genome.fa.s13410.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013410.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128435, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  180568

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1718--1744	14	1.9	14	100	0	54	37	0	22	40	1.54
2339--2656	59	5.4	58	79	7	300	31	2	27	38	1.71
2362--2648	30	9.7	30	77	10	238	30	2	29	37	1.70
2359--2650	89	3.3	87	85	6	349	30	2	29	38	1.71
3729--3775	14	3.4	14	80	13	53	46	2	0	51	1.13
4520--4616	18	5.5	18	75	14	94	53	2	1	43	1.19
4517--4616	35	2.8	36	82	8	116	53	2	1	44	1.19
5103--5183	39	2.2	37	82	8	94	25	17	25	30	1.97
5138--5392	118	2.2	118	86	1	359	25	19	26	29	1.98
5751--5776	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5774--5808	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
11989--12041	26	2.0	26	100	0	106	26	7	30	35	1.84
12417--12443	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
13890--13923	11	3.0	12	91	8	54	50	0	0	50	1.00
13891--13961	28	2.5	26	78	14	70	52	0	1	46	1.09
17184--17223	16	2.5	16	87	0	53	47	15	7	30	1.72
22535--22584	5	9.6	5	83	16	66	80	0	20	0	0.72
22535--22584	16	3.2	16	91	8	77	80	0	20	0	0.72
22525--22584	21	2.8	20	85	9	84	81	0	18	0	0.69
23440--23473	10	3.4	10	91	0	59	88	0	11	0	0.52
24469--24836	49	7.4	50	78	3	307	35	18	27	18	1.94
25143--25263	40	3.0	40	82	2	152	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25164--25288	41	3.0	41	81	5	110	32	24	15	28	1.95
26261--26399	66	2.1	64	80	7	147	36	10	5	46	1.63
32732--32794	27	2.3	27	86	5	83	28	15	23	31	1.96
40379--40407	12	2.5	12	94	5	51	6	0	37	55	1.27
51891--51934	17	2.6	17	92	0	70	45	0	4	50	1.22
51907--51949	23	1.9	22	85	4	59	48	2	2	46	1.27
52649--52692	3	14.0	3	86	9	61	63	0	2	34	1.07
53769--53880	29	3.8	31	77	10	101	36	21	3	38	1.71
53833--54112	58	4.9	56	78	14	227	33	25	4	36	1.77
53837--54085	28	8.6	28	70	13	112	34	25	4	35	1.76
53834--54111	29	9.7	27	73	17	149	33	25	4	35	1.77
54010--54111	28	3.6	28	78	5	116	35	27	2	34	1.72
66299--66761	209	2.2	209	87	2	653	36	18	22	22	1.95
67052--67133	6	14.3	6	70	19	59	45	0	3	51	1.19
67052--67131	17	4.7	17	87	0	115	43	0	3	52	1.19
67102--67144	23	1.9	22	90	4	68	51	2	0	46	1.13
67739--67802	3	21.0	3	81	9	76	62	0	0	37	0.95
67743--67802	24	2.4	25	86	2	86	63	0	0	36	0.95
68822--69198	29	12.8	29	69	12	171	35	22	4	37	1.74
68822--69042	59	3.7	59	81	9	231	38	23	2	35	1.69
68831--69043	88	2.4	88	79	6	218	38	23	2	36	1.68
68831--69202	59	6.3	59	79	11	210	35	23	4	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68979--69236	59	4.4	58	82	7	274	33	23	5	36	1.79
69067--69312	29	8.5	29	72	14	159	32	25	8	34	1.86
68986--69285	59	5.1	59	80	7	258	32	25	6	36	1.82
69125--69305	87	2.1	86	82	6	213	32	27	8	31	1.87
69068--69285	58	3.7	57	83	3	238	31	25	8	34	1.85
70513--70557	21	2.1	21	100	0	90	8	17	31	42	1.80
73204--73233	12	2.5	12	94	0	51	13	30	36	20	1.90
73811--73845	18	2.0	17	88	5	52	17	14	20	48	1.81
76293--76333	18	2.3	19	79	12	50	9	34	17	39	1.82
84769--85058	38	7.6	38	84	3	282	32	17	17	32	1.94
84769--85058	76	3.8	76	82	0	328	32	17	17	32	1.94
84769--85026	114	2.3	114	84	0	327	32	17	18	31	1.94
84809--85104	114	2.6	114	80	2	290	33	16	17	32	1.93
86542--86598	23	2.4	24	79	5	62	17	10	10	61	1.56
86556--86600	23	1.9	24	86	4	65	13	8	11	66	1.44
97688--97757	17	4.1	17	81	7	72	18	7	18	55	1.64
99193--99240	24	2.0	24	100	0	96	45	4	25	25	1.71
105034--105072	20	1.9	20	84	5	51	61	0	2	35	1.10
105272--105361	33	2.8	32	88	8	128	23	16	14	45	1.84
105532--105644	59	1.9	59	83	1	145	53	13	9	23	1.68
105540--105734	90	2.1	92	81	9	222	49	12	13	24	1.76
105616--105734	31	3.9	30	73	6	114	47	10	15	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106695--106729	18	1.9	18	88	0	52	37	8	40	14	1.76
109337--109801	146	3.2	145	81	6	520	40	16	8	34	1.79
109798--111059	482	2.6	484	81	5	1383	39	15	11	33	1.83
111239--112576	703	1.9	697	84	4	1802	40	14	10	34	1.80
112883--112945	24	2.6	24	85	5	83	26	11	9	52	1.67
114864--114928	24	2.7	24	82	0	94	27	12	6	53	1.61
115457--116706	485	2.6	482	80	5	1344	39	16	11	32	1.84
118252--118656	145	2.8	142	78	7	372	40	15	7	36	1.76
118220--118658	143	3.1	139	76	10	427	38	15	7	37	1.77
118518--118887	192	1.9	192	80	4	433	38	17	8	35	1.80
118710--119950	481	2.6	480	80	5	1321	39	16	11	33	1.84
120102--121462	702	1.9	700	85	4	1873	39	14	11	34	1.83
121472--121846	142	2.6	142	80	8	406	39	15	7	37	1.77
123276--123333	28	2.1	27	84	6	73	27	5	31	36	1.79
123286--123396	28	3.9	28	75	12	84	30	6	31	31	1.82
123313--123716	59	6.9	58	80	6	395	35	7	26	30	1.83
123314--123716	118	3.4	119	79	3	438	35	7	26	30	1.83
123493--123863	29	12.7	27	66	16	97	38	5	24	32	1.78
123496--123640	30	4.9	30	72	16	115	35	6	25	32	1.81
123316--123686	117	3.2	117	79	6	403	35	7	26	30	1.84
123314--123807	176	2.8	175	84	7	583	37	6	26	30	1.81
123315--123847	59	9.1	58	78	9	286	37	6	26	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123673--123865	58	3.3	60	81	7	211	40	2	23	33	1.68
124975--125010	15	2.3	16	90	4	56	41	2	0	55	1.14
124989--125033	21	2.2	20	88	7	65	46	0	0	53	1.00
125683--125773	6	15.7	6	70	11	64	47	2	4	46	1.35
125685--125752	17	3.9	17	75	11	66	50	2	4	42	1.37
125723--125773	23	2.2	24	85	3	68	47	0	5	47	1.26
126158--127079	206	4.6	198	86	4	915	22	22	18	36	1.95
126352--127079	206	3.5	206	90	1	1127	22	23	18	35	1.95
127185--127333	39	3.8	39	69	13	110	22	20	31	26	1.98
127415--127596	101	1.8	101	86	0	265	31	16	16	35	1.91
127688--128057	100	3.7	97	75	7	305	16	27	18	37	1.93
127791--128057	98	2.7	99	78	8	267	16	25	19	38	1.93
128655--128692	19	2.0	19	100	0	76	42	15	15	26	1.87
129280--129385	6	17.3	6	76	18	51	3	9	4	82	0.94
129280--129385	13	8.7	12	76	18	51	3	9	4	82	0.94
129285--129380	7	13.3	7	77	13	52	4	7	5	83	0.91
129304--129388	11	8.0	10	78	13	55	5	4	5	83	0.91
129296--129371	30	2.5	30	80	8	82	5	5	6	82	0.93
129323--129373	23	2.1	24	85	7	68	0	3	9	86	0.70
129296--129380	31	2.7	32	79	15	97	4	5	5	83	0.91
134899--135323	59	7.4	59	78	6	374	34	6	27	32	1.81
134912--135259	116	3.0	116	81	5	398	33	6	27	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135138--135267	29	4.5	28	69	15	77	37	3	26	32	1.74
135028--135379	167	2.0	170	84	10	450	36	5	25	32	1.78
135304--135512	30	7.1	30	68	16	116	39	2	26	32	1.69
135304--135490	30	6.4	29	73	10	139	40	2	26	31	1.68
135102--135428	167	2.0	166	83	7	414	39	4	25	31	1.76
136612--136647	15	2.3	16	90	4	56	41	2	0	55	1.14
136626--136670	21	2.2	20	88	7	65	46	0	0	53	1.00
137319--137408	6	15.7	6	70	13	64	47	3	3	45	1.35
137361--137403	11	3.8	11	81	6	50	53	0	4	41	1.21
137355--137408	23	2.3	23	90	0	81	50	0	3	46	1.19

Tables:   1   2