Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013247.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128267, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3119
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 100 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2587 original size:706 final size:656
Alignment explanation
Indices: 1236--2597 Score: 1429
Period size: 706 Copynumber: 2.0 Consensus size: 656
1226 GTATTAGATT
1236 TGATTCGATGAAATTTTATAATTTTTATGAAGTCAACTTTGAAATTAGAGTTAAATCACATCCAT
1 TGATTCGATGAAATTTTATAATTTTTATGAAGTCAACTTTGAAATTAGAGTTAAATCACATCCAT
1301 AAAATCATATTTAATAAATCAAACATAAATTTAAACAAAATCACAATTAACACTAAATTTCTATT
66 AAAATCATATTTAATAAATCAAACATAAATTTAAACAAAATCACAATTAACACTAAATTTCTATT
*
1366 AAAAATCATAAAAAATTTAAACCTAATATTTGATAATAGTAATTAATAGGAGGGAAATTCTGATA
131 AAAAATCATAAAAAATTTAAACCTAATATTTGATAATAATAATTAATAGGAGGGAAATTCTGATA
1431 ACCCAAATTACACGATATTAAGCCCATGTCTCACTTTTGGTTGAAATGTCAACTACAAAGGACAA
196 ACCCAAATTACACGATATTAAGCCCATGTCTCACTTTTGGTTGAAATGTCAACTACAAAGGACAA
1496 CATTGAAAACCAAGCACTAACCGGAGTGTTCAACAACTTTATACATCTTAATTAAATTTATTATT
261 CATTGAAAACCAAGCACTAACCGGAGTGTTCAACAACTTTATACATCTTAATTAAATTTATTATT
1561 ACTATGTTAAATTAATATTTCAAAATTTAATTTAATTAGAGTATATTATTTATTAAGATAATGTA
326 ACTATGTTAAATTAATATTTCAAAATTTAATTTAATTAGAGTATATTATTTATTAAGATAATGTA
*
1626 GAAATGAGGGTATTTGTTTTGCAAATAAACTATGTTTAAAATGATGCTTGGATATGTGGTCACAA
391 GAAATGAGGGTATTTGTTTTGCAAACAAACTATGTTTAAAATGATGCTTGGATATGTGGTCACAA
* *
1691 TTTCAACCACAAAATTAGAAGTGCGTAAATTATAAAGATGAACATCGAGATTATTTACGCAGTTC
456 TTTAAACCACAAAATTAGAAGTGCGTAAATTATAAAAATGAACATCGAGATTATTTACGCAGTTC
*
1756 GACTTCAGTCTACGTCTGTAGGGTTTTACCTAGAACAATGTCTCACTATTTTTCTCACAGTACAA
521 GACTTCAGTCTACGTCTGTAGGGTTTTACCTAGAACAATGCCTCACTATTTTTCTCACAGTACAA
1821 CCAATGATTTAAGTTCTAACAATGGCTTAACACTCATCAATTTAGCGATCTCACCATTCTACAAA
586 CCAATGATTTAAGTTCTAACAATGGCTTAACACTCATCAATTTAGCGATCTCACCATTCTACAAA
1886 GACTAG
651 GACTAG
*************************** * * *
1892 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGATTCGATGAAATT
1 -----------------------TGATTCGATGAAATTTTATAATTTTTATGA--AG-TCAACTT
* ** * * ** * * * * * * * *
1957 TTATAATTTTTA-TGAAGTCA-A-CTTTGAAATTAGA-GT--TAAATCACATCCATAAAATCATA
40 TGA-AA-TTAGAGTTAAATCACATCCATAAAATCATATTTAATAAATCA-A-ACATAAATTTAAA
*** * * * * *
2016 TTTAAT-A-AATTAA-ACATAAA-TT-TA-AACAAAATCACAATTAACA-TTAAATTTCTATTAA
101 CAAAATCACAATTAACAC-TAAATTTCTATTA-AAAATCATAA--AAAATTTAAA--CCTA--AT
** * * * *
2074 AAATCATAAAAAATTTAAACCTAATATTTGATAATAATAATTAATAGGAGGGAAATTCTGATAAC
158 ATTTGAT-AATAA--T-AA-TTAATA---G--G---------------AGGGAAATTCTGATAAC
*
2139 CCAAATTACACGATATTAAGTCCATGTCTCACTTTTGGTTGAAATGTCAACTACAAAGGACAACA
198 CCAAATTACACGATATTAAGCCCATGTCTCACTTTTGGTTGAAATGTCAACTACAAAGGACAACA
*
2204 TTGAAAACCAAGCACTAACTGGAGTGTTCAACAACTTTATACATCTTAATTAAATTTATTATTAC
263 TTGAAAACCAAGCACTAACCGGAGTGTTCAACAACTTTATACATCTTAATTAAATTTATTATTAC
2269 TATGTTAAATTAATATTTCAAAATTTAATTTAATTAGAGTATATTATTTATTAAGATAATGTAGA
328 TATGTTAAATTAATATTTCAAAATTTAATTTAATTAGAGTATATTATTTATTAAGATAATGTAGA
*
2334 AATGAGGGTATTTGTTTTGCAAACAAACTATGTTTAAAATGATGCTTGGATATGTGGTCATAATT
393 AATGAGGGTATTTGTTTTGCAAACAAACTATGTTTAAAATGATGCTTGGATATGTGGTCACAATT
*
2399 TAAACCACAAAATTAGAAGTGCGTAAATTATAAAAATGAACATTGAGATTATTTACGCAGTTCGA
458 TAAACCACAAAATTAGAAGTGCGTAAATTATAAAAATGAACATCGAGATTATTTACGCAGTTCGA
*
2464 CTTCAGTCTACGTCTGTAGGGTTTTACCTAGAGCAATGCCTCACTATCTTTT-TCACAGTACAAC
523 CTTCAGTCTACGTCTGTAGGGTTTTACCTAGAACAATGCCTCACTAT-TTTTCTCACAGTACAAC
2528 CAATGATTTAAGTTCTAACAATGGCTTAACACTCATCAATTTAGCGATCTCACCATTCTACAAAG
587 CAATGATTTAAGTTCTAACAATGGCTTAACACTCATCAATTTAGCGATCTCACCATTCTACAAAG
2593 ACTAG
652 ACTAG
2598 ATCACTCTCC
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 69, Indels: 55
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
675 1 0.00
676 11 0.02
677 9 0.02
678 20 0.03
679 8 0.01
680 13 0.02
681 14 0.02
682 11 0.02
683 8 0.01
684 4 0.01
685 2 0.00
686 5 0.01
689 1 0.00
706 462 0.81
707 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (656 bp):
TGATTCGATGAAATTTTATAATTTTTATGAAGTCAACTTTGAAATTAGAGTTAAATCACATCCAT
AAAATCATATTTAATAAATCAAACATAAATTTAAACAAAATCACAATTAACACTAAATTTCTATT
AAAAATCATAAAAAATTTAAACCTAATATTTGATAATAATAATTAATAGGAGGGAAATTCTGATA
ACCCAAATTACACGATATTAAGCCCATGTCTCACTTTTGGTTGAAATGTCAACTACAAAGGACAA
CATTGAAAACCAAGCACTAACCGGAGTGTTCAACAACTTTATACATCTTAATTAAATTTATTATT
ACTATGTTAAATTAATATTTCAAAATTTAATTTAATTAGAGTATATTATTTATTAAGATAATGTA
GAAATGAGGGTATTTGTTTTGCAAACAAACTATGTTTAAAATGATGCTTGGATATGTGGTCACAA
TTTAAACCACAAAATTAGAAGTGCGTAAATTATAAAAATGAACATCGAGATTATTTACGCAGTTC
GACTTCAGTCTACGTCTGTAGGGTTTTACCTAGAACAATGCCTCACTATTTTTCTCACAGTACAA
CCAATGATTTAAGTTCTAACAATGGCTTAACACTCATCAATTTAGCGATCTCACCATTCTACAAA
GACTAG
Done.