Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013512.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128538, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2642
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.22, T:0.23
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:764 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 458--754 Score: 380
Period size: 43 Copynumber: 6.9 Consensus size: 43
448 ATTTTTTAGC
* * *
458 CCGATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATAGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
* *
501 CCAATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATAGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
* * * *
544 CCGAGGCTCTCACACATCC-ATGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGA-GGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
* *
587 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGACGGTTT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
* * * *
630 TCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGACGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
* * * **
673 CCGATTCTCCCACACATCCGAGGAACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
* *
716 TCGATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTGTCGATG
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATG
755 ATTCCCGATG
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 33, Indels: 4
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.00
43 217 0.99
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.27, T:0.19
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
Found at i:770 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 463--836 Score: 364
Period size: 86 Copynumber: 4.3 Consensus size: 86
453 TTAGCCCGAT
* * * * *
463 GCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGAT-AGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCGAGGCAC
1 GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGA-TGTCCGATGCTCCCACACATCCGAGGCAC
* *
527 CAAGGTGTCGATAGTGTCCGAG
65 CAAGGTGTCGATGGTGTTCGAG
* * * *
549 GCTCTCACACATCC-ATGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCAC
1 GCTCCCGCACATCCGA-GGCACCAAGGTGCCGATGATGTCCGATGCTCCCACACATCCGAGGCAC
* *
613 CAAGGTGTCGACGGTTTTCGAG
65 CAAGGTGTCGATGGTGTTCGAG
* * * *
635 GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGACGGTGTCCGATTCTCCCACACATCCGAGGAACC
1 GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGATGTCCGATGCTCCCACACATCCGAGGCACC
** *
700 AAGGTACCGATGGTGTTCGAT
66 AAGGTGTCGATGGTGTTCGAG
* * * *
721 GCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTGTCGATGAT-TCCCGATGGTCCCATACCA-CC-ATCGG
1 GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGATGT-CCGATGCTCCCACA-CATCCGA--GG
* * * * *
783 -ACTAAGTTGCCGATGGTGTCCGAC
62 CACCAAGGTGTCGATGGTGTTCGAG
* * *
807 GCTCTCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCC
1 GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCC
837 AATGGATCCC
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 38, Indels: 14
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.01
86 235 0.97
87 5 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.26, T:0.19
Consensus pattern (86 bp):
GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGATGTCCGATGCTCCCACACATCCGAGGCACC
AAGGTGTCGATGGTGTTCGAG
Found at i:847 original size:86 final size:84
Alignment explanation
Indices: 635--1000 Score: 294
Period size: 86 Copynumber: 4.3 Consensus size: 84
625 GGTTTTCGAG
* * * * * *
635 GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGACGGTGTCCGATTCTCCCACA-CATCCGA--GGA
1 GCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGAT-CCCGA-TGTCCCACACCA-CC-ATCGG-
* * *
697 ACCAAGGTACCGATGGTGTTCGAT
61 ACTAAGTTACCGATGGTGTCCGAT
* * * * *
721 GCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTGTCGATGATTCCCGATGGTCCCATACCACCATCGGACT
1 GCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGA-TCCCGAT-GTCCCACACCACCATCGGACT
* *
786 AAGTTGCCGATGGTGTCCGAC
64 AAGTTACCGATGGTGTCCGAT
* * * *
807 GCTCTCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGGATCCCGAATGTCCCGCACCACCATCGGCCT
1 GCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAAT-GATCCCG-ATGTCCCACACCACCATCGGACT
* *
872 AAGTTATCGACGGTGTCCGAT
64 AAGTTACCGATGGTGTCCGAT
* * * * *
893 GCTCCCTCACATCGAAGGCACCATGGTACCAAT-ACTTCCCGATGT-CCAGCACCACCAT-TGAT
1 GCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGA--TCCCGATGTCCCA-CACCACCATCGGA-
*
955 CTCAGTTACCGATGGTGTCCGAT
62 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGAT
* * *
978 GCTCCCTCACTTCGAAGGCACCA
1 GCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
1001 TGATTCCGAN
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 38, Indels: 23
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
84 4 0.02
85 57 0.25
86 161 0.70
87 9 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.34, G:0.23, T:0.20
Consensus pattern (84 bp):
GCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGATCCCGATGTCCCACACCACCATCGGACTAA
GTTACCGATGGTGTCCGAT
Found at i:859 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 458--841 Score: 404
Period size: 129 Copynumber: 3.0 Consensus size: 129
448 ATTTTTTAGC
* * * * * *
458 CCGATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGA-TAGTGT-CCAATGCTCCCGCACATCCG
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGACGA-T-TCCCGAGGCTCCCACACATCCG
* * * *
521 AGGCACCAAGGTGTCGATAGTGTCCGAGGCTCTCACACATCCATGGCACCAAGGTGCCGATGGTG
64 AGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGACGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTG
586 T
129 T
* ** *
587 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGACGGTTTTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGACGATTCCCGAGGCTCCCACACATCCGAG
* ** * * * *
652 GCACCAAGGTGCCGACGGTGTCCGATTCTCCCACACATCCGAGGAACCAAGGTACCGATGGTGT
66 GCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGACGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* * * *
716 TCGATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTGTCGATGATTCCCGATGG-TCCCATACCA-CC-
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGACGATTCCCGA-GGCTCCCACA-CATCCG
* * *
778 ATCGG-ACTAAGTTGCCGATGGTGTCCGACGCTCTCGA-ACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATG
64 A--GGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGACGCTCTC-ACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATG
841 G
126 G
842 ATCCCGAATG
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 35, Indels: 14
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
128 2 0.01
129 204 0.96
130 7 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.27, T:0.19
Consensus pattern (129 bp):
CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGACGATTCCCGAGGCTCCCACACATCCGAG
GCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGACGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
Found at i:1290 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1180--1644 Score: 167
Period size: 43 Copynumber: 10.8 Consensus size: 43
1170 GCACCAAAAT
* * *
1180 GCCTCAGTTGCCGATGGTGCCCGATGCTCCCGCA-CATCCGA--G
1 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCA-CC-ATCG
* * *
1222 GCACCAAAG-TACCGATGAT-TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG
1 G--CCTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCG
* * * *
1266 GCTTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCACA-CATCCA-AG
1 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCG
* * * ***
1308 GCACCAAGGTGCCGATGGAACCCGATTG-TCCCGCACCACCATCG
1 GC-CTAAGTTACCGATGGTGTCCGA-TGCTCCCGCACCACCATCG
* * *
1352 ACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AG
1 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCG
* * * ** ** *
1394 GCACCATGGTGTCGATACT-TCTCGATGCTCTCGCACCACCATCG
1 GC-CTAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCG
* * * * * * *
1438 ACCTCAGTTACCAATGGTGTCCAATGCTCCCTCA-CATCGA-AG
1 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCG
* * * ** *
1480 GCACCATGGTT-CTGATACT-TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG
1 GC-CTA-AGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCG
*
1524 GCCTTAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCCGA--G
1 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCA-CC-ATCG
* * * * *
1566 GCACGAAGGTACCGATGAT-TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCA
1 GC-CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCG
* * * * *
1610 GCCTAAGCTGCTGATGGTGTCCGATGATCCAGCAC
1 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCAC
1645 ATCCAGGGTA
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 91, Indels: 71
0.65 0.20 0.16
Matches are distributed among these distances:
42 34 0.11
43 226 0.76
44 36 0.12
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCACCATCG
Found at i:1310 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 1098--1667 Score: 604
Period size: 86 Copynumber: 6.6 Consensus size: 86
1088 TATTGATCTC
* * * * * * * *
1098 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCTCACTTCGAAGGCACCATGATTCTGATACTTCCCAATGG
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGG
* *** *
1163 TCCCGCAGCACCAAAATGCCTC
66 TCCCGCACCACC-ATCGGCCTA
* * * * *
1185 AGTTGCCGATGGTGCCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAAGTACCGATGA-TTCCCGATG
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT-ACTTCCCGATG
*
1249 GTCCCGCACCACCATCGGCTTA
65 GTCCCGCACCACCATCGGCCTA
* * **** *
1271 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGAACCCGATTG
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGG
*
1336 TCCCGCACCACCATCGACCTA
66 TCCCGCACCACCATCGGCCTA
* * * * *
1357 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTCTCGATGC
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGG
* * *
1422 TCTCGCACCACCATCGACCTC
66 TCCCGCACCACCATCGGCCTA
* * * * * * *
1443 AGTTACCAATGGTGTCCAATGCTCCCTCACATCGAAGGCACCATGGTTCTGATACTTCCCGATGG
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGG
*
1508 TCCCGCACCACCATCGGCCTT
66 TCCCGCACCACCATCGGCCTA
* * *
1529 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACGAAGGTACCGATGA-TTCCCGATG
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT-ACTTCCCGATG
*
1593 GTCCCGCACCACCATCAGCCTA
65 GTCCCGCACCACCATCGGCCTA
* * * * * * * *
1615 AGCTGCTGATGGTGTCCGATGATCCAGCACATCCAGGGTACCAACGTGCCGAT
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT
1668 TGTATCCGAC
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 78, Indels: 7
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
86 338 0.84
87 63 0.16
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.34, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (86 bp):
AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGG
TCCCGCACCACCATCGGCCTA
Found at i:1791 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1763--1820 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
1753 CTAAAATATT
*
1763 ATTAAAAAAATTAAAGAAAGTTAAA
1 ATTAAAAAAATTAAAGAAAGTAAAA
** * **
1788 ATTATTAAAGTTATGGAAAGTAAAA
1 ATTAAAAAAATTAAAGAAAGTAAAA
1813 ATTAAAAA
1 ATTAAAAA
1821 TTATTTTAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 8, Indels: 0
0.76 0.24 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
ATTAAAAAAATTAAAGAAAGTAAAA
Done.