genome.fa.s13778.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013778.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128806, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  107991

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766--1090	58	5.6	59	83	6	373	31	26	3	38	1.74
770--994	29	7.8	29	73	10	183	31	25	3	39	1.73
794--1064	29	9.3	29	70	11	178	30	25	3	40	1.73
12859--13015	50	3.2	49	74	12	142	42	19	24	13	1.88
12843--13275	49	8.8	50	73	10	286	40	19	24	15	1.90
12843--13275	99	4.4	99	76	7	310	40	19	24	15	1.90
12912--13275	148	2.5	147	80	3	392	40	18	24	15	1.90
14336--14411	3	25.0	3	80	7	82	61	2	0	35	1.10
14932--15304	29	12.7	30	68	17	178	30	27	4	36	1.77
14937--15252	58	5.4	59	84	4	367	30	28	3	37	1.75
14937--15252	117	2.7	118	84	5	403	30	28	3	37	1.75
21140--21178	20	2.0	20	85	10	53	74	2	0	23	0.94
21144--21181	12	3.2	12	85	14	53	73	2	0	23	0.95
22895--23000	50	2.1	50	84	3	133	26	13	19	40	1.88
25882--25956	39	1.9	38	100	0	141	29	18	18	32	1.95
27053--27183	48	2.7	48	91	0	199	21	22	16	39	1.92
27101--27949	209	4.1	208	87	3	1132	23	21	17	37	1.94
27433--27599	85	2.0	85	85	2	228	23	23	16	35	1.95
40637--40682	24	1.9	24	82	8	58	21	15	23	39	1.92
48132--48949	409	2.0	410	95	1	1480	32	17	13	35	1.90
60144--60193	26	2.0	25	84	4	64	58	2	2	38	1.21
61348--61395	8	5.7	9	79	18	50	22	0	4	72	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61374--61425	27	1.9	27	84	0	68	28	0	5	65	1.16
61349--61413	33	2.0	33	84	6	87	26	0	7	66	1.19
63136--63164	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
65364--65551	97	1.9	96	84	5	245	38	13	15	32	1.87
65807--65948	29	4.8	29	75	14	121	35	3	28	33	1.74
65780--65948	59	2.9	57	86	7	218	34	4	27	33	1.76
65807--66065	58	4.4	59	82	5	256	36	4	28	30	1.76
65982--66065	29	2.9	29	75	8	80	36	5	32	25	1.80
65998--66055	30	1.9	30	86	6	82	41	5	29	24	1.76
67938--67985	17	2.8	16	87	12	69	54	6	0	39	1.26
67976--68008	17	1.9	17	100	0	66	54	0	3	42	1.15
67953--68008	23	2.4	23	93	0	94	55	1	1	41	1.21
67911--68008	6	16.8	6	71	14	80	51	4	3	41	1.36
68595--69027	146	2.9	146	82	6	516	15	24	19	40	1.90
68474--69006	98	5.5	97	75	8	442	15	24	19	40	1.90
68512--69030	49	10.6	49	76	6	401	15	24	19	41	1.90
69461--69495	18	1.9	18	88	0	52	54	11	11	22	1.68
80557--80628	28	2.6	28	86	0	90	36	8	25	30	1.85
80668--80744	29	2.6	29	78	15	86	36	3	24	35	1.74
80701--80857	59	2.7	59	80	5	176	42	2	24	30	1.68
80801--80899	49	2.0	50	86	2	137	40	4	28	27	1.74
80876--81038	29	5.7	26	71	17	94	41	3	22	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80875--80944	27	2.5	26	82	15	79	41	2	24	31	1.69
80851--81028	58	3.1	58	80	9	204	41	4	22	31	1.74
82863--82927	17	3.9	16	82	11	76	53	4	1	40	1.31
82851--82925	6	12.8	6	68	16	50	52	4	2	41	1.34
82878--82937	17	3.4	17	86	4	75	58	6	0	35	1.24
84771--84851	6	13.7	6	75	17	71	41	2	2	53	1.27
84771--84866	17	5.9	16	73	20	74	42	4	2	51	1.33
85508--85557	3	16.3	3	87	4	73	64	0	4	32	1.12
86658--86839	58	3.1	59	80	8	187	38	24	1	35	1.66
86658--87032	29	13.0	29	69	15	147	37	25	2	33	1.70
86786--86861	27	2.9	27	81	11	95	38	28	0	32	1.58
86840--87103	59	4.5	58	82	9	270	36	26	4	32	1.78
86828--87165	58	5.8	58	80	8	300	34	27	4	33	1.78
86840--87176	29	11.6	28	71	15	145	34	27	4	33	1.78
86828--87149	117	2.8	118	82	7	358	34	27	4	33	1.78
86956--87192	57	4.1	59	78	11	197	32	26	6	33	1.83
92388--92436	9	5.4	9	80	14	57	79	0	20	0	0.73
92375--92423	11	4.5	11	82	12	57	83	0	12	4	0.77
92376--92426	21	2.4	21	83	6	68	82	0	13	3	0.81
92386--92436	16	3.3	15	86	8	66	80	0	19	0	0.71
92409--92452	21	2.1	21	87	4	63	72	0	22	4	1.02
92382--92443	25	2.4	25	83	5	79	79	0	17	3	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92374--92782	202	2.0	202	99	0	800	52	9	22	15	1.71
92579--92628	20	2.4	21	90	3	75	82	0	12	6	0.85
92584--92627	16	2.8	15	86	10	61	84	0	11	4	0.77
92611--92654	21	2.1	21	87	4	63	72	0	22	4	1.02
93610--93883	50	5.6	50	79	8	256	34	14	33	17	1.90
93640--93885	49	5.0	49	78	11	243	34	15	33	16	1.91
94225--94366	38	3.7	38	77	8	126	23	33	19	23	1.97
94385--95317	209	4.5	209	85	3	1180	36	18	22	22	1.95
95320--95347	10	2.8	10	100	0	56	53	10	7	28	1.62
97501--97834	124	2.7	124	86	1	454	38	16	20	23	1.92
97625--98794	210	5.6	207	82	3	1314	38	16	20	24	1.93
97339--98043	334	2.1	334	85	1	939	38	15	21	24	1.92
98169--98334	82	2.0	83	81	4	192	39	16	20	23	1.92
98372--98542	85	2.0	85	85	2	227	39	15	21	23	1.92
98583--98749	85	2.0	85	85	1	228	37	14	20	27	1.92
98771--98855	41	2.1	41	97	0	161	31	24	20	23	1.98
100640--100991	30	11.9	29	77	7	136	35	23	3	37	1.71
100737--100993	29	8.7	28	77	10	167	36	23	1	38	1.64
100747--101003	59	4.4	59	77	7	236	35	21	2	40	1.66
100683--101003	30	10.9	30	77	8	248	35	22	2	38	1.69
103480--103640	60	2.7	59	81	3	162	42	11	5	40	1.65
103759--103787	4	7.2	4	100	0	58	48	0	27	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104025--104068	14	3.5	14	71	28	53	36	0	15	47	1.46
104014--104068	23	2.4	23	100	0	110	36	0	16	47	1.47
103958--104112	84	1.9	82	86	8	224	39	2	11	46	1.54
105789--105826	6	6.7	6	88	8	53	92	0	7	0	0.40
105790--105826	11	3.4	11	92	7	58	91	0	8	0	0.41
105776--105826	17	3.1	17	86	11	70	86	3	9	0	0.70

Tables:   1

The End!