Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01013191.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128210, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 10294
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.21, T:0.33


Found at i:1438 original size:158 final size:158

Alignment explanation


    Indices: 1150--1440  Score: 431
    Period size: 158  Copynumber: 1.8  Consensus size: 158

       1140 CGATTTTGGG

                  *            *     *                                       
       1150 ATTACAGGTTATATGAGTGTTGGTCTTAGATGCCCAACCAATGGCTGAGATCCAGCATTTATTGC
          1 ATTACAAGTTATATGAGTGCTGGTCCTAGATGCCCAACCAATGGCTGAGATCCAGCATTTATTGC

                      *     *            *                                   
       1215 ACATTCTCCATAGCTCGTGTGAGCAGCATTGTGTAGCCCAACATCTCGACCCACAGCTCGTGTGA
         66 ACATTCTCCACAGCTCATGTGAGCAGCATCGTGTAGCCCAACATCTCGACCCACAGCTCGTGTGA

                                        
       1280 GCAGGCCCATTTTACAGCTCGTGTGAGC
        131 GCAGGCCCATTTTACAGCTCGTGTGAGC

                           *                *  *   *             *           
       1308 ATTACAAGTTATATGGGTGCTGGTCCTAGATGTCCTACCGATGGCTGAGAT-CTGACATTTATTG
          1 ATTACAAGTTATATGAGTGCTGGTCCTAGATGCCCAACCAATGGCTGAGATCCAG-CATTTATTG

             **           *                                            *     
       1372 CGGATTCTCCACAGTTCATGTGAGCAGCATCGTGTAGCCCAACATCTCGACCCACAGCTTGTGTG
         65 CACATTCTCCACAGCTCATGTGAGCAGCATCGTGTAGCCCAACATCTCGACCCACAGCTCGTGTG

                
       1437 AGCA
        130 AGCA

       1441 TTACATGTTA


Statistics
Matches: 117,  Mismatches: 15, Indels: 2
        0.87            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
 157    2  0.02
 158  115  0.98

ACGTcount: A:0.23, C:0.25, G:0.24, T:0.28


Consensus pattern (158 bp):   
ATTACAAGTTATATGAGTGCTGGTCCTAGATGCCCAACCAATGGCTGAGATCCAGCATTTATTGC
ACATTCTCCACAGCTCATGTGAGCAGCATCGTGTAGCCCAACATCTCGACCCACAGCTCGTGTGA
GCAGGCCCATTTTACAGCTCGTGTGAGC

Found at i:8836 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 8757--9008  Score: 351
    Period size: 52  Copynumber: 4.8  Consensus size: 52

       8747 GTAAATGCAA

                        *                                *      
       8757 AAGGTCCGATGAGTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACTGATTAT
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTAT

            *                                                        
       8809 GAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTGGATTAT
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTAC-----GGATTAT

                                                        *       
       8866 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTAAGGATTAT
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTAT

            *    *            *          *             *        
       8918 GAGGTTCGATGACTATGTATCATCGTGAGCATATGAATCCTTTTCGGATTAT
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTAT

                                 * *     *         
       8970 AAGGTCCGATGACTATGTGTCCTTGTGAGCATATGAATC
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATC

       9009 TTATAAAAAT


Statistics
Matches: 179,  Mismatches: 16, Indels: 10
        0.87            0.08        0.05

Matches are distributed among these distances:
  52  130  0.73
  57   49  0.27

ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.24, T:0.35


Consensus pattern (52 bp):   
AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTAT

Found at i:8904 original size:109 final size:104

Alignment explanation


    Indices: 8757--9008  Score: 369
    Period size: 109  Copynumber: 2.4  Consensus size: 104

       8747 GTAAATGCAA

                        *                               **                   
       8757 AAGGTCCGATGAGTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACTGATTATGAGGTCCGATGAC
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTAAGGATTATGAGGTCCGATGAC

                 *          *                   *       
       8822 TATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTGGATTAT
         66 TATGTATCATCGTGAGCATATGAATCCTTT-----TCGGATTAT

                                                                     *       
       8866 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTAAGGATTATGAGGTTCGATGAC
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTAAGGATTATGAGGTCCGATGAC

                                                   
       8931 TATGTATCATCGTGAGCATATGAATCCTTTTCGGATTAT
         66 TATGTATCATCGTGAGCATATGAATCCTTTTCGGATTAT

                                 * *     *         
       8970 AAGGTCCGATGACTATGTGTCCTTGTGAGCATATGAATC
          1 AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATC

       9009 TTATAAAAAT


Statistics
Matches: 133,  Mismatches: 10, Indels: 5
        0.90            0.07        0.03

Matches are distributed among these distances:
 104   44  0.33
 109   89  0.67

ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.24, T:0.35


Consensus pattern (104 bp):   
AAGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTAAGGATTATGAGGTCCGATGAC
TATGTATCATCGTGAGCATATGAATCCTTTTCGGATTAT
Done.