422 AGGACG
622 AAGACG
*
2428 ATCCATTCC-TCTGAGTAATTTTTCGAACATTCCTAT-CGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAA
1 ATCCATTCCTTC-GAGTAATTTTTCGAACATTCC-ATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAA
* * * *
2491 ATAGTTTTTC-ATTTCGTAAACAACTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
64 ATAG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTA
* * * * **
2555 TTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAATAT
128 CTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTATAAATCC
* *
2620 AGTTCCTTAAAGTGTT-AAGGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGG
193 AGTTCCTTAAAGTGTTCAA-GACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGA-G
* ** * * * * * * *
2684 GAATCGTATTATTTGATCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATATTTGAATTTAAA
256 AAATCACATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAA
* * * *
2749 ACTTATTTACGTTAGAATTGTGT-CTCTGTTGGTTCTTGGACAAAATTTCGAACTTGTAGAACTT
320 ACTTA-TTAAGTGAGAATTGT-TCCTCTCTTGGTTCTTGG-----A---CGAACTTGTTGAACTT
* * * *
2813 TTACGAGTTCGTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGAATTCAAGACAATCCAATCCTTCGAGCAATT
375 TTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATT
* * * ** * * * *
2878 TTTCGAACATTAGATG-GTCAGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGTTTTTTATTTTGTAAAC
440 TTCCGAACATTACATGCG-CAGGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAAC
* * *
2942 AAGTTTTGGTC-TTTGAATTAAAAACATATTTCAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGAC
504 AAGTTTTGG-CGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGAC
* * *
3006 GAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAA-TCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAA
568 --A------AACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGA-ATCCTTAAAGTGTTCAA
3070 GACG
624 GACG
* * * * *
3074 ATCCATTTCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGG-AATCGCATAATTTTGTCTAAGA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAA-A
* * * * **
3138 -AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAAGTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
65 TAG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTAC
* * * *
3201 TTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCTGAACTT-TTAGAACTTTTACGAGTTCTTT-TATATCT
129 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCA-AACTTTTACTAGTTCTTTATAAATC-
** * * * * * * * *
3264 TTGGTTCCTTGAAGTATTGAAGGCGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCA
192 -CAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG--CG
* * * * ** *
3329 AGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGGCCATTGAATTAA
254 AGAAATCACATCATTTGGTCT-AAAAGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAA
* * * *
3394 AAACTTATTTACA-TGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTTTCAAAC
318 AAACTTA-TTA-AGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC-T------TGTT-GAAC
* ** * * * * * * ** *
3458 TTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAGAGTGTTCAAGACAATCCATTCCTTCTTGTAA
373 TTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAA
* * * * * ** *
3523 TTTTTCGGACATTCCATGCG-AGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAATA-GTTT-TCAATTTTGT
438 TTTTCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAA-AGGTTTGTC-ATTTTGT
* * * * ** * * *
3585 AAACAAGTTTTGACCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCGTGGTTCTTG
500 AAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTG
* * *
3650 GACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAA-TCCAATTCCTTAAAGTGTT
565 GAC--A------AACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAA-TCCTTAAAGTGTT
*
3714 CAGGACG
621 CAAGACG
* * * * *
3721 ATCCATTCCTCCGAGTGATTTTTCGAACATTCAATTCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* * * *
3786 AGTTTTTC-ATTTCGTAAACAAGTTTTGATCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGGGAATTA-T
66 AG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
* * * * * **
3849 GTGTCTCTTGGTTCTTGGACAAAATT-TCAAACTTGT-AGAACTTTTACAAGTTCTTTTATAGCT
130 -TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCT-GAACTTGTCA-AACTTTTACTAGTTC-TTTATAAAT
* * * * * * *
3912 TCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCTAATCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTACATGGTCG
191 CCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCAT-G-CG
* * * * * *
3977 GGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAATGTTTTT-TATATTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTA
254 AGAAATCACATCATTTGGTCTAAAA-GTTTTTCT-TTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTA
* * * * *
4041 AAAACTTATTTCAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTCGTTGTTGAACGAACTTCCGAACTTCTCGAAC
317 AAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT--G----T-T-GAAC
* * ** * * * * *
4106 ATTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCAGTT-CTT----TA-G---GATGATCCATTCCTTCGAGTAA
373 TTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAA
* * * * ** * * * *
4162 TTTTCCGAACATTCCAAGCG-AGGGAAATCGCATCATTTTGTCTAAGTA-GTTTTTCATTTTGTA
438 TTTTCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAA-AAGGTTTGTCATTTTGTA
* * * * * *
4225 AACAAG-ATTGGATC-TTCGAATTAAAAACTTAGTTACGTGAGAATTGTTACTCAC-TTGATTGT
501 AACAAGTTTTGG--CGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTG-TTGT
** * * * ** ** *
4287 TGGATGAACTTCTGAACTTTTCGAACTTTTACGAGTACTTTTATATCTTCGGTTCCTTAAAGTAT
563 TGGACAAAC-T-TG-A-----CAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGTGT
* *
4352 GCAAGGCG
620 TCAAGACG
* * * * * * * *
4360 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCA-GGAAGTCACATAATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAA
* *
4424 -AGGTTTGTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT
65 TA-GTTT-TCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATT
** * ** * *
4486 GTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAAT
127 ACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTATAAAT
* * * ** * **
4551 TCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTCGAACATTCTGTGCGAG
191 CCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGA-
* ** *
4616 GGAAATCTCATCATTAAGTCTAAATAG-TTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTA
255 -GAAATCACATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTC-TTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTA
* * * * *
4680 TAGACTTATTTACGTGAGAA-T-TTCCTCTATCTTGGTTCATGGACGGACTTCCGAACTTGTCGA
317 AAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTC--TCTTGGTTC-T---TGGA----CGAACTTGTTGA
* * * ** * * * * * *
4743 ACTTTTTCTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGT
371 ACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGC
* * * ** * * *
4808 AATTTTCCGAAGATTCCATGCG-AGGGAAATCACATCAGTTGGTCTAAATA-GTTTTTC-TTTTC
436 AATTTTCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAA-AGGTTTGTCATTTT-
* * * *
4870 GTAAACATGTTTTGATC-TTTGAATTAAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTT
498 GTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATT-AAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTT
* ** * * * * ** **
4933 CTTGGATGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACAAGATCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGT
561 GTTGGACAAAC-TT-G-AC-----AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGT
* * *
4998 ATGCAAGGCG
618 GTTCAAGACG
* * * * * * * *
5008 ATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCA-GGAAGTCACATAATTTGGTCTAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAA
* * *
5072 -AGGTTTGTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATT
65 TA-GTTT-TCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATT
** * * * * *
5134 GTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAAT
127 ACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTAT-AAAT
* * * ** * *
5199 CCAGTTCCTTAAAGTGTTTAGGACAATTTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGTGAG
191 CCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGA-
* * * * *
5264 GGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTATCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAA
255 -GAAATCACATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAA
* * *
5329 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTGT-CTCTCATGGTTCTTTGACGAAATTTCGAACTTGTAGAAC
318 AAACTTA-TTAAGTGAGAATTGT-TCCTCTCTTGGTTC-TTG--G--A---CGAACTTGTTGAAC
* *
5393 TTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGAATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAA
373 TTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAA
* * ** * * * *
5458 TTTTTCGAACATTACATG-GTC-GAGAAGTCGCATCA-TTGGTCTAAAACGTTTTTTATTTTGTA
438 TTTTCCGAACATTACATGCG-CAG-GAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTA
** *
5520 AACAAGTTTTGGTC-TTTGAATTAAAAACTTATTTCCGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTG
501 AACAAGTTTTGG-CGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTG
* * * * *
5584 GACGAACTTCCGAACTTGTCAAATTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCAGCA-CCTTAAACTGTT
565 GAC--A------AACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTC-GAATCCTTAAAGTGTT
*
5648 CAGGACG
621 CAAGACG
* * * *
5655 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTTGTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * *
5720 AGTTTATC-ATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAATTAAAAATTTATTTACGTGAGAATT-GT
66 AGTTT-TCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
* * * * * *
5783 TACTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCTGAACTTTTCGAACTTGTACGAGTTCTTT-TATATCTT
130 T-CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTATAAATC--
* * * * * * * * *
5847 CGGTTCATTAAAGTATTGAAGGCGATCCAATCCTTCGTGCAATTTTTCGAACATTACAAGCTCGA
192 CAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG--CGA
* * * * * * * ** *
5912 GAAGTCGCATCATTTTGACTAAAAATTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAA
255 GAAATCACATCATTTGGTCTAAAAGTTTT-TCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAA
* * * *
5977 AACTTATTTACA-TGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCAAACTTGACAAACT
319 AACTTA-TTA-AGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT-----GTTG---AACT
* ** * * * * * * * *
6041 TTTACGAGTTCTTTTTTAAATTAGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACTATCCATTCCTTCTAGTAAT
374 TTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAAT
* * * * ** *
6106 TTTCCGAACATTCCATGTG-AGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTT-TCAATTTTGTA
439 TTTCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAA-AGGTTTGTC-ATTTTGTA
* * * * ** * * *
6168 AACAAGTTTTGATC-TTTTAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCCTGGTTCTTG
501 AACAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTG
* * * * *
6232 GACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAA-TCCAGTTCCTTAAAATGTT
565 GAC--A------AACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGA-ATCCTTAAAGTGTT
6296 CAAGACG
621 CAAGACG
* * * * *
6303 ATCCATTCCATCGAGTAATTTTCCAAACATTCTATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* * *
6368 AGTTTTTC-ATTTTCTAAACAAGTTTTCG-TCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAG-A--A-
66 AG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTT-GATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTAC
* * * ** *
6427 -T-TCTCTTGGTT-TGTGGACGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGACTTCTTTTATAGCTT
129 TTCTCTCTTGGTTCT-TGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTATAAATC
* * * * * * *
6489 C-GCTTCCTTAAAGTATTCTAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTAGAACCTTACAAGCTCG
192 CAG-TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG--CG
* * ** * * * **
6553 GGAAGTCGTATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTT-ATTTAGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTA
254 AGAAATCACATCATTTGGTCT-AAAAGTTT-TTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTA
* * *
6617 AAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTACTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAGAC
317 AAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT-----GTTG--A-AC
* ** * * * * * *
6682 TTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTCCTTCGAG---
373 TTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAA
* * * * * * * *
6744 TTTT-CGAACATTCCATGC-AATGGAAAT--C---ATTTTGTCTAAGTA-GTTTTTCCTTTTGTA
438 TTTTCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAA-AAGGTTTGTCATTTTGTA
* ** * *
6801 AACAAG-ATTGGATATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTG
501 AACAAGTTTTGG-CGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTG
* * * ** * *
6865 GACGAACTTCTGAACTTGTCGAAA-TTTTATGAGTTCTTTTATAGCTTCGATTCCTTAAAGTATT
565 GAC--A------AACTTGAC-AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGTGTT
* *
6929 GAAGGCG
621 CAAGACG
* * * * ** * * * *
6936 ATTCAATCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACATGCTCGAGAAGTCACATCATTTGGTCTAAAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
** * * * *
7001 AGTTTGTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTA-AAACTAATTTCCGTGAGAATTATT
66 AGTTT-TCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
* * * *
7064 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCT-AACATGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAAATCC
130 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT-CTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTATAAATCC
* *
7128 AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTTGAACATTCCATGCGAGGG
193 AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGA--G
* * * * * *
7193 AAATCACATCATTTTGTCTAAGTAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAATTAAAA
256 AAATCACATCATTTGGTCTAA-AAGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAA
* ** * *
7258 ACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCTTGGTTGTTTGACGAACTTCTGAACTTGTCGAACTTT
320 ACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTT-CTTG--G-A---C-GAACTTGTTGAACTTT
* * *
7323 TATGAGTTCTTTTATAGCTTCGATTCCTTAAAGTATTG-AAGGCGATCCAATCCTTCGAGCAATT
376 TACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTA-TGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATT
* * * ** * *
7387 TTTCGAACATTACATGCTC-GAGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAAC
440 TTCCGAACATTACATGCGCAG-GAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAAC
** ** * *
7451 AAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTCCGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACG
504 AAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGACA
* * * *
7516 AACTTTCAAACTTCTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAA-TCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGG
569 AAC-TT--GA---C--AAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGA-ATCCTTAAAGTGTTCAAG
7580 ACG
625 ACG
* * * * *
7583 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCTTTTTGTCTAAGT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * * **
7648 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGATTGGATCTTTGAATTAAAAATTTATTTACGTAAGAATTGTT
66 AG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
* * * * ** * *
7712 TCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCTGAACTTATCGAACTTTTACTAGTTGTTTTATAGCTTCG
130 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTT-CTTTATAAATCCA
* * * * * * *
7777 GTTCCATAAAGTATTGAAGGCGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGAGA
194 GTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG--CGAGA
** * * * ** *
7842 TGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTT-ATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAA
257 AATCACATCATTTGGTCT-AAAAGTTT-TTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAA
* * * *
7906 ACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTT
320 ACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT-----GTTG---AACTTT
* ** * * * * ** *
7971 TACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCTTGTAATTT
376 TACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTT
* * * * ** *
8036 TTCGAACATTCCATGCG-AGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAATA-G-TT-TCAATTTTGTAAA
441 TCCGAACATTACATGCGCA-GGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAA-AGGTTTGTC-ATTTTGTAAA
* * * * ** * * *
8097 CAAGTTTTGATC-TTTGAATTATAAACTTATCTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTAGA
503 CAAGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGA
* * * * *
8161 CGAACTTCCTCATTTCTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAAATCCTTAAAGTGTTCAA
567 CAAAC-T--TGA-----CAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGTGTTCAA
8226 GACG
624 GACG
* * * * * * *
8230 ATCCATTCGTTCGAGTAATTTTCCAAACATTCCATGTGAGGGAATTCACATCATTTTGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* * *
8295 AGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTCG-TCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAG-A--A--
66 AG-TTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT
* * * * *** *
8353 T-TCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTAGTCGAACTTTTACAACTTCTTTTATCGCTTCA
130 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTATAAATCCA
* * * * * * * *
8417 CTTCCTTAAGGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTACGAACATTACAAGCTCAGGA
194 GTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGC-GA-GA
* * * * * ** *
8482 AGTCACATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTAGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAC
257 AATCACATCATTTGGTCT-AAAAGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAA
* * ** * *
8547 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTCAGTTGTTGGACGAACTGCTGAACTTGTCAAACTTTA
321 CTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACT--TG---TTG---AACTTTT
* ** * * * * * * *
8612 ACGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCGTAAAGTGTTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
377 ACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTT
** * * ** * * * * *
8677 TTGAACATTTCATTCGTGGGAAATCGCAACATTTGGACTAAATA-GTTTTTC-TTTTAGTAAACA
442 CCGAACATTACATGCGCAGGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAA-AGGTTTGTCATTTT-GTAAACA
* * * *
8740 TGTTTTGAAC-TTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACG
505 AGTTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGAC-
* ** ** *
8803 AAATTTCGAACTTGTAGAACTTTTACGAGTT-TTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAG
568 AAACTT-G-AC----A-AACTTTTACGAGTTCTTTTT-TAAATTCGAATCCTTAAAGTGTTCAAG
*
8867 ATG
625 ACG
* * * * *
8870 ATCCAATCCTTCGTGTAATTTTTCGAACATTACATTGTC--GGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAA
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCA-TG-CGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAA
** * * * **
8933 A-AGTTTTTTATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTCCGTGAGAATTGT
64 ATAGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTAC
* * * * * *
8997 TTATCTTTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCC
129 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTC-TTTATAAATCC
* *
9062 AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGG
193 AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGA--G
* * * * * *
9127 AAATCGCACCATTTTGTCTAAGTAGTTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGAACTTTGAATTAAAA
256 AAATCACATCATTTGGTCTAA-AAGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAA
* *
9192 ACTTATTAAGTGAGAATGGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTT
320 ACTTATTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC-TT-G----T-T-GAACTTTT
* *
9257 ACGAGTTCTTTTATAGCTTCGATTCCTTAAAGTATTG-AAGGCGATCCAATCCTTCGAGCAATTT
377 ACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTA-TGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTT
* * * ** * * * *
9321 TCTGAACATTACATGCTC-GAGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTTATTTTGTGAACA
441 TCCGAACATTACATGCGCAG-GAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACA
** * * * *
9385 AGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACCTATTTACGTGGGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGATGA
505 AGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTT-G--G-
* * *
9450 ACTTCCAAACTTGGCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATTTGAATCCTTAAAGTGTTCAAGAC
566 A----CAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGTGTTCAAGAC
9515 G
627 G
9516 ATCCATTCCTTC---------TT-G-----T--A-GCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
9563 AGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTT
66 AGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTT
*
9628 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCCAG
131 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTAT-AAATCCAG
* * * *
9693 TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTACGAGTAATTTTCCGAACATTCCATGCGAGGGAA
195 TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGA--GAA
* *
9758 ATCACATCAGTTGGTCTAAATTGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAAC
258 ATCACATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAAC
9823 TTATTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTAC
322 TTATTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACG--------AACTTGTTGAACTTTTAC
*
9888 GAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCC
379 GAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCC
** *
9953 GAACATTACATGCGCAGGAAGTCGTATAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTT
444 GAACATTACATGCGCAGGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTT
* ** *
10018 TTGGTGTTTGAATTAAAAACTTATTTTCGTGAGATTTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGACAAACTT
509 TTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGACAAACTT
10083 GACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
574 GACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
** *
10137 ATCCATTCCTTCTTGTAATTTTTTGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* *
10202 AGTTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAAATTATTTACGTGAGAATTACTT
66 AGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTT
10267 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTACTAAATCCAG
131 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTA-TAAATCCAG
* *
10332 TTCCTTAAAGTGTTCAAGGCGATCCATTTCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGAAAGAA
195 TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCG--AGAA
* *
10397 ATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCTTTTCGTAAACTTGTTTTGATCTTTGAATTAAAAAC
258 ATCACATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAAC
10462 TTATTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTAC
322 TTATTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTT-G--G-A----CGAACTTGTTGAACTTTTAC
10527 GAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCC
379 GAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCC
* * *
10592 GAACATTACATTCTCAGGAAGTCACAAAATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTT
444 GAACATTACATGCGCAGGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTT
10657 TTGGCGTTTGAATTAAAATA-TTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTC-TTGATTGTTGGACAAAC
509 TTGGCGTTTGAATTAAAA-ACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTG-TTGTTGGACAAAC
** * * * *
10720 TTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTTGTTC-TTTTTAAATTCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGATG
572 TT--G--A----CAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGA-ATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
** * * *
10784 ATTTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGATGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAAT
1 ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
* * * * *
10849 AATTTTTC-ATTTCGTAAACAAGTTTCGCTCTTTGAATTA-AAATCTTATTTACGTGAGAATT-G
66 -AGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAA-CTTATTTACGTGAGAATTAC
* * **
10911 TGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAATTCTGAACTTGT-AGAAC-TTTACGAGTTCCTTTATAGCT
129 T-TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCA-AACTTTTACTAGTT-CTTTATAAAT
* * * * * *
10974 TCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCAAACATTACATGGTCG
191 CCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCAT-G-CG
* * * * *
11039 AGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAACGTTTTT-TATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTAGAATTA
254 AGAAATCACATCATTTGGTCTAAAA-GTTTTTCT-TTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTA
** * *
11103 AAAACTTATTTCCGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTT
317 AAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
11153 CCGAACTTGT
Statistics
Matches: 7890, Mismatches: 1082, Indels: 809
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
621 70 0.01
625 1 0.00
626 2 0.00
627 1 0.00
628 31 0.00
629 440 0.06
630 4 0.00
631 6 0.00
632 22 0.00
633 210 0.03
634 8 0.00
635 3 0.00
636 7 0.00
637 17 0.00
638 277 0.04
639 1014 0.13
640 488 0.06
641 56 0.01
642 280 0.04
643 18 0.00
644 22 0.00
645 311 0.04
646 855 0.11
647 2064 0.26
648 1599 0.20
649 49 0.01
650 11 0.00
651 3 0.00
652 2 0.00
653 6 0.00
654 10 0.00
655 3 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (627 bp):
ATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCTCATCATTTGGTCTAAAT
AGTTTTCAATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTT
CTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTATAAATCCAGT
TCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGAAATC
ACATCATTTGGTCTAAAAGTTTTTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTAT
TAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTAT
AGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATG
CGCAGGAAGTCACAAAATTTGGCCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAA
TTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGACAAACTTGACAAACTTTTA
CGAGTTCTTTTTTAAATTCGAATCCTTAAAGTGTTCAAGACG
Found at i:11652 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 11258--11794 Score: 693
Period size: 216 Copynumber: 2.5 Consensus size: 215
11248 NNNNNNNNNN
*
11258 TTTTCATTTTGTAAACAAG-ATTGGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCT
1 TTTTCATTTTGTAAACAAGTATTGG-TCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * * * **
11322 CTCTTGGTTGTTGGATGAACCTCTGAACATGTTAAACTTTTTCGAGTTCTTTTCTAGCTTCGATT
65 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAAATTCGATT
* * * ** *
11387 CCTTACAGTATTGAAGGCGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCTGAACATTACATGCTCGAGAAGT
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCTGAACATTACATGCGAGAGAAAT
11452 CGCATCATTTGGTCTAAAAAG
195 CGCATCATTTGGTCTAAAAAG
* * * *
11473 TTTTTCATTTTGTAAACACGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
1 -TTTTCATTTTGTAAACAAGTATTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* *
11538 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGA-
65 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAAATTC-GAT
* * ** * * *
11602 TCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCTTGTAATTTT-TCGAACATTCCATGCGAGGGAA
129 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCT-GAACATTACATGCGAGAGAA
* *
11666 ATCTCATCATTTGGTCTAAATAG
193 ATCGCATCATTTGGTCTAAAAAG
* * **
11689 TTTTCAATTTTGTAAACAAGTATTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCT
1 TTTTC-ATTTTGTAAACAAGTATTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
*
11754 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTT
65 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 40, Indels: 8
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
215 6 0.02
216 265 0.96
217 6 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
TTTTCATTTTGTAAACAAGTATTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTC
TCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAAATTCGATTC
CTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCTGAACATTACATGCGAGAGAAATC
GCATCATTTGGTCTAAAAAG
Done.