Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013410.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128435, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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File 2 of 2
Found at i:137383 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 137321--137387 Score: 91
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
137311 TAATTGATTT
* *
137321 TAAATTTAAGTTTAAAATTATTCCAAATTTAAAC
1 TAAATTTAAATTTAAAATAATTCCAAATTTAAAC
*
137355 TAAATTTAAATTTAAAATGAATT-TAAATTTAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAAT-AATTCCAAATTTAAA
137388 TTTAAAGTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 26 0.90
35 3 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (34 bp):
TAAATTTAAATTTAAAATAATTCCAAATTTAAAC
Found at i:137403 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 137321--137387 Score: 73
Period size: 17 Copynumber: 3.9 Consensus size: 17
137311 TAATTGATTT
*
137321 TAAATTTAAGTTTAAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAA
* * *
137338 T-TATTCCAAATTTAAAC
1 TAAATT-TAAATTTAAAA
137355 TAAATTTAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAA
*
137372 TGAATTTAAATTTAAA
1 TAAATTTAAATTTAAA
137388 TTTAAAGTAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 4
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.08
17 34 0.85
18 3 0.08
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TAAATTTAAATTTAAAA
Found at i:138496 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 138182--138516 Score: 382
Period size: 145 Copynumber: 2.3 Consensus size: 146
138172 ATAGACTTCC
* * *
138182 CCTCAAAATTCGGGTTTCAATATTTAAAAATTAAATTG--AA-AAAAATCATAAGACACAAGAAC
1 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACACAAGAAC
* * *
138244 TTCTCCATGAATCACATGATAAATTTTCTTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTACCATTGAT
66 TTCACCATGAATCACATGATAAATTTCCTTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTAACCATTGAT
*
138309 TCTTTCATACACTTTG
131 TCTATCATACACTTTG
* * * *
138325 CCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACATAATAAC
1 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACACAAGAAC
* * * ** * *
138390 TTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTT-ACTTCTT-AAAATTTATACTTAATCTTTGA
66 TTCACCATGAATCACATGATAAATTTCC-TTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTAACCATTGA
138453 TTCTAT-A-ACGGA-TTTCG
130 TTCTATCATAC--ACTTT-G
* * *
138470 CCTCAAAATTCGACTTTTAATATTTAAAAATAAAAAT-AAAATAAAAA
1 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTGAAAATAAAAA
138517 AATTTATGAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 22, Indels: 13
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
143 37 0.23
144 14 0.09
145 60 0.37
146 47 0.29
147 5 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (146 bp):
CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACACAAGAAC
TTCACCATGAATCACATGATAAATTTCCTTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTAACCATTGAT
TCTATCATACACTTTG
Found at i:138903 original size:634 final size:632
Alignment explanation
Indices: 137691--138934 Score: 1584
Period size: 634 Copynumber: 2.0 Consensus size: 632
137681 AAAGATTTTA
* * * *
137691 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAAAGAAACTGGAAAAAATCATAACATACAAGAACTTC
1 CCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAAAGAAACTGAAAAAAACCATAACACACAAGAACTTC
* * * * *
137756 ATTATGGATCACATGGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAATTTTTTACTTTTTCATTCATTCA
66 ACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAATTTTATAC--TTTCAATCATTCA
* * *
137821 TTCCATAACAAACTTCGCCTCAAAAATCGAGTTTTAATATTTAAAAATAATAATAAAAAGAAATC
129 TTCCATAACAAACTTCGCCTCAAAAATCGACTTTTAATATTTAAAAATAAAAATAAAAAAAAATC
* * * *
137886 ACAAAAACACGTTAACTTCGTTACGTATCACATGAATATGTTAAAAAACGCAAACAACCTTAAAT
194 ACAAAAACACATGAACTTCGTTACGTATCACATGAATATGTTAAAAAACACAAACAACCCTAAAT
* * *
137951 ATCCAAGTGGTTGGTAAAAAGATTGTAATTCCAACATCTATCAAACCTCTAATTGCATTCAACAA
259 ATCCAAGTGGTTGATAAAAAGATTGTAAATCCAACATCTATCAAACCCCTAATTGCATTCAACAA
* *
138016 ACTTCATTACTGTAGTACTAATTTTGTTTTCATGATAATTACCAAAGTGGGCAAACTTTAGTTCT
324 ACTTCATTACTGTAGTACTAATTTTGTTTTCATGATAAGTACCAAAGTGGACAAACTTTAGTTCT
** * * * *
138081 ACAAGGGTTGGTCTTTTACAAAACCTAAACATATTGGCAATTTGAAATGTCCTCAAAGCTTACAT
389 ACAAGGGTTGGTCTTCAACAAAACCTAAACATATTAGAAATTTGAAATGTCCACAAAGCTTACAA
* * * * *
138146 AATAGTTATTTATCTTTGATTCCGTAATAGACTTCCCCTCAAAATTCGGGTTTCAATATTTAAAA
454 AATACTTATTTATCTTTGATTCCGTAACAGACTTCCCCTCAAAATCCGAGATTCAATATTTAAAA
* ** * *
138211 ATTAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTCTCCATGAATCACATGATAAATTTTCTTTT
519 ATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTAGCCATGAATCACATGATAAATTTCCATTT
* *
138276 TAACCACTTAAAAATTTATACTTTACCATTGATTCTTTCATACACTTTG
584 TAACCACTTAAAAATTCATAATTTACCATTGATTCTTTCATACACTTTG
* * * * *
138325 CCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACATAATAAC
1 CCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAAAGAAACTG--AA-AAAAACCATAACACACAAGAAC
* * * *
138390 TTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAA-TTTATAC-TT-AATCTTTG
63 TTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAATTTTATACTTTCAATCATTC
* ** * *
138452 ATTCTATAACGGATTTCGCCTCAAAATTCGACTTTTAATATTTAAAAATAAAAATAAAATAAAAA
128 ATTCCATAACAAACTTCGCCTCAAAAATCGACTTTTAATATTTAAAAATAAAAAT--AA-AAAAA
* ** * * *
138517 AATTTATGAAAACACATGAACTTCGTTATGTATCACATGAATCTGTT-AAAAACACAAGCAACCC
190 AA-TCACAAAAACACATGAACTTCGTTACGTATCACATGAATATGTTAAAAAACACAAACAACCC
* * * *
138581 TAAATATCCAGGTGGTTGATGAAAAGATTGTAAATCCAACATTTGTCAAACCCCTAATTGCATTC
254 TAAATATCCAAGTGGTTGATAAAAAGATTGTAAATCCAACATCTATCAAACCCCTAATTGCATTC
* *
138646 ATCAAACTTCATTACTGTAGTACTAATTTTG-TTTCATGATAAGTACCAAATTGGACAAACTTTA
319 AACAAACTTCATTACTGTAGTACTAATTTTGTTTTCATGATAAGTACCAAAGTGGACAAACTTTA
* * ***
138710 GTTCTAC-AGGTGTTGGTCTTCAAGAAAACCTCAACATATTAGAAATTTGGGTTGTCCACAACA-
384 GTTCTACAAGG-GTTGGTCTTCAACAAAACCTAAACATATTAGAAATTTGAAATGTCCACAA-AG
* * **
138773 CTTACAAAATACTTATTTTTCTTTGATTCCGTAACAGATTTTGCCTCAAAATCCGAGATTCAATA
447 CTTACAAAATACTTATTTATCTTTGATTCCGTAACAGACTTCCCCTCAAAATCCGAGATTCAATA
* ** * * * * * *
138838 TTTAAGAATGATGTTGTAGAAAATCATATGATACAAGAACTTAGCTATGAATCACATGGTAAATT
512 TTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTAGCCATGAATCACATGATAAATT
*
138903 TCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCATAATTTA
577 TCCATTTTAACCACTTAAAAATTCATAATTTA
138935 TCTTTCATTC
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 84, Indels: 18
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
632 53 0.10
633 5 0.01
634 249 0.48
635 109 0.21
636 44 0.09
637 57 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (632 bp):
CCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAAAGAAACTGAAAAAAACCATAACACACAAGAACTTC
ACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAATTTTATACTTTCAATCATTCATT
CCATAACAAACTTCGCCTCAAAAATCGACTTTTAATATTTAAAAATAAAAATAAAAAAAAATCAC
AAAAACACATGAACTTCGTTACGTATCACATGAATATGTTAAAAAACACAAACAACCCTAAATAT
CCAAGTGGTTGATAAAAAGATTGTAAATCCAACATCTATCAAACCCCTAATTGCATTCAACAAAC
TTCATTACTGTAGTACTAATTTTGTTTTCATGATAAGTACCAAAGTGGACAAACTTTAGTTCTAC
AAGGGTTGGTCTTCAACAAAACCTAAACATATTAGAAATTTGAAATGTCCACAAAGCTTACAAAA
TACTTATTTATCTTTGATTCCGTAACAGACTTCCCCTCAAAATCCGAGATTCAATATTTAAAAAT
GAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTAGCCATGAATCACATGATAAATTTCCATTTTA
ACCACTTAAAAATTCATAATTTACCATTGATTCTTTCATACACTTTG
Found at i:139224 original size:484 final size:483
Alignment explanation
Indices: 138325--139522 Score: 1240
Period size: 484 Copynumber: 2.5 Consensus size: 483
138315 ATACACTTTG
* * * * * * * *
138325 CCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACATAATAAC
1 CCTCAAAATCCGAGTTGCAATATTTAAACATGAATTTG-AAA-AAAAATCATAAGACACAAGAAC
* * * * * *
138390 TTCA-CTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTT-AAAATTTATACTTAATCTTTGA
64 -GCAGCTATGAATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTCA
** ** * *
138453 TTCTATAACGGATTTCGCCTC-AAAATTCGACTTTTAATATTTAAAAATAAAAATAAAA-TAAAA
128 TTCCGTAACAAATTT-GCCTCAAAAATT-GAGTTTT-A-A--T-AACA-AAAAATAAAATTAAAA
* * ** *
138516 AAATTTATGAAAACACATGAACTTCGTTATGTATCACATGAATCTGTTAAAAACACAAGCAACCC
185 AAACTTATTAAAACA-ATGAACTTCACTATGAATCACATGAATCTGTTAAAAACACAAGCAACCC
* * * * *
138581 TAAATATCCAGGTGGTTGATGAAAAGATTGTAAATCCAACATTTGTCAAACCCCTAATTGCATTC
249 CAAATATCCAAGTGGTAGATGAAAAGATTGGAAATCCAACACTTGTCAAACCCCTAATTGCATTC
* * * *
138646 ATCAAACTTCATTACTGTAGTACTAATTTTGTTTCATGATAAGTACCAAATTGGACAAACTTTAG
314 ATCAAACTACATTACTATAGTACTAATTTTGTTTCATGATAAGTACAAAATTGGACAAACATTAG
* * * * *
138711 TTCTACAGGTGTTGGTCTTCAAGAAAACCTCAACATATTAGA-AATTTGGGTTGTCCACAACACT
379 TTCTAAAGGTGTAGGTCTTCAACAAAACCTCAACATATT-GACAAATTGGGCTGTCCACAACACT
* *
138775 TACAAAATA-CTTATTTTTCTTTGATTCCGTAACAGATT-TT
443 TACAAAATAGC-TATTTATCTTTGATTCCGTAACAAATTCTT
* * * *
138815 GCCTCAAAATCCGAGATT-CAATATTTAAGA-ATG-ATGTTG-TAGAAAATCATATGATACAAGA
1 -CCTCAAAATCCGAG-TTGCAATATTTAA-ACATGAAT-TTGAAAAAAAATCATAAGACACAAGA
** * *
138876 ACTTAGCTATGAATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCATAATTTATCTTTC
62 ACGCAGCTATGAATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTC
* * *
138941 ATTCGGTAACATATTTGGGCTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAATAAAATTAAAAACAACT
127 ATTCCGTAACAAATTT-GCCTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAATAAAATTAAAAA-AACT
* * ** *
139006 GATTAAAACATATGAACTTCACTAT-AAGTCACATGAATTTGTTAAAAA-AGTAGGAACCCCAAA
190 TATTAAAACA-ATGAACTTCACTATGAA-TCACATGAATCTGTTAAAAACACAAGCAACCCCAAA
* * *
139069 TATTCAAGTGGGTAG-TGAAAAGATTGGAAATCCAGCACTTGTCAACCCCCTAATTGCATTCATC
253 TATCCAAGT-GGTAGATGAAAAGATTGGAAATCCAACACTTGTCAAACCCCTAATTGCATTCATC
* * *
139133 AAAC-ACATTACTATAGTATTAATTTTGATTTCATGATAATTACAAAATTGGGCAAACATTAGTT
317 AAACTACATTACTATAGTACTAATTTTG-TTTCATGATAAGTACAAAATTGGACAAACATTAGTT
* ** * *
139197 TTATAAGG-GTAGGTCTTTTACAAAACCTCAACGTATTGACAAATTGGGCTGTCCTCAACACTTA
381 CTA-AAGGTGTAGGTCTTCAACAAAACCTCAACATATTGACAAATTGGGCTGTCCACAACACTTA
* * *
139261 CATAATAGCTATTTATCTTTGATTTCGTAGCAAATTCTT
445 CAAAATAGCTATTTATCTTTGATTCCGTAACAAATTCTT
* * *
139300 CCTCACAATTCGAGTTGTAATATTTAAACATGAATTTGAAAAAAAATCATAAGACACAAGAACGC
1 CCTCAAAATCCGAGTTGCAATATTTAAACATGAATTTGAAAAAAAATCATAAGACACAAGAACGC
* * * *** * * *
139365 CGCTATGAATCACACGATAAATTTTTTTTTTAATCTCTAAAAAATTTATACTTTATCTTTCACTC
66 AGCTATGAATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTCATTC
* * * *
139430 CGTAACAAACTTACCTAAAAAATTGAGTTTTAATAACTAAAAATAAAATTAAAAAAACTTATTAA
131 CGTAACAAATTTGCCTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAATAAAATTAAAAAAACTTATTAA
** *
139495 AACAAGTGAACTTTTCTATGTATCACAT
196 AACAA-TGAACTTCACTATGAATCACAT
139523 CATTATGTTA
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 98, Indels: 50
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
482 1 0.00
483 65 0.11
484 252 0.43
485 138 0.23
487 3 0.01
488 51 0.09
489 40 0.07
490 7 0.01
491 28 0.05
492 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (483 bp):
CCTCAAAATCCGAGTTGCAATATTTAAACATGAATTTGAAAAAAAATCATAAGACACAAGAACGC
AGCTATGAATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTCATTC
CGTAACAAATTTGCCTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAATAAAATTAAAAAAACTTATTAA
AACAATGAACTTCACTATGAATCACATGAATCTGTTAAAAACACAAGCAACCCCAAATATCCAAG
TGGTAGATGAAAAGATTGGAAATCCAACACTTGTCAAACCCCTAATTGCATTCATCAAACTACAT
TACTATAGTACTAATTTTGTTTCATGATAAGTACAAAATTGGACAAACATTAGTTCTAAAGGTGT
AGGTCTTCAACAAAACCTCAACATATTGACAAATTGGGCTGTCCACAACACTTACAAAATAGCTA
TTTATCTTTGATTCCGTAACAAATTCTT
Found at i:141370 original size:146 final size:145
Alignment explanation
Indices: 141033--141887 Score: 1214
Period size: 146 Copynumber: 5.9 Consensus size: 145
141023 TCCGTAATAG
* * * *
141033 ACTTCGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAAAAATCATAAGACAC
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
* * * * ** **
141097 AAGAACTTCCCCATGAATCACATAATAAATTTCC-TTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTAT
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTT-ACTTCTTAAAAATTTATACTTTAT
141161 C---ATTCTTTCACAC
130 CTTGATTCTTTCACAC
* *
141174 GCTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
141239 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
141304 ATTGATTCTTTCACAC
131 -TTGATTCTTTCACAC
* *
141320 ACTTTGCCTCAAAATTCCAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
*
141385 AATAACTTCACTATCCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
141450 ---ATTCTTTCACAC
131 TTGATTCTTTCACAC
* *
141462 GCTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
*
141527 AATAACTTCACTATGCACCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
141592 ATTGATTCTTTCACAC
131 -TTGATTCTTTCACAC
*
141608 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
* *
141673 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTTCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTCTATC
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * **
141738 TTTGATTCTATAACGG
131 -TTGATTCTTTCACAC
** * * *
141754 ACTTCACCTCAAAATTCGAGTTACTATATTTAAAAAT-AAATCTG--AA-AAAAATCATAAGACA
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAAT-TGAAAATAAAAATCATAAGACA
* * * * * *
141815 CAAGAACTT-AGCTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTA
65 TAATAACTTCA-CTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTA
141879 TCTTTGATT
129 TC-TTGATT
141888 TCCTAATGGA
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 48, Indels: 22
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 39 0.06
142 207 0.32
143 84 0.13
144 2 0.00
145 4 0.01
146 318 0.49
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (145 bp):
ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAATCATAAGACAT
AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
TTGATTCTTTCACAC
Found at i:141533 original size:288 final size:288
Alignment explanation
Indices: 141033--141887 Score: 1292
Period size: 288 Copynumber: 3.0 Consensus size: 288
141023 TCCGTAATAG
* * * * *
141033 ACTTCGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAAAAATCATAAGACAC
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
* * * * ** **
141097 AAGAACTTCCCCATGAATCACATAATAAATTTCC-TTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTAT
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTT-ACTTCTTAAAAATTTATACTTTAT
141161 CATTCTTTCACACGCTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAA
130 CATTCTTTCACACGCTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAA
141226 AATCATAAGACATAATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAA
195 AATCATAAGACATAATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAA
141291 TTTATACTTTATCATTGATTCTTTCACAC
260 TTTATACTTTATCATTGATTCTTTCACAC
*
141320 ACTTTGCCTCAAAATTCCAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
*
141385 AATAACTTCACTATCCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
141450 ATTCTTTCACACGCTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAA
131 ATTCTTTCACACGCTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAA
*
141515 ATCATAAGACATAATAACTTCACTATGCACCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAAT
196 ATCATAAGACATAATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAAT
141580 TTATACTTTATCATTGATTCTTTCACAC
261 TTATACTTTATCATTGATTCTTTCACAC
141608 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
1 ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
* *
141673 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTTCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTCTATC
66 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* ** * ** * * *
141738 TTTGATTCTATAACGGACTTCACCTCAAAATTCGAGTTACTATATTTAAAAAT-AAATCTG--AA
131 ATTCTTTC-A-CAC-G-CTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAAT-TGAAAA
* * * * * *
141800 -AAAAATCATAAGACACAAGAACTT-AGCTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCTCTT
191 TAAAAATCATAAGACATAATAACTTCA-CTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTT
*
141863 AAAAATTTATACTTTATCTTTGATT
255 AAAAATTTATACTTTATCATTGATT
141888 TCCTAATGGA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 36, Indels: 14
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
287 41 0.08
288 357 0.68
289 84 0.16
290 4 0.01
291 5 0.01
292 33 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (288 bp):
ACTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAAACCATAAGACAT
AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
ATTCTTTCACACGCTTTGCCTCAAAATTCAAGTTGCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAATAAAA
ATCATAAGACATAATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTTACTTCTTAAAAAT
TTATACTTTATCATTGATTCTTTCACAC
Found at i:143356 original size:146 final size:144
Alignment explanation
Indices: 143083--143543 Score: 501
Period size: 143 Copynumber: 3.2 Consensus size: 144
143073 TTATTAATAA
* ** * * *
143083 ACTTCGCCTTAAAATTTGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAAAAAAATTATAAGACACA
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAAAATCATAAGACATA
* * * * *
143148 AGAAATTTC-CCATGAATCACATGATAAA-TTTCCTTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTAT
65 A-TAACTTCACTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTT-ACCACTTAAAAATTTATACTTTAT
* *
143211 CATTGATTCTTTCATAC-G
128 CTTTGATTCTAT-A-ACGG
* *
143229 -CTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAATAAAAACCATAAGACAT
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAA-AAAAATCATAAGACAT
* **
143293 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTTCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
64 AATAACTTCACTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTTACCACTTAAAAATTTATACTTTATC
143358 TTTGATTCTATAACGG
129 TTTGATTCTATAACGG
* * *
143374 ACTTCGCCTCAAAATTCGAGTTACT-ATATTTAAAAATG-AATCT-GAAAAAAATCATAAGATC-
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTT-TTAATATTTAAAAATGAAAT-TAAAAAAAAATCATAAGA-CA
* *
143435 TAATAACTT-AGCTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAATTTTATACTTTA
63 TAATAACTTCA-CTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTTACCACTTAAAAATTTATACTTTA
* *
143499 TCTTTGATT-TCCTAATGG
127 TCTTTGATTCT-ATAACGG
**
143517 ACTTCAACTCAAAATTCAAGTTTTAAT
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTTTTAAT
143544 TTATCTTGTA
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 35, Indels: 25
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
142 3 0.01
143 104 0.39
144 5 0.02
145 51 0.19
146 96 0.36
147 10 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (144 bp):
ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAAATCATAAGACATAA
TAACTTCACTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTTACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTT
TGATTCTATAACGG
Found at i:143486 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 143083--143546 Score: 472
Period size: 146 Copynumber: 3.2 Consensus size: 141
143073 TTATTAATAA
* ** * * *
143083 ACTTCGCCTTAAAATTTGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAAAAAAATTATAAGACACA
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAG-TTCTATATTTAAAAATGAAATTG--AAAAAAATCATAAGACATA
* * * * * * * *
143148 AGAAATTTCCCATGAATCACATGATAAATTTCCTTTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCA
63 A-TAACTTACTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCT
*
143213 TTGATTCTTTCATAC-G
127 TTGATTCTAT-A-ACGG
* * * *
143229 -CTTTGCCTCAAAATTCAAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAATAAAAACCATAAGACAT
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTTCT-ATATTTAAAAATGAAATT--GAA-AAAAATCATAAGACAT
* * **
143293 AATAACTTCACTATGCATCACATGGTAAATTTTCATTTTTACTTCTTAAAAATTTATACTTTATC
62 AATAACTT-ACTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATC
143358 TTTGATTCTATAACGG
126 TTTGATTCTATAACGG
*
143374 ACTTCGCCTCAAAATTCGAGTTACTATATTTAAAAATG-AATCTGAAAAAAATCATAAGATC-TA
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTT-CTATATTTAAAAATGAAAT-TGAAAAAAATCATAAGA-CATA
*
143437 ATAACTTAGCTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAATTTTATACTTTATCT
63 ATAACTTA-CTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCT
* *
143502 TTGATT-TCCTAATGG
127 TTGATTCT-ATAACGG
** *
143517 ACTTCAACTCAAAATTCAAGTTTTA-ATTTA
1 ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTTCTATATTTA
143547 TCTTGTATTC
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 39, Indels: 29
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
141 5 0.02
142 4 0.01
143 102 0.38
144 7 0.03
145 44 0.16
146 104 0.39
147 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
ACTTCGCCTCAAAATTCAAGTTCTATATTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACATAATA
ACTTACTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGA
TTCTATAACGG
Found at i:149449 original size:487 final size:484
Alignment explanation
Indices: 148494--149655 Score: 1428
Period size: 487 Copynumber: 2.4 Consensus size: 484
148484 ATTTTAACAG
* *
148494 ATCACTTGGTAAATATCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATAATTTATCTTTCATTCCGTAATAG
1 ATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATAATTTATCTTTCATTCCGTAATAG
* * ** * * *
148559 ACTTCGCCTCAAAAATCGAGTTTTAATATTAAAAAATAAAAATAAAAAGAAATCA-TAAAAGCAT
66 A-TTTGCCTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAATAAAATTAAAAAGAAATGATTAAAA-CAC
** * *
148623 GT-AACTTCATTATATATCACATGAATCTGTTAAAAACACAAGCAACCCTAAATATCCAAGTGGT
129 GTGAACTTCGCTATATATCACATGAATCTGTTAAAAA-ATAAGCAACCCTAAATATCCAAGTGGA
* * * * *
148687 TGGTGAAAAGATTGTAAATCCAACATTTGTCAAACCCCTAATTGCATTCATCAAACTTCATTACT
193 TAGTGAAAAGATTGGAAATACAACATTTGTCAAACCCCTAATTACATTCATCAAACTACATTACT
** * * * *
148752 ATAGCACTAATTTTTTTTTCATGATAATTACCAAATTGGGCCAACTTTAGTTCTACAGGTGTTGG
258 ATAGCACTAATTTTAATTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAAACATTAGTTCTAAAGGTGTAGG
* *
148817 TCTTCAAGAAAACCTCAACATATTGGAAATTTGGGTTGTCCACAACACTTACATAATACCTATTT
323 TCTTCAACAAAACCTCAACATATTGGAAAATTGGGTTGTCCACAACACTTACATAATACCTATTT
* * * *
148882 ATCTTTGATTCCACAATAGATTTCGCCTTAAAATCCGAGATTCAATATTTAAAAATGGTGTTGTA
388 ATCTTTGATTCCACAATAGATTTCGCCTCAAAATCCGAGATTCAATATTTAAAAATGATGTAGAA
* **
148947 AAAAATCAAAAGACACAAGAACTTAGCTATGA
453 AAAAAACAAAAGACACAAGAACGCAGCTATGA
* * *
148979 TTCACATGGTAAATTTCCATTTTAACTTCTTAAAAATTCATAATTTATCTTTCATTCCGTAATAG
1 ATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATAATTTATCTTTCATTCCGTAATAG
* *
149044 ATTTGACGTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAAATAAAATTAAAAACAAATGATTAAAACAC
66 ATTTG-CCTCAAAAATTGAGTTTTAATAAC-AAAAAATAAAATTAAAAAGAAATGATTAAAACAC
* * *
149109 GTGAACTTCGCTATAAATCACATGAATCTGTTAAAAAAGTAGGCAACCCGAAATATCCAAGTGGA
129 GTGAACTTCGCTATATATCACATGAATCTGTTAAAAAA-TAAGCAACCCTAAATATCCAAGTGGA
* *
149174 TAGTGAAAAGATTGGAAATACACCATTTGTCAAGCCCCCTAATTACATTCATCAAAC-ACATTAC
193 TAGTGAAAAGATTGGAAATACAACATTTGTCAA-ACCCCTAATTACATTCATCAAACTACATTAC
* * * *
149238 TGTAGTATTAATTTTAATTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAAACATTAGTTTTATAAGG-GTA
257 TATAGCACTAATTTTAATTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAAACATTAGTTCTA-AAGGTGTA
** * * **
149302 GGTCTTTTACAAAACCTC-ACGTATT-GACAAATTGGGTTGTCCTCAACACTTACATAATAGTTA
321 GGTCTTCAACAAAACCTCAACATATTGGA-AAATTGGGTTGTCCACAACACTTACATAATACCTA
* * * * *
149365 TTTATCTTTGATTCCATAACGTA-CTTT-GCCTCACAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAT
385 TTTATCTTTGATTCCACAA--TAGATTTCGCCTCAAAATCCGAGATTCAATATTTAAAAATG-AT
* *
149428 -TAGAAAAAAAAACATAAGACACAAGAACGCCGCTATGA
447 GTAG-AAAAAAAACAAAAGACACAAGAACGCAGCTATGA
* * * * * * *
149466 ATCATATGGTAAATTTCCATGTTAACCTCTTAAAAATTTACACTTTATCTTCCATTCCGTAACAA
1 ATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATAATTTATCTTTCATTCCGTAATAG
* * * * *
149531 AATTGCCTAAAAAATTGAGATTTAATAACTAAAAATAAAATT-AAAAGAACTGATTAAAACACGT
66 ATTTGCCTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAATAAAATTAAAAAGAAATGATTAAAACACGT
* * * * *
149595 GAACTTCGCTATGTATCACGTGATTATGTTAAAAAATATA-CAACCCTAAATATGCAAGTGG
131 GAACTTCGCTATATATCACATGAATCTGTTAAAAAATA-AGCAACCCTAAATATCCAAGTGG
149656 GAGTTGAATG
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 85, Indels: 28
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
483 21 0.04
484 54 0.09
485 95 0.16
486 134 0.23
487 249 0.43
488 26 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (484 bp):
ATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATAATTTATCTTTCATTCCGTAATAG
ATTTGCCTCAAAAATTGAGTTTTAATAACAAAAAATAAAATTAAAAAGAAATGATTAAAACACGT
GAACTTCGCTATATATCACATGAATCTGTTAAAAAATAAGCAACCCTAAATATCCAAGTGGATAG
TGAAAAGATTGGAAATACAACATTTGTCAAACCCCTAATTACATTCATCAAACTACATTACTATA
GCACTAATTTTAATTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAAACATTAGTTCTAAAGGTGTAGGTCT
TCAACAAAACCTCAACATATTGGAAAATTGGGTTGTCCACAACACTTACATAATACCTATTTATC
TTTGATTCCACAATAGATTTCGCCTCAAAATCCGAGATTCAATATTTAAAAATGATGTAGAAAAA
AAACAAAAGACACAAGAACGCAGCTATGA
Found at i:153391 original size:143 final size:140
Alignment explanation
Indices: 153105--153537 Score: 460
Period size: 142 Copynumber: 3.0 Consensus size: 140
153095 TCTATACCTT
* * * *
153105 AAAATTTGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAATAATCTTAAGACACAAGAACTTCTCTAT
1 AAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAACAATCATAAGACA-AAGAACTTCGCTAT
* * * * ** **
153170 ACATCACATGGTAATTTTCATTTTAACCTTTTAAAAATTTATACTTTATCTTAAATTTTGTAATG
65 GCATCACAAGGTAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATCTTTGATTAGGTAATG
* *
153235 GACTTCGTCTC
130 AACTTCGCCTC
153246 AAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGTAAACAATCATAAGACAGAAGAACTTCGCTA
1 AAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTG-AAACAATCATAAGACA-AAGAACTTCGCTA
* * * *
153311 TGCATCACAAGGTTATTTTCAATTTGAAGCACTTAAAAATTTATATTTTATCTTTGATTAGGTAA
64 TGCATCACAAGGTAATTTTC-ATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATCTTTGATTAGGTAA
*
153376 TGAATTTCGCCTC
128 TGAACTTCGCCTC
* * * * *
153389 AAAATTCGAGTTTAAATATTGAAATAT-AAATTGAAACAAATCATTAGACACAGAAAC-TCGACT
1 AAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAC-AATCATAAGACAAAG-AACTTCG-CT
* * * * **
153452 ATGCATCATATA-GTAAATTTCCATTTTAACCTCTTACAAATTTATATTTTAACTTTGATTCTGT
63 ATGCATCACA-AGGT-AATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATCTTTGATTAGGT
* *
153516 AA-CAAGCTTCGCCTA
126 AATGAA-CTTCGCCTC
153531 AAAATTC
1 AAAATTC
153538 AAATTTTAAA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 38, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
141 44 0.18
142 127 0.52
143 75 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (140 bp):
AAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAACAATCATAAGACAAAGAACTTCGCTATG
CATCACAAGGTAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATCTTTGATTAGGTAATGA
ACTTCGCCTC
Found at i:154549 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 154302--154711 Score: 545
Period size: 143 Copynumber: 2.9 Consensus size: 142
154292 ATAATAGCAA
*
154302 TTTATCTTTGATTTCGTAATAGACTTTGCCTAAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATT
1 TTTATCTTTGATTT-GTAATAGACTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATT
* *
154367 GAAAAAAATCATAAGACACAATAACTTCGCTATGAATCACATTAGAAATTTCCATTTTAACAACT
65 GAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTCGCTATGCATCACATTAGAAATTTCCATTTTAACAACT
*
154432 TAAAAATATATAC
130 GAAAAATATATAC
*
154445 TTTATCTTTGATTATGTAATAGACTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATT
1 TTTATCTTTGATT-TGTAATAGACTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATT
* * * **
154510 GAAAAAAATCATATGACACAAGAACTTCGCTATGCATCACA-TCGTAAACTTCCATTTTAACCTC
65 GAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTCGCTATGCATCACATTAG-AAATTTCCATTTTAACAAC
*
154574 TGAAAAATTTATAC
129 TGAAAAATATATAC
** * * * * *
154588 TTTATCTTTGACTCGGTAATGGA-TTTCGCCTCAAAATTCAAGTTTGAATATTGAAAAATTAAAT
1 TTTATCTTTGA-TTTGTAATAGACTTT-GCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAAT
* * * * * *
154652 TGAAACAAATCATAAGACAAAAGAACTCCGCTATGCATCAAATGATAAATTTCCATTTTA
64 TGAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTCGCTATGCATCACATTAGAAATTTCCATTTTA
154712 GCCTTTTAAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 27, Indels: 10
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
142 5 0.02
143 228 0.97
144 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (142 bp):
TTTATCTTTGATTTGTAATAGACTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTG
AAAAAAATCATAAGACACAAGAACTTCGCTATGCATCACATTAGAAATTTCCATTTTAACAACTG
AAAAATATATAC
Found at i:155039 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 154889--155199 Score: 424
Period size: 143 Copynumber: 2.2 Consensus size: 142
154879 CGAACTGAGT
* * *
154889 TTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAAAATCATAAGACATAAGAACTTAACTATGCATCACATG
1 TTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTCAACTAGGCATCACATG
* * *
154954 GTAAATTTTCATTTTAACATCTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTCTGTAACGGATTTCGCC
66 CTAAATTTTCATTTTAACATCTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTCTGTAACAGATATCGCC
*
155019 TCAAAATTCGAG
131 TAAAAATTCGAG
* * * * * *
155031 TTTGAATATTTAAAAATGAAATTGAAACAAATCATAAGATACAAGAACTCCACTAGGCATCGCAT
1 TTT-AATATTTAAAAATAAAATTAAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTCAACTAGGCATCACAT
* * * *
155096 GCTAAATTTTTATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTTTGTAACAGATATCGC
65 GCTAAATTTTCATTTTAACATCTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTCTGTAACAGATATCGC
*
155161 CTAAAAATTTGAG
130 CTAAAAATTCGAG
* *
155174 TACTAACATTTAAAAATAAAATTAAA
1 T-TTAATATTTAAAAATAAAATTAAA
155200 GAGAAATCGT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 22, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
142 3 0.02
143 141 0.97
144 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (142 bp):
TTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAAAATCATAAGACACAAGAACTCAACTAGGCATCACATG
CTAAATTTTCATTTTAACATCTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTCTGTAACAGATATCGCC
TAAAAATTCGAG
Found at i:155767 original size:136 final size:138
Alignment explanation
Indices: 155439--155795 Score: 416
Period size: 141 Copynumber: 2.6 Consensus size: 138
155429 CATAATAGCT
* * * *
155439 ATTTATCTTTGATTTCGTAATAAATTTCACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAATTGAATT
1 ATTTATCTTTGATTCCGTAATAGATTTCACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAAT
* * *
155504 TCAAGAAAATCATAAGACATAAAAACTTCGCTATGCCACATGGTAAATTTCCATTTTGAACTCTT
66 T-AAAAAAATCATAAGACATAAAAACTCCGC-AT-CCACATAGTAAATTTCCATTTTGAACTCTT
155569 AAAAATTAATA
128 AAAAATTAATA
* * *
155580 ATTTATCCTTGATTCCGTAATGGATTTCACCTCAAAATTCGAGTTTGAATATTTAAAAATGAAAT
1 ATTTATCTTTGATTCCGTAATAGATTTCACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAAT
* * * * *
155645 TGAAACAAATCATAAGACATAAGAACTCCGC-T-CACATATTAAATTTTCATTTT-AAC-CTCTG
66 T-AAAAAAATCATAAGACATAAAAACTCCGCATCCACATAGTAAATTTCCATTTTGAACTCT-TA
*
155706 AAAATTTATA
129 AAAATTAATA
* * * * * * *
155716 CTTTATCTTTTATTCCGTAACAGACTTCATCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATAAAAT
1 ATTTATCTTTGATTCCGTAATAGATTTCACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAAT
155781 TAAAAAGAAATCATA
66 T-AAAA-AAATCATA
155796 GAAACACGTG
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 28, Indels: 8
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
135 2 0.01
136 73 0.39
137 26 0.14
139 1 0.01
141 84 0.45
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (138 bp):
ATTTATCTTTGATTCCGTAATAGATTTCACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAAT
TAAAAAAATCATAAGACATAAAAACTCCGCATCCACATAGTAAATTTCCATTTTGAACTCTTAAA
AATTAATA
Found at i:156432 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 156088--156570 Score: 531
Period size: 143 Copynumber: 3.4 Consensus size: 141
156078 TGTAGCGGGC
* * *
156088 TTGCCTAAAAATTTGAGTTTCAATATTTTAATAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACTAGAA
1 TTGCCTAAAAATTCGAGTTTCAATA-TTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAA
* * * * *
156153 TTTCGCTATGAATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCACTTAAAAATTTTTACTTTCTCTTTGA
65 CTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTCTCTTTGA
**
156218 TTCTTTGACA-GA-
130 TTCCGT-A-ATGAT
* * * * *
156230 CTGCCTTAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAATTGTAATTGAAAAAAATCATTAGACACAAGAAC
1 TTGCCTAAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAAC
* * * * * * *
156295 TTCACTATGCTTCACATGATAAATTCCCATTTTAAACTCTTGAAAATTTATATTTTAT-TCTTGA
66 TTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTCTCT-TTGA
156359 TTCCGTAATGTATT
130 TTCCGTAATG-A-T
* * * * *
156373 TTGCCTAAAAATTCAAGTTTGAATCTTTAAAAATGAAACTGTAAAAAATCATAAGACACAAGAAC
1 TTGCCTAAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAAC
* * * *
156438 TTCGCTCTTCATCCCTTGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTCTCTTTGAT
66 TTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTCTCTTTGAT
156503 TCCGTAATAGACT
131 TCCGTAAT-GA-T
* * * * * *
156516 TTGCCTCAAAATTTGAGTTTTAGTATTTAAAAATAAAATTAAAAAGAAATCATAA
1 TTGCCTAAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAA-AAATCATAA
156571 AAACACGTGA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 54, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 1 0.00
140 3 0.01
141 90 0.32
142 22 0.08
143 152 0.54
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ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
TTGCCTAAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACAAGAAC
TTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTCTCTTTGAT
TCCGTAATGAT
Found at i:156946 original size:771 final size:764
Alignment explanation
Indices: 155468--157414 Score: 2468
Period size: 771 Copynumber: 2.5 Consensus size: 764
155458 ATAAATTTCA
* * *
155468 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAATTGAATTTCAAGAAAATCATAAGACATAAAAACTTC
1 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAATTGAA-TTCAAAAAAATCATTAGACATAAGAACTTC
* * *
155533 GCTATGCCACATGGTAAATTTCCATTTTGAACTCTTAAAAATTAATAATTTATCCTTGATTCCGT
65 ACTATGCCACAT-GTAAATTTCCATTTT-AACTCTTAAAAATTTATAATTTATTCTTGATTCCGT
* *
155598 AATGGATTTCACCTCAAAATTCGAGTTTGAATATTTAAAAATGAAATTG-AAACAAATCATAAGA
128 AATGGATTT-TCCTAAAAATTCGAGTTTGAATATTTAAAAATGAAATTGTAAA-AAATCATAAGA
* * * * *
155662 CATAAGAACTCCGCTC-ACAT--AT--TAAATTTTCATTTTAACCTCTGAAAATTTATACTTTAT
191 CACAAGAACTTCGCTCTACATCCATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAATTTATATTTTAT
* * *
155722 CTTTTATTCCGTAACAGACTTCATCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAA
256 CTTTGATTCCGTAATAGACTTCACCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAA
* * * * * *
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321 GAAATCATAAAAACACGTGAGCTTCATTATGTATCACATGAATCTGTT-AAAAAGTAGGCAACCT
* * * *
155852 TAAGTATCCAAGAGGGTGGTGAAAATATTGAAAATCCAACATTTGTCAAACCCCTTAATTGGAAT
385 TAAGTATCCAAGTGGGTGGTGAAAAGATTGAAAATCCAACACTTGTCAAACCCCTTAATTGCAAT
*
155917 CATCAAACTTCTTAATTAGTGTAGTACAAATTTTATTTTCATGATAATTTCCAAATTGGGCAAAC
450 CATCAAACTTC-T-ATTAGTGTAGTACAAATTTTATTTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAAAC
* * * * * *
155982 TTTAGTTTTGCAAGGGTAGGTCTTTTACAAAACATCAACATATTGGTGAATTGGGTTGTCCTTAA
513 TTTAGTTCTACAAGGATAGGTCTTTTACAAAACATCAACATATTGGTAAATTGGATTGTCCTCAA
* * * * *
156047 CACTTACATAATAGCTATTTATCTTTGATTCTGTAGCGGGCTTGCCTAAAAATTTGAGTTTCAAT
578 CACTTACATAATAGCTATTTATCTTTGATTCAGTAACGGACTTCCCTAAAAATTCGAGTTTCAAT
* * * * *
156112 ATTTTAATAATGAAATTGAAAAAAATCATAAGACACTAGAATTTCGCTATGAATCACATGGTAAA
643 ATTTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCACAAGACACTAGAAGTTCGCTATCAATCAAATGGTAAA
* * *
156177 TTTCCATTTTAACCACTTAAAAATTTTTACTTTCTCTTTGATTCTTTGACAG-AC-TG
708 TTTCCATTTTAACAACTTAAAAATTTATACTTTCTCTTTGATTCTGT-ACAGAACTTG
* * *
156233 CCTTAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAATTGTAATTGAAAAAAATCATTAGACACAAGAACTTC
1 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAATTG-AATTCAAAAAAATCATTAGACATAAGAACTTC
* * *
156298 ACTATGCTTCACATGATAAATTCCCATTTTAAACTCTTGAAAATTTATATTTTATTCTTGATTCC
65 ACTATGC--CACATG-TAAATTTCCATTTT-AACTCTTAAAAATTTATAATTTATTCTTGATTCC
* * * *
156363 GTAATGTATTTTGCCTAAAAATTCAAGTTTGAATCTTTAAAAATGAAACTGTAAAAAATCATAAG
126 GTAATGGATTTT-CCTAAAAATTCGAGTTTGAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAATCATAAG
* *
156428 ACACAAGAACTTCGCTCTTCATCCCTTGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTT
190 ACACAAGAACTTCGCTCTACAT-CCATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTT-AAAATTTATATTT
* ** * *
156493 TCTCTTTGATTCCGTAATAGACTTTGCCTCAAAATTTGAGTTTTAGTATTTAAAAATAAAATTAA
253 TATCTTTGATTCCGTAATAGACTTCACCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATAAAATTAA
* * **
156558 AAAGAAATCATAAAAACACGTGATCTTTATCGTGTATCACATGAATCTGTTAATAAAGTAGGCAA
318 AAAGAAATCATAAAAACACGTGAGCTTCATTATGTATCACATGAATCTGTTAA-AAAGTAGGCAA
* * *
156623 CATTAAGTATCCAAGTGGGTGGTTAAAAGATTGAAAATCCAACACTTGTCAAA-CACTCTAATTG
382 CCTTAAGTATCCAAGTGGGTGGTGAAAAGATTGAAAATCCAACACTTGTCAAACCCCT-TAATTG
* * *
156687 CATTCATCAAACTTC-ATTATTGTAGTACTAATTTTATTTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAA
446 CAATCATCAAACTTCTATTAGTGTAGTACAAATTTTATTTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAA
*
156751 ACTTTAGTTCTACAAGGATAGGTCTTTTACAAAACCTCAACATATTGGTAAATTGGATTGTCCTC
511 ACTTTAGTTCTACAAGGATAGGTCTTTTACAAAACATCAACATATTGGTAAATTGGATTGTCCTC
* * *
156816 AACATTTACATAATAGCTATTTATCTTTGATTCAGTAACGGACTTCCCCTCAAAATTCGGGTTTC
576 AACACTTACATAATAGCTATTTATCTTTGATTCAGTAACGGACTT-CCCTAAAAATTCGAGTTTC
* *
156881 AATA-TTTAAAAATGAATTTGAAAAAAATCACAAGACA-TAAGAAGTTCGCTTTCAATCAAATGG
640 AATATTTTAAAAATGAAATTGAAAAAAATCACAAGACACT-AGAAGTTCGCTATCAATCAAATGG
* * *
156944 TAAATTTCCATTTTAACAACTTAAAAATTTATAGTTTCTTTTTGATTCTGTACCGAACTTTG
704 TAAATTTCCATTTTAACAACTTAAAAATTTATACTTTCTCTTTGATTCTGTACAGAAC-TTG
* * *
157006 CCTCAAAATTTGAGTTTAAATATTTCAAAA-TGAAATTTAAAAAAATCATTAGACATAAGAACTT
1 CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTT-AAAATTG-AATTCAAAAAAATCATTAGACATAAGAACTT
* * * * **
157070 CAC-ATG------GTAAATTTCAATTTTAACAACTTAAAAATATATACTTTA-TCTTTGATTTTG
64 CACTATGCCACATGTAAATTTCCATTTTAAC-TCTTAAAAATTTATAATTTATTC-TTGATTCCG
* * *
157127 TAACGGGCTTTTCCTAAAAATAT-GAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAATC-TCAA
127 TAA-TGGATTTTCCTAAAAAT-TCGAGTTTGAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAATCAT-AA
* * * * *
157190 GACACAAGAACTTCGCTATGCTTCACATGGTAAATTTCCATTTAAAACTCTTAAAATTTATATTT
189 GACACAAGAACTTCGCTCTACATC-CATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAATTTATATTT
* * * * * *
157255 TATCTTAGATTCCATAATAGACTTCACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTGAAAAATTAAATT-G
253 TATCTTTGATTCCGTAATAGACTTCACCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATAAAATTAA
* * *
157319 AAACAAATCATAAAAACATGTGAGCTTCATTATGTATCACATGAATCTGTTAAAAAGATTGGCAA
318 AAAGAAATCATAAAAACACGTGAGCTTCATTATGTATCACATGAATCTGTTAAAAAG-TAGGCAA
157384 CCTTAAGTATCCAAGT-GGTGGTGAAAAGATT
382 CCTTAAGTATCCAAGTGGGTGGTGAAAAGATT
157415 TTAAATACAA
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Consensus pattern (764 bp):
CCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAATTGAATTCAAAAAAATCATTAGACATAAGAACTTCA
CTATGCCACATGTAAATTTCCATTTTAACTCTTAAAAATTTATAATTTATTCTTGATTCCGTAAT
GGATTTTCCTAAAAATTCGAGTTTGAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAATCATAAGACACAA
GAACTTCGCTCTACATCCATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAATTTATATTTTATCTTTG
ATTCCGTAATAGACTTCACCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAGAAAT
CATAAAAACACGTGAGCTTCATTATGTATCACATGAATCTGTTAAAAAGTAGGCAACCTTAAGTA
TCCAAGTGGGTGGTGAAAAGATTGAAAATCCAACACTTGTCAAACCCCTTAATTGCAATCATCAA
ACTTCTATTAGTGTAGTACAAATTTTATTTTCATGATAATTACCAAATTGGGCAAACTTTAGTTC
TACAAGGATAGGTCTTTTACAAAACATCAACATATTGGTAAATTGGATTGTCCTCAACACTTACA
TAATAGCTATTTATCTTTGATTCAGTAACGGACTTCCCTAAAAATTCGAGTTTCAATATTTTAAA
AATGAAATTGAAAAAAATCACAAGACACTAGAAGTTCGCTATCAATCAAATGGTAAATTTCCATT
TTAACAACTTAAAAATTTATACTTTCTCTTTGATTCTGTACAGAACTTG
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156930 TTTCAATCAA
* * * * * *
156940 ATGGTAAATTTCCATTTTAACAACTTAAAAATTTATAGTTTCTTTTTGATTCTGTACCGAACTTT
1 ATGGTAAATTTCAATTTTAACAACTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTCTGTAACGAACTTT
* * *
157005 GCCTCAAAATTTGAGTTTAAATATTTCAAAATGAAATT-TAAAAAAATCATTAGACATAAGAACT
66 GCCTAAAAATATGAGTTTAAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAAATCATTAGACATAAGAACT
157069 TCAC
131 TCAC
* **
157073 ATGGTAAATTTCAATTTTAACAACTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTTTGTAACGGGCTTT
1 ATGGTAAATTTCAATTTTAACAACTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTCTGTAACGAACTTT
* *
157138 TCCTAAAAATATGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAA
66 GCCTAAAAATATGAGTTTAAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAA
157184 TCTCAAGACA
Statistics
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ATGGTAAATTTCAATTTTAACAACTTAAAAATATATACTTTATCTTTGATTCTGTAACGAACTTT
GCCTAAAAATATGAGTTTAAATATTTAAAAATGAAATTGTAAAAAAATCATTAGACATAAGAACT
TCAC
Found at i:158587 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 158541--158658 Score: 173
Period size: 40 Copynumber: 3.0 Consensus size: 40
158531 ATGAATATTT
* * *
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1 ACTGAACTGGCAGTGACACTGTAAACACTACAAGATTACA
** *
158581 ACTGAACTGGCAGTGACACTAAAAACACCACAAGATTACA
1 ACTGAACTGGCAGTGACACTGTAAACACTACAAGATTACA
*
158621 ACTGAATTGGCAGTGACACTGTAAACACTACAAGATTA
1 ACTGAACTGGCAGTGACACTGTAAACACTACAAGATTA
158659 TCATTGAACT
Statistics
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160153 ATTGACATGA
160163 ATTAATATT
1 ATTAATATT
160172 ATTAATATT
1 ATTAATATT
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1 ATTAATAT
160189 AGTTAAATTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 17 1.00
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ATTAATATT
Found at i:165875 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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165830 TACATATAAG
*
165840 AATGAAAATGCAATTAC-
1 AATG-AAATGCAATAACA
*
165857 AATGCAAATGCACTAACA
1 AATG-AAATGCAATAACA
* *
165875 AATGAAATGCAGTGACA
1 AATGAAATGCAATAACA
*
165892 AATAAAAATGCAAT
1 AAT-GAAATGCAAT
165906 GATAACTAAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 7, Indels: 3
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 28 0.70
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AATGAAATGCAATAACA
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Indices: 174624--174721 Score: 196
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174614 CAGTTAAATC
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174720 CA
1 CA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 178362--178388 Score: 54
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178376 AGGTTAAATGTCA
1 AGGTTAAATGTCA
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Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
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Consensus pattern (14 bp):
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Done.