genome.fa.s13543.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013543.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128569, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  319678

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151--193	4	10.8	4	85	9	61	0	23	0	76	0.78
148--204	11	4.9	11	81	12	60	1	24	0	73	0.92
2482--2508	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
9738--9788	25	2.0	26	85	11	70	27	0	3	68	1.07
10312--10379	31	2.2	31	84	7	86	38	11	11	38	1.79
20385--20410	11	2.4	11	100	0	52	15	15	38	30	1.88
24681--24723	3	14.0	3	80	4	50	37	2	0	60	1.10
30461--30523	28	2.2	28	83	5	74	26	15	20	36	1.93
30071--31424	457	3.0	449	80	6	1343	34	14	14	36	1.87
30939--31000	28	2.2	28	80	5	72	35	20	12	30	1.91
31112--31145	17	2.0	17	88	0	50	26	20	0	52	1.46
31357--31467	28	4.0	28	90	0	159	28	20	16	34	1.94
40041--40071	6	5.0	6	92	7	53	67	0	0	32	0.91
41208--41254	22	2.2	22	85	7	62	19	2	8	70	1.24
47952--48395	225	2.0	225	96	0	816	44	5	8	40	1.58
48751--48819	31	2.3	30	82	12	79	44	1	2	50	1.25
51702--51760	31	2.0	30	83	6	75	45	13	6	33	1.70
53421--53476	22	2.6	21	78	10	60	33	0	5	60	1.19
53423--53471	22	2.2	22	85	3	62	28	0	6	65	1.16
56484--56527	22	2.0	22	81	0	52	43	9	6	40	1.63
67388--67412	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
68165--68335	30	5.8	28	63	16	69	22	16	11	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68143--68332	60	3.2	60	77	7	172	22	17	12	47	1.80
69841--69866	9	2.9	9	100	0	52	92	0	0	7	0.39
70912--71084	87	2.0	87	84	0	229	31	23	13	31	1.94
72062--72113	21	2.5	21	84	3	70	28	1	0	69	0.99
72075--72118	21	2.0	22	86	4	63	25	4	0	70	1.06
72053--72123	10	7.0	10	75	7	54	25	4	1	69	1.15
78612--78692	39	2.0	40	86	6	112	50	4	3	40	1.42
78821--78858	16	2.4	17	86	8	53	50	2	0	47	1.15
80005--80131	63	2.0	63	100	0	254	37	12	9	40	1.76
83614--83696	31	2.7	31	83	1	96	32	9	10	46	1.71
114991--115030	17	2.3	17	86	4	53	47	10	0	42	1.37
118568--118616	16	3.1	16	82	8	55	38	2	0	59	1.09
133097--133192	42	2.3	42	83	5	113	52	0	5	42	1.24
133121--133215	42	2.2	42	88	1	136	41	3	5	50	1.41
139228--139293	30	2.2	30	83	8	80	48	1	3	46	1.26
140214--140249	16	2.2	16	90	0	54	27	2	2	66	1.19
157579--157639	29	2.1	30	96	3	115	22	26	14	36	1.93
164375--164413	19	2.1	19	90	0	60	46	0	0	53	1.00
164988--165030	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
184022--184111	47	1.9	47	97	0	171	40	12	21	26	1.88
190024--190070	2	23.5	2	91	0	76	4	46	0	48	1.21
191573--191602	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195025--195068	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
195248--195278	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
199912--199954	21	2.2	19	83	8	50	41	9	16	32	1.80
202415--202463	16	3.1	17	77	11	50	51	2	0	46	1.12
202914--202990	17	4.5	17	73	3	73	35	2	7	54	1.43
203697--203741	21	2.2	20	84	7	56	51	0	0	48	1.00
203691--203829	12	11.4	12	68	17	65	56	2	2	38	1.29
203715--203831	13	9.1	13	68	19	50	59	3	2	34	1.27
204038--204080	20	2.2	20	100	0	86	46	13	9	30	1.75
204915--205032	30	3.9	30	80	8	114	38	22	2	37	1.68
204915--205077	30	5.4	30	77	10	109	38	23	2	36	1.68
204979--205344	57	6.3	57	81	6	373	32	23	2	40	1.69
204935--205263	29	11.3	28	69	13	121	34	23	2	40	1.67
205005--205308	29	10.6	28	70	14	156	33	24	2	39	1.69
205015--205407	172	2.3	174	81	6	462	32	25	3	39	1.72
205387--205447	27	2.2	28	88	8	90	32	27	11	27	1.91
207097--207140	21	2.0	23	82	8	56	45	11	6	36	1.67
208764--208793	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
212030--212064	14	2.5	14	90	0	52	62	11	5	20	1.48
215866--215934	29	2.3	29	85	9	86	49	11	14	24	1.77
218765--218818	22	2.5	22	82	14	67	37	0	0	62	0.95
230813--230848	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231081--231136	11	5.0	11	78	8	51	39	1	1	57	1.20
231105--231154	23	2.2	23	92	0	82	48	4	2	46	1.32
231083--231154	17	4.3	16	81	8	63	43	2	2	51	1.30
231093--231154	11	5.5	11	78	14	54	45	3	3	48	1.34
231093--231143	6	8.8	6	79	16	63	45	1	1	50	1.24
232950--233360	29	14.0	29	73	14	326	34	32	3	29	1.75
232955--233360	59	6.9	59	93	1	634	34	32	3	29	1.75
234638--234688	22	2.6	19	80	17	59	37	0	9	52	1.34
234642--234685	22	2.1	20	87	8	61	40	0	6	52	1.28
234691--234739	23	2.1	24	84	3	64	46	0	2	51	1.12
234967--235010	19	2.3	20	84	7	56	38	2	2	56	1.24
243273--243323	20	2.5	21	81	12	70	52	0	0	47	1.00
243434--243483	21	2.3	23	79	10	59	44	0	4	52	1.20
247672--247750	9	8.7	9	70	18	56	65	1	0	32	1.00
247662--247741	18	4.4	19	69	13	51	65	2	0	32	1.06
247671--247745	26	2.8	26	89	6	105	65	1	0	33	1.01
247703--247762	26	2.2	26	85	5	75	68	3	0	28	1.05
247916--247980	19	3.4	19	76	6	69	29	6	1	63	1.28
247911--247995	38	2.2	39	81	10	104	31	4	1	62	1.23
248001--248067	29	2.3	29	80	10	75	38	2	2	55	1.31
249420--249490	21	3.5	20	79	12	81	5	4	21	69	1.27
249470--249526	24	2.4	24	81	0	60	5	5	15	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249419--249518	21	4.6	21	71	20	71	5	4	19	72	1.20
249518--249562	12	3.9	11	80	8	54	11	11	17	60	1.59
249514--249565	23	2.3	23	93	0	86	9	9	19	61	1.54
249508--249567	23	2.5	24	81	10	77	8	8	18	65	1.45
249561--249637	23	3.5	21	77	11	66	10	2	18	68	1.29
249523--249634	55	2.0	58	83	11	144	10	5	17	66	1.41
249544--249637	44	2.2	43	83	9	111	10	4	17	68	1.35
255050--255083	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
263022--263080	29	2.0	30	83	9	77	50	16	5	27	1.66
266288--266331	14	2.8	15	81	18	54	54	0	0	45	0.99
266289--266331	18	2.4	18	92	7	70	55	0	0	44	0.99
277058--277127	37	1.9	35	86	11	97	58	1	0	40	1.07
279844--279878	17	2.1	17	88	0	52	48	0	0	51	1.00
280055--280091	19	1.9	19	94	0	65	48	10	13	27	1.75
285825--285901	28	2.7	29	76	15	88	53	1	1	44	1.17
288245--288327	32	2.6	32	75	11	80	38	6	4	50	1.48
292764--292831	31	2.2	31	78	5	75	42	10	14	32	1.80
293837--293875	16	2.4	16	84	12	53	66	0	0	33	0.92
294422--294454	17	1.9	17	88	11	50	51	9	3	36	1.49
295939--296001	33	1.9	33	81	12	76	47	7	6	38	1.58
297168--297210	15	2.7	15	85	7	59	32	2	0	65	1.06
304672--304717	23	2.1	21	84	8	56	47	2	0	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305098--305131	18	1.9	18	94	5	61	29	2	20	47	1.65
305830--305862	6	5.7	6	96	3	59	36	15	0	48	1.45
308831--308862	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
313301--313362	30	2.1	30	90	0	97	25	1	14	58	1.46
313312--313397	30	2.8	30	82	5	82	26	3	13	55	1.54

Tables:   1

The End!