genome.fa.s13772.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013772.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128800, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  322742

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--90	17	5.5	18	73	17	63	48	3	1	46	1.25
32--90	6	10.2	6	76	7	59	50	3	0	45	1.18
32--122	17	5.2	17	80	7	103	52	4	0	42	1.21
32--119	35	2.5	35	83	7	99	51	4	0	44	1.22
13060--13186	50	2.5	50	81	7	150	34	16	26	22	1.95
13243--13318	40	1.9	40	86	10	111	32	15	18	32	1.93
13408--13495	40	2.2	40	83	4	106	29	27	20	22	1.99
13520--13615	48	2.0	48	97	0	183	45	15	14	23	1.83
25659--25703	20	2.2	20	84	7	56	33	17	0	48	1.48
26500--26534	18	1.9	18	88	11	54	25	2	0	71	1.00
31897--31993	47	2.1	47	94	0	167	36	8	15	40	1.77
43732--43774	18	2.5	17	82	14	52	2	32	0	65	1.06
43736--43767	10	3.0	11	90	9	57	0	34	0	65	0.93
43960--43994	16	2.2	16	89	0	52	22	2	0	74	0.95
44511--44574	33	1.9	33	100	0	128	42	34	6	17	1.74
46033--46073	19	2.2	19	86	0	55	26	7	26	39	1.82
46832--46872	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
47521--47553	11	3.1	11	91	8	59	36	0	0	63	0.95
47517--47556	10	4.0	10	90	9	64	30	0	0	70	0.88
50635--50814	65	2.7	67	85	6	231	28	8	7	56	1.56
56673--56713	18	2.3	18	82	0	55	73	2	0	24	0.96
58928--59241	30	10.6	30	79	9	236	32	5	23	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58928--59236	89	3.5	89	76	8	249	32	5	22	39	1.76
62307--62349	23	1.9	22	85	4	59	34	2	16	46	1.60
74752--74785	16	2.2	16	89	5	52	29	0	0	70	0.87
76268--76333	13	5.1	13	81	0	78	37	21	6	34	1.78
79930--79983	3	17.3	3	81	14	65	62	1	31	3	1.23
79925--79983	16	3.9	16	74	17	63	61	1	32	5	1.28
80854--80878	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
81200--81241	17	2.6	16	85	7	57	2	16	0	80	0.81
82178--82208	16	2.0	16	93	6	55	0	35	0	64	0.94
93165--93231	27	2.5	27	82	2	82	37	22	5	34	1.79
93165--93231	13	5.1	13	81	3	80	37	22	5	34	1.79
98207--98266	22	2.6	22	78	7	66	63	10	18	8	1.50
98222--98264	22	2.0	22	95	0	77	58	11	20	9	1.61
99134--99192	28	2.1	28	100	0	118	47	3	13	35	1.60
99459--99498	16	2.5	16	84	11	55	0	20	0	80	0.72
100433--100488	16	3.4	17	78	12	62	0	42	0	57	0.99
109093--109156	27	2.4	27	100	0	128	26	31	14	28	1.95
110191--110215	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
117526--117586	18	3.3	18	81	4	86	24	21	26	27	1.99
117526--117598	18	3.9	19	78	5	78	31	17	24	26	1.97
117526--117602	37	2.1	37	92	0	127	29	16	25	27	1.97
118288--118404	21	5.6	21	77	15	125	29	12	27	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118288--118404	42	2.8	42	94	0	198	29	12	27	30	1.93
122543--122588	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
126535--126701	84	2.0	84	89	0	253	33	23	15	26	1.95
127157--127213	20	3.0	20	80	14	66	73	1	0	24	0.92
129450--129482	11	2.8	12	81	9	50	15	15	15	54	1.71
129561--129635	12	6.2	12	74	10	55	28	14	14	42	1.85
129572--129641	23	3.0	23	89	2	104	28	12	17	41	1.86
135514--136667	578	2.0	576	98	0	2218	38	15	11	34	1.84
141065--141099	18	1.9	18	88	0	52	62	2	14	20	1.43
144172--144197	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
145111--145152	9	4.9	9	82	11	61	66	0	2	30	1.04
155198--155230	16	2.2	15	89	10	50	36	9	15	39	1.79
171301--171487	52	3.6	51	77	8	180	40	22	11	25	1.88
173681--174273	189	3.1	189	80	3	645	24	25	17	33	1.96
173360--174283	378	2.4	381	81	5	1103	23	24	18	33	1.96
174147--174370	94	2.4	93	87	3	315	23	24	18	33	1.96
175071--175169	43	2.3	43	82	5	110	19	23	15	42	1.88
190092--190143	26	2.0	26	88	0	77	28	15	21	34	1.94
194502--194635	39	3.5	37	75	9	124	36	21	17	23	1.95
195872--195983	38	2.9	37	77	5	98	24	19	23	33	1.97
195910--196048	38	3.7	38	79	1	163	20	20	27	31	1.97
195934--196078	76	1.9	76	81	5	177	20	19	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196066--196102	16	2.3	16	85	0	56	24	27	21	27	1.99
196085--196167	38	2.2	38	82	0	103	22	19	21	36	1.95
196271--196308	20	1.9	20	100	0	76	28	2	15	52	1.56
198181--198500	58	5.3	58	83	9	363	38	20	5	35	1.77
198283--198321	10	3.8	10	89	3	60	38	20	2	38	1.66
198227--198498	68	4.2	67	80	14	301	36	20	5	37	1.77
198284--198329	19	2.3	21	92	7	78	36	21	4	36	1.74
198247--198352	23	4.7	22	70	22	69	35	20	6	36	1.79
198181--198499	126	2.6	125	86	6	440	37	20	5	35	1.77
198417--198446	10	3.0	10	90	0	51	36	20	3	40	1.69
198431--198497	24	2.7	24	76	21	66	38	19	2	38	1.67
198181--198544	126	3.1	116	79	7	261	39	20	5	35	1.76
198490--198598	23	4.7	23	81	0	128	47	14	2	34	1.59
198676--198813	66	2.1	67	83	4	172	42	27	10	18	1.84
199061--199172	36	3.1	36	89	0	170	35	24	10	29	1.89
215836--215865	12	2.5	12	94	0	51	10	33	13	43	1.77
219255--219298	17	2.5	18	77	3	54	27	0	0	72	0.85
219488--219539	27	2.0	27	84	3	70	61	11	3	23	1.46
222093--222137	20	2.3	20	84	3	56	62	0	0	37	0.96
222150--222237	31	2.9	31	86	8	101	61	2	4	31	1.28
222160--222237	31	2.6	29	88	8	111	60	2	5	32	1.32
222115--222206	10	9.3	10	67	17	50	66	2	3	28	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225931--225967	18	2.1	18	89	0	56	75	2	0	21	0.92
226065--226109	19	2.4	19	84	0	54	66	2	2	28	1.15
226229--226260	16	2.0	16	100	0	64	31	0	18	50	1.48
229209--229273	25	2.5	27	78	14	75	35	1	1	61	1.15
229614--229716	29	3.6	29	76	7	93	51	11	14	22	1.74
230679--230881	34	6.1	34	72	12	140	45	15	4	34	1.66
230810--230881	36	2.1	34	86	5	99	44	15	5	34	1.70
233252--233457	29	7.0	30	80	4	195	34	1	26	37	1.66
233252--233569	59	5.4	59	76	8	227	38	2	22	35	1.68
233256--233569	30	10.6	30	76	6	173	39	2	22	35	1.68
233373--233569	60	3.3	58	78	9	202	44	3	18	34	1.65
234464--234514	26	2.0	26	84	7	68	23	1	0	74	0.92
234544--234576	16	2.1	16	88	11	50	57	0	9	33	1.30
235907--236163	50	5.2	50	83	3	198	18	31	17	33	1.94
235907--236402	99	5.0	99	77	7	400	18	30	16	34	1.94
235919--236442	49	10.6	49	75	5	351	18	30	17	33	1.94
235913--236411	148	3.4	147	78	3	509	18	30	17	33	1.94
245766--245798	18	1.9	18	88	11	52	42	0	18	39	1.50
245748--246153	30	13.9	29	74	11	285	38	2	24	34	1.69
247061--247106	18	2.6	17	86	10	65	21	2	0	76	0.90
248024--248150	41	3.0	41	75	8	128	39	18	7	35	1.78
248024--248170	45	3.4	45	76	10	144	38	17	6	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248550--248801	28	8.9	28	77	5	202	52	7	18	21	1.70
248550--248801	57	4.4	56	81	4	256	52	7	18	21	1.70
248550--248800	85	3.0	85	82	2	290	52	7	18	21	1.70
249265--249363	3	33.0	3	97	0	189	65	0	1	33	0.99
251998--252060	27	2.3	27	88	0	90	25	19	23	31	1.98
254466--254549	25	3.4	25	91	0	141	29	27	22	20	1.98
258579--258654	12	6.8	11	75	19	61	42	1	1	55	1.16
258638--258695	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
258659--258778	54	2.3	51	84	8	145	40	5	3	50	1.43
266211--266273	23	2.7	23	80	7	65	71	4	14	9	1.28

Tables:   1   2