genome.fa.s13595.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013595.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128622, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  326202

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795--823	12	2.4	12	100	0	58	51	34	6	6	1.55
936--1165	62	3.8	62	91	2	369	30	8	11	49	1.68
936--1165	123	1.9	121	90	3	363	30	8	11	49	1.68
5022--5109	22	4.1	22	82	4	101	42	22	0	35	1.54
5022--5113	43	2.2	42	81	11	109	43	22	0	33	1.54
12586--12660	35	2.3	33	86	9	100	30	4	2	62	1.27
15307--15388	39	2.1	40	95	2	148	35	14	17	32	1.90
18151--18191	21	1.9	22	95	5	75	21	0	36	41	1.54
18518--18549	13	2.5	13	100	0	64	15	0	28	56	1.40
20530--20561	9	3.6	9	100	0	64	46	0	18	34	1.49
22621--22689	35	2.0	35	94	0	120	28	15	14	40	1.87
23378--23412	13	2.6	14	86	4	54	11	8	25	54	1.64
27381--27420	20	2.0	20	90	0	62	65	2	0	32	1.06
27570--27636	29	2.3	29	87	7	93	31	0	4	64	1.14
27565--27997	10	46.6	9	64	22	73	32	2	4	60	1.29
27757--27815	28	2.1	27	84	9	75	27	0	6	66	1.17
27941--27979	15	2.4	17	83	8	55	30	2	0	66	1.05
30584--30624	22	1.9	22	90	5	66	34	0	4	60	1.18
34030--34076	2	24.5	2	91	8	80	48	0	51	0	1.00
36544--36580	16	2.2	18	85	9	51	59	0	0	40	0.97
39583--39623	20	2.0	20	90	9	66	68	24	0	7	1.15
39581--39751	43	4.1	42	72	14	122	68	18	4	8	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39581--39751	21	8.2	21	69	14	77	68	18	4	8	1.34
39638--39745	31	3.5	31	81	7	94	71	16	4	7	1.26
39638--39744	32	3.5	31	80	16	100	71	16	4	7	1.27
75761--75861	49	2.1	49	100	0	202	27	13	14	43	1.84
78392--78416	11	2.3	11	100	0	50	16	16	28	40	1.89
85180--85210	15	2.1	14	94	5	53	80	0	19	0	0.71
85776--85817	20	2.2	18	80	19	50	54	0	0	45	0.99
86688--86712	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
93150--93200	18	2.8	18	79	5	59	37	27	21	13	1.91
99219--99276	3	20.0	3	78	16	52	68	0	31	0	0.89
99214--99264	21	2.4	21	80	6	59	62	0	35	1	1.06
100320--100383	2	32.0	2	82	0	74	43	3	4	48	1.39
100320--100395	8	9.2	8	85	5	71	40	2	7	48	1.46
100320--100401	26	3.2	26	82	0	92	40	2	8	48	1.47
100344--100408	26	2.5	25	85	9	69	36	0	10	52	1.37
107818--107860	12	3.6	12	80	0	50	62	2	34	0	1.08
107828--107856	14	2.0	15	93	6	51	62	3	34	0	1.12
118117--118170	26	2.1	26	100	0	108	38	16	18	25	1.92
143856--143912	27	2.1	27	86	0	78	31	15	31	21	1.94
143898--143960	27	2.3	27	100	0	126	31	12	28	26	1.93
147440--147470	15	2.1	15	100	0	62	48	25	6	19	1.72
152807--152964	51	3.1	51	90	5	223	31	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156857--157046	95	2.0	94	97	1	362	30	17	23	27	1.97
160040--160236	51	3.9	51	94	0	342	31	17	22	27	1.97
166200--166237	17	2.3	17	86	4	51	10	13	2	73	1.19
174718--174761	19	2.3	19	85	14	56	79	2	18	0	0.83
174705--174764	14	4.5	13	76	17	52	78	1	18	1	0.92
174705--174762	26	2.2	26	85	11	75	77	1	18	1	0.94
176659--176724	21	3.4	21	63	26	54	36	36	18	9	1.82
176639--176894	37	6.9	37	80	3	257	38	32	16	12	1.86
176665--176882	110	2.0	111	83	2	278	36	32	17	13	1.89
179904--180457	137	4.0	138	91	2	884	46	5	6	40	1.53
179904--180457	276	2.0	274	90	3	857	46	5	6	40	1.53
183869--184143	23	12.0	23	81	0	300	36	4	13	44	1.65
183869--184143	69	4.0	69	84	0	334	36	4	13	44	1.65
187204--187238	18	1.9	18	88	0	52	22	2	0	74	0.95
190146--190186	19	2.2	19	83	12	50	21	7	2	68	1.26
195973--196077	52	2.0	52	98	0	201	36	17	5	40	1.73
198128--198585	232	2.0	229	91	2	659	40	10	18	30	1.85
199625--199666	17	2.4	17	88	4	57	52	7	16	23	1.68
199640--199678	18	2.2	17	86	4	51	53	10	17	17	1.71
199788--199833	21	2.3	19	85	14	58	2	28	8	60	1.38
202013--202051	14	2.8	14	81	14	53	66	5	17	10	1.39
208325--208373	20	2.5	20	74	12	55	42	20	2	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208367--208481	20	5.8	19	75	9	79	38	15	4	41	1.67
208539--208660	20	6.2	19	74	6	91	46	11	0	41	1.40
208517--208614	40	2.4	39	81	6	115	45	14	1	38	1.51
209419--209458	3	13.3	3	84	10	55	0	35	2	62	1.09
219078--219215	73	1.9	73	87	3	206	34	9	13	42	1.76
222009--222127	57	2.1	58	91	1	195	31	0	19	48	1.49
222009--222141	57	2.3	57	87	3	178	30	0	20	48	1.50
222833--222902	15	4.7	15	78	0	68	22	25	24	27	2.00
222831--222917	45	1.9	45	81	4	104	20	27	22	28	1.99
227198--227315	50	2.4	50	89	0	182	25	16	19	38	1.92
227283--227821	98	5.5	98	76	9	445	27	18	17	36	1.94
227364--227822	196	2.3	197	86	3	611	27	17	18	35	1.94
239745--239798	26	2.1	26	82	0	63	27	18	22	31	1.97
240609--240639	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
254627--254662	15	2.3	15	95	4	63	38	19	8	33	1.82
255548--255776	50	4.7	50	78	6	209	25	19	18	36	1.94
257265--257337	26	2.8	26	93	2	119	38	6	24	30	1.81
257265--257354	27	3.4	26	90	3	126	38	6	25	28	1.81
259765--259855	41	2.3	41	82	3	105	18	20	28	31	1.97
263878--264210	30	11.3	30	71	14	119	36	25	2	35	1.70
263837--264000	60	2.7	60	77	1	177	35	21	4	38	1.73
263948--264028	28	2.8	28	75	7	65	37	30	3	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264044--264211	58	2.9	57	78	9	178	35	26	1	35	1.67
264046--264186	29	4.8	29	73	9	108	37	27	1	33	1.66
264056--264213	29	5.4	27	72	14	86	35	26	1	36	1.68
274748--274851	30	3.5	30	97	0	190	21	31	26	20	1.98
287040--287168	51	2.5	51	83	0	159	33	10	22	33	1.89
287163--287341	61	3.0	61	86	1	236	34	13	21	30	1.92
290839--291017	61	3.0	61	86	3	238	35	13	21	29	1.92
291461--291515	21	2.6	21	97	0	101	20	14	29	36	1.92
291554--291611	22	2.5	24	81	10	59	29	5	27	37	1.78
291689--291745	21	2.7	21	91	0	87	31	14	15	38	1.87
296916--296950	10	3.3	10	85	14	52	51	11	8	28	1.67
298984--299022	2	19.5	2	94	0	69	0	48	0	51	1.00
300940--300979	20	2.0	20	85	9	55	45	15	22	17	1.85
306773--306909	2	68.5	2	80	0	103	50	13	0	35	1.42
306772--306907	8	17.0	8	89	0	137	50	14	0	35	1.44
310072--310109	15	2.4	16	86	4	51	10	5	10	73	1.23
310082--310120	20	1.9	21	94	5	71	7	5	10	76	1.13
310233--310273	21	2.0	20	85	4	55	24	7	9	58	1.55
312154--312207	27	2.0	27	85	7	74	16	27	16	38	1.90
321038--321146	31	3.5	31	81	10	107	40	4	2	52	1.36
321066--321164	30	3.3	30	75	10	87	39	3	1	56	1.21
321066--321157	31	3.0	30	73	12	80	40	3	0	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321311--321358	25	1.9	25	83	8	62	47	2	0	50	1.12
322952--323110	41	3.9	41	82	3	160	36	15	25	22	1.93
323007--323136	41	3.2	41	84	4	147	36	16	25	22	1.94
325397--325474	27	2.9	27	75	7	86	61	6	0	32	1.21
325413--325455	19	2.3	19	91	0	68	60	4	0	34	1.17
325953--325989	8	4.5	8	93	3	56	43	0	0	56	0.99
325953--325995	16	2.5	17	85	7	61	44	0	0	55	0.99

Tables:   1

The End!