Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01001372.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_112834, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12334
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.15, T:0.31
Found at i:529 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 504--588 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 5.3 Consensus size: 17
494 GACTTTGTAA
* **
504 TTAAGTTTTAAATCTAT
1 TTAAATTTTAAATAAAT
*
521 TTAAATTTTAATTAAAT
1 TTAAATTTTAAATAAAT
*
538 TTAAA-TTTAAAGCAAAT
1 TTAAATTTTAAA-TAAAT
*
555 TTAAA-TTTAAA-AGA-
1 TTAAATTTTAAATAAAT
569 -TAAA-TTTAAATAAAT
1 TTAAATTTTAAATAAAT
584 TTAAA
1 TTAAA
589 CCCAATAAAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 9
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.18
14 2 0.04
15 2 0.04
16 9 0.16
17 33 0.59
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTTTAAATAAAT
Found at i:533 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 519--588 Score: 58
Period size: 6 Copynumber: 12.2 Consensus size: 6
509 TTTTAAATCT
* **
519 ATTTAA ATTTTA A-TTAA ATTTAA ATTTAA A-GCAA ATTTAA ATTTAAA
1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTT-AA
**
566 AGATAA ATTTAA A--TAA ATTTAA A
1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA A
589 CCCAATAAAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 10
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.08
5 7 0.14
6 34 0.69
7 4 0.08
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (6 bp):
ATTTAA
Found at i:537 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 521--588 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 6.0 Consensus size: 11
511 TTAAATCTAT
*
521 TTAAATTTTAA
1 TTAAATTTAAA
532 TTAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
**
543 TTTAAA-GCAAA
1 -TTAAATTTAAA
554 TTTAAATTTAAAA
1 -TTAAATTT-AAA
*
567 GATAAATTTAAA
1 -TTAAATTTAAA
579 -TAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
589 CCCAATAAAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 7, Indels: 7
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.21
11 19 0.40
12 8 0.17
13 10 0.21
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (11 bp):
TTAAATTTAAA
Found at i:7065 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7043--7079 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
7033 TGAGGTGCCA
7043 AATTATATAA-AAAAT-TC
1 AATTATA-AATAAAATCTC
7060 AATTATAAATAAAATCTC
1 AATTATAAATAAAATCTC
7078 AA
1 AA
7080 AATTATCATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.11
17 12 0.67
18 4 0.22
ACGTcount: A:0.59, C:0.08, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AATTATAAATAAAATCTC
Found at i:8693 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 8617--8693 Score: 86
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
8607 GACAACATCG
* * *
8617 TATAAATGGTATATAAGTCTTTCGGTGTGACATTG
1 TATAAACGGTATATAAGTCTTTCGGTGTGACACTA
*
8652 TGTAAACGGTATATATA-TCTTTCGAG-GTGACACTA
1 TATAAACGGTATATA-AGTCTTTCG-GTGTGACACTA
8687 TATAAAC
1 TATAAAC
8694 ATATACAGAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 4
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 33 0.94
36 2 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (35 bp):
TATAAACGGTATATAAGTCTTTCGGTGTGACACTA
Found at i:8899 original size:92 final size:92
Alignment explanation
Indices: 8761--8951 Score: 364
Period size: 92 Copynumber: 2.1 Consensus size: 92
8751 CATCTCGGAA
*
8761 GAGGTTTATTGATCTCTCGGAATCGAAAGTCCAACAGGACAATAAATATGAGTTATATTGTGTAA
1 GAGGTTTATTGATCTCTCGGAATCAAAAGTCCAACAGGACAATAAATATGAGTTATATTGTGTAA
8826 AATCATAGTTGGACTATGCCAACAAAT
66 AATCATAGTTGGACTATGCCAACAAAT
*
8853 GAGGTTTATTGATTTCTCGGAATCAAAAGTCCAACAGGACAATAAATATGAGTTATATTGTGTAA
1 GAGGTTTATTGATCTCTCGGAATCAAAAGTCCAACAGGACAATAAATATGAGTTATATTGTGTAA
8918 AATCATAGTTGGACTATGCCAACAAAT
66 AATCATAGTTGGACTATGCCAACAAAT
8945 GAGGTTT
1 GAGGTTT
8952 GCCAAGACAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
92 97 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (92 bp):
GAGGTTTATTGATCTCTCGGAATCAAAAGTCCAACAGGACAATAAATATGAGTTATATTGTGTAA
AATCATAGTTGGACTATGCCAACAAAT
Found at i:11593 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 11574--11608 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
11564 TTATTCTAAA
*
11574 ATTATAAAATT
1 ATTAAAAAATT
*
11585 ATTTAAAAATT
1 ATTAAAAAATT
11596 ATTAAAAAATT
1 ATTAAAAAATT
11607 AT
1 AT
11609 ATTTACTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 21 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (11 bp):
ATTAAAAAATT
Found at i:11964 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 11950--12036 Score: 104
Period size: 11 Copynumber: 7.6 Consensus size: 11
11940 GGCCCTTTTT
*
11950 AATTTATTTTA
1 AATTTAATTTA
*
11961 AATTTTATTTA
1 AATTTAATTTA
11972 AATTTAAATTTA
1 AATTT-AATTTA
11984 AATTTAAATTTA
1 AATTT-AATTTA
*
11996 AATTTAAATT-
1 AATTTAATTTA
12006 AATCTTAAATTTA
1 AAT-TT-AATTTA
12019 AATTTAATTTA
1 AATTTAATTTA
12030 AATTTAA
1 AATTTAA
12037 CTTCAAAATT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 5, Indels: 8
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
10 3 0.04
11 33 0.49
12 28 0.42
13 3 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (11 bp):
AATTTAATTTA
Found at i:11977 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11950--12036 Score: 115
Period size: 17 Copynumber: 5.1 Consensus size: 17
11940 GGCCCTTTTT
*
11950 AATTTATTTTAAATTT-
1 AATTTAATTTAAATTTA
*
11966 TATTTAAATTTAAATTTA
1 AATTT-AATTTAAATTTA
11984 AATTTAAATTTAAATTTA
1 AATTT-AATTTAAATTTA
12002 AA-TTAATCTTAAATTTA
1 AATTTAAT-TTAAATTTA
12019 AATTTAATTTAAATTTA
1 AATTTAATTTAAATTTA
12036 A
1 A
12037 CTTCAAAATT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 3, Indels: 7
0.86 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.11
17 33 0.52
18 24 0.38
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
AATTTAATTTAAATTTA
Found at i:11978 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 11957--12036 Score: 114
Period size: 6 Copynumber: 13.8 Consensus size: 6
11947 TTTAATTTAT
*
11957 TTTAAA TTT-TA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
12004 -TT-AA TCTTAAA TTTAAA TTT-AA TTTAAA TTTAA
1 TTTAAA T-TTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAA
12037 CTTCAAAATT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 2, Indels: 10
0.85 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.03
5 11 0.16
6 51 0.76
7 3 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:12048 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11950--12036 Score: 115
Period size: 23 Copynumber: 3.8 Consensus size: 23
11940 GGCCCTTTTT
* *
11950 AATTTATTTTAAATTT-TATTTA
1 AATTTAATTTAAATTTAAATTTA
11972 AATTTAAATTTAAATTTAAATTTA
1 AATTT-AATTTAAATTTAAATTTA
*
11996 AATTTAAATT-AATCTTAAATTTA
1 AATTTAATTTAAAT-TTAAATTTA
12019 AATTTAATTTAAATTTAA
1 AATTTAATTTAAATTTAA
12037 CTTCAAAATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 7
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.14
23 36 0.63
24 13 0.23
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (23 bp):
AATTTAATTTAAATTTAAATTTA
Done.