Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013777.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128805, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3759
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.21, T:0.31
Warning! 64 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2155 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2063--2619 Score: 737
Period size: 59 Copynumber: 9.4 Consensus size: 59
2053 TGCACGGGGG
*
2063 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
* * *
2122 CAAAAAATGTGA-TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTCTAAAAGGTTC-AGGAT
1 C-AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGG-T
* * *
2181 CAAAAATGGGATTTTTTTGAAGTTCGGGGGAAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGT
1 CAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
2241 C-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
* * * * *
2300 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGTT
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
* * *
2359 CAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGT
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
* * * * * * * *
2418 TAAAAATGGGATTTTTGGAATTTCGAGGGTAAAATGATAATTTTTGGAAGTTTTGGGGT
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
* * *
2477 TAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGGTAATTTTT-AGAAGTTTCGAGGT
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGA-AAGGTTCGAGGT
* * * * *
2537 CAAAAATGGGACTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-TTTCGGGGT
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGAGGT
2596 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
2620 ATGGACCTCC
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 42, Indels: 22
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 29 0.07
59 283 0.64
60 129 0.29
61 4 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
Found at i:2275 original size:119 final size:118
Alignment explanation
Indices: 2063--2619 Score: 744
Period size: 119 Copynumber: 4.7 Consensus size: 118
2053 TGCACGGGGG
* *
2063 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTCAAAAA
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTC-AAAA
* *
2128 ATGTGA-TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTCTAAAAGGTTC-AGGAT
65 ATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGG-T
* * * *
2181 CAAAAATGGGATTTTTTTGAAGTTCGGGGGAAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTC-AAA
1 CAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTCAAAA
*
2245 ATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGT
65 ATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGT
* * * *
2300 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGTTCAAAAA
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTCAAAAA
* ** *
2365 TGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGT
66 TGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGT
* * * * * * * *
2418 TAAAAATGGGATTTTTGGAATTTCGAGGGTAAAATGATAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAA
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTCAAAAA
* * *
2483 TGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGTTTCGAGGT
66 TGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGT
* * * *
2537 CAAAAATGGGACTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-TTTCGGGGTCAAAA
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTCGAGGTCAAAA
2601 ATGGGATTTTTGGAAGTTC
65 ATGGGATTTTTGGAAGTTC
2620 ATGGACCTCC
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 44, Indels: 13
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
117 8 0.02
118 174 0.45
119 200 0.52
120 6 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (118 bp):
CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTCAAAAA
TGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGT
Found at i:2485 original size:237 final size:236
Alignment explanation
Indices: 2063--2619 Score: 789
Period size: 237 Copynumber: 2.3 Consensus size: 236
2053 TGCACGGGGG
* * *
2063 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGG-GTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGAGGTCAAAA
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG-GGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTC-AAA
2127 AATGTGA-TTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTCTAAAAGGTTCAGGATCAAAAATGGG
64 AATG-GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTCTAAAAGGTTCAGGATCAAAAATGGG
* * * *
2191 ATTTTTTTGAAGTTCGGGGGAAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTTTT
128 ATTTTTTGGAAGTTCGAGGGAAAAATGATAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTAAAAATGGGATTTTT
2256 GGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGAGGT
193 GGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGAGGT
*
2300 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGTTCAAAAA
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAA
* ** * * *
2365 TGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-
66 TGG-ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTCTAAAAGGTTCAGGATCAAAAATGGGAT
* * ** * * *
2429 TTTTTGGAATTTCGAGGGTAAAATGATAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTG
130 TTTTTGGAAGTTCGAGGGAAAAATGATAATTTTTAAAAGGTTCGAGG-TAAAAATGGGATTTTTG
* *
2494 GAAGTTTGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGTTTCGAGGT
194 GAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGT
* * *
2537 CAAAAATGGGACTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTCGGGGTCAAAAA
1 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAA
2602 TGGGATTTTTGGAAGTTC
66 T-GGATTTTTGGAAGTTC
2620 ATGGACCTCC
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 27, Indels: 12
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
235 1 0.00
236 47 0.16
237 236 0.82
238 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (236 bp):
CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGAGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAA
TGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTCTAAAAGGTTCAGGATCAAAAATGGGATT
TTTTGGAAGTTCGAGGGAAAAATGATAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTAAAAATGGGATTTTTGGA
AGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGT
Done.