genome.fa.s13262.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013262.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128283, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  264704

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175--248	14	5.0	15	67	15	55	54	13	0	32	1.40
173--222	16	3.2	16	73	21	61	60	8	0	32	1.26
1510--1594	43	2.0	43	81	4	100	29	12	10	47	1.76
2231--2274	21	2.1	21	91	0	70	22	36	15	25	1.94
2494--2567	14	5.4	13	74	18	62	48	25	0	25	1.51
2494--2568	27	2.7	28	81	8	91	48	25	0	26	1.52
2502--2567	20	3.2	20	81	10	71	50	24	0	25	1.50
5565--5622	4	14.5	4	87	7	82	3	24	0	72	1.00
10578--10624	24	2.0	24	86	0	67	21	0	2	76	0.89
12230--12290	30	2.1	30	96	3	115	31	3	9	55	1.48
12923--12947	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
17866--17910	22	2.0	23	82	4	56	55	2	2	40	1.24
17921--17966	19	2.4	19	85	3	65	67	0	4	28	1.10
17932--18010	10	8.2	10	70	21	53	65	1	5	27	1.21
17961--18010	21	2.5	20	83	6	57	64	2	6	28	1.28
17932--18010	19	4.1	18	76	12	61	65	1	5	27	1.21
18226--18267	20	2.0	20	86	4	57	23	4	2	69	1.20
18234--18304	19	3.7	18	79	9	70	29	2	1	66	1.15
18234--18304	9	7.4	9	78	10	70	29	2	1	66	1.15
18214--18304	29	3.1	28	75	9	76	31	3	2	62	1.23
18420--18643	89	2.6	88	87	8	316	32	8	21	37	1.85
23883--23927	24	1.9	24	86	4	65	51	4	0	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37155--37183	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
37613--37886	42	6.5	42	73	5	178	28	18	16	37	1.92
37612--37882	83	3.2	83	79	3	301	28	18	15	37	1.92
37657--37922	83	3.2	84	77	5	198	29	17	14	38	1.90
40986--41019	11	3.0	11	83	8	50	23	0	0	76	0.79
40970--41026	13	4.6	12	80	12	62	22	0	1	75	0.90
41253--41342	47	1.9	47	84	4	119	35	6	5	52	1.51
43224--43327	43	2.4	42	83	1	127	31	10	11	46	1.74
43784--43830	6	7.8	6	95	0	67	46	4	48	0	1.21
43778--43825	12	4.0	12	91	0	60	47	6	43	2	1.40
44348--44532	7	24.7	7	69	14	75	49	24	1	24	1.57
44371--44434	16	4.1	16	77	4	58	53	21	0	25	1.46
44393--44494	22	4.5	22	77	7	80	52	22	0	23	1.53
44350--44501	15	10.1	15	71	11	82	50	25	0	23	1.54
44364--44478	30	3.8	30	70	14	92	53	24	0	22	1.47
44347--44501	60	2.6	59	81	11	163	50	24	0	24	1.54
44371--44494	7	16.2	8	74	15	77	52	23	0	23	1.53
44461--44518	16	3.7	15	74	17	55	51	20	1	25	1.57
44671--44722	26	2.0	26	84	0	68	59	7	0	32	1.26
48560--48619	24	2.6	23	91	2	93	68	5	6	20	1.32
56801--56874	30	2.4	30	84	2	85	47	5	4	43	1.45
59440--59514	32	2.4	30	79	14	80	28	10	21	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65105--65143	14	2.8	14	88	0	60	35	2	20	41	1.66
65324--65384	21	3.0	20	81	6	61	32	6	4	55	1.47
86590--86630	22	1.9	22	90	5	66	43	4	2	48	1.37
99086--99545	237	1.9	238	88	2	701	43	17	13	26	1.85
109876--109922	25	1.9	24	86	4	67	59	4	2	34	1.29
109956--109999	6	7.3	6	87	7	54	4	63	0	31	1.14
109943--109990	18	2.7	18	77	6	53	8	60	2	29	1.37
110086--110136	17	3.1	17	72	13	52	29	3	62	3	1.31
122834--122863	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
124231--124313	41	2.0	41	95	0	148	57	21	0	20	1.40
124234--124307	14	5.4	14	74	6	62	60	20	0	18	1.36
125090--125121	13	2.4	14	94	5	57	40	0	0	59	0.97
126083--126137	29	2.0	27	92	7	92	41	0	1	56	1.10
130639--130682	22	2.0	22	95	0	79	52	13	11	22	1.72
134996--135032	6	6.2	6	93	0	56	51	0	27	21	1.48
141708--141791	43	2.0	43	88	4	125	44	9	9	36	1.70
146475--146515	20	2.0	20	95	0	73	29	0	2	68	1.03
171327--171454	33	3.8	33	87	5	150	52	12	35	0	1.39
171359--171456	18	5.8	18	74	11	91	55	11	33	0	1.36
171295--171448	51	3.1	50	83	10	174	51	13	35	0	1.42
171461--171495	6	5.8	6	90	9	54	31	48	20	0	1.50
171461--171507	18	2.7	18	84	15	55	29	46	23	0	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172935--172968	12	2.8	12	90	0	50	41	0	0	58	0.98
176069--176298	113	2.0	113	88	5	340	44	9	15	31	1.77
177170--177216	4	11.8	4	86	8	69	76	0	23	0	0.78
177894--177943	16	3.2	16	71	21	52	60	6	0	34	1.21
179199--179291	43	2.2	42	83	9	109	31	9	9	49	1.68
179851--179987	45	3.0	45	84	8	163	32	26	19	21	1.97
179982--180021	21	2.0	20	90	5	62	17	37	15	30	1.90
181787--181816	13	2.3	13	100	0	60	50	20	16	13	1.78
183323--183367	19	2.4	18	82	10	54	64	2	0	33	1.06
183407--183470	4	15.8	4	79	9	67	1	29	0	68	0.99
183415--183471	21	2.8	19	80	15	69	1	29	0	68	1.00
183407--183470	17	3.9	16	78	8	67	1	29	0	68	0.99
187059--187102	15	2.9	16	76	13	56	31	20	6	40	1.79
188700--188731	15	2.1	15	100	0	64	28	12	18	40	1.87
189052--189114	22	2.9	22	80	0	81	38	17	26	17	1.92
189410--189442	17	1.9	17	88	11	50	48	18	0	33	1.48
190535--190581	18	2.6	17	78	21	51	14	23	17	44	1.85
191319--191370	26	2.0	26	84	0	68	42	7	7	42	1.62
207660--207728	21	3.3	21	79	2	77	11	23	10	55	1.66
214801--214869	31	2.4	28	87	7	93	42	15	10	31	1.81
215416--215502	17	5.1	17	84	5	104	36	1	4	57	1.27
215410--215510	6	17.0	6	71	11	57	39	0	3	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215416--215500	35	2.5	33	88	7	125	36	1	4	57	1.27
216135--216179	22	2.0	23	87	12	67	55	0	0	44	0.99
216472--216596	61	2.0	61	92	0	205	32	20	12	34	1.90
216605--216694	6	15.5	6	72	19	75	45	1	2	51	1.21
216573--216694	35	3.7	35	80	10	123	44	0	2	52	1.20
216573--216694	17	7.4	17	76	12	128	44	0	2	52	1.20
217384--217450	24	2.9	24	82	8	68	52	0	1	46	1.09
217405--217465	24	2.4	24	83	8	68	57	3	1	37	1.25
217405--217465	3	20.3	3	78	6	61	57	3	1	37	1.25
218569--218674	29	3.6	29	76	5	106	38	28	4	28	1.77
218542--218819	59	4.7	59	80	7	271	36	29	4	29	1.77
218542--218886	30	11.7	29	73	8	259	35	29	4	30	1.78
218625--218888	89	3.0	88	81	5	268	35	29	4	30	1.79
220663--220950	30	9.9	30	77	12	165	35	27	3	33	1.75
220663--220950	28	9.9	28	79	10	172	35	27	3	33	1.75
220811--220978	57	2.9	56	80	11	180	36	28	2	32	1.70
220943--221006	28	2.3	28	86	0	83	32	26	4	35	1.77
224123--224171	25	2.0	25	84	8	64	48	2	2	46	1.25
229616--229644	11	2.7	11	94	5	51	62	0	0	37	0.96
230064--230102	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
230251--230277	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
240056--240173	59	2.0	59	98	0	227	50	7	8	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243574--243608	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
246060--246202	70	2.0	70	100	0	286	42	21	16	18	1.89
248811--248846	18	2.0	18	88	0	54	61	0	5	33	1.19
250330--250371	21	2.0	21	95	0	75	52	14	11	21	1.73
251338--251364	12	2.2	12	100	0	54	0	7	0	92	0.38
260703--260764	4	15.0	4	80	12	63	69	0	29	1	0.98
260704--260764	13	4.8	13	78	6	63	70	0	27	1	0.97
263993--264086	45	2.1	45	93	0	161	21	17	27	34	1.95

Tables:   1

The End!