Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013474.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128500, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4540
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.20, T:0.32
Found at i:3607 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 3543--3906 Score: 506
Period size: 59 Copynumber: 6.2 Consensus size: 59
3533 GCACGGGGGC
* * * *
3543 AAAATGGT-AGTTTTGGTAGGTTTGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* * * *
3601 AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* *
3660 AAAATGGTAATTTTTGGAAGATTCGGGGTC-AAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
** * * *
3718 AAAATGGTAATTTTTATAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTAGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* *
3777 AAAATGGTAATTTTTAGAAGG-TC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
*
3834 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT--AGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
3892 AAAAATGGTAATTTT
1 -AAAATGGTAATTTT
3907 CGAAAAGTTT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 21, Indels: 10
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 32 0.11
58 104 0.37
59 117 0.42
60 27 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
Found at i:3644 original size:30 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3573--3884 Score: 215
Period size: 29 Copynumber: 10.7 Consensus size: 27
3563 TTTGGAGTCA
3573 AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT
1 AAAAT-GGATTTTTGGAAGGTTCG-GGGT
* *
3601 AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTT
1 AAAATGG--ATTTTTGGAAGGTTCGGGG-T
3631 AAAAATGAGATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT
1 -AAAATG-GATTTTTGGAAGGTTCG-GGGT
*
3660 AAAATGGTAATTTTTGGAAGATTCGGGGT
1 AAAATGG--ATTTTTGGAAGGTTCGGGGT
3689 CAAAATGAGATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT
1 -AAAATG-GATTTTTGGAAGGTTCG-GGGT
** *
3718 AAAATGGTAATTTTTATAAGGTTCGAGGT
1 AAAATGG--ATTTTTGGAAGGTTCGGGGT
*
3747 CAAAAATGGGATTTTAGGAA-GTTCGGGGGT
1 --AAAAT-GGATTTTTGGAAGGTTC-GGGGT
*
3777 AAAATGGTAATTTTTAGAAGG-TC-GGGT
1 AAAATGG--ATTTTTGGAAGGTTCGGGGT
3804 CAAAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
1 --AAAAT-GGATTTTTGGAAGGTTC-GGGGT
*
3834 AAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGT
1 -AAAATGG--ATTTTTGGAAGGTTCGGGGT
3864 CAAAAATGGGATTTTTGGAAG
1 --AAAAT-GGATTTTTGGAAG
3885 TTAGGGTAAA
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 18, Indels: 66
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
27 11 0.05
28 39 0.17
29 81 0.35
30 74 0.32
31 22 0.09
32 5 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
AAAATGGATTTTTGGAAGGTTCGGGGT
Found at i:3752 original size:117 final size:115
Alignment explanation
Indices: 3569--3906 Score: 502
Period size: 117 Copynumber: 2.9 Consensus size: 115
3559 TAGGTTTGGA
* *
3569 GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTTGGGGTTAAA
1 GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTT-AAAGGTTCGGGGTCAAA
* * *
3634 AATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGATTCGGG
65 AATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAG-GTC-GG
* *
3687 GTC-AAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTATAAGGTTCGAGGTCAAA
1 GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGGGGTCAAA
* *
3751 AATGGGATTTTAGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTCGG
65 AATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTCGG
*
3802 GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAA
1 GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTA-AAGGTTCGGGGTCAA
3867 AAATGGGATTTTTGGAAGTT--AGGGTAAAAATGGTAATTTT
64 AAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTT
3907 CGAAAAGTTT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 15, Indels: 10
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
115 9 0.04
116 43 0.21
117 146 0.73
118 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (115 bp):
GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAGGTTCGGGGTCAAAA
ATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTCGG
Done.