Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013561.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128587, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3080
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.20, T:0.34
Found at i:1000 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 670--1215 Score: 367
Period size: 58 Copynumber: 9.3 Consensus size: 58
660 TGGATGCCCG
* *
670 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGAACATCT
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAG-TTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGACATCT
* * *
729 GAGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAAATTTGAGGTCAAAAAAATGGAA-TTTTGGA-AGGTTT
1 -AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTC--AAAAATGGAATTTTTGGACA--TCT
* * ** * *
789 GGGGGTAAAAAT-GTAATTTTTAGAAA-TTTTAGGGTTAAAGATGGAATTTTTGGACAT-T
1 -AGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGACATCT
* * ** * * * *
847 CGAGGTAAAATGATAATTTTTGGAATTTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTCGAACATCC
1 AG-GGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGACATCT
* *
906 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTT-TAGGGTCAAAATTGGAATTTTTGGACATCT
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGACATCT
* * * * *
964 AGTAGTTAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTAT--AAAGTTT
1 AG-GGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTT-TGGACA-TCT
* * * * *
1023 GGGGGTAAAAT-GTAATTTTTAGAAAGTT-TAGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAAGTTT
1 -AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGACA-TCT
** * * *
1081 GAGGGTAAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTCAAAAGTGGAA-TTTTGGAAAGTTT
1 -AGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGACA-TCT
* * * *
1140 AGGGGTAAAAAT-GTAA-TTTTGGAAAGTT-TAGG-GATAAAATGGAATTTTT-GAAAGTTT
1 A-GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCA-AAAATGGAATTTTTGGACA-TCT
1197 AGGGTAAAAAT-GTAATTTT
1 AGGGT-AAAATGGTAATTTT
1216 CAGAAGTTCT
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 52, Indels: 59
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
56 16 0.04
57 33 0.08
58 153 0.38
59 136 0.33
60 51 0.13
61 17 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.26, T:0.35
Consensus pattern (58 bp):
AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGACATCT
Found at i:1005 original size:117 final size:115
Alignment explanation
Indices: 669--1189 Score: 520
Period size: 117 Copynumber: 4.4 Consensus size: 115
659 TTGGATGCCC
* * * *
669 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGAACATCTGAGGG
1 GAGGGTAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTAG-GGTC-AAAATGGAATTTTTGGACATCTGAGAG
* * *
734 TAAAATGGTAA-TTTTGGAAAATTTGAGGTCAAAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTT
63 TAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTC--AAAAATGGAATTTTGGAAAG-TT
* * * *
789 GGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAATTTTAGGGTTAAAGATGGAATTTTTGGACAT-TCGAG-G
1 GAGGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGGTCAAA-ATGGAATTTTTGGACATCT-GAGAG
* ** * * *
852 TAAAATGATAATTTTTGGAATTTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTCGAACA-TC
63 TAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAA-AGTT
*
905 CAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGGTCAAAATTGGAATTTTTGGACATCT-AGTAG
1 GAGGGTAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTAGGGTCAAAA-TGGAATTTTTGGACATCTGAG-AG
* * **
969 TTAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTATAAAGTTT
63 TAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG-TT
* * * * *
1023 GGGGGTAAAATGTAATTTTTAGAAAGTTTAGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAAGTTTGAGGGT
1 GAGGGTAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGGTC-AAAATGGAATTTTTGGACA-TCTGAGAGT
** *
1087 AAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTCAAAAGTGGAATTTTGGAAAGTT
64 -AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTT
*
1139 TAGGGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAAGTTTAGGGAT-AAAATGGAATTTTTG
1 GA-GGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGG-TCAAAATGGAATTTTTG
1190 AAAGTTTAGG
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 44, Indels: 43
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
115 8 0.02
116 65 0.19
117 156 0.46
118 45 0.13
119 37 0.11
120 21 0.06
121 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.26, T:0.35
Consensus pattern (115 bp):
GAGGGTAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGGTCAAAATGGAATTTTTGGACATCTGAGAGTAA
AATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTT
Found at i:1223 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 670--1215 Score: 285
Period size: 29 Copynumber: 18.7 Consensus size: 28
660 TGGATGCCCG
*
670 AGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTT
1 AGGGTAAAAAT-GTAA-TTTTGGAAAGTTT
* * * *
699 CGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGAACA-TCTG
1 AG-GGT-AAAAATGTAATTTTGGAA-AGT-TT
*
730 AGGGT-AAAATGGTAATTTTGGAAAATTT
1 AGGGTAAAAAT-GTAATTTTGGAAAGTTT
* *
758 -GAGGTCAAAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTT
1 AG-GGT---AAAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
* * *
789 GGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAATTTT
1 -AGGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAAGTTT
* * *
819 AGGGTTAAAGATGGAATTTTTGGACA--TT
1 AGGG-TAAAAATGTAA-TTTTGGAAAGTTT
* *
847 CGAGGT-AAAATGATAATTTTTGG-AATTTT
1 AG-GGTAAAAATG-TAA-TTTTGGAAAGTTT
* * * **
876 CGGGGTCAAAAATGGAATTTTCGAACA-TCC
1 -AGGGT-AAAAATGTAATTTTGGAA-AGTTT
906 AGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTT
1 AGGGTAAAAAT-GTAA-TTTTGGAAAGTTT
* * * *
935 AGGGTCAAAATTGGAATTTTTGGACA-TCT
1 AGGGT-AAAAATGTAA-TTTTGGAAAGTTT
* * *
964 AGTAGT-TAAATGGTAATTTTTGG-AAGGTT
1 AG-GGTAAAAAT-GTAA-TTTTGGAAAGTTT
* * **
993 CGAGGTCAAAAATGGAATTTTATAAAGTTT
1 AG-GGT-AAAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
* *
1023 GGGGGT-AAAATGTAATTTTTAGAAAGTTT
1 -AGGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAAGTTT
*
1052 AGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTT
1 AGGGT-AAAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
1081 GAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTT
1 -AGGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAAGTTT
* * *
1111 AAGGTCAAAAGTGGAATTTTGGAAAGTTT
1 AGGGT-AAAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
1140 AGGGGTAAAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
1 A-GGGTAAAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
* *
1169 AGGG-ATAAAATGGAATTTTTGAAAGTTT
1 AGGGTA-AAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
1197 AGGGTAAAAATGTAATTTT
1 AGGGTAAAAATGTAATTTT
1216 CAGAAGTTCT
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 70, Indels: 93
0.71 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 13 0.03
28 82 0.20
29 149 0.37
30 108 0.27
31 35 0.09
32 13 0.03
33 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.26, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
AGGGTAAAAATGTAATTTTGGAAAGTTT
Done.