genome.fa.s13917.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013917.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128947, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216992

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2480	216	11.5	216	78	6	2262	41	13	17	27	1.87
1--4199	862	4.8	861	81	8	4968	41	13	16	28	1.87
2481--4204	216	8.0	216	79	6	1756	40	13	16	29	1.87
4508--4657	50	2.9	50	77	8	151	36	16	11	36	1.84
5237--5332	6	16.5	6	72	14	76	38	2	3	56	1.27
5249--5304	23	2.4	23	90	3	85	41	1	1	55	1.21
5237--5280	17	2.5	18	92	3	72	38	2	0	59	1.10
5237--5332	18	5.2	17	76	15	84	38	2	3	56	1.27
5241--5321	41	2.0	41	90	4	128	39	2	2	55	1.26
6038--6096	22	2.7	23	81	10	77	54	0	1	44	1.10
6041--6098	19	2.8	22	85	12	79	51	0	1	46	1.11
7174--7241	29	2.4	28	82	4	82	35	25	5	33	1.80
7217--7482	29	9.2	29	70	19	182	31	24	4	39	1.75
7136--7482	115	3.0	113	83	7	414	32	23	5	37	1.78
7216--7575	29	12.4	28	65	17	103	31	25	5	37	1.78
7218--7573	57	6.1	58	78	9	350	32	24	5	37	1.78
23139--23210	23	3.1	23	95	0	135	26	26	13	33	1.94
31047--31166	51	2.3	52	95	1	215	50	6	2	40	1.42
32284--32360	31	2.5	31	95	2	136	23	2	6	67	1.27
32303--32391	32	3.0	28	81	16	85	22	2	3	71	1.11
32451--32475	7	3.6	7	100	0	50	0	0	12	88	0.53
44370--44492	50	2.4	49	78	6	122	32	18	17	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44896--44998	51	2.0	52	94	1	181	49	4	2	42	1.39
44974--45043	33	2.1	33	82	10	81	58	17	1	22	1.46
47859--47898	20	2.0	20	85	9	55	42	20	0	37	1.52
57376--57420	22	2.0	23	91	4	74	35	26	24	13	1.92
60728--60772	17	2.6	17	96	0	81	53	11	17	17	1.72
64246--64276	16	1.9	16	93	0	53	51	3	19	25	1.62
68354--68390	13	2.8	13	87	4	56	59	2	0	37	1.12
68474--68561	12	7.9	11	72	19	51	39	1	3	55	1.24
77028--77136	55	2.0	55	98	0	209	41	12	7	38	1.71
77105--77167	31	2.0	31	100	0	126	26	15	9	47	1.76
77050--77221	86	2.0	85	97	1	326	35	13	8	41	1.76
78850--78910	17	3.5	17	79	2	59	19	16	13	50	1.77
79849--79873	13	1.9	13	100	0	50	28	16	8	48	1.74
85053--85229	52	3.4	51	84	1	210	24	17	23	34	1.96
90259--90339	40	2.0	40	100	0	162	30	12	24	32	1.92
96015--96061	19	2.5	19	100	0	94	21	27	4	46	1.69
104149--104347	52	3.8	52	85	1	265	25	17	25	32	1.97
104153--104347	104	1.9	104	88	2	293	24	17	24	32	1.97
104153--104396	52	4.7	50	81	4	213	25	16	24	33	1.96
108501--108561	27	2.3	27	88	2	88	34	4	34	26	1.78
110121--110311	52	3.7	52	85	2	242	22	14	25	37	1.92
112950--113010	22	2.8	22	90	7	90	72	0	11	16	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112976--113005	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
113813--113855	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
125998--126029	16	1.9	16	93	6	55	71	3	6	18	1.20
147286--147372	43	2.0	43	93	0	147	33	17	22	26	1.96
153400--153527	68	1.9	68	85	0	175	33	21	17	26	1.96
158490--158646	79	2.0	78	88	1	233	36	19	15	28	1.92
159794--159841	19	2.6	18	76	6	51	47	37	4	10	1.57
161366--161413	26	1.9	25	87	8	71	25	6	6	62	1.42
161428--161452	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
171836--172205	202	1.8	202	84	2	501	38	13	19	28	1.90
172007--172695	216	3.2	213	83	4	805	39	13	17	29	1.88
172699--173471	217	3.6	216	85	2	978	40	14	16	28	1.87
172841--176106	626	5.1	630	78	9	2541	40	13	16	29	1.87
173283--173665	194	2.0	193	82	4	477	37	13	19	29	1.90
173470--174958	216	6.9	215	81	5	1534	40	13	16	29	1.87
174771--175152	194	2.0	194	83	2	480	40	15	18	26	1.90
174960--176131	216	5.5	215	80	6	1104	40	13	16	29	1.87
173470--176131	843	3.1	845	82	6	2895	40	13	16	29	1.87
175504--176107	199	3.0	199	81	7	594	39	14	16	29	1.88
175288--176075	415	1.9	415	85	3	1077	39	13	16	29	1.87
181204--181242	20	2.0	19	85	5	51	69	7	23	0	1.14
183505--183636	66	2.0	66	96	0	246	33	16	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184131--184201	15	4.7	15	80	0	61	25	26	26	21	1.99
185496--187020	216	7.0	216	82	5	1702	40	13	16	29	1.87
189970--190004	5	7.0	5	86	0	52	0	14	0	85	0.59
189967--190004	10	3.8	10	92	0	67	0	13	0	86	0.56
191737--193404	215	7.8	216	82	4	1960	40	14	17	27	1.88
191737--193404	641	2.6	643	83	4	2076	40	14	17	27	1.88
193235--193579	175	2.0	173	88	4	516	39	15	15	29	1.88
193408--196519	216	14.4	216	79	5	3157	39	15	16	28	1.89
193414--196520	430	7.2	429	80	6	3107	39	15	16	28	1.89
193408--196529	861	3.6	860	79	6	3288	39	15	16	28	1.89
195348--195382	15	2.3	15	90	9	54	34	28	14	22	1.93
196558--196622	15	4.3	15	70	0	58	32	27	16	23	1.96
198141--198247	50	2.1	52	82	3	128	35	11	16	36	1.85
198275--198455	81	2.2	81	92	0	299	46	13	13	27	1.80
198470--198502	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
200719--200759	17	2.4	17	88	8	57	26	12	4	56	1.56
200739--200786	23	2.1	23	88	0	69	16	12	4	66	1.39
200771--200812	20	2.1	20	86	8	59	11	16	4	66	1.40
202139--202320	81	2.2	81	96	0	328	46	12	10	31	1.75
202335--202367	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
203583--203680	50	2.0	49	80	9	112	37	14	12	35	1.83
203596--203714	50	2.4	50	81	1	130	34	17	12	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205989--206043	21	2.7	20	83	13	67	65	0	27	7	1.19
206004--206046	21	2.0	21	91	8	70	65	0	30	4	1.13
213133--213171	18	2.2	18	86	4	53	5	20	2	71	1.17
213130--213164	18	1.9	18	94	0	61	5	20	2	71	1.19
214869--215048	48	3.8	48	87	1	245	26	8	12	51	1.69
214875--215048	95	1.8	96	87	1	260	27	8	12	51	1.68
216145--216204	25	2.4	24	81	8	75	75	0	15	10	1.05

Tables:   1

The End!