Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013899.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128928, whole genome shotgun sequence
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
332 AATAAAAGAGAAAATATTTTTTATATCAAGAACGTCGCGTGTCAAAATCCAAAGAAGCAAATATT
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*
397 ATTTTAGCTTAATTTTTAAG
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* * *
482 CAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAATGAAGAATCTCCCT
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGG-A-AAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* * * * * * * *
547 GCCAAATACAAGTC-GCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAAACGGCTGCATTAGATGGTAGTTT
129 GCCAAATACAAG-CAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTT
** * * * * * * * * *
610 TAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCACGAGTCAGAGTCGAGTA-AAAG
192 TAAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCA-AAGAAAC
* *
674 AAATATTATTTTAGCTTAAAATTAAAG
253 AAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * *
701 AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCC-TCATTTTTTATTTACTCATAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * *
765 TGAAATTGGCCTCTTATGTTT--GACAAAAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCT
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGA-AAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* * *
828 GCCAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTT
129 GCCAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
* * * * * *
892 AAAGTAAAAGAGAAAATATTTTCTTATATCAAGAACGCCGCGTGTCAAAATCCAGAGAAACAAAT
193 AAAATAAAAAAGAAAATATTTT-TTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAAT
* * *
957 AGTACTTTAGTTTAAATTTTAAG
257 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
*
980 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* ** * * *
1045 CAAATTGGCATCTTATCTTTGAGAAAAAAAAATAGAAAATTGATGAAATCAACGAAAAATCTCCC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTG-G-GAAAAAAA-ACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
* * *
1110 TGCCAAATTCAAGCAGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCAGCGTAAGATGGCAGTTTT
128 TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAG-TTT
*
1175 TAAAATAAAAGAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATG-CTGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAA
192 TAAAATAAAAAAGAAAATA-TTTTTTATATCAAGAATGTC-GCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAA
*
1239 ATATTTTTTTAGCTT-AATTTTAAG
255 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * *
1263 ATTAGTCCTTGTACGTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* ** * *
1328 CAAATTGGGGTCTTATCTTTGAGG--AAAAAA-AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTA
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTG-GGAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTG
* * * ** ** * * *
1390 CCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAAATGGCTC-TTTTAGATGACCGTTTT
130 CCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTTGAAACCGC-CGCGTAAGATGGCAGTTTT
** * * * * * * **
1453 AGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATATCGCGTGTCAGAGTCGAGTGAAACAA
193 AAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAA
* * ** *
1518 ATATTATTCTAGGTTTGATTCTAAG
255 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * * *
1543 AATAGTCCTTTTACTTATCGATTTGGGCGGATTTGCTCCCTTTATTTTTATTTACTCGTAGAATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * * * * * * * *
1608 CAAATTGACGTCTTAGGTTTGAGAAAACAAACAATATTTATGAAATCGACGAAGAATCTGCCTAC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGC
* * ** * * * ** *
1673 CAAATACAAGCAGCTCTGTCACGTGCAAGTATCTTAAAACCGCCGCATAAGACAGCAGTCTTAAA
131 CAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAA
* * * * * * *
1738 ATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATCAAAAAT-TCCGTGTGTCAGAGT-GAAGTGAAACAAA
196 ATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGAATGT-CGCGTGTCAGAATCCAA-AGAAACAAA
*
1801 TATTATTTTAGCTTAAATTCTAAG
256 TATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * *
1825 AATAGTCCTAGTATTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCC-TCATTTTTTATTTACTCGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * *
1889 TGAGAA-TGGCCTCTTAAGTTTGAG-AAAAAAACTAAATAGATGAAATCCAA-GAAGAATCTCCC
65 TCA-AATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAAT-CAACGAAGAATCTCCC
* * **
1951 TACCAAATACAAGCAGCTCCGTCACATGCATTTAACTTGAAACCATCGCGTAAGATGGCAGTTTT
128 TGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
* * * * * *
2016 AAAATAAAACAGAAAATATTTTTTATATCAAGAACGCCGTGTGTCAGAATCTAATGAAACAAATA
193 AAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATA
* * *
2081 TAACTTTAGTTTAAATTTTAAG
258 TTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * *
2103 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGTGGATTTCGTCCCACTATTTTTATTTACTCATACCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* ** * * * * *
2168 CAAATTGGCGTCATATCTTTGAGAAAAAAAAAAAGAAAATCGATGAAATCAACGAAAAATCTCGC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTG-G--GAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
* * *
2233 TGCCAAATAC-AGCCAGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACCACCGTGTAAGATGGCAGTTT
128 TGCCAAATACAAG-CAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTT
* * * * *
2297 TAATATAAAAGAGAAACTATTTTTTTATATCAAGAACG-CTGCGTGTTAGAATCCAAAGAAACAA
192 TAAAATAAAAAAGAAAATA-TTTTTTATATCAAGAATGTC-GCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAA
2361 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
255 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * *
2386 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTACGTATTTGGCCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * * * *
2451 GAAATTGGGGTCTTAAGTTTGAGCAAAAAAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAATGAAGAATCT
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTG-G-----GAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCT
* *** * * *
2516 CCCTACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATG-ATATTATA-TTGAATTGGCCACGTTAGATGGTA
125 CCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAT-TTA-ACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCA
* * * * * * **
2579 GTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATCATTTTTTATATTAAAAATGTCGTGTGTCA-AAGTCGAGTG
188 GTTTTAAAATAAAAAAGAA--AAT-ATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAA-TCCAAAG
* * * *
2643 AAGCAAATATTATTCTATG-TTTAATTGTAAG
249 AAACAAATATTATTTTA-GCTTAAATTTTAAG
* * * ** * * *
2674 AATAGTCCTCT-TATTTATTGATTTGGGCGGATTTACTCCCTTTATTTTTATTTACTCGAAGAAT
1 AATAGTCCT-TGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCAT
** ** * * * * * * * *
2738 TCAAATTGGCCACTTAAGTTTTAGAAAACATATAATATTGATGAAATCGACGAAGAATTTGCCTA
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTG
* * * * * * * * * *
2803 CCAAATACAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTATCCTAAAATCGCCGCATCAGATAGCAGTCTTAA
130 CCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAA
* * * * * *
2868 AATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATCAA-AGACGCCGTGTGTCA-AAGT-CAAGTGAAACA
195 AATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGA-ATGTCGCGTGTCAGAA-TCCAA-AGAAACA
* ** * * * * *
2930 AAAAAAAATTTA-CGATATATTCTAAA
254 AATATTATTTTAGC-TTAAATTTTAAG
* * * *
2956 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGCTCCC-TTGATTTTTATTTACACGTAGTAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATT-ATTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * * *
3020 TGAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAG-AAAAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTTG
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTG
* * * * *
3084 CCACCAATTACAAGCAGCTCCGTCACATGCATTTAACTTCAAACCGCAGAGTAAGATGGCAATTT
130 CCA--AA-TACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTT
* * *
3149 TAAAATAAAAGAGAAAATATTTTTTATATCAAGAACGTCGTGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAAT
192 TAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAAT
*
3214 ATTATTTTAGCTTAATTTTTAAG
257 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
3237 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* *
3302 CAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGG-A-AAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* * * * * * * *
3367 GCCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAAACGGCCACGTTAGATGGTAGTTTT
129 GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
** * * * * * * *
3431 AGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTA-AAAGA
193 AAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCA-AAGAAACA
***********************
3495 AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
254 AAT---------ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
****************** * * ** * * *** * **
3530 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGG
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGAT--T--TGGT-CCCATT-ATTT-T---TATTTAC
** ** ** * ** * *** ** **
3595 TCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAA-ATTGGAGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGA
56 TCGTAGCA-TTCAAATT-GGCGT--C-TT-AAGTTTGG-G----AA----AAAAAACAAAATTGA
* * * * *
3659 AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTCCCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATA
106 T-------GAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-A
* ** * * * ** * * *
3724 -TTAAAATGGCCGCGTTAGATGGTAATTTTAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAA
163 CTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAG
* * * * *
3788 AATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTA-AAAGAAATATTATTTTAGCTTAAAATTTAAG
225 AATGTCGCGTGTCAGAATCCA-AAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * *
3843 AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCC-TCATTTTTTATTTACTCGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * * *
3907 TGAAATTGGCCTCTTATGTTT-GGCAAAAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTG
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTG
* * * *
3971 CCAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCTCGTAAGATGGTAGTTTTA
130 CCAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTA
* * * * * *
4035 GAGTAAAAGAGAAAATATTTTCTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAAAATCCAGAGAAACAAATA
194 AAATAAAAAAGAAAATATTTT-TTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATA
* * * * *
4100 GTACTTTAGTTTAAAATTTAAA
258 TTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * *
4122 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTAGTCCCACTATTTTTATTTACTCGCAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
** *
4187 CAAATTGGCGTCTTATCTTT--G--AGAAAA-AAAA-T-A-GAAA--AAC----AATCTCCCTGC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGC
* ** * * * * *
4238 CAATTTTAAGTAGCTCAATCACATGCATTTAAATTGAAACCGCTGCGTAAGATGGCTGTTTTAAA
131 CAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAA
* * * *
4303 ATAAAAGAGAAAATATTTTTTATATCAAGAACGTCGCGTGTAAGAATCCAAAGAAGCAAATATTA
196 ATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTA
4368 TTTTAGCTTAAATTTTAAG
261 TTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * *
4387 AATATTCCTTGTACTTGTTGATTTGTACGTATTTTGTCCC-TCATTTTTTATTTACTCGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * * *
4451 TGAAATTGGCCTCTTATGTTT--GACAAGAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCT
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGA-AAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* * *
4514 GCCAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTT
129 GCCAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
* * * * * * *
4578 AAAGTAAAAGAGAAAATATTTTCTTATATGAAGAACGTCGCCTGTCAAAATCCAGAGAAACAAAT
193 AAAATAAAAAAGAAAATATTTT-TTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAAT
* * * *
4643 AGTACTCTAGTTTAAATTTTAAG
257 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
*
4666 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
** * * * *
4731 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAATAGGAAATGGATGAAATCAACGAAGAAACTCCCT
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACA--AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
** * *** * * * *
4796 GCCAAATTTAGGCCTTTCAATCACATGCATTTAACTTGAATCCGCCACGTAAGATGTCAGTTTTA
129 GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTA
*
4861 AAATAAAAGAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATG-CTGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAAT
194 AAATAAAAAAGAAAATA-TTTTTTATATCAAGAATGTC-GCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAAT
4925 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
257 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * * *
4948 ATTAGTCCTTGTACGTGTTGACTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACCCATAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * ** * * *
5013 CAAATCGGGGTCTTACCTTTGAGAAAAAAAAGAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTG-G--GAAAAA-AAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCC
* * * * * ** * * * *
5078 CTACCAAAAACAAGCAGCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAAATGGCTC-TGTTAGATGACCGT
127 CTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTTGAAACCGC-CGCGTAAGATGGCAGT
** * * * * * * ** **
5141 TTTATGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATATCGCATGTCAGAGTTGAGTGAAA
190 TTTAAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAA
* * ** *
5206 CAAATATTATTCTAGGTTTGATTCTAAG
252 CAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * * * *
5234 AATAGTCCTTTTACTTATCGATTTGGGCAGATTTGCTCCCTTTATTTTTATTTACTCGTAGAATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * * * * *
5299 CAAATTGACGTCTTAAGTTTGAGAAAACAAACAATATTGATGAAATCGACGAAGAATC-CGCCTA
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTC-CCTG
* * * * * *** *
5363 CCAAATACAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTATCTTAAAACCGCCGCATAAGACAACAGTCTTAA
130 CCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAA
* * * * * * *
5428 AATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATCAAAAAT-TCCGTGTGTCAGAGT-GAAGTGAAACAA
195 AATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGAATGT-CGCGTGTCAGAATCCAA-AGAAACAA
*
5491 ATATTATTTTAGCTTAAATTCTAAG
255 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * * *
5516 AATAGTCCTAGTATTTCTTGATTTGCGCAGATTTGATCCC-TCATTTTTTATTTACTCGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * * *
5580 TGAAAATGGCCTCTTAAGTTTGAG-AAAAAAACTAAATAGATGAAATCCAA-GAAGAATCTCCCT
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGAAAAAAAACAAAATTGATGAAAT-CAACGAAGAATCTCCCT
* *
5643 ACCAAATACAAGCAGCTTC-GTCACATGCATTTAACTTGAAACCGTCGCGTAAGATGGCAGTTTT
129 GCCAAATACAAGCAGC-TCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
* * *
5707 AAAATAAAACAGAAAATATTTTTTATATCAAGAACGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAAGAAATA
193 AAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATA
*
5772 TTATTTTAGCTTAATTTTTAAG
258 TTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
*
5794 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCATAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * *
5859 CAAATTGGCGTGTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGG-A-AAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* * * * * * * *
5924 ACCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAAACGGCCGCGTTAGATGGTAGTTTT
129 GCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
** * * * * * *
5988 AGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAA-AGATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTA-AAAG
193 AAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGA-ATGTCGCGTGTCAGAATCCA-AAGAAAC
*
6051 AAATATTATTTTAGCTTAAAATTTAAG
253 AAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * *
6078 AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCC-TCATTTTTTATTTACTCGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * *
6142 TGAAATTGGCCTCTTATGTTT--GACAAAAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCT
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGGGA-AAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* * * * *
6205 GACAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTG
129 GCCAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
* *
6269 AAAGTAAAAGAGAAAATATTT
193 AAAATAAAAAAGAAAATATTT
6290 AATAGTCCTT
Statistics
Matches: 4712, Mismatches: 960, Indels: 402
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
264 1 0.00
265 130 0.03
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271 1 0.00
272 8 0.00
273 1 0.00
274 2 0.00
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277 17 0.00
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285 16 0.00
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ATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTA
TTTTAGCTTAAATTTTAAG
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
333 ATAAAAGAGAA-AATATTTTTTATATCAAGAACGTCGCGTGTCAAAATCCAAAGAAGCAAATATT
193 ATAAAAAAGAATAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAATATT
*
397 ATTTTAGCTTAATTTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCAT-TA
258 ATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCC-TCTA
** *
461 TTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTGATG
322 TTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAA-AAAAAAAGAAAATTGATG
* * * *
526 AAATCAATGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGTC-GCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAAAC
386 AAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAG-CAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTTGAAAC
* * * * * ** ** * * *
589 GGCTGCATTAGATGGTAGTTTTAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATG-TCA
449 CGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATA-T-TTTTTTATATCAAGAATGCTCG
* * * * * * *
653 CGAGTCAGAGTCGAGTA-AAAGAAATATTATTTTAGCTTAAAATTAAAG
512 CGTGTCAGAATCCA-AAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * *
701 AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCTC-ATTTTTTATTTACTCATAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * ** * * *
765 TGAAATTGGCCTCTTATGTTTGACAAAAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTGC
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAGGAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTAC
* *
830 CAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATTTAACTTGAAA-CTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTTA
130 CAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATTTAA-TTAAAATC-G-CCCGTAAGATGGCAGTTTTA
* * * * *
893 AAGTAAAAGAGAA-AATATTTTCTTATATCAAGAACGCCGCGTGTCAAAATCCAGAGAAACAAAT
191 AAATAAAAAAGAATAATATTTT-TTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAAT
* * * *
957 AGTACTTTAGTTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCAC
255 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCTC
* *
1022 TATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCATCTTATCTTTGAGAAAAAAAAATAGAAAATTG
320 TATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAG-AAAAAAAA-AGAAAATTG
* * *
1087 ATGAAATCAACGAAAAATCTCCCTGCCAAATTCAAGCAGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAA
383 ATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAA
* *
1152 CCGCAGCGTAAGATGGCAGTTTTTAAAATAAAAGAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCT-G
448 CCGCCGCGTAAGATGGCAG-TTTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCTCG
*
1216 CGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTTTTTTAGCTT-AATTTTAAG
512 CGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* *
1263 ATTAGTCCTTGTACGTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* ** *
1328 CAAATTGGGGTCTTATCTTTGAGGAAAAAA-AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTACC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAGGAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTACC
* * * ** * * * **
1392 AAATACAAGCAGCTCAGTCACATGAAATTATATTAAAATGGCTCTTTTAGATGACCGTTTTAGGA
131 AAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ATTAAAATCGC-CCGTAAGATGGCAGTTTTAAAA
* * * * * * *
1457 TAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATATCGCGTGTCAGAGTCGAGTGAAACAAATAT
194 TAAAAAAGAA--TAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAATAT
* * ** * * * * * * *
1522 TATTCTAGGTTTGATTCTAAGAATAGTCCTTTTACTTATCGATTTGGGCGGATTTGCTCCCTTTA
257 TATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCTCTA
* * * * * * *
1587 TTTTTATTTACTCGTAGAATTCAAATTGACGTCTTAGGTTTGAG-AAAACAAACAATATTTATGA
322 TTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAAAAAAAAAGAAAATTGATGA
* * * * * ** * *
1651 AATCGACGAAGAATCTGCCTACCAAATACAAGCAGCTCTGTCACGTGCAAGTATCTTAAAACCGC
387 AATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGC
* ** * ** * * *
1716 CGCATAAGACAGCAGTCTTAAAATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATCAAAAATTC-CGTGT
452 CGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATT-TTT-TTATATCAAGAATGCTCGCGT
* * * *
1780 GTCAGAGT-GAAGTGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTCTAAG
515 GTCAGAATCCAA-AGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * *
1825 AATAGTCCTAGTATTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCTC-ATTTTTTATTTACTCGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * *
1889 TGAGAA-TGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAACTAAATAGATGAAATCCAA-GAAGAATCTCCCT
65 TCA-AATTGGCGTCTTAAGTTTGAGGAAAAAACAAAATTGATGAAAT-CAACGAAGAATCTCCCT
*
1952 ACCAAATACAAGCAGCTCCGTCACATGCATTTAACTTGAAACCATCG--CGTAAGATGGCAGTTT
128 ACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAA-TT-AAA--ATCGCCCGTAAGATGGCAGTTT
* * * * *
2015 TAAAATAAAACAGAA-AATATTTTTTATATCAAGAACGCCGTGTGTCAGAATCTA-ATGAAACAA
189 TAAAATAAAAAAGAATAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAGA-GAAACAA
* * * * *
2078 ATATAACTTTAGTTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGTGGATTTCGTCCC
253 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCC
* * * * *
2143 ACTATTTTTATTTACTCATACCATTCAAATTGGCGTCATATCTTTGAGAAAAAAAAAAAGAAAAT
318 TCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAG--AAAAAAAAAGAAAAT
* * * *
2208 CGATGAAATCAACGAAAAATCTCGCTGCCAAATAC-AGCCAGCTCAATCACATGCATTTAACTTG
381 TGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAG-CAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTG
* * * * * *
2272 AAACCACCGTGTAAGATGGCAGTTTTAATATAAAAGAGAAACTATTTTTTTATATCAAGAACGCT
445 AAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCT
*
2337 -GCGTGTTAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
510 CGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * *
2386 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTAC-GTATTTGGCCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAG-ATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * *
2450 TGAAATTGGGGTCTTAAGTTTGAGCAAAAAAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAATGAAGAATC
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAG-------GAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATC
* * * * *
2515 TCCCTACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATG-ATATTATATTGAATTGGCCACGTTAGATGGTA
123 TCCCTACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCAT-TTA-ATTAAAATCGCC-CGTAAGATGGCA
* * * * * * *
2579 GTTTTAAGATAAAAAAGAATTTATCATTTTTTATATTAAAAATGTCGTGTGTCA-AAGTCGAGTG
185 GTTTTAAAATAAAAAAGAA-TAAT-ATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAA-TCCAGAG
* * * * * * *
2643 AAGCAAATATTATTCTATG-TTTAATTGTAAGAATAGTCCTCT-TATTTATTGATTTGGGCGGAT
247 AAACAAATATTATTTTA-GCTTAAATTTTAAGAATAGTCCT-TGTACTTGTTGATTTGTGCGGAT
** * * * ** * * * *
2706 TTACTCCCTTTATTTTTATTTACTCGAAGAATTCAAATTGGCCACTTAAGTTTTAG-AAAACATA
310 TTGGTCCCTCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAAAAAAAAA
* * * * * * * *
2770 TAATATTGATGAAATCGACGAAGAATTTGCCTACCAAATACAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTA
375 GAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA
* * * * * * * * **
2835 TCCTAAAATCGCCGCATCAGATAGCAGTCTTAAAATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATCAA
440 ACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATT-TTT-TTATATCAA
* * * * ** * * * * *
2900 -AGACGC-CGTGTGTCA-AAGT-CAAGTGAAACAAAAAAAAATTTA-CGATATATTCTAAA
503 GA-ATGCTCGCGTGTCAGAA-TCCAA-AGAAACAAATATTATTTTAGC-TTAAATTTTAAG
* * * *
2956 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGCTCCC-TTGATTTTTATTTACACGTAGTAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACT-ATTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * * *
3020 TGAAATTGGCCTCTTAAGTTTGAGAAAAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCTTGC
65 TCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAGGAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCC---C
* * * * * ** *
3085 CACCAATTACAAGCAGCTCCGTCACATGCATTTAACTTCAAACCGCAGAGTAAGATGGCAATTTT
127 TACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAA-TTAAAATCGC-CCGTAAGATGGCAGTTTT
* * * *
3150 AAAATAAAAGAGAA-AATATTTTTTATATCAAGAACGTCGTGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAAT
190 AAAATAAAAAAGAATAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAAT
*
3214 ATTATTTTAGCTTAATTTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCAT
255 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCC-T
** *
3279 -TATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTG
319 CTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAA-AAAAAAAGAAAATTG
* * * *
3343 ATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAA
383 ATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTTGAA
* * * * ** ** * *
3407 ACGGCCACGTTAGATGGTAGTTTTAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATG-T
447 ACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATA-T-TTTTTTATATCAAGAATGCT
* * * * ******
3471 CGCGTGTCAGAGTCGAGTA-AAAGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
510 CGCGTGTCAGAATCCA-AAGAAACAAAT-------------------------------ATTATT
************* *
3535 NNNNNNNNNNNNNTAATT
543 TTAGCTTAAATTTTAA-G
** ** * * *** ** * *
3553 TTTAAG-AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCG
1 AAT-AGTCCTTGTACTTGTTGAT-TTG-TGC----AGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCG
* * *
3617 TAGCATTCAAATTGGAGTCTTAACTTTG-GGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGA
59 TAGCATTCAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAGG----AAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGA
* * * * * *
3681 ATCTCCCTCCCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATATTAAAATGGCCGCGTTAGATGG
120 ATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ATTAAAATCGCC-CGTAAGATGG
* * ** * * * * *
3746 TAATTTTAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGT
183 CAGTTTTAAAATAAAAAAGAA--TAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAG-
* * * * *
3811 A-AAAGAAATATTATTTTAGCTTAAAATTTAAGAATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGAT
245 AGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGAT
* * *
3875 TTGGTCCCTC-ATTTTTTATTTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTG-G-CAAAAAA
310 TTGGTCCCTCTA-TTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAAAAAAAA
* * * *
3937 ACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATT
374 AGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATT
* * * * * * *
4001 TAACTTGAAACTGCCTCGTAAGATGGTAGTTTTAGAGTAAAAGAGAAAATATTTTCTTATATCAA
438 TAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAA
* * * * * * *
4066 GAATGC-CGCGTGTCAAAATCCAGAGAAACAAATAGTACTTTAGTTTAAAATTTAAA
503 GAATGCTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * *
4122 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTAGTCCCACTATTTTTATTTACTCGCAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
** *
4187 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGA-G--AAAA-AAAA-T-A-GAAA--AAC----AATCTCCCTGCC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAGGAAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTACC
* ** * * * * * *
4239 AATTTTAAGTAGCTCAATCACATGCATTTAAATTGAAACCGCTGCGTAAGATGGCTGTTTTAAAA
131 AAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTT-AATTAAAATCGC-CCGTAAGATGGCAGTTTTAAAA
* * * * *
4304 TAAAAGAGAA-AATATTTTTTATATCAAGAACGTCGCGTGTAAGAATCCAAAGAAGCAAATATTA
194 TAAAAAAGAATAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAATATTA
* * * *
4368 TTTTAGCTTAAATTTTAAGAATATTCCTTGTACTTGTTGATTTGTACGTATTTTGTCCCTC-ATT
259 TTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCTCTA-T
* * * * * *
4432 TTTTATTTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTT--GACAAGAAAACAAAATAGATGAA
323 TTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAAAAAAAAAGAAAATTGATGAA
* * *
4495 ATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATTTAACTTGAAACTGC
388 ATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGC
* * * * * * *
4559 CCCGTAAGATGGCAGTTTTAAAGTAAAAGAGAAAATATTTTCTTATATGAAGAACG-TCGCCTGT
452 CGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCTCGCGTGT
* * * * * *
4623 CAAAATCCAGAGAAACAAATAGTACTCTAGTTTAAATTTTAAG
517 CAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
*
4666 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
** * * * *
4731 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAATAGGAAATGGATGAAATCAACGAAGAAACTCCCT
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAG-GAAAAAACA--AAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* ** * *** * * *
4796 GCCAAATTTAGGCCTTTCAATCACATGCATTTAACTT-GAATCCGCCACGTAAGATGTCAGTTTT
128 ACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAA-TTAAAAT-CGCC-CGTAAGATGGCAGTTTT
* *
4860 AAAATAAAAGAGAA-AATATTTTTTTATATCAAGAATG-CTGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAA
190 AAAATAAAAAAGAATAATA-TTTTTTATATCAAGAATGTC-GCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAA
* * * *
4923 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGATTAGTCCTTGTACGTGTTGACTTGTGCAGATTTGGTCCC
253 ATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCC
* * * * * **
4988 ACTATTTTTATTTACCCATAGCATTCAAATCGGGGTCTTACCTTTGAGAAAAAAAAGAAAGAAAA
318 TCTATTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAG--AAAAAA-AAAGAAAA
* * * * *
5053 TTGATGAAATCAACGAAGAATCTTCCTACCAAAAACAAGCAGCTCAGTCACATGAAATTATA-TT
380 TTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ACTT
* ** * * * * ** ** * *
5117 AAAATGGCTC-TGTTAGATGACCGTTTTATGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAA
444 GAAACCGC-CGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATA-T-TTTTTTATATCAAGAA
* * * ** ** * * ** *
5181 T-ATCGCATGTCAGAGTTGAGTGAAACAAATATTATTCTAGGTTTGATTCTAAG
506 TGCTCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * ** *
5234 AATAGTCCTTTTACTTATCGATTTGGGCAGATTTGCTCCCTTTATTTTTATTTACTCGTAGAATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * * *
5299 CAAATTGACGTCTTAAGTTTGAGAAAACAAACAATATTGATGAAATCGACGAAGAATC-CGCCTA
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAGGAAA-AAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTC-CCTA
* * * * * *** *
5363 CCAAATACAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTATCTTAAAACCGCCGCATAAGACAACAGTCTTAA
129 CCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ATTAAAATCGCC-CGTAAGATGGCAGTTTTAA
* * * * * ** *
5428 AATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATCAAAAAT-TCCGTGTGTCAGAGTGAAGTGAAACAAA
192 AATAAAAAAGAA--TAATATTTTTTATATCAAGAATGT-CGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAA
* * * * * * *
5492 TATTATTTTAGCTTAAATTCTAAGAATAGTCCTAGTATTTCTTGATTTGCGCAGATTTGATCCCT
254 TATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCT
* * * * ** *
5557 C-ATTTTTTATTTACTCGTAGCATTGAAAATGGCCTCTTAAGTTTGAG--AAAAAAACTAAATAG
319 CTA-TTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAAAAAAAAAGAAAATTG
*
5619 ATGAAATCCAA-GAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTTC-GTCACATGCATTTAACTTGA
383 ATGAAAT-CAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGC-TCAGTCACATGCATTTAACTTGA
* * *
5682 AACCGTCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAACAGAAAATA-TTTTTTATATCAAGAACG-TC
446 AACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCTC
* *
5745 GCGTGTCAGAATCCAAAGAAAGAAATATTATTTTAGCTTAATTTTTAAG
511 GCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * *
5794 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCATAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * *
5859 CAAATTGGCGTGTTAACTTTG-GGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
66 CAAATTGGCGTCTTAAGTTTGAGG----AAAAAACAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
* * * * *
5923 TACCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATATTAAAA-CGGCCGCGTTAGATGGTAGTTT
127 TACCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTA-ATTAAAATC-GCC-CGTAAGATGGCAGTTT
** * * * *
5987 TAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAA-AGATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTA-AAA
189 TAAAATAAAAAAGAA--TAATATTTTTTATATCAAGA-ATGTCGCGTGTCAGAATCCAG-AGAAA
* * * * *
6050 GAAATATTATTTTAGCTTAAAATTTAAGAATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGT
250 CAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGT
* * * *
6115 CCCTC-ATTTTTTATTTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTT--GACAAAAAAACAAA
315 CCCTCTA-TTTTTATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAAAAAAAAAGAAA
* * * *
6177 ATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTGACAAATACAATCAGCTCCA-TCACATGCATTTAACT
379 ATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCT-CAGTCACATGCATTTAACT
* * * * *
6241 TGAAACTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTGAAAGTAAAAGAGAAAATATTT
443 TGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATTT
6290 AATAGTCCTT
Statistics
Matches: 4534, Mismatches: 833, Indels: 443
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
543 2 0.00
544 404 0.09
547 64 0.01
548 5 0.00
549 1 0.00
551 6 0.00
553 5 0.00
554 5 0.00
555 1 0.00
556 7 0.00
557 4 0.00
559 25 0.01
560 412 0.09
561 394 0.09
562 716 0.16
563 806 0.18
564 109 0.02
565 149 0.03
566 236 0.05
567 21 0.00
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AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
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AAAAAGAATAATATTTTTTATATCAAGAATGTCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAATATTATT
TTAGCTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCTCTATTTT
TATTTACTCGTAGCATTCAAATTGGCGTCTTATGTTTGAGAAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATC
AACGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAAGCAGCTCAGTCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCG
TAAGATGGCAGTTTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCTCGCGTGTCAGA
ATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
Found at i:6763 original size:495 final size:496
Alignment explanation
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5784 AATTTTTAAG
*
5794 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCATAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
*
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131 ACCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATATTAAAACGGCCGCGTTAGATGGTAGTTTTA
*
5989 GGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAGATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTAAAAGAAA
196 GGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTAAAAGAAA
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326 CATTTTTTATTTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTGACAAAAAAACAAAATAGATG
*
6184 AAATCAAAGAAGAATCTCCCTGACAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGAAACTG
391 AAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGAAACTG
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456 CCCCGTAAGATGGCAGTTTGAAAGTAAAAGAGAAAATATTT
6290 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGT-CCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
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66 CAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
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131 ACCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATATTAAAACGGCCGCGTTAGATGGTAGTTTTA
6484 GGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTAAAAGAAA
196 GGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTAAAAGAAA
6549 TATTATTTTAGCTTAAAATTTAAGAATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCT
261 TATTATTTTAGCTTAAAATTTAAGAATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCT
*
6614 CATTTTTTATGTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTGACAAAAAAACAAAATAGATG
326 CATTTTTTATTTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTGACAAAAAAACAAAATAGATG
*
6679 AAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAACTCCATCACATGCATTTAACTTGAAACTG
391 AAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGAAACTG
**
6744 CCCCGTAAGATAACAGTTTGAAAGTAAAAGAGAAAATATTT
456 CCCCGTAAGATGGCAGTTTGAAAGTAAAAGAGAAAATATTT
*
6785 AATAGTCCTTGTACTTGTTTATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
6850 CAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAA-AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
66 CAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
* * * * * * * *
6914 ACCAAATACAAGCCGCTCAATCACATGCATTTA-ACTTGAAACTGCCACGTAAGATGGCAGTTTT
131 ACCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATA-TTAAAACGGCCGCGTTAGATGGTAGTTTT
** * * * * * * * * *
6978 AAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAGAACGTTGCGTGTCAGAATCCAAT-GAAGCA
195 AGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTAAAAG-A
* * * * *
7039 AATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAGACTAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTTGTCC
259 AATATTATTTTAGCTTAAAATTTAAGAATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCC
* *
7104 CTCATTTTTTATTTATTGGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTGAC-------CAAAATAGA
324 CTCATTTTTTATTTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTGACAAAAAAACAAAATAGA
*
7162 TGAAATC-AAGTAAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGGAA
389 TGAAATCAAAG-AAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGAAA
* *
7226 CTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTTAAAGTAAAGGAGAAAATATTT
453 CTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTGAAAGTAAAAGAGAAAATATTT
7270 TCTTATATGA
Statistics
Matches: 934, Mismatches: 42, Indels: 19
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
484 3 0.00
485 107 0.11
491 3 0.00
492 140 0.15
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495 583 0.62
496 97 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (496 bp):
AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
CAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
ACCAAATACAAGCCGCTCAGTCACATGAAATTATATTAAAACGGCCGCGTTAGATGGTAGTTTTA
GGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATGTCGCGTGTCAGAGTCGAGTAAAAGAAA
TATTATTTTAGCTTAAAATTTAAGAATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCT
CATTTTTTATTTACTCGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTGACAAAAAAACAAAATAGATG
AAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGAAACTG
CCCCGTAAGATGGCAGTTTGAAAGTAAAAGAGAAAATATTT
Found at i:6953 original size:214 final size:212
Alignment explanation
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6563 AAAATTTAAG
6573 AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCTCATTTTTTATGTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCTCATTTTTTATGTACTCGTAGCATT
* ** * *
6638 GAAATTGGCCTCTTATGTTTGACAAAAAAACAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTGCC
66 CAAATTGGCCTCTTAACTTTGACAAAAAAAAAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACC
* * * *
6703 AAATACAATCAACTCCATCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCCCGTAAGATAACAGTTTGAAAG
131 AAATACAAGCAACTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCACGTAAGATAACAGTTTGAAAA
*
6768 TAAAAGAGAAAATATTT
196 TAAAAAAGAAAATATTT
* * * * * *
6785 AATAGTCCTTGTACTTGTTTATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCC-TCATTTTTTATGTACTCGTAGCAT
* * *
6849 TCAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGA-ATAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
65 TCAAATTGGCCTCTTAACTTT--GACA-AAAAAAAAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCC
** ** *
6913 TACCAAATACAAGCCGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCACGTAAGATGGCAGTTTT
127 TACCAAATACAAGCAACTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCACGTAAGATAACAGTTTG
6978 AAAATAAAAAAGAAAATATTT
192 AAAATAAAAAAGAAAATATTT
6999 TTTATATCAA
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 24, Indels: 6
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
212 72 0.39
213 3 0.02
214 111 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.31
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AATAGTCCTTGTACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCTCATTTTTTATGTACTCGTAGCATT
CAAATTGGCCTCTTAACTTTGACAAAAAAAAAAAATAGATGAAATCAAAGAAGAATCTCCCTACC
AAATACAAGCAACTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCACGTAAGATAACAGTTTGAAAA
TAAAAAAGAAAATATTT
Found at i:7552 original size:283 final size:280
Alignment explanation
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Period size: 283 Copynumber: 6.8 Consensus size: 280
6775 GAAAATATTT
* *
6785 AATAGTCCTTGTACTTGTTTATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* *
6850 CAAATTGGCGTCTTAACTTTGGGAATAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTA
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAA-AAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTA
* * * *
6915 CCAAATACAAGCCGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCACGTAAGATGGCAGTTTTAA
130 CCAAATACAAGCAGCTCGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAA
* ** *
6980 AATAAAAAAGAAAATA-TTTTTTATATCAAGAACGTTGCGTGTCAGAATCCA-ATGAAGCAAATA
195 AATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAGA-GAAACAAATA
7043 TTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
259 TTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * *
7065 ACTAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTTGTCCCTC-ATTTTTTATTTATTGGTAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * ** *
7129 TGAAATTGGCCTCTTATGTTT--G------ACCAAAATAGATGAAATCAA-GTAAGAATCTCCCT
65 TCAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACG-AAGAATCTCCCT
* * * * * *
7185 GCCAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGGAACTGCCCCGTAAGATGGCAGTTTTA
129 ACCAAATACAAGCAGCTCGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTA
* ** * * * *
7250 AAGTAAAGGAGAAAATATTTTCTTATATGAAGAACGCCGCGTGTCAAAATCCAGAGAAACAAATA
194 AAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAATA
* * *
7315 GTACTTTAGTTTAAATTTTAAG
259 TTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* *
7337 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGTGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTACCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* *
7402 CAAATTGGAGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAGATAGAAAATGGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAA-A-A-AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
* ** * *
7467 TGCCAAATTTAAGCCA-CTCGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCACGTAAGATGTCAGTTT
128 TACCAAATACAAG-CAGCTCGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTT
* * * *
7531 AAAAATAAAAGAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCTGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAA
192 TAAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAA
7596 TATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
257 TATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * *
7620 ATTAGTCCTTGTACGTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * * * *
7685 CAAATCGGGGTCTTATCTTTGAGGAAAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAATAATATTCC
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGA-G-AAAAAAAAA-AAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCC
* * * * ** * * *
7750 TACCAAACACAAGCAGCTC-AGTCACATGAAATTATA-TTAAAATGGCTC-CGTTAGATGACCGT
128 TACCAAATACAAGCAGCTCGA-TCACATGCATTTA-ACTTGAAACCGC-CGCGTAAGATGGCAGT
* ** ** * * ** * * *
7812 TCTAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATATCGCGTGTCAGAGTCGAGTGAAA
190 TTTAAAATAAAAAAGAAAATA-T-TTTTTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAA
* * ** *
7877 CAAATATTATTCTAGGTTTGATTCTAAG
253 CAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * * ** * *
7905 AAAAGTCCTTTTACTTATCGATTTGGGCGGATTTGCTCCCTTTATTTTTATTTATTCGTAGAATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* ** * * * *
7970 CAAATTGACGTCTTAAGTTTGAGAAAACAAACAATATTGATGAAATCGACGAAGAATC-CGCCTA
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTC-CCTA
* * * * * *
8034 CCAAATACAAGCAGCTCTG-TCACATGCAATTATCTTAAAACCGCCGCATAAGATAGCAGTCTTA
130 CCAAATACAAGCAGCTC-GATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTA
** * * * * * ** *
8098 AAATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATAAAAAATTCCGTGTGTCAGAGTGAAGTGAAACAAA
194 AAATAAAAAAGAAAATATT-TTT-TTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAA
*
8163 TATTATTTTAGCTTAAATTCTAAG
257 TATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * * * * * *
8187 AATAGTCCTAGTATTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCTC-ATTTTTTATTTACTCATAGCAT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTA-TTTTTATTTACTCGTAGCAT
* * * ** ** * *
8251 TGAAAATGGCCTCTTAAGTTTGAG-AAAAAAACTAAATAGACGAAATCCAA-GAAGAATCTCCCT
65 TCAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAAAAAAATTGATGAAAT-CAACGAAGAATCTCCCT
* * *
8314 ACCAAATACAAGCAGCTCCG-TCACATGCATTTAACTTGAAACCGTCGCCTAAGATGACAGTTTT
129 ACCAAATACAAGCAGCT-CGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTT
* * * * *
8378 AAAATAAAACAGAAAATATTTTTTTATATTAAGAATGCCGTGTGTCAGAATCTAAAGAAACAAAT
193 AAAATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAAT
* * *
8443 ATAACTTTAGTTTAAATTTTAAG
258 ATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * *
8466 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTCGTCCCACTATTTTTATTTACTCATACCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
* * * * *
8531 CAAATTGGCGTCATATCTTTGAG-AGAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAAAATCTCGCTGC
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTAC
* * * * *
8595 CAAATACAGGCAGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACCACCGTGTAAGATGGCAGTTTTAAT
131 CAAATACAAGCAGCTCGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAA
* *
8660 ATAAAAGAGAAACTATTTTTTTATATCAA
196 ATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAA
Statistics
Matches: 1342, Mismatches: 242, Indels: 81
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
270 1 0.00
271 102 0.08
272 129 0.10
273 2 0.00
274 1 0.00
278 5 0.00
279 236 0.18
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281 105 0.08
282 219 0.16
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (280 bp):
AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTAC
CAAATACAAGCAGCTCGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCGCGTAAGATGGCAGTTTTAAA
ATAAAAAAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAGAGAAACAAATATT
ATTTTAGCTTAAATTTTAAG
Found at i:8414 original size:846 final size:833
Alignment explanation
Indices: 6785--8688 Score: 2134
Period size: 846 Copynumber: 2.3 Consensus size: 833
6775 GAAAATATTT
* * *
6785 AATAGTCCTTGTACTTGTTTATTTGTGCGGATTTGGTCCCATTATTTTTATTTACTCGTAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCATT
* * * *
6850 CAAATTGGCGTCTTAACTTTG-GGAATAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCT
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGGAAAAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAA-AATATTCCT
* * * * * *
6914 ACCAAATACAAGCCGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACTGCCACGTAAGATGGCAGTTTTA
130 ACCAAATACAAGCAGCTCAATCACATGAAATTAACTTGAAAATGCCACGTAAGATGACAGTTCTA
* * * *
6979 AAATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAGAACGTTGCGTGTCAGAATCCAATGAAGCAAATAT
195 AAATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAAAACATCGCGTGTCAGAATCCAATGAAACAAATAT
* * ** * * *
7044 TATTTTAGCTTAAATTTTAAGACTAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCAGATTTTGTCCCTCAT
260 TATTCTAGCTTAAATTCTAAGAAAAGTCCTTGTACTTATCGATTTGGGCAGATTTTGTCCCTCAT
* * * * * *
7109 TTTTTATTTATTGGTAGCATTGAAATTGGCCTCTTATGTTTGACCAAAATAGATGAAATCAAGTA
325 TTTTTATTTATTCGTAGAATTCAAATTGACCTCTTAAGTTTGACAAAAATAGATGAAATCAAGTA
* * * ** * *
7174 AGAATCTCCCTGCCAAATACAATCAGCTCCATCACATGCATTTAACTTGGAACTGCCCCGTAAGA
390 AGAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCCATCACATGCAATTAACTTAAAACCGCCCCATAAGA
* * * ** * * *
7239 TGGCAGTTTTAAAGTAAAGGAGAAAATATTTTCTTATATGAAGAACGCCGCGTGTCAAAATCCAG
455 TAGCAGTCTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTCTTATATAAAAAACGCCGCGTGTCAAAATCAAG
* * * * * **
7304 AGAAACAAATAGTACTTTAGTTTAAATTTTAAGAATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGTGGAT
520 AGAAACAAATAGTACTTTAGCTTAAATTCTAAGAATAGTCCTAGTACTTCTTGATTTGCGCAGAT
* * * *
7369 TTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCGTACCATTCAAATTGGAGTCTTATCTTTGAGAAAAAAAGA
585 TTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATACCATTCAAAATGGACTCTTAACTTTGAGAAAAAAAGA
* * * **
7434 TAGAAAATGGATGAAATCAACGAAGAATCTCCCTGCCAAATTTAAGCCACTCGATCACATGCATT
650 T--AAAATAGACGAAATCAACGAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGCCACTCGATCACATGCATT
* * *
7499 TAACTTGAAACCGCCACGTAAGATGTCAGTTTAAAAATAAAAGAGAAAATATTTTTTTATATCAA
713 TAACTTGAAACCGCCACCTAAGATGACAGTTTAAAAATAAAACAGAAAATATTTTTTTATATCAA
* * *
7564 GAATGCTGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTTTAAG
778 GAATGCCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATAACTTTAGCTTAAATTTTAAG
* * *
7620 ATTAGTCCTTGTACGTGTTGATTTGTGCAGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCATT
* *
7685 CAAATCGGGGTCTTATCTTTGAGGAAAAAAAAAAGAAAATTGATGAAATCAACGAATAATATTCC
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGGAAAAAAAAAA-AAAATTGATGAAATCAACGAA-AATATTCC
* * * *
7750 TACCAAACACAAGCAGCTCAGTCACATGAAATTATA-TT-AAAATGGCTC-CGTTAGATGACCGT
129 TACCAAATACAAGCAGCTCAATCACATGAAATTA-ACTTGAAAAT-GC-CACGTAAGATGACAGT
** * * * * * *
7812 TCTAGGATAAAAAAGAATTTATTATTTTTTATATTAAAAATATCGCGTGTCAGAGTCGAGTGAAA
191 TCTAAAATAAAAAAGAA---AATATTTTTTATATCAAAAACATCGCGTGTCAGAATCCAATGAAA
* ** * *
7877 CAAATATTATTCTAGGTTTGATTCTAAGAAAAGTCCTTTTACTTATCGATTTGGGCGGA-TTTGC
253 CAAATATTATTCTAGCTTAAATTCTAAGAAAAGTCCTTGTACTTATCGATTTGGGCAGATTTTG-
* *
7941 TCCCT-TTATTTTTATTTATTCGTAGAATTCAAATTGACGTCTTAAGTTTGAGAAAACAAACAAT
317 TCCCTCAT-TTTTTATTTATTCGTAGAATTCAAATTGACCTCTTAAGTTT--G---ACAAA-AAT
* ** *
8005 ATTGATGAAATCGACG-AAGAATC-CGCCTACCAAATACAAGCAGCTCTGTCACATGCAATTATC
375 A--GATGAAATC-AAGTAAGAATCTC-CCTACCAAATACAAGCAGCTCCATCACATGCAATTAAC
* ** *
8068 TTAAAACCGCCGCATAAGATAGCAGTCTTAAAATAAAAAAGAATTTATTATTTGTTATATAAAAA
436 TTAAAACCGCCCCATAAGATAGCAGTCTTAAAATAAAAAAGAAAATA-T-TTTCTTATATAAAAA
** * * * * * * *
8133 ATTCCGTGTGTCAGAGTGAAGTGAAACAAATATTATTTTAGCTTAAATTCTAAGAATAGTCCTAG
499 ACGCCGCGTGTCAAAATCAAGAGAAACAAATAGTACTTTAGCTTAAATTCTAAGAATAGTCCTAG
* * * * *
8198 TATTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCTC-ATTTTTTATTTACTCATAGCATTGAAAATGGCC
564 TACTTCTTGATTTGCGCAGATTTGGTCCCACTA-TTTTTATTTACTCATACCATTCAAAATGGAC
* *
8262 TCTTAAGTTTGAGAAAAAAA-CT-AAATAGACGAAATCCAA-GAAGAATCTCCCTACCAAATACA
628 TCTTAACTTTGAGAAAAAAAGATAAAATAGACGAAAT-CAACGAAGAATCTCCCTACCAAATACA
* * *
8324 AG-CAGCTCCG-TCACATGCATTTAACTTGAAACCGTCGCCTAAGATGACAGTTTTAAAATAAAA
692 AGCCA-CT-CGATCACATGCATTTAACTTGAAACCGCCACCTAAGATGACAGTTTAAAAATAAAA
* * *
8387 CAGAAAATATTTTTTTATATTAAGAATGCCGTGTGTCAGAATCTAAAGAAACAAATATAACTTTA
755 CAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAATGCCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATAACTTTA
*
8452 GTTTAAATTTTAAG
820 GCTTAAATTTTAAG
* *
8466 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTCGTCCCACTATTTTTATTTACTCATACCATT
1 AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCATT
* *
8531 CAAATTGGCGTCATATCTTTGA-G--AGAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAAA-ATCTCGC
66 CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGGAAAAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAAATAT-TC-C
* * * * *** ** * *
8592 TGCCAAATACAGGCAGCTCAATCACATGCATTTAACTTGAAACCACCGTGTAAGATGGCAGTTTT
129 TACCAAATACAAGCAGCTCAATCACATGAAATTAACTTGAAAATGCCACGTAAGATGACAGTTCT
* * *
8657 AATATAAAAGAGAAACTATTTTTTTATATCAA
194 AAAATAAAAAAGAAAATA-TTTTTTATATCAA
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 151, Indels: 59
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
835 77 0.09
836 15 0.02
837 85 0.10
838 2 0.00
839 8 0.01
840 136 0.15
841 6 0.01
842 77 0.09
843 10 0.01
845 7 0.01
846 237 0.27
847 6 0.01
848 83 0.09
849 5 0.01
850 132 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (833 bp):
AATAGTCCTTGTACTTGTTGATTTGTGCGGATTTGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATAGCATT
CAAATTGGCGTCTTATCTTTGAGGAAAAAAAAAAAAAATTGATGAAATCAACGAAAATATTCCTA
CCAAATACAAGCAGCTCAATCACATGAAATTAACTTGAAAATGCCACGTAAGATGACAGTTCTAA
AATAAAAAAGAAAATATTTTTTATATCAAAAACATCGCGTGTCAGAATCCAATGAAACAAATATT
ATTCTAGCTTAAATTCTAAGAAAAGTCCTTGTACTTATCGATTTGGGCAGATTTTGTCCCTCATT
TTTTATTTATTCGTAGAATTCAAATTGACCTCTTAAGTTTGACAAAAATAGATGAAATCAAGTAA
GAATCTCCCTACCAAATACAAGCAGCTCCATCACATGCAATTAACTTAAAACCGCCCCATAAGAT
AGCAGTCTTAAAATAAAAAAGAAAATATTTTCTTATATAAAAAACGCCGCGTGTCAAAATCAAGA
GAAACAAATAGTACTTTAGCTTAAATTCTAAGAATAGTCCTAGTACTTCTTGATTTGCGCAGATT
TGGTCCCACTATTTTTATTTACTCATACCATTCAAAATGGACTCTTAACTTTGAGAAAAAAAGAT
AAAATAGACGAAATCAACGAAGAATCTCCCTACCAAATACAAGCCACTCGATCACATGCATTTAA
CTTGAAACCGCCACCTAAGATGACAGTTTAAAAATAAAACAGAAAATATTTTTTTATATCAAGAA
TGCCGCGTGTCAGAATCCAAAGAAACAAATATAACTTTAGCTTAAATTTTAAG
Done.