genome.fa.s13817.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013817.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128845, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  333904

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1463--2318	202	4.2	202	86	3	1087	37	21	21	19	1.94
2553--2643	28	3.3	28	84	4	123	39	1	4	54	1.27
2564--2600	17	2.2	17	90	9	58	37	0	2	59	1.12
2552--2627	39	1.9	39	84	10	102	38	1	3	56	1.26
2553--2609	11	5.7	10	73	26	50	38	0	3	57	1.16
2553--2639	39	2.3	39	80	11	99	39	1	4	55	1.28
2574--2643	11	6.3	11	72	8	52	41	1	4	52	1.30
2596--2643	17	2.9	16	77	17	53	41	2	6	50	1.39
3109--3167	11	5.3	11	76	17	59	33	5	1	59	1.29
3105--3167	34	1.9	32	87	12	92	34	4	1	58	1.29
4267--4905	29	21.8	29	81	6	646	35	31	2	30	1.71
4250--4921	59	11.5	58	79	9	627	35	30	2	31	1.71
4932--4992	28	2.1	29	82	14	74	39	31	6	22	1.80
6941--6973	17	1.9	17	88	11	50	42	0	9	48	1.35
8665--8690	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
10215--10255	21	1.9	21	90	5	64	36	0	0	63	0.95
10232--10284	25	2.1	25	82	6	63	33	0	0	66	0.92
10222--10282	16	3.8	16	72	16	54	32	0	0	67	0.91
12562--12602	2	21.0	2	90	5	66	46	0	0	53	1.00
14188--14233	21	2.2	21	84	0	56	56	6	0	36	1.25
19281--19332	21	2.5	20	84	12	61	17	9	30	42	1.81
29346--29424	21	3.6	21	78	13	79	49	6	1	43	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30948--30975	10	2.8	10	100	0	56	82	0	10	7	0.85
40602--40659	29	2.0	29	86	0	80	24	22	12	41	1.87
46678--46819	58	2.4	60	82	11	161	40	3	2	52	1.33
51005--51046	15	2.8	16	85	7	52	33	23	7	35	1.82
52019--52067	24	2.0	24	96	0	89	34	18	16	30	1.93
53820--53878	30	2.0	30	83	6	75	32	5	18	44	1.72
54651--54710	19	3.2	19	83	4	68	30	28	15	26	1.96
60250--60292	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
68077--68107	16	1.9	16	93	0	53	12	9	6	70	1.31
69139--69186	22	2.0	25	84	15	66	41	8	12	37	1.73
79074--79124	18	2.8	18	88	5	68	37	29	19	13	1.90
85544--85582	17	2.3	17	82	8	53	17	12	10	58	1.61
86231--86282	2	26.5	2	92	3	88	50	1	0	48	1.12
96134--96201	34	2.0	34	94	0	118	35	13	8	42	1.75
99555--99593	18	2.3	18	86	8	55	61	2	0	35	1.10
107184--107284	49	2.1	49	92	0	166	30	9	11	47	1.73
108006--108035	12	2.5	12	100	0	60	60	6	16	16	1.56
111645--111687	19	2.3	19	95	0	77	37	20	0	41	1.53
114094--114155	19	3.3	19	90	0	88	35	19	1	43	1.61
114603--114806	106	1.9	108	85	7	283	36	19	9	35	1.84
120073--120114	11	3.8	11	87	9	59	76	0	9	14	1.02
138632--138674	16	2.7	15	82	7	50	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142686--142941	24	10.4	24	83	6	264	12	32	25	29	1.93
152482--152547	33	2.0	32	85	2	87	6	7	16	69	1.32
152480--152573	18	5.2	19	70	17	67	7	9	18	64	1.45
152480--152579	52	1.9	51	84	6	130	8	9	17	66	1.43
152561--152655	36	2.7	35	86	3	127	6	3	20	70	1.23
152561--152655	12	7.9	12	81	4	102	6	3	20	70	1.23
155770--155804	18	1.9	18	88	0	52	22	0	22	54	1.45
163332--163516	72	2.6	72	81	0	192	25	13	23	36	1.92
163502--163528	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
164373--164424	18	3.0	18	81	10	56	46	1	0	51	1.12
181835--181861	7	3.9	7	100	0	54	25	0	29	44	1.54
182927--182972	21	2.2	21	84	0	56	21	30	26	21	1.99
188178--188221	21	2.0	23	86	8	65	43	2	13	40	1.57
188409--188488	18	4.4	19	88	4	103	32	20	23	23	1.98
189653--189703	25	2.0	25	100	0	102	43	7	33	15	1.76
193727--193796	17	4.1	17	81	0	68	54	7	1	37	1.37
196583--196628	23	2.0	24	86	4	67	26	0	4	69	1.07
197259--197309	21	2.4	21	84	12	61	50	0	0	49	1.00
197259--197299	10	4.0	10	85	14	57	48	0	0	51	1.00
197910--197972	31	2.1	30	81	3	72	46	12	3	38	1.58
198070--198115	18	2.3	20	85	10	60	39	0	6	54	1.26
198855--198899	10	4.4	10	78	15	56	51	0	2	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198947--198984	16	2.3	17	90	4	60	63	0	0	36	0.95
199415--199444	15	2.0	15	93	0	51	26	3	6	63	1.35
200103--200147	23	2.0	23	86	8	65	55	0	0	44	0.99
202655--202753	30	3.4	30	71	5	85	22	16	13	48	1.80
203042--203100	28	2.1	27	87	9	84	50	8	16	23	1.72
203032--203120	34	2.8	34	72	20	84	47	8	16	26	1.77
214683--214855	49	3.6	48	84	4	217	43	11	22	22	1.85
214679--214945	45	5.7	46	85	2	220	41	13	22	22	1.88
216105--216484	29	13.0	29	78	10	389	31	2	30	35	1.72
216079--216484	58	6.9	58	86	4	530	32	2	29	35	1.73
216079--216484	117	3.5	114	86	5	519	32	2	29	35	1.73
217473--217504	10	3.2	10	95	0	55	56	0	0	43	0.99
218278--218327	6	8.5	6	80	12	59	50	2	2	46	1.24
218278--218326	17	2.8	17	87	3	71	51	2	2	44	1.24
218316--218359	17	2.5	18	85	7	63	56	4	0	38	1.20
218278--218359	41	2.0	41	90	0	128	53	3	1	41	1.26
223650--223725	34	2.2	34	95	0	134	36	14	15	32	1.88
223822--223958	70	2.0	70	92	0	229	54	6	15	24	1.65
224519--224620	42	2.4	42	81	3	107	34	1	16	47	1.58
229903--229959	28	2.0	28	100	0	114	26	21	21	31	1.98
233689--233727	12	3.2	12	79	13	53	58	0	35	5	1.20
233983--234020	17	2.2	18	85	4	51	68	7	23	0	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234127--234163	18	2.1	18	90	5	58	16	13	10	59	1.61
238379--238510	23	5.7	23	92	0	201	49	12	3	34	1.59
238923--239303	36	10.6	36	89	0	564	37	23	10	28	1.88
246104--246268	23	7.2	23	92	0	258	48	14	3	33	1.61
246679--246950	36	7.6	36	90	1	402	37	25	9	28	1.86
251587--251672	26	3.3	26	93	0	145	32	38	15	13	1.87
252050--252077	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
257963--258013	25	2.0	25	84	3	66	31	0	3	64	1.11
269572--269635	26	2.5	26	76	0	74	29	20	25	25	1.99
273142--273182	20	2.0	20	85	0	55	34	24	34	7	1.83
277785--277854	35	2.0	35	100	0	140	37	8	34	20	1.83
279342--279488	73	2.0	73	98	0	285	31	22	13	31	1.93
289743--289785	22	2.0	22	81	9	52	53	0	2	44	1.13
289757--289839	32	2.6	31	79	7	76	44	0	2	53	1.13
293840--293887	19	2.6	18	96	3	87	39	2	0	58	1.10
293840--293889	6	8.2	6	77	4	55	42	2	0	56	1.11
294664--294697	13	2.6	13	85	0	50	52	0	2	44	1.16
295807--296049	59	4.1	59	84	7	312	36	28	2	32	1.71
295807--296049	30	8.2	30	87	4	307	36	28	2	32	1.71
296162--296221	28	2.2	28	87	3	86	38	31	6	23	1.81
296440--296614	97	1.8	96	83	6	237	29	18	13	38	1.89
298314--298360	13	3.7	13	80	2	51	38	14	4	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298400--298471	16	4.4	16	67	10	56	43	9	8	38	1.68
298504--298528	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
298567--298603	19	2.0	19	89	5	58	43	0	2	54	1.14
302530--302574	21	2.1	21	83	4	54	28	6	2	62	1.33
302734--302780	18	2.6	18	80	10	51	63	0	6	29	1.19
303130--303178	25	2.1	24	85	11	66	48	8	4	38	1.52
303380--303464	24	3.7	24	73	6	70	49	0	1	49	1.08
303426--303500	26	2.8	26	83	4	87	45	0	1	53	1.08
303376--303495	26	4.7	28	71	20	86	49	0	1	49	1.11
303426--303493	28	2.5	28	85	7	86	47	0	1	51	1.09

Tables:   1   2