genome.fa.s13811.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013811.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128839, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  211003

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3847--3944	47	2.0	48	94	3	171	34	15	6	43	1.71
5311--5349	16	2.3	18	86	8	55	17	5	7	69	1.32
6060--6104	18	2.8	16	81	15	56	33	13	13	40	1.83
10073--10120	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
10183--10285	25	4.4	22	85	10	134	11	23	23	41	1.87
10183--10285	47	2.2	47	92	0	170	11	23	23	41	1.87
10195--10296	25	4.2	25	86	8	120	13	25	20	40	1.89
22342--22371	15	1.9	16	93	6	53	20	10	30	40	1.85
24932--24965	13	2.6	13	80	0	50	35	5	20	38	1.77
27171--27229	29	2.0	30	90	3	93	30	5	13	50	1.63
29664--29738	35	2.1	36	82	7	91	54	1	1	42	1.17
30056--30084	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
32669--32760	12	7.9	12	75	11	75	33	1	4	60	1.23
32676--32736	17	3.6	17	84	0	77	31	0	6	62	1.21
32704--32760	6	9.7	6	75	11	55	38	1	3	56	1.27
32669--32760	23	4.0	24	80	7	84	33	1	4	60	1.23
33465--33538	30	2.4	31	77	8	80	45	4	4	45	1.41
34680--35144	29	15.9	29	75	12	371	34	23	2	39	1.68
34680--35068	59	6.6	58	88	4	528	34	23	2	40	1.67
34680--35192	59	8.8	59	83	8	461	34	23	2	39	1.69
35070--35203	58	2.3	58	84	3	153	32	26	4	35	1.77
46374--46398	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46374--46402	11	2.7	11	94	5	51	89	0	0	10	0.48
47332--47952	209	3.0	209	81	3	725	35	17	23	23	1.95
48714--48743	15	1.9	16	93	6	53	23	13	6	56	1.60
48884--49027	23	6.5	23	75	13	115	41	21	25	11	1.87
48916--48990	39	1.9	39	88	0	114	42	21	24	12	1.86
48955--49036	23	3.6	22	88	4	110	36	23	26	13	1.92
50078--50116	17	2.3	17	100	0	78	0	30	5	64	1.15
51148--51283	17	7.5	17	76	14	119	36	2	4	55	1.35
51148--51266	35	3.3	35	79	11	139	36	1	5	57	1.31
51177--51249	23	3.2	23	84	3	85	39	1	4	54	1.28
51201--51283	18	4.7	18	81	10	91	39	3	2	54	1.31
51177--51266	6	15.5	6	76	11	80	38	2	3	55	1.29
51965--52042	30	2.5	30	81	10	86	48	3	3	43	1.39
53172--53504	29	11.9	28	71	16	133	35	25	2	36	1.71
53280--53531	87	2.9	87	78	11	286	35	25	2	36	1.69
53280--53510	116	2.0	115	88	4	340	35	27	1	35	1.67
53280--53539	116	2.3	115	84	4	328	35	26	2	36	1.69
53492--53616	29	4.3	28	69	24	80	32	27	6	33	1.82
53492--53616	58	2.1	59	84	10	159	32	27	6	33	1.82
56156--56197	11	4.1	10	79	14	50	33	0	2	64	1.07
58826--58874	17	2.8	17	84	12	55	61	2	4	32	1.26
58983--59011	13	2.1	14	93	6	51	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60139--60169	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
63731--63762	11	2.9	11	100	0	64	28	0	34	37	1.57
69555--69626	23	3.2	23	70	23	71	34	11	13	40	1.81
69544--69630	45	2.0	44	93	2	147	33	10	14	41	1.80
71682--71887	39	5.3	39	80	3	227	25	17	20	35	1.95
71714--71906	78	2.5	78	86	0	260	26	16	19	37	1.92
71756--71927	78	2.2	78	84	0	209	26	18	19	36	1.94
71682--71927	117	2.1	117	82	0	285	26	18	19	35	1.95
73224--73344	58	2.1	59	84	7	158	42	4	25	28	1.73
73232--73452	29	7.7	27	67	18	101	41	2	24	30	1.69
73237--73394	58	2.7	56	79	7	147	42	3	23	31	1.70
73347--73413	28	2.4	29	87	5	93	41	1	23	32	1.64
73291--73452	29	5.7	27	73	11	110	41	2	24	31	1.68
73292--73452	86	1.9	85	83	10	211	41	2	24	31	1.68
73224--73521	30	10.2	29	69	19	122	40	3	24	31	1.72
74568--74609	21	1.9	23	85	9	61	45	0	4	50	1.23
77738--78318	49	12.0	48	71	12	314	38	18	26	16	1.92
77750--78354	194	3.1	194	85	4	760	38	18	25	16	1.92
77755--78321	98	5.8	96	80	5	547	38	18	26	16	1.92
78765--78873	6	18.7	6	72	9	82	39	0	3	56	1.17
78765--78868	29	3.8	28	74	19	94	39	0	3	56	1.17
78777--78881	17	6.1	17	83	4	129	40	0	3	55	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78777--78881	35	3.0	35	81	4	124	40	0	3	55	1.18
80731--80797	30	2.2	30	84	12	93	41	23	2	31	1.70
89604--89792	97	1.9	97	86	6	267	37	14	17	31	1.90
89619--89815	97	2.0	97	79	6	213	39	13	16	30	1.87
90084--90241	29	5.4	30	73	11	139	34	1	25	37	1.65
90053--90330	58	4.8	57	78	10	233	37	2	24	35	1.68
90053--90440	59	6.6	58	80	8	265	39	3	23	34	1.70
90164--90454	29	9.9	28	72	13	164	41	3	21	32	1.70
90139--90472	58	5.7	58	82	8	331	40	3	22	33	1.71
90222--90461	29	8.1	29	75	13	172	43	4	21	31	1.71
90101--90462	29	12.3	29	69	15	160	40	3	23	33	1.71
90376--90480	31	3.5	30	78	12	108	40	5	21	32	1.77
91545--91636	3	29.7	3	68	10	51	34	5	1	58	1.28
91612--91650	18	2.2	18	85	0	51	43	2	0	53	1.14
92421--92485	6	11.2	6	75	11	64	53	4	1	40	1.31
92423--92487	34	1.9	34	87	6	96	52	4	3	40	1.38
92437--92481	23	2.0	23	95	0	81	55	2	2	40	1.24
92421--92502	17	4.8	17	79	7	76	52	7	2	37	1.43
95501--95584	38	2.2	37	93	4	150	30	17	13	38	1.88
97881--97928	24	2.0	24	87	0	69	18	33	2	45	1.61
97901--97942	17	2.4	17	88	4	57	21	28	2	47	1.63
105194--105305	47	2.4	47	98	0	215	38	10	28	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105441--105730	134	2.2	133	88	3	431	34	16	26	22	1.95
105828--105922	37	2.6	37	93	3	158	32	18	23	25	1.97
106454--106494	16	2.6	16	84	3	57	34	0	2	63	1.08
106488--106541	13	3.8	13	73	17	54	50	3	3	42	1.38
106487--106558	30	2.4	30	97	0	135	47	5	2	44	1.41
106501--106560	17	3.8	17	72	17	65	46	6	1	45	1.39
107213--107274	12	5.1	12	83	11	72	58	1	1	38	1.18
107213--107274	3	20.3	3	80	9	63	58	1	1	38	1.18
108334--108557	29	7.7	28	74	11	175	37	26	2	32	1.71
108343--108550	86	2.4	87	82	4	233	37	26	2	32	1.71
108377--108527	57	2.6	58	94	3	268	37	27	2	32	1.71
108483--108658	59	3.0	59	78	7	162	34	24	3	37	1.74
108544--108703	59	2.7	58	80	6	144	31	20	6	40	1.79
111570--111611	21	2.0	21	86	9	59	38	21	0	40	1.53
127936--128017	27	3.0	27	62	19	62	25	17	14	42	1.87
128766--128796	15	2.1	14	94	5	53	61	0	0	38	0.96
128766--128796	7	4.3	7	92	8	53	61	0	0	38	0.96
130584--130649	14	4.8	13	80	12	60	19	3	24	53	1.60
130652--130781	7	18.7	7	73	16	92	13	1	26	57	1.46
130736--130788	14	3.8	14	84	0	61	16	0	22	60	1.36
130949--131058	7	14.4	7	72	20	55	34	0	24	40	1.55
130922--130989	24	2.8	24	78	8	84	36	1	25	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130949--131093	31	4.7	31	84	10	172	36	0	23	40	1.55
130949--131111	62	2.7	61	80	8	179	36	0	23	39	1.60
133364--133397	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
139109--139185	23	3.4	23	87	3	120	48	11	5	35	1.62
146713--146787	31	2.4	31	84	0	87	30	14	8	46	1.73
147039--147114	32	2.3	33	82	13	93	51	7	13	27	1.68
150576--150660	24	3.5	24	91	0	125	52	9	10	27	1.66
152586--152646	24	2.5	24	81	0	68	50	9	11	27	1.70
154447--154542	44	2.1	44	83	11	115	35	4	21	38	1.73
154840--154886	6	8.0	6	77	13	53	42	2	2	53	1.25

Tables:   1   2