Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013395.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128419, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8957
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.16, T:0.34
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1357 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1331--1368 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
1321 GGTGGATATA
1331 AATTAAAAAA-TATAAATT
1 AATTAAAAAAGTATAAATT
*
1349 AATTTAAAAAGGTATAAATT
1 AA-TTAAAAAAGTATAAATT
1369 TTTTAGACCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.12
19 7 0.41
20 8 0.47
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
AATTAAAAAAGTATAAATT
Found at i:2278 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2252--2289 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
2242 GGTGGATATA
2252 AATTAAAAAA-TATAAATT
1 AATTAAAAAAGTATAAATT
*
2270 AATTTAAAAAGGTATAAATT
1 AA-TTAAAAAAGTATAAATT
2290 TTTTAGACCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.12
19 7 0.41
20 8 0.47
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
AATTAAAAAAGTATAAATT
Found at i:2657 original size:921 final size:921
Alignment explanation
Indices: 876--2722 Score: 3676
Period size: 921 Copynumber: 2.0 Consensus size: 921
866 AGTTCAAGAA
876 TCAACCTTCAAGATTATAATTTTCAAACTAATTAATTTCTATAACGTAAATTGCAAGCTAAGACT
1 TCAACCTTCAAGATTATAATTTTCAAACTAATTAATTTCTATAACGTAAATTGCAAGCTAAGACT
941 TTTTTCTCTCAAAATGGATGAAATATTTTCATAGTAATATTCAAAAAAGGCAGATTTTGTCTTTA
66 TTTTTCTCTCAAAATGGATGAAATATTTTCATAGTAATATTCAAAAAAGGCAGATTTTGTCTTTA
1006 TACCAAAAGGACAGATTTTATATTGAATTTTGTCCCATGGACCAAGAAATATATTTTATGGTCTT
131 TACCAAAAGGACAGATTTTATATTGAATTTTGTCCCATGGACCAAGAAATATATTTTATGGTCTT
1071 CATGTAGGTGAAGGGGTGATTAATTTATATATTATTATTATTGAATAAGTGTCTAATTATTAAAT
196 CATGTAGGTGAAGGGGTGATTAATTTATATATTATTATTATTGAATAAGTGTCTAATTATTAAAT
*
1136 TTATAATTGTTTTATGGATTAATATGTAGTCTATATTTTGAATTTGTCCAAAAATATATAGTTAG
261 TTATAATTGTTTTACGGATTAATATGTAGTCTATATTTTGAATTTGTCCAAAAATATATAGTTAG
1201 TACTTAAACTTGTATTATATTAATGATTTGTATCTTCACACTAACAATATTACTTTGTGCTGACG
326 TACTTAAACTTGTATTATATTAATGATTTGTATCTTCACACTAACAATATTACTTTGTGCTGACG
*
1266 TGATACTGATGACTAATTTTATGGTGACATGTAACAACCTCTCAAAATCACACGTGGTGGATATA
391 TGATACTGATGACCAATTTTATGGTGACATGTAACAACCTCTCAAAATCACACGTGGTGGATATA
1331 AATTAAAAAATATAAATTAATTTAAAAAGGTATAAATTTTTTAGACCAATAGAAGTACCAGCTAA
456 AATTAAAAAATATAAATTAATTTAAAAAGGTATAAATTTTTTAGACCAATAGAAGTACCAGCTAA
1396 GTAATTTTAAATAAGTTTCGGGGGACAAATTACATATTAACCATTAAAAAATTAACATTGTTAAT
521 GTAATTTTAAATAAGTTTCGGGGGACAAATTACATATTAACCATTAAAAAATTAACATTGTTAAT
1461 AAATTGGGATAATATGTGTGACACATTTTAAATTTTGGTACTAACTAAATAAAAAAAATAGTTCA
586 AAATTGGGATAATATGTGTGACACATTTTAAATTTTGGTACTAACTAAATAAAAAAAATAGTTCA
1526 AGTACCAATTAGGCCACCCTGTAAGAATTCAAAACATAGCCTCAGCCTCAAAACATGTATCAATG
651 AGTACCAATTAGGCCACCCTGTAAGAATTCAAAACATAGCCTCAGCCTCAAAACATGTATCAATG
1591 GCTCAACTCCAATTGCTGTCGCTGTCCTAACAATTTAACGATTAATGGAATCTGGTGTTGAATTT
716 GCTCAACTCCAATTGCTGTCGCTGTCCTAACAATTTAACGATTAATGGAATCTGGTGTTGAATTT
1656 TCAGTTCCCTGCAATTGCGTCTAAATGTTGAGCTCTGACGAAATATCTTGTTAACAATTTTCCTT
781 TCAGTTCCCTGCAATTGCGTCTAAATGTTGAGCTCTGACGAAATATCTTGTTAACAATTTTCCTT
1721 TCAATTATTTTGATGGATTAACTCTTTTTTTACTTGTTTTTTTAATAAAGAAGGAGCAAGTTAGC
846 TCAATTATTTTGATGGATTAACTCTTTTTTTACTTGTTTTTTTAATAAAGAAGGAGCAAGTTAGC
1786 TTGATTACGAT
911 TTGATTACGAT
1797 TCAACCTTCAAGATTATAATTTTCAAACTAATTAATTTCTATAACGTAAATTGCAAGCTAAGACT
1 TCAACCTTCAAGATTATAATTTTCAAACTAATTAATTTCTATAACGTAAATTGCAAGCTAAGACT
1862 TTTTTCTCTCAAAATGGATGAAATATTTTCATAGTAATATTCAAAAAAGGCAGATTTTGTCTTTA
66 TTTTTCTCTCAAAATGGATGAAATATTTTCATAGTAATATTCAAAAAAGGCAGATTTTGTCTTTA
1927 TACCAAAAGGACAGATTTTATATTGAATTTTGTCCCATGGACCAAGAAATATATTTTATGGTCTT
131 TACCAAAAGGACAGATTTTATATTGAATTTTGTCCCATGGACCAAGAAATATATTTTATGGTCTT
1992 CATGTAGGTGAAGGGGTGATTAATTTATATATTATTATTATTGAATAAGTGTCTAATTATTAAAT
196 CATGTAGGTGAAGGGGTGATTAATTTATATATTATTATTATTGAATAAGTGTCTAATTATTAAAT
2057 TTATAATTGTTTTACGGATTAATATGTAGTCTATATTTTGAATTTGTCCAAAAATATATAGTTAG
261 TTATAATTGTTTTACGGATTAATATGTAGTCTATATTTTGAATTTGTCCAAAAATATATAGTTAG
2122 TACTTAAACTTGTATTATATTAATGATTTGTATCTTCACACTAACAATATTACTTTGTGCTGACG
326 TACTTAAACTTGTATTATATTAATGATTTGTATCTTCACACTAACAATATTACTTTGTGCTGACG
2187 TGATACTGATGACCAATTTTATGGTGACATGTAACAACCTCTCAAAATCACACGTGGTGGATATA
391 TGATACTGATGACCAATTTTATGGTGACATGTAACAACCTCTCAAAATCACACGTGGTGGATATA
2252 AATTAAAAAATATAAATTAATTTAAAAAGGTATAAATTTTTTAGACCAATAGAAGTACCAGCTAA
456 AATTAAAAAATATAAATTAATTTAAAAAGGTATAAATTTTTTAGACCAATAGAAGTACCAGCTAA
2317 GTAATTTTAAATAAGTTTCGGGGGACAAATTACATATTAACCATTAAAAAATTAACATTGTTAAT
521 GTAATTTTAAATAAGTTTCGGGGGACAAATTACATATTAACCATTAAAAAATTAACATTGTTAAT
2382 AAATTGGGATAATATGTGTGACACATTTTAAATTTTGGTACTAACTAAATAAAAAAAATAGTTCA
586 AAATTGGGATAATATGTGTGACACATTTTAAATTTTGGTACTAACTAAATAAAAAAAATAGTTCA
2447 AGTACCAATTAGGCCACCCTGTAAGAATTCAAAACATAGCCTCAGCCTCAAAACATGTATCAATG
651 AGTACCAATTAGGCCACCCTGTAAGAATTCAAAACATAGCCTCAGCCTCAAAACATGTATCAATG
2512 GCTCAACTCCAATTGCTGTCGCTGTCCTAACAATTTAACGATTAATGGAATCTGGTGTTGAATTT
716 GCTCAACTCCAATTGCTGTCGCTGTCCTAACAATTTAACGATTAATGGAATCTGGTGTTGAATTT
2577 TCAGTTCCCTGCAATTGCGTCTAAATGTTGAGCTCTGACGAAATATCTTGTTAACAATTTTCCTT
781 TCAGTTCCCTGCAATTGCGTCTAAATGTTGAGCTCTGACGAAATATCTTGTTAACAATTTTCCTT
2642 TCAATTATTTTGATGGATTAACTCTTTTTTTACTTGTTTTTTTAATAAAGAAGGAGCAAGTTAGC
846 TCAATTATTTTGATGGATTAACTCTTTTTTTACTTGTTTTTTTAATAAAGAAGGAGCAAGTTAGC
2707 TTGATTACGAT
911 TTGATTACGAT
2718 TCAAC
1 TCAAC
2723 TAGAAAGTTT
Statistics
Matches: 924, Mismatches: 2, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
921 924 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (921 bp):
TCAACCTTCAAGATTATAATTTTCAAACTAATTAATTTCTATAACGTAAATTGCAAGCTAAGACT
TTTTTCTCTCAAAATGGATGAAATATTTTCATAGTAATATTCAAAAAAGGCAGATTTTGTCTTTA
TACCAAAAGGACAGATTTTATATTGAATTTTGTCCCATGGACCAAGAAATATATTTTATGGTCTT
CATGTAGGTGAAGGGGTGATTAATTTATATATTATTATTATTGAATAAGTGTCTAATTATTAAAT
TTATAATTGTTTTACGGATTAATATGTAGTCTATATTTTGAATTTGTCCAAAAATATATAGTTAG
TACTTAAACTTGTATTATATTAATGATTTGTATCTTCACACTAACAATATTACTTTGTGCTGACG
TGATACTGATGACCAATTTTATGGTGACATGTAACAACCTCTCAAAATCACACGTGGTGGATATA
AATTAAAAAATATAAATTAATTTAAAAAGGTATAAATTTTTTAGACCAATAGAAGTACCAGCTAA
GTAATTTTAAATAAGTTTCGGGGGACAAATTACATATTAACCATTAAAAAATTAACATTGTTAAT
AAATTGGGATAATATGTGTGACACATTTTAAATTTTGGTACTAACTAAATAAAAAAAATAGTTCA
AGTACCAATTAGGCCACCCTGTAAGAATTCAAAACATAGCCTCAGCCTCAAAACATGTATCAATG
GCTCAACTCCAATTGCTGTCGCTGTCCTAACAATTTAACGATTAATGGAATCTGGTGTTGAATTT
TCAGTTCCCTGCAATTGCGTCTAAATGTTGAGCTCTGACGAAATATCTTGTTAACAATTTTCCTT
TCAATTATTTTGATGGATTAACTCTTTTTTTACTTGTTTTTTTAATAAAGAAGGAGCAAGTTAGC
TTGATTACGAT
Done.