genome.fa.s13620.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013620.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128648, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  249751

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228--252	13	1.9	13	100	0	50	32	44	0	24	1.54
1813--2259	29	15.8	29	75	11	374	36	29	1	33	1.67
1813--2234	59	7.5	58	86	5	471	36	29	1	32	1.65
1995--2156	50	3.2	50	98	0	315	37	31	0	31	1.58
2024--2070	21	2.2	21	88	7	69	38	31	0	29	1.58
2074--2120	21	2.2	21	85	14	62	38	29	0	31	1.58
7146--7188	12	3.4	12	78	12	50	58	0	2	39	1.11
7145--7182	14	2.4	17	87	12	55	55	0	2	42	1.14
9405--9841	30	14.8	29	77	9	350	34	2	28	34	1.71
9432--9834	59	6.8	61	80	8	383	34	2	28	35	1.70
9961--10006	10	4.6	10	81	10	58	47	0	0	52	1.00
9961--10052	12	7.8	12	68	15	50	45	2	1	51	1.20
9962--10030	18	3.8	19	78	19	67	46	1	0	52	1.09
9993--10022	16	1.9	15	93	6	51	46	3	0	50	1.18
10002--10047	24	1.9	24	90	0	74	41	4	2	52	1.33
10099--10133	17	2.1	17	100	0	70	57	11	5	25	1.56
10822--10899	6	13.3	6	71	15	56	52	1	5	41	1.32
10837--10899	17	3.6	18	87	8	94	55	1	4	38	1.31
11230--11854	206	3.1	195	80	9	679	22	22	18	36	1.95
11717--11931	115	1.9	115	91	1	351	21	22	20	34	1.97
23669--23909	59	4.1	59	79	8	190	36	3	26	33	1.74
23705--23909	30	6.9	30	80	9	208	37	3	26	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23705--23908	89	2.3	88	84	6	252	36	3	26	33	1.73
24898--24965	29	2.2	29	79	7	73	39	1	1	57	1.17
25678--25725	24	2.0	24	91	0	78	20	4	37	37	1.72
28088--28293	30	6.9	30	81	7	222	36	6	19	37	1.77
28088--28293	61	3.5	60	84	5	231	36	6	19	37	1.77
28088--28298	91	2.4	88	84	4	253	36	6	19	36	1.78
28130--28331	60	3.3	60	81	8	180	36	4	21	37	1.75
29597--29638	4	10.5	4	80	10	50	71	0	2	26	0.98
29605--29639	17	2.1	17	88	0	52	68	0	2	28	1.04
30346--30478	39	3.4	39	71	10	119	24	15	28	31	1.95
30495--30659	50	3.3	50	80	3	172	22	21	20	35	1.96
42153--42209	22	2.8	21	77	17	66	71	8	0	19	1.11
42321--42456	60	2.3	61	76	13	138	41	7	13	38	1.72
42359--42444	30	2.9	29	79	5	100	40	5	16	37	1.72
42362--42474	60	1.9	60	83	7	149	38	4	16	39	1.69
46467--46503	17	2.1	18	85	14	51	59	0	0	40	0.97
47696--47885	61	3.1	61	81	2	193	42	13	4	40	1.64
50026--50068	17	2.4	18	80	7	52	25	9	2	62	1.37
53350--53379	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
63570--63635	34	1.9	34	87	0	96	16	9	10	63	1.50
65092--65116	13	1.9	13	100	0	50	20	0	16	64	1.30
70904--70996	46	2.0	46	97	0	177	33	10	10	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71705--71739	18	1.9	18	94	0	61	45	0	14	40	1.45
74677--74714	19	2.0	19	94	0	67	34	7	26	31	1.85
82799--82869	35	2.1	35	84	7	92	42	26	1	29	1.64
86351--86415	23	2.9	23	86	2	87	46	7	3	43	1.48
90523--90580	22	2.6	22	71	17	57	50	20	8	20	1.75
98054--98103	18	2.8	18	81	9	57	42	28	14	16	1.86
102395--102440	24	1.9	24	86	8	67	19	6	8	65	1.43
104040--104090	21	2.4	22	87	9	79	76	0	23	0	0.79
104040--104090	12	4.8	12	75	22	51	76	0	23	0	0.79
104483--104526	17	2.6	17	82	7	54	15	11	11	61	1.57
110332--110393	21	3.0	21	90	2	99	17	4	35	41	1.71
112667--112777	28	4.0	28	79	0	114	29	18	14	37	1.90
127196--127239	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
127259--127347	46	2.0	46	91	8	150	41	4	10	43	1.58
130357--130387	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
131439--131528	34	2.6	34	85	0	135	44	3	34	17	1.66
136888--136980	34	2.7	34	90	8	145	46	2	34	17	1.60
136890--136992	17	6.2	17	73	18	92	44	1	34	18	1.61
144416--144445	14	2.1	14	93	0	51	46	0	23	30	1.52
145818--146318	103	4.9	103	89	4	755	41	3	21	34	1.70
148199--148276	40	2.0	39	90	7	122	37	24	12	25	1.91
158384--158419	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159992--160045	21	2.6	21	79	5	65	48	33	7	11	1.67
161166--161199	14	2.4	14	90	0	50	26	0	5	67	1.13
165601--165856	126	2.0	126	99	0	503	28	5	23	42	1.77
170827--170865	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
178278--178332	25	2.2	25	84	12	69	69	7	21	1	1.23
179307--179333	6	4.5	6	100	0	54	14	37	14	33	1.88
179846--179900	24	2.2	26	83	6	69	50	0	1	47	1.11
181418--181555	12	11.9	12	70	11	92	8	2	16	71	1.23
181395--181528	35	3.9	34	77	12	114	8	2	16	71	1.24
181460--181513	21	2.6	21	88	5	74	7	1	16	74	1.14
181477--181569	44	2.1	44	82	11	111	9	1	16	73	1.15
181480--181555	35	2.1	36	81	11	86	9	1	17	72	1.17
181415--181569	56	2.7	55	84	7	184	9	3	16	70	1.26
182555--182603	17	2.9	17	75	9	55	55	0	0	44	0.99
182555--182622	36	1.9	34	85	11	93	52	0	0	47	1.00
183427--183483	25	2.2	26	84	9	73	49	7	0	43	1.29
187722--187791	28	2.4	29	74	13	72	25	21	5	47	1.73
192825--192861	13	3.0	13	88	7	51	75	2	0	21	0.92
192822--192861	18	2.4	16	91	8	62	75	2	0	22	0.93
194958--194998	22	1.9	21	90	5	64	48	0	4	46	1.23
194959--195005	22	2.2	21	84	3	58	53	0	6	40	1.27
195253--195290	20	1.9	19	89	5	58	0	28	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195253--195290	19	2.0	21	85	15	55	0	28	2	68	1.03
200194--200228	17	2.1	17	94	0	61	42	0	0	57	0.99
203186--203216	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
205533--205733	64	3.1	64	65	17	169	42	11	2	43	1.55
205536--205740	67	3.1	67	64	14	172	42	11	2	42	1.54
205488--205739	131	1.9	131	95	0	459	41	12	3	42	1.61
206879--206904	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
214540--214594	6	9.5	6	86	4	60	0	70	1	27	0.97
214540--214592	16	3.1	17	83	5	63	0	71	1	26	0.96
216456--216505	25	2.0	25	92	0	82	26	12	6	56	1.58
222934--222991	29	2.0	30	86	3	82	31	10	12	46	1.74
225139--225186	24	2.1	23	84	7	62	54	4	2	39	1.32
225572--225620	20	2.5	20	87	12	66	57	8	0	34	1.29
225572--225626	20	2.9	19	83	5	58	54	9	0	36	1.32
226097--226121	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
226448--226491	23	1.9	23	81	9	54	38	15	11	34	1.84
238003--238034	16	1.9	17	93	6	57	43	3	0	53	1.16
240972--241003	14	2.3	14	94	0	55	28	3	6	62	1.34
248177--248211	17	2.1	17	89	5	54	37	0	28	34	1.58
249407--249442	11	3.4	10	88	11	54	86	0	13	0	0.58
249406--249448	9	4.7	9	88	8	52	83	0	16	0	0.64
249408--249455	18	2.6	19	87	9	73	81	0	18	0	0.70

Tables:   1

The End!