genome.fa.s13833.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013833.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128861, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  157692

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1156--1204	12	3.8	12	75	19	53	51	0	8	40	1.32
1286--1325	11	3.7	11	87	12	57	52	2	0	45	1.14
1308--1956	84	7.6	84	91	3	953	44	5	4	46	1.44
1308--1956	170	3.8	170	91	3	1031	44	5	4	46	1.44
2049--2109	22	2.8	22	79	0	77	42	32	6	18	1.76
3658--3749	30	3.1	30	85	0	103	27	7	3	61	1.38
3686--3763	30	2.6	30	87	2	102	28	10	1	60	1.37
4568--5139	62	9.4	61	79	8	539	38	17	17	27	1.92
4587--5138	122	4.6	120	81	8	529	38	17	16	27	1.91
4792--5181	61	6.6	56	75	14	202	35	16	18	29	1.93
6060--6084	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
6174--6198	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
5973--6198	126	1.8	126	89	3	361	52	5	23	19	1.66
8765--8903	76	1.9	72	85	5	188	13	30	5	49	1.65
23164--23208	23	1.9	24	86	4	65	77	2	6	13	1.05
23160--23216	9	5.9	9	77	10	51	78	1	5	14	0.99
24589--24636	17	2.8	17	87	0	69	52	0	2	45	1.12
25066--25673	98	6.2	98	86	3	717	18	25	18	38	1.93
25056--25674	49	12.7	48	70	10	348	18	25	19	37	1.93
25044--25672	194	3.2	194	86	1	830	18	24	18	37	1.93
37546--37745	30	6.9	28	67	22	92	34	4	26	34	1.77
37529--37769	59	4.1	58	82	9	258	32	4	26	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37529--37756	118	1.9	117	85	6	309	32	5	27	35	1.79
37545--37884	59	5.8	58	80	8	250	35	3	25	35	1.73
37720--37884	58	2.9	58	80	12	178	35	1	26	36	1.64
37605--37886	29	9.7	28	68	19	143	35	2	25	36	1.71
37802--37906	30	3.6	30	82	10	103	37	4	22	35	1.76
39688--39756	6	12.0	6	71	20	58	50	0	2	46	1.16
39694--39756	17	3.8	16	83	8	81	50	0	3	46	1.17
39876--39917	17	2.5	17	88	0	66	47	0	2	50	1.14
47806--47864	16	3.7	16	86	0	73	28	22	1	47	1.61
57719--57747	14	2.0	15	93	6	51	51	6	34	6	1.55
58720--58758	13	3.2	12	86	13	53	74	0	25	0	0.82
62631--62784	75	2.0	75	83	3	191	59	16	8	14	1.59
62838--62889	14	3.2	16	75	25	56	61	25	0	13	1.32
74314--74462	60	2.5	59	77	6	156	23	14	10	51	1.72
79937--80039	53	1.9	53	98	0	197	59	9	2	28	1.44
81618--81651	10	3.4	10	87	0	50	61	0	0	38	0.96
86273--86303	15	2.0	16	93	6	55	32	0	22	45	1.53
87953--87991	21	2.0	20	90	10	62	46	0	0	53	1.00
89190--89237	20	2.4	19	80	10	60	66	4	0	29	1.10
89197--89253	12	5.1	11	74	18	55	70	3	0	26	1.03
89196--89234	20	1.9	21	89	5	62	69	5	0	25	1.09
89197--89259	32	1.9	33	90	3	101	68	3	0	28	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89552--89652	52	1.9	52	97	0	193	45	4	14	34	1.67
91805--91883	31	2.5	31	85	4	97	43	8	15	32	1.77
91753--91922	90	1.9	90	84	3	227	47	10	15	27	1.77
93312--93371	32	1.9	31	83	10	77	26	10	8	55	1.61
95235--95297	17	3.6	17	85	6	83	42	3	3	50	1.34
95264--95310	24	2.0	23	87	4	67	46	2	2	48	1.25
95235--95300	6	11.3	6	71	18	50	43	3	3	50	1.33
95988--96027	3	13.0	3	89	5	62	65	2	0	32	1.06
96998--97105	30	3.7	30	81	9	132	32	31	4	31	1.78
97012--97199	58	3.2	59	77	5	170	31	27	7	32	1.86
97215--97276	28	2.3	27	83	8	81	32	30	12	24	1.93
101870--102091	43	5.2	42	75	8	187	29	23	18	27	1.98
102157--102189	15	2.2	15	94	0	57	48	27	0	24	1.51
102429--102468	21	1.9	21	84	0	53	2	45	17	35	1.62
107862--107913	18	3.1	18	67	30	51	50	5	7	36	1.55
107862--107926	32	2.0	32	93	0	112	47	7	6	38	1.57
107990--108053	14	4.2	15	74	18	69	43	3	1	51	1.26
108046--108077	14	2.2	15	94	5	57	56	0	0	43	0.99
111119--111159	19	2.1	20	86	4	57	53	0	2	43	1.13
111930--112243	41	7.7	40	87	3	421	22	25	26	24	2.00
112192--112379	94	2.0	93	97	1	358	29	22	21	26	1.99
112378--112509	40	3.3	40	80	9	142	17	25	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112398--112507	40	2.8	40	90	0	175	16	24	23	35	1.95
112724--112761	15	2.4	16	86	8	51	55	2	0	42	1.14
112904--112975	37	2.0	37	83	2	92	50	1	5	43	1.34
113535--113653	59	2.0	59	100	0	238	25	28	3	42	1.71
119089--119138	21	2.4	21	82	0	55	42	16	6	36	1.72
119946--120084	54	2.7	51	73	6	134	35	20	11	31	1.89
123609--123645	2	20.0	2	84	15	53	51	0	0	48	1.00
135849--135900	14	3.5	14	78	14	50	73	0	13	13	1.11
135859--135890	8	4.2	8	88	11	50	78	0	9	12	0.97
138419--138519	12	8.8	12	73	8	84	69	17	2	9	1.29
138418--138519	24	4.4	23	73	13	93	68	18	2	9	1.30
146835--146968	63	2.1	62	82	10	164	26	17	8	47	1.76
151474--151519	20	2.3	20	76	23	53	58	2	0	39	1.10
154722--154796	29	2.6	27	81	10	87	32	8	9	50	1.63
155001--155185	60	3.2	59	83	6	218	45	14	17	22	1.84

Tables:   1

The End!