genome.fa.s13878.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013878.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128906, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  323362

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5660--5706	16	2.9	16	81	6	51	68	4	8	19	1.33
6266--7025	146	5.0	153	80	8	760	43	7	3	45	1.49
6804--7023	49	4.5	50	68	21	133	42	7	3	46	1.47
6902--6958	29	1.9	30	85	3	80	49	7	3	40	1.47
6994--7041	22	2.2	22	88	0	69	39	4	0	56	1.19
6994--7043	23	2.2	23	85	3	66	38	6	0	56	1.24
7801--8398	42	14.3	42	87	2	722	38	24	16	20	1.92
8801--8842	20	2.1	20	82	8	50	2	11	7	78	1.04
11372--11544	55	3.1	56	78	4	190	31	25	20	23	1.98
11516--11576	28	2.2	28	81	0	77	36	26	19	18	1.94
31112--31212	30	3.4	30	90	4	125	41	0	18	38	1.58
31222--31371	29	5.1	29	77	8	144	31	3	30	34	1.74
31134--31550	30	14.0	30	74	10	223	35	3	25	34	1.74
39318--39432	49	2.3	49	84	0	149	17	26	19	36	1.94
46779--46904	62	2.0	62	100	0	252	23	15	17	42	1.88
49630--49668	16	2.4	17	95	4	71	43	2	0	53	1.14
50239--50286	15	3.1	16	79	11	55	37	0	2	60	1.09
50239--50286	8	6.2	8	80	9	55	37	0	2	60	1.09
51237--51323	30	2.9	30	79	17	101	35	24	2	37	1.68
51310--51391	29	2.8	29	83	1	92	36	26	4	31	1.78
51338--51401	30	2.1	31	85	8	87	39	23	3	34	1.71
51310--51401	29	3.1	30	84	6	89	36	26	4	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61875--61941	24	2.7	23	75	11	62	32	26	17	22	1.96
61900--61950	24	2.1	24	82	7	59	31	23	19	25	1.98
63602--63646	5	8.6	5	81	18	56	0	20	0	80	0.72
63602--63650	6	9.0	6	82	14	54	0	20	0	79	0.73
63602--63645	16	2.8	15	90	10	70	0	20	0	79	0.73
70201--70231	15	2.0	16	93	6	55	19	25	9	45	1.81
75219--75274	24	2.3	24	93	0	94	33	19	25	21	1.97
89403--89447	16	2.9	15	83	9	54	8	13	2	75	1.13
91695--91736	18	2.4	18	88	4	59	16	7	11	64	1.48
95858--95932	24	3.1	24	82	3	71	30	21	21	26	1.98
95943--96096	82	1.9	82	86	2	220	33	26	18	21	1.96
101906--101981	31	2.5	30	83	8	91	34	10	13	42	1.78
102370--102423	25	2.2	25	100	0	108	16	35	20	27	1.94
106471--106519	24	2.0	24	84	8	62	61	2	2	34	1.19
107549--107628	40	2.0	40	90	0	124	37	11	11	40	1.77
119188--119214	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
120443--120515	34	2.2	34	85	7	96	12	19	1	67	1.30
121645--121903	24	10.8	24	76	2	207	21	25	15	37	1.93
121658--121847	48	4.0	48	84	4	249	20	26	16	36	1.93
121658--121830	95	1.8	95	89	0	274	20	26	16	37	1.93
121655--121903	72	3.5	72	81	3	268	21	26	15	36	1.93
124239--124290	18	2.9	18	88	0	77	36	13	11	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124627--124810	72	2.6	71	94	0	323	23	5	15	54	1.63
126499--126544	21	2.2	21	84	7	58	47	2	2	47	1.26
126513--126569	21	2.8	20	81	10	62	47	0	3	49	1.18
137174--137222	23	2.1	23	100	0	98	40	8	12	38	1.72
142474--142552	40	2.0	40	84	2	104	44	16	16	22	1.86
142559--142688	41	3.2	41	84	0	170	33	16	26	24	1.96
142680--142731	13	4.0	13	100	0	104	30	15	30	23	1.95
142722--142805	41	2.1	40	86	2	114	34	13	29	22	1.92
143087--143165	31	2.7	27	73	21	70	44	12	10	32	1.76
143467--143540	30	2.4	31	84	8	98	29	9	8	52	1.62
144543--144582	19	2.1	19	85	0	53	42	2	0	55	1.13
144594--144673	41	2.0	41	84	0	106	56	10	7	26	1.59
144860--144947	47	1.9	46	83	4	115	28	34	0	37	1.58
147906--147953	25	1.9	25	86	0	69	56	14	0	29	1.39
148033--148246	42	4.8	42	79	16	241	45	9	1	42	1.47
148053--148323	98	2.8	100	84	6	374	45	7	1	45	1.41
148193--148304	58	2.0	56	91	3	179	47	7	0	44	1.36
149502--149545	23	1.9	23	100	0	88	22	22	4	50	1.67
153993--154104	43	2.6	41	75	12	100	28	10	28	32	1.90
154191--154323	43	3.1	43	80	0	149	27	12	25	34	1.91
156053--156092	16	2.6	15	85	14	55	50	0	0	50	1.00
157661--157809	76	2.0	76	97	0	280	26	16	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161931--161965	17	2.1	17	100	0	70	22	40	25	11	1.88
163624--163658	7	5.1	7	89	6	54	14	14	2	68	1.32
168629--168739	47	2.4	47	89	0	168	34	14	18	32	1.91
170590--170660	25	2.8	26	82	6	83	32	12	12	42	1.81
173972--174022	21	2.4	21	93	0	84	29	27	13	29	1.94
179030--179249	41	5.4	41	83	5	257	37	11	23	27	1.90
179030--179279	82	3.1	81	82	4	245	38	10	24	27	1.88
183139--183217	11	6.9	11	73	18	72	55	0	1	43	1.07
183121--183217	20	4.4	22	71	22	62	53	0	1	45	1.07
185571--185798	41	5.5	41	87	3	305	35	12	25	26	1.91
185571--185827	82	3.1	79	83	10	270	36	10	26	26	1.89
188603--188655	19	2.7	20	85	5	72	32	0	1	66	1.03
191262--191521	57	4.6	57	95	0	448	43	21	19	15	1.87
191287--191495	30	7.3	30	60	9	85	43	23	17	16	1.88
194745--194769	10	2.5	10	100	0	50	56	0	20	24	1.43
197958--198027	35	2.0	35	100	0	140	28	11	28	31	1.92
198804--198886	37	2.2	37	81	10	89	31	25	18	25	1.97
198817--198888	37	1.9	38	86	8	103	30	26	19	23	1.98
198816--198898	37	2.2	37	81	10	98	32	28	16	21	1.96
199006--199064	27	2.3	26	82	5	75	30	16	23	28	1.97
209917--209948	15	2.1	15	94	0	55	21	0	53	25	1.46
210127--210162	18	2.0	18	100	0	72	50	5	22	22	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211732--211820	21	4.2	21	73	9	74	67	2	1	29	1.10
211701--211816	48	2.5	47	81	6	137	65	1	1	31	1.13
211922--211960	19	2.1	19	85	0	51	43	5	10	41	1.61
212343--212411	30	2.3	30	87	0	93	55	10	2	31	1.48
216575--216645	22	3.3	22	94	2	126	23	8	9	57	1.58
216792--216838	9	5.2	9	78	16	53	57	0	0	42	0.98
216779--216838	29	2.1	29	87	6	86	53	0	0	46	1.00
218536--218584	24	2.0	26	84	8	66	18	30	16	34	1.93
220349--220455	36	3.0	36	78	6	110	28	25	10	35	1.89
220455--220492	19	2.0	19	89	0	58	28	21	15	34	1.94
223352--223383	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
224629--224668	18	2.2	18	86	0	53	40	17	15	27	1.89
226618--226727	24	4.6	24	83	2	132	38	16	28	17	1.91
228022--228068	20	2.4	20	78	3	51	29	14	4	51	1.62
237585--237625	21	2.0	21	90	0	64	39	26	17	17	1.91
237586--237625	14	2.9	14	84	0	53	37	27	17	17	1.92
237699--237745	20	2.3	21	88	3	69	17	6	40	36	1.75
237699--237746	21	2.3	20	89	3	69	16	6	39	37	1.74
244410--244459	20	2.4	21	80	3	57	22	4	36	38	1.73
247156--247207	21	2.5	20	78	12	52	34	25	13	26	1.93
259785--259818	18	1.9	17	94	5	59	0	17	0	82	0.67
266678--266910	115	2.0	115	99	0	457	34	15	16	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269402--269449	21	2.3	21	88	0	78	20	20	16	41	1.90
274608--274659	3	17.3	3	77	15	54	65	0	34	0	0.93
274608--274659	12	4.3	12	85	4	70	65	0	34	0	0.93
274596--274659	21	2.9	23	82	15	82	62	0	35	1	1.05
290287--290330	19	2.3	19	88	7	63	68	9	0	22	1.18
290893--291010	31	3.9	31	69	22	88	27	17	11	43	1.84
290964--291031	31	2.2	31	86	5	93	27	17	10	44	1.81
290893--291086	90	2.1	91	84	6	243	26	17	12	43	1.84
294244--294296	17	3.1	17	72	8	54	39	3	1	54	1.29
305228--305394	23	7.3	23	90	0	271	47	11	4	36	1.61

Tables:   1   2