genome.fa.s13788.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013788.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128816, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  248684

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3851--3916	25	2.6	26	76	13	75	69	4	25	0	1.07
3868--3910	22	2.0	20	82	8	50	67	4	27	0	1.10
4003--4066	12	5.3	12	77	7	51	73	4	20	1	1.09
4003--4056	22	2.3	24	75	6	58	72	5	20	1	1.14
3814--4122	153	2.0	153	94	0	546	51	17	20	10	1.75
7125--7158	13	2.6	14	86	13	54	82	0	0	17	0.67
7121--7158	17	2.2	17	90	9	60	81	0	0	18	0.69
7597--7774	49	3.6	49	69	17	114	25	20	19	34	1.96
7916--8205	79	3.7	79	80	9	297	26	16	24	32	1.96
7916--8182	119	2.2	119	83	5	344	26	16	24	32	1.96
7917--8210	40	7.4	39	76	7	220	26	16	24	31	1.96
18199--18282	30	2.8	30	80	3	89	32	3	22	41	1.71
18271--18336	30	2.2	30	83	5	80	40	3	16	39	1.64
19424--19457	16	2.1	17	94	5	61	23	5	23	47	1.73
19700--19866	80	2.1	80	87	0	244	39	2	16	41	1.63
20822--20879	31	1.9	30	82	10	73	70	8	10	10	1.34
24551--24597	21	2.2	22	85	11	62	23	0	6	70	1.10
25141--25381	40	6.4	38	68	18	146	25	16	25	32	1.96
25141--25266	39	3.2	38	78	6	135	26	15	26	30	1.96
25141--25297	79	2.0	79	85	0	215	24	16	26	32	1.96
25270--25325	28	2.0	28	92	0	94	17	23	19	39	1.92
25291--25381	41	2.2	40	88	7	130	26	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38555--38609	17	3.2	17	72	12	51	56	0	1	41	1.10
38528--38628	33	2.9	35	80	14	113	54	0	2	42	1.15
39080--39184	10	11.4	9	70	15	63	66	0	1	31	1.02
39081--39184	28	3.8	28	73	15	85	66	0	1	31	1.03
39112--39184	28	2.6	29	84	8	96	61	0	1	36	1.05
39114--39185	19	3.8	19	71	14	58	59	0	1	38	1.06
39359--39395	19	2.0	19	89	5	58	27	8	2	62	1.37
39415--39441	10	2.7	10	100	0	54	44	0	0	55	0.99
39471--39560	9	9.7	9	77	10	83	30	2	0	67	1.02
39395--39492	37	2.6	38	76	14	103	38	4	0	57	1.18
39471--39523	17	2.9	19	74	23	60	24	1	0	73	0.93
39512--39560	19	2.5	19	86	3	62	36	2	0	61	1.08
39471--39561	10	9.7	10	79	11	79	29	2	0	68	1.02
39545--39575	15	2.1	15	93	0	53	22	0	0	77	0.77
39480--39572	9	10.6	9	73	13	52	27	2	0	69	0.99
44026--44155	31	4.3	31	72	14	119	45	13	16	24	1.83
44077--44155	31	2.6	31	89	2	124	44	11	16	27	1.82
49733--49805	37	2.0	37	86	0	101	31	12	13	42	1.81
53025--53065	22	1.9	22	85	5	57	36	2	4	56	1.34
53476--53518	14	3.0	14	75	3	50	27	4	11	55	1.55
56251--56293	19	2.5	16	79	17	50	41	0	6	51	1.29
56256--56318	19	3.2	20	88	6	94	36	0	9	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57881--57921	21	2.0	21	85	9	57	68	2	0	29	1.03
59125--59181	27	2.3	25	85	11	73	70	1	1	26	1.07
59414--59461	22	2.2	21	82	7	60	20	0	4	75	0.97
59519--59543	10	2.5	10	100	0	50	28	8	0	64	1.22
60134--60162	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
78540--78576	17	2.2	17	100	0	74	35	16	21	27	1.94
80691--80759	20	3.5	20	78	9	79	37	10	10	42	1.73
83865--84131	79	3.4	79	87	1	394	22	18	28	31	1.97
87527--87560	17	1.9	18	88	5	52	35	8	0	55	1.31
88746--88803	28	2.1	28	90	0	89	22	24	1	51	1.57
88752--88800	13	3.6	14	76	13	57	20	26	2	51	1.59
88953--88987	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
89533--89586	17	3.3	17	69	25	53	50	1	1	46	1.23
90157--90214	26	2.3	25	93	3	98	36	10	25	27	1.89
90508--90574	27	2.4	28	78	9	75	46	2	2	47	1.33
91984--92034	24	2.1	24	85	7	68	33	3	5	56	1.42
94625--94659	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
100219--100280	31	2.0	31	100	0	124	12	35	12	38	1.82
101431--101467	15	2.4	16	90	4	58	67	2	0	29	1.04
110439--110476	20	2.0	20	89	5	60	47	0	10	42	1.38
111420--111553	71	1.9	67	85	5	178	43	8	12	35	1.74
114816--114880	24	2.7	24	92	0	103	49	12	23	15	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116351--116397	18	2.7	18	86	3	69	42	8	6	42	1.60
125541--125574	14	2.4	14	90	0	59	47	0	11	41	1.40
127562--127604	22	2.0	22	100	0	86	32	9	18	39	1.83
127969--128020	24	2.2	24	92	0	86	28	19	21	30	1.97
136307--136350	18	2.4	18	88	0	70	34	9	40	15	1.79
139103--139307	40	5.1	39	86	4	266	28	23	17	30	1.97
141740--141774	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
142048--142106	20	3.1	19	90	4	84	55	6	0	37	1.26
142048--142107	19	3.1	19	88	7	86	56	6	0	36	1.26
143155--143193	19	2.1	19	100	0	78	10	0	20	69	1.17
143281--143342	4	15.2	4	80	9	63	66	0	32	1	1.02
143281--143329	21	2.3	21	89	0	71	69	0	30	0	0.89
143281--143342	17	3.2	20	85	12	78	66	0	32	1	1.02
146173--146224	26	2.0	26	84	0	68	34	3	3	57	1.35
146360--146438	14	5.7	14	75	13	74	20	1	29	49	1.57
146374--146438	21	3.2	20	78	12	69	20	1	29	49	1.58
146691--146782	45	2.0	45	95	0	166	19	21	27	31	1.97
153432--153474	19	2.3	19	87	0	59	67	6	2	23	1.27
155771--156178	82	5.0	82	82	7	440	27	18	24	29	1.98
155771--156178	42	10.0	42	80	10	436	27	18	24	29	1.98
155771--156163	202	2.0	200	82	7	492	26	19	24	29	1.98
156387--156945	99	5.7	98	79	3	518	19	31	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156449--156795	49	7.0	48	70	10	130	18	30	15	34	1.92
156493--156942	50	9.1	49	68	12	224	18	32	15	33	1.92
157368--157688	112	2.8	112	86	0	426	38	12	19	28	1.89
158010--158040	15	2.1	15	93	0	53	0	16	0	83	0.64
158858--158904	13	3.5	13	85	8	60	0	19	0	80	0.70
158859--158904	23	2.1	23	88	8	69	0	17	0	82	0.67
163085--163127	19	2.3	19	87	0	59	67	6	2	23	1.27
165261--165374	61	1.9	60	87	5	169	49	4	3	42	1.39
165480--165537	20	2.9	20	78	14	57	29	12	50	8	1.69
167801--167892	46	2.0	46	97	0	175	45	14	13	27	1.81
168152--168201	20	2.5	20	81	15	50	44	12	0	44	1.41
173155--173236	40	2.0	40	83	4	103	64	12	2	20	1.38
173823--173860	19	2.0	19	100	0	76	36	15	10	36	1.82
182708--182784	23	3.3	23	87	5	102	46	16	11	24	1.81
182711--182779	23	2.9	24	89	4	104	46	17	11	24	1.81
186579--186631	24	2.3	23	80	3	61	45	0	0	54	0.99
192399--192434	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
198187--198233	24	2.0	24	83	8	60	53	6	34	6	1.52
200844--200885	21	2.0	21	86	9	59	66	0	0	33	0.92
212411--212444	16	2.2	16	89	5	52	47	2	5	44	1.42
212510--212610	52	1.9	52	100	0	202	30	13	7	47	1.72
212971--213032	30	2.1	30	100	0	124	38	9	3	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216222--216247	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
218928--218969	6	7.3	6	91	5	61	64	16	0	19	1.30
223998--224122	63	2.0	60	80	10	137	24	14	10	51	1.73
224340--224505	89	1.9	89	83	5	219	47	12	16	24	1.80
225607--225712	49	2.2	47	83	8	126	31	13	13	42	1.82
232391--232420	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
237473--237594	57	2.1	57	96	0	226	29	33	9	27	1.89
239788--239902	56	2.1	56	98	0	221	33	5	11	49	1.61
241214--241275	28	2.2	28	94	0	106	27	8	30	33	1.86
241227--241368	29	4.9	29	78	12	132	35	4	28	30	1.78

Tables:   1   2