genome.fa.s13282.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013282.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128303, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  308372

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879--916	20	1.9	20	88	0	58	50	0	7	42	1.31
6998--7044	22	2.1	23	88	4	69	46	4	6	42	1.48
9261--9286	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
9864--9918	17	3.2	17	81	0	65	47	10	20	21	1.80
10050--10085	17	2.2	16	90	5	54	0	30	8	61	1.26
11276--11330	22	2.5	22	93	0	92	40	14	3	41	1.63
16866--16940	22	3.4	22	81	5	62	28	17	8	46	1.76
16891--16940	22	2.3	22	89	0	73	22	16	10	52	1.73
18383--18755	80	4.7	80	86	2	453	22	17	26	32	1.96
25790--25821	17	1.9	17	93	6	57	43	18	6	31	1.75
27318--27445	64	2.0	64	96	0	238	34	9	10	45	1.72
30682--30749	3	22.7	3	100	0	136	67	0	0	32	0.91
30855--30936	29	2.8	30	83	5	114	34	1	23	41	1.62
30837--30950	58	1.9	59	85	1	158	35	2	23	38	1.69
30825--30950	30	4.3	30	81	4	130	34	3	23	38	1.71
32760--32852	40	2.3	40	83	0	114	27	17	25	29	1.97
32638--32852	79	2.7	78	79	3	234	27	18	24	29	1.98
44674--44722	18	2.7	17	78	12	53	69	6	2	22	1.21
44730--44781	20	2.5	21	81	12	63	67	3	7	21	1.32
44843--44999	30	5.3	30	85	6	194	32	1	26	40	1.64
45210--46641	715	2.0	714	91	1	2334	29	18	17	34	1.93
49369--49584	94	2.3	95	85	1	292	24	25	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49931--49969	19	2.1	19	90	0	60	43	12	23	20	1.86
49950--50181	43	5.5	43	80	6	240	34	16	20	28	1.95
49950--50181	83	2.8	83	81	8	263	34	16	20	28	1.95
50181--50321	43	3.3	43	85	4	185	31	14	23	30	1.95
56399--56432	14	2.3	15	85	5	52	55	5	5	32	1.48
56667--56706	20	2.0	20	100	0	80	40	0	15	45	1.46
61646--61689	24	1.9	23	86	9	63	34	6	0	59	1.24
73855--73902	23	2.1	23	92	0	78	14	31	20	33	1.93
82039--82087	25	2.0	25	87	0	71	51	14	0	34	1.43
84370--84403	16	2.1	16	100	0	68	52	8	5	32	1.56
85079--85123	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
85921--85950	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
85916--85976	21	2.8	22	85	11	65	14	9	1	73	1.16
86585--86650	21	3.2	21	71	16	75	51	9	3	36	1.49
86591--86654	19	3.3	19	71	16	67	50	7	3	39	1.47
86587--86667	40	2.0	40	95	0	144	48	8	4	38	1.56
93283--93315	16	2.1	16	88	11	50	48	12	0	39	1.40
100196--100264	36	2.0	35	83	11	88	39	10	7	43	1.66
102442--102495	20	2.7	20	85	2	72	33	5	11	50	1.61
102823--102897	37	2.0	37	100	0	150	29	24	13	33	1.93
114855--114881	3	9.0	3	100	0	54	0	33	33	33	1.58
115286--115357	29	2.4	30	81	2	74	38	0	5	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115587--115653	30	2.3	29	78	14	75	35	0	2	61	1.12
115608--115632	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
117898--117962	26	2.4	28	84	7	80	41	1	0	56	1.08
118471--118508	19	2.0	20	89	5	60	73	2	0	23	0.95
126288--126331	24	2.0	23	86	13	65	65	4	15	13	1.41
129610--129656	18	2.6	18	79	3	58	31	19	23	25	1.98
133705--133752	15	3.2	15	82	11	55	43	14	4	37	1.65
133717--133777	25	2.4	25	83	5	79	45	19	4	29	1.71
135068--135135	34	2.0	34	100	0	136	67	8	14	8	1.41
148408--148448	15	2.7	15	82	14	57	46	14	2	36	1.58
152754--152852	49	2.0	49	98	0	189	35	10	18	36	1.84
159468--159581	46	2.4	48	88	5	178	27	0	14	57	1.44
159491--159566	25	3.2	25	63	21	63	25	1	19	53	1.52
160939--160963	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
162727--162765	19	2.0	20	85	14	55	41	0	0	58	0.98
162732--162772	18	2.3	18	80	19	50	41	0	0	58	0.98
163098--163126	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
164403--164449	22	2.1	22	92	0	76	48	6	8	36	1.59
165802--165864	26	2.2	28	81	15	69	33	0	0	66	0.92
173064--173113	21	2.4	21	83	3	66	46	20	6	28	1.74
174240--174272	12	2.8	12	90	9	50	60	6	24	9	1.49
174549--174586	19	2.0	19	89	0	58	55	5	0	39	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179940--179997	27	2.1	28	81	9	66	58	12	3	25	1.49
180519--180594	21	3.4	21	71	13	62	36	19	10	32	1.86
180677--180792	46	2.5	46	81	2	135	30	23	8	37	1.85
180931--180996	21	3.2	20	80	6	78	45	18	4	31	1.69
184815--184870	21	2.7	21	85	0	76	28	7	25	39	1.82
189214--189417	101	2.0	101	98	0	390	19	24	8	48	1.77
190077--190119	14	3.1	14	86	0	59	30	11	0	58	1.34
191028--191070	20	2.1	20	83	12	52	51	23	2	23	1.60
191031--191073	18	2.3	19	80	4	52	53	20	2	23	1.57
191411--191471	32	1.9	31	90	3	95	26	19	9	44	1.82
191418--191491	31	2.3	32	83	2	87	28	18	8	44	1.78
191934--192085	58	2.6	58	82	7	166	44	11	18	25	1.83
191989--192099	58	1.9	58	81	3	134	47	10	15	26	1.78
192854--192896	22	2.0	22	85	0	59	27	18	23	30	1.98
193237--193424	74	2.5	74	80	0	223	38	14	20	26	1.92
193237--193425	75	2.5	73	80	2	216	38	14	20	26	1.92
193323--193619	139	2.1	139	81	6	343	36	14	20	29	1.92
193605--193698	39	2.4	39	87	3	127	43	10	18	27	1.83
193606--193725	39	3.1	39	82	2	98	43	11	19	25	1.85
193744--193843	39	2.6	38	87	6	130	48	14	18	20	1.82
193853--194021	87	1.9	87	86	0	239	41	13	19	25	1.88
200142--200237	40	2.4	40	87	0	129	40	20	13	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200165--200279	40	2.9	40	86	0	149	38	20	16	24	1.93
202632--202677	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
208078--208164	43	2.0	43	81	0	102	17	17	35	29	1.93
208516--208656	40	3.5	40	81	4	151	40	21	15	21	1.91
212129--212182	23	2.4	24	72	12	60	57	0	3	38	1.17
212258--212305	21	2.3	21	81	0	60	41	4	6	47	1.48
212266--212307	22	2.0	21	90	4	66	45	7	7	40	1.59
212612--212658	18	2.5	18	86	6	58	68	0	4	27	1.08
213209--213304	45	2.3	43	82	12	110	50	6	6	37	1.53
221231--221283	26	2.0	26	100	0	106	22	18	11	47	1.81
223204--223445	82	3.0	81	81	5	283	29	21	19	28	1.98
225067--225097	15	2.1	15	100	0	62	41	19	0	38	1.51
227417--227471	17	3.2	17	77	7	58	49	12	16	21	1.79
227784--227968	92	2.0	92	98	0	361	17	25	13	43	1.86
229442--229481	14	2.9	15	82	10	50	67	5	15	12	1.38
233644--233714	37	1.9	37	88	5	108	35	29	12	22	1.91
237124--237189	17	3.9	17	78	7	62	15	15	15	54	1.71
238306--238416	37	3.0	37	77	7	116	31	22	15	30	1.95
238319--238416	38	2.6	37	80	7	108	29	25	16	28	1.97
244045--244080	18	2.1	17	90	10	56	33	11	0	55	1.35
245070--245101	12	2.7	12	95	0	55	43	6	31	18	1.75
247679--247703	12	2.1	12	100	0	50	8	40	0	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248609--248633	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
258337--258387	15	3.4	15	91	0	84	33	21	23	21	1.97
260270--260309	19	2.2	18	86	8	55	20	10	10	60	1.57
260895--260939	18	2.5	18	82	17	58	77	0	20	2	0.87
260894--260938	24	2.0	24	91	8	76	77	0	20	2	0.87
263757--263789	15	2.3	15	94	5	59	63	9	6	21	1.45
263739--263822	44	1.9	44	95	0	150	51	5	13	29	1.64
264385--264416	13	2.5	13	94	0	55	65	12	6	15	1.44
269511--269540	15	1.9	16	93	6	53	33	23	3	40	1.71
277567--277624	24	2.6	21	73	10	53	1	36	5	56	1.32

Tables:   1   2