genome.fa.s13215.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013215.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128234, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  258192

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21--55	12	2.9	12	86	0	52	42	51	2	2	1.31
1125--1150	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1720--1764	22	2.0	22	95	0	81	17	13	15	53	1.73
1660--1821	81	2.0	81	81	4	193	24	8	12	55	1.63
2001--2172	61	2.8	62	78	3	154	49	8	16	25	1.74
5049--5083	15	2.4	15	95	4	63	5	5	0	88	0.63
29733--29791	29	2.0	29	100	0	118	44	16	16	22	1.87
45108--45132	13	1.9	13	100	0	50	80	16	4	0	0.87
63665--63697	17	1.9	17	88	11	50	60	21	0	18	1.36
66607--66765	76	2.1	76	86	2	221	32	26	18	22	1.97
74833--74872	22	1.9	20	90	10	62	47	2	17	32	1.61
78639--78692	17	3.1	17	78	5	54	59	12	11	16	1.61
78772--78819	20	2.5	20	79	3	53	4	31	10	54	1.53
103028--103089	31	2.0	31	96	3	117	45	12	12	29	1.80
108447--108493	24	2.0	24	83	8	60	53	2	38	6	1.39
120149--120190	20	2.0	20	95	4	75	4	33	0	61	1.17
124196--124366	59	2.9	59	81	1	209	44	12	18	23	1.85
133042--133110	29	2.5	27	82	13	79	60	1	0	37	1.06
133064--133123	29	2.1	29	87	6	86	51	5	0	43	1.23
135445--135485	20	2.0	20	100	0	82	36	9	19	34	1.85
137129--137174	14	3.4	14	75	24	53	69	4	8	17	1.31
137138--137188	16	3.5	15	75	15	54	72	1	9	15	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137133--137189	28	2.0	28	87	12	82	70	3	10	15	1.29
137137--137192	14	3.9	14	75	15	51	71	1	10	16	1.22
137285--137661	29	12.9	29	78	8	239	35	2	25	36	1.70
140600--140713	57	2.0	57	100	0	228	31	3	19	45	1.67
145739--145914	48	3.7	47	79	11	180	17	2	34	45	1.63
145779--145912	71	1.9	69	86	3	187	18	2	32	47	1.61
145728--145919	23	8.2	23	77	7	165	17	2	34	45	1.63
153751--153777	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
154865--154909	3	15.0	3	86	9	65	0	28	0	71	0.87
159043--159121	40	2.0	40	100	0	158	35	16	22	25	1.95
162712--162758	24	2.0	24	87	8	69	48	8	14	27	1.73
175825--175863	5	8.0	5	88	11	55	76	0	0	23	0.78
175827--175866	19	2.0	20	90	4	64	77	0	0	22	0.77
188513--188729	112	1.9	112	90	1	346	29	21	12	36	1.90
189160--189736	49	11.8	49	71	11	317	33	15	32	18	1.93
189245--189736	194	2.5	194	81	7	577	33	15	31	18	1.93
189160--189736	99	5.9	98	80	6	539	33	15	32	18	1.93
189969--190477	42	12.9	40	78	9	460	29	26	17	26	1.97
189969--190148	80	2.2	81	88	3	265	29	29	16	24	1.97
190126--190180	28	2.0	28	92	0	92	23	34	14	27	1.94
190086--190221	67	2.0	68	89	1	211	25	31	16	26	1.96
190158--190492	162	2.1	161	83	8	423	29	24	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193471--193512	14	3.1	14	77	16	52	50	2	0	47	1.14
195173--195428	72	3.6	72	92	0	424	55	16	5	23	1.61
195855--195924	18	3.9	18	85	7	97	37	11	10	41	1.75
199818--199842	8	3.1	8	100	0	50	12	12	12	64	1.51
202813--202864	22	2.4	22	86	0	68	40	19	28	11	1.86
202825--202931	27	4.4	22	78	13	70	42	17	22	17	1.89
202835--202919	27	3.3	26	81	10	97	41	17	23	17	1.90
202870--202931	27	2.3	28	86	10	85	43	17	22	16	1.87
208567--208630	21	3.0	21	72	14	60	60	0	1	37	1.06
210525--210586	27	2.3	27	83	5	72	24	12	35	27	1.92
211085--211125	21	2.0	21	85	0	55	48	24	0	26	1.51
211287--211370	26	3.2	26	81	0	96	58	14	0	27	1.37
212851--212921	25	2.8	26	86	2	99	23	21	2	52	1.60
212863--212932	25	2.7	26	82	8	90	27	20	2	50	1.62
212999--213076	27	2.9	27	88	0	93	26	34	21	16	1.95
215549--215633	6	15.0	6	77	11	90	42	0	2	55	1.12
215545--215615	17	4.2	17	90	0	115	39	0	2	57	1.13
215555--215631	11	6.9	11	78	10	59	40	0	2	57	1.13
215545--215631	34	2.6	34	85	5	115	40	0	2	57	1.11
215553--215633	28	2.9	28	81	7	101	43	0	2	54	1.13
215939--215992	22	2.5	22	96	0	99	57	9	14	18	1.64
217430--217791	29	12.6	29	76	8	260	34	24	3	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217395--217724	87	3.8	84	80	7	299	35	25	3	35	1.75
217521--217791	28	9.5	28	75	9	158	35	25	3	36	1.74
224684--224826	71	2.0	71	100	0	286	34	13	30	20	1.92
227351--227376	10	2.6	10	100	0	52	42	7	23	26	1.81
228917--228952	17	2.0	19	89	10	58	50	2	11	36	1.53
229095--229158	15	4.5	14	72	16	60	59	3	6	31	1.38
229103--229159	29	2.0	29	86	6	80	57	3	7	31	1.42
229240--229654	230	1.8	230	91	1	688	38	12	15	33	1.85
240351--240401	14	3.6	14	81	5	59	37	25	19	17	1.94
240351--240399	21	2.3	22	79	10	57	38	24	20	16	1.92
247371--247816	24	18.6	24	78	4	281	40	17	22	19	1.91
247372--247816	72	6.2	72	77	6	310	40	16	22	20	1.91
254110--254208	30	3.4	30	74	20	120	35	13	5	46	1.65
254140--254222	26	3.0	26	69	24	80	36	10	8	44	1.70
254108--254222	56	2.1	56	100	0	230	35	12	7	44	1.71
257237--257299	28	2.2	28	86	8	83	25	7	28	38	1.84
257399--257457	30	2.0	30	93	6	102	33	3	23	38	1.72
257417--257491	38	2.0	37	86	2	105	26	5	32	36	1.79

Tables:   1

The End!