genome.fa.s13965.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013965.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128996, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  196737

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 130 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1409--1438	14	2.1	14	93	0	51	6	53	0	40	1.27
2665--2702	20	1.9	20	88	0	58	47	2	2	47	1.30
2668--2713	20	2.3	21	77	11	51	50	2	4	43	1.34
8863--8938	30	2.7	29	78	13	86	26	13	11	48	1.76
10755--10810	16	3.2	17	77	12	51	53	0	1	44	1.11
16861--16908	21	2.3	21	92	3	80	68	0	4	27	1.07
18737--18790	21	2.6	21	81	0	72	68	0	3	27	1.06
18739--18796	21	2.9	21	68	14	50	67	0	5	27	1.12
18831--18870	20	2.0	20	95	0	71	52	12	5	30	1.60
18842--18914	34	2.1	34	87	0	101	61	5	4	28	1.37
18771--18966	84	2.4	81	84	6	241	57	5	5	31	1.44
18876--18977	50	2.0	51	92	1	170	62	3	4	28	1.33
18878--18945	20	3.3	20	75	19	52	60	4	5	29	1.40
20359--20417	28	2.1	28	81	3	66	28	1	5	64	1.24
20443--20482	9	4.4	9	81	12	55	30	0	0	70	0.88
20859--20920	20	3.0	21	73	17	67	38	0	1	59	1.07
20897--20939	15	2.8	16	82	7	61	41	2	0	55	1.12
20846--20910	9	6.8	9	75	19	60	35	1	1	61	1.15
21167--21224	11	5.3	11	83	6	55	29	8	1	60	1.36
21527--21585	31	1.9	31	85	0	82	37	10	1	50	1.46
21498--21653	71	2.2	71	100	0	312	35	9	1	53	1.42
21481--21653	12	14.7	12	75	12	153	34	9	1	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21620--21657	19	2.0	19	85	10	51	44	10	0	44	1.38
21483--21650	6	28.3	6	68	9	85	33	9	1	55	1.40
21628--21673	19	2.5	19	86	10	60	41	8	2	47	1.46
21641--21692	25	2.1	24	85	3	68	32	7	3	55	1.46
21790--21873	3	28.0	3	100	0	168	66	0	0	33	0.92
24860--24991	59	2.2	58	80	5	131	40	10	25	24	1.87
26386--26444	27	2.3	27	85	11	79	67	1	0	30	1.00
26593--26642	23	2.2	23	85	7	66	68	0	0	32	0.90
27306--27351	23	2.0	23	87	8	67	28	2	0	69	1.00
27969--27993	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
29322--29419	32	3.1	32	70	16	103	41	6	18	33	1.75
29291--29419	64	2.0	64	93	0	222	40	4	17	37	1.71
29317--29412	29	3.1	29	71	16	93	42	4	18	34	1.70
33014--33044	5	6.0	5	92	7	53	0	22	0	77	0.77
33014--33044	16	1.9	16	100	0	62	0	22	0	77	0.77
37550--37863	158	2.0	156	88	2	459	22	23	25	29	1.99
37818--37863	25	2.0	22	84	16	58	26	26	26	21	2.00
38648--38705	13	4.4	13	76	10	55	53	0	3	43	1.17
38649--38705	27	2.1	27	83	3	71	54	0	3	42	1.17
41293--41343	26	2.0	26	92	7	86	52	7	15	23	1.68
43046--43071	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
43302--43332	9	3.4	9	90	0	53	29	9	12	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44296--44372	28	2.8	28	100	0	154	33	5	6	54	1.48
47969--48007	17	2.3	17	86	8	53	17	15	20	46	1.84
55899--55930	16	2.0	16	100	0	64	50	6	12	31	1.65
56275--56300	7	3.7	7	100	0	52	46	0	38	15	1.46
57565--57596	16	1.9	17	93	6	57	15	3	0	81	0.82
58479--58509	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
62555--62597	22	2.0	21	81	4	50	13	32	20	32	1.92
63652--63693	22	1.9	22	85	0	57	57	7	14	21	1.61
64537--64587	15	3.4	15	68	10	50	25	47	13	13	1.80
64521--64597	30	2.6	30	93	0	127	22	41	18	18	1.90
66804--66887	39	2.2	38	81	10	98	66	7	0	26	1.17
67001--67059	20	3.1	19	78	11	66	69	22	3	5	1.23
67001--67133	19	6.8	20	69	17	75	69	19	3	7	1.29
67013--67111	36	2.6	40	77	14	104	70	18	4	7	1.26
67001--67134	24	5.8	22	71	17	85	69	19	3	7	1.28
67065--67134	12	5.8	12	81	5	79	70	18	4	7	1.28
66989--67174	97	1.9	95	83	10	236	69	17	4	8	1.30
67015--67157	24	6.0	23	69	13	69	69	18	4	6	1.28
67170--67210	21	1.9	21	85	5	55	65	24	4	4	1.32
68290--68331	21	2.0	22	90	4	68	33	4	2	59	1.31
68297--68348	21	2.4	21	75	18	54	28	3	1	65	1.21
68512--68793	73	3.9	70	78	9	228	28	20	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68519--68800	37	7.8	36	77	7	193	28	20	13	38	1.90
68596--68800	70	2.9	71	83	7	211	27	21	12	38	1.90
72056--72103	13	3.8	12	81	13	51	41	16	2	39	1.60
73503--73532	14	2.1	15	93	6	53	56	0	3	40	1.16
74622--74663	22	1.9	22	85	0	57	7	7	11	73	1.23
74745--74809	30	2.2	30	94	0	112	24	3	15	56	1.53
76709--76790	40	2.0	40	100	0	164	32	4	19	42	1.72
76726--76793	21	3.3	21	63	29	56	32	5	17	44	1.73
86198--86241	9	4.9	9	78	10	54	65	0	31	2	1.05
86199--86241	20	2.2	19	84	12	52	65	0	32	2	1.06
86638--86681	18	2.5	17	85	7	61	15	13	13	56	1.67
90969--91160	94	2.0	94	89	0	294	18	8	19	53	1.70
91746--92202	73	6.3	73	85	5	527	24	21	15	37	1.93
91746--92209	38	12.7	37	83	7	474	25	21	15	37	1.93
91746--92202	147	3.1	145	85	5	543	24	21	15	37	1.93
98963--99006	20	2.2	20	87	0	61	52	6	20	20	1.69
100491--100576	36	2.4	36	94	3	147	37	18	12	31	1.89
102877--103110	115	2.0	115	95	0	423	20	13	5	60	1.52
104174--104446	24	11.4	24	87	0	393	28	23	21	26	1.99
105688--105754	33	2.0	33	94	0	116	25	22	17	34	1.96
108981--109024	6	7.2	6	85	14	63	0	18	0	81	0.68
111846--111897	20	2.6	20	87	0	77	65	3	17	13	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125029--125374	46	7.5	46	86	0	413	35	24	12	27	1.92
130648--130742	25	3.8	25	77	5	75	27	14	24	33	1.94
131490--131540	21	2.4	21	87	6	68	29	17	25	27	1.98
135967--136261	24	12.3	24	89	2	405	27	21	22	28	1.99
140930--141002	28	2.5	29	76	10	69	39	1	4	54	1.28
140994--141019	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
143324--143369	23	2.0	23	82	4	56	54	2	23	19	1.55
154423--154523	29	3.5	29	76	11	100	31	3	26	37	1.75
154290--154595	30	10.3	30	77	8	205	34	5	21	37	1.77
155755--155803	25	2.0	25	87	0	71	12	8	42	36	1.72
156592--156706	40	2.9	39	77	1	131	23	19	27	29	1.98
168057--168386	30	11.0	30	79	6	278	36	4	19	38	1.73
168057--168386	60	5.5	60	79	9	329	36	4	19	38	1.73
168058--168359	89	3.4	88	81	5	302	37	4	19	38	1.72
169125--169151	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
169616--169648	8	3.9	9	84	15	52	24	0	0	75	0.80
177347--177395	22	2.2	22	82	7	55	38	0	2	59	1.09
178022--178063	21	2.0	21	86	9	59	61	2	0	35	1.09
178007--178064	29	2.0	28	83	3	71	60	1	1	36	1.17
178569--178623	22	2.4	23	80	16	62	29	5	0	65	1.15
178813--178877	34	1.9	34	84	3	87	30	4	9	55	1.52
180132--180157	5	5.2	5	100	0	52	19	0	19	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180200--180245	19	2.4	19	80	16	51	32	0	2	65	1.05
184318--184414	43	2.3	43	88	0	149	42	11	13	32	1.80
186207--186259	18	2.9	17	75	10	52	15	3	16	64	1.44
186226--186268	18	2.3	19	84	4	52	13	2	13	69	1.28
186199--186268	19	3.8	18	74	12	70	15	4	14	65	1.41
186465--186523	27	2.1	27	93	6	100	69	6	0	23	1.12
186453--186520	34	2.1	31	89	8	100	72	7	0	20	1.09
188651--188837	43	4.4	43	84	3	198	27	28	19	24	1.98
188639--188837	86	2.3	85	79	0	218	26	29	20	24	1.99
188902--188934	15	2.2	15	94	0	57	51	27	0	21	1.48

Tables:   1   2