Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01013634.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128662, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1940
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.19, T:0.32


Found at i:658 original size:30 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 510--899  Score: 327
    Period size: 30  Copynumber: 13.1  Consensus size: 29

        500 AAATTGAAAT

                                           
        510 TTTTGGAAAA-TTT-GGGATTAAAATCG-AA
          1 TTTTGGAAAAGTTTAGGG-TTAAAAT-GTAA

                            *            * 
        538 CTTTTGGAAAA-TTTAAGGTTGAAAATGTGA
          1 -TTTTGGAAAAGTTTAGGGTT-AAAATGTAA

                 *             *           
        568 TTTT-TAGAAA-TTTAGGGGT-AAATGGTAA
          1 TTTTGGA-AAAGTTTAGGGTTAAAAT-GTAA

                      *        *       *   
        596 TTTTTGG--ATGTTTAGGGGTAAAATCATAA
          1 -TTTTGGAAAAGTTTAGGGTTAAAAT-GTAA

                   *                       
        625 TTTTGGAGAAGTTTTAGGGTCT-AAATGTAA
          1 TTTTGGAAAAG-TTTAGGGT-TAAAATGTAA

                  *                        
        655 TTTTTGAAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAA
          1 -TTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTAA

                 *               *         
        686 TTTT-AAAGAAGTTTAGAGGTCAAAATGTAA
          1 TTTTGGAA-AAGTTTAG-GGTTAAAATGTAA

                     *   *              * 
        716 TTTTGGAAAGGTTAAGGGGTTAAAATGTGA
          1 TTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTAA

                                          
        746 TTTTGGAAAAGTTTATGGGTTAAAATGTAA
          1 TTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTAA

                                 *       * 
        776 TTTTGGAAAAGTTT-GTTGGTCAAAATGTGA
          1 TTTTGGAAAAGTTTAG--GGTTAAAATGTAA

                         *      *       * 
        806 TTTTGGAAAAGTTAAGGGGTCAAAATGTGA
          1 TTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTAA

                                          
        836 TTTTGGAAAAGTTTAGTGGTTAAAATGTAA
          1 TTTTGGAAAAGTTTAG-GGTTAAAATGTAA

                                        * 
        866 TTTTGGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGTGA
          1 TTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTAA

                
        896 TTTT
          1 TTTT

        900 TAAAGAAAAT


Statistics
Matches: 303,  Mismatches: 32, Indels: 51
        0.78            0.08        0.13

Matches are distributed among these distances:
  27    5  0.02
  28   20  0.07
  29   46  0.15
  30  194  0.64
  31   36  0.12
  32    2  0.01

ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.25, T:0.38


Consensus pattern (29 bp):   
TTTTGGAAAAGTTTAGGGTTAAAATGTAA

Found at i:773 original size:90 final size:89

Alignment explanation


    Indices: 554--899  Score: 361
    Period size: 90  Copynumber: 3.9  Consensus size: 89

        544 GAAAATTTAA

                               *             *                     *         
        554 GGTTGAAAATGTGATTTT-TAGAAA-TTTAGGGGT-AAATGGTAATTTTTGG--ATGTTTAGGGG
          1 GGTT-AAAATGTGATTTTGGA-AAAGTTTAGGGTTAAAAT-GTAA-TTTTGGAAAAGTTTAGGGG

                    *              *  *   
        614 T-AAAATCATAATTTTGGAGAAGTTTTA-G
         62 TCAAAAT-GTAATTTTGGA-AAGGTTAAGG

                        *       *                             *           *  
        642 GGTCT-AAATGTAATTTTTGAAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTT-AAAGAAGTTTAGAGG
          1 GGT-TAAAATGTGA-TTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTGGAA-AAGTTTAGGGG

                                        
        705 TCAAAATGTAATTTTGGAAAGGTTAAGG
         62 TCAAAATGTAATTTTGGAAAGGTTAAGG

                                                                        *    
        733 GGTTAAAATGTGATTTTGGAAAAGTTTATGGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTT-GTTGGTC
          1 GGTTAAAATGTGATTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAG-GGGTC

                   *          *       
        797 AAAATGTGATTTTGGAAAAGTTAAGG
         64 AAAATGTAATTTTGGAAAGGTTAAGG

               *                                                           * 
        823 GGTCAAAATGTGATTTTGGAAAAGTTTAGTGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTTA
          1 GGTTAAAATGTGATTTTGGAAAAGTTTAG-GGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTCA

                  *     
        888 AAATGTGATTTT
         65 AAATGTAATTTT

        900 TAAAGAAAAT


Statistics
Matches: 223,  Mismatches: 19, Indels: 30
        0.82            0.07        0.11

Matches are distributed among these distances:
  87    7  0.03
  88   10  0.04
  89   12  0.05
  90  151  0.68
  91   38  0.17
  92    5  0.02

ACGTcount: A:0.35, C:0.01, G:0.26, T:0.38


Consensus pattern (89 bp):   
GGTTAAAATGTGATTTTGGAAAAGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTCAA
AATGTAATTTTGGAAAGGTTAAGG

Done.