Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01013965.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128996, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 196737
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
File 2 of 2
Found at i:194899 original size:48 final size:46
Alignment explanation
Indices: 194836--194978 Score: 182
Period size: 46 Copynumber: 3.1 Consensus size: 46
194826 TCATCAAAAT
194836 TATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATTAA-AAATCTTAAATTAAA
1 TATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATTAATAAA--TT-AATTAAA
* * *
194884 TATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATGAATTAATTAATTAAT
1 TATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATTAATAAATTAATTAAA
* * *
194930 TAATTGAGTTGTTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAA-TAATTAAA
1 TATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATTAA-TAAATTAATTAAA
194976 TAT
1 TAT
194979 AATTAAATAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 10, Indels: 6
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
46 44 0.53
47 5 0.06
48 32 0.39
49 2 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (46 bp):
TATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATTAATAAATTAATTAAA
Found at i:194924 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 194898--194992 Score: 54
Period size: 4 Copynumber: 24.0 Consensus size: 4
194888 TGGGTTGTTT
* * * * *
194898 TTAA -TAA TTAA ATAA TGAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTGAG TT-G TT-T
1 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT-AA TTAA TTAA
* * * *
194944 TTAA -TAA TTAA ATAT TTAA TTAA ATAA TTAAA TATAA TTAA ATAA TTAA
1 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT-AA T-TAA TTAA TTAA TTAA
194993 ATATTTTGAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 15, Indels: 12
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
3 11 0.16
4 49 0.70
5 9 0.13
6 1 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (4 bp):
TTAA
Found at i:195004 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 194946--195009 Score: 96
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
194936 AGTTGTTTTT
194946 AATAATTAAATATTTAATTA
1 AATAATTAAATATTTAATTA
194966 AATAATTAAATA--TAATTA
1 AATAATTAAATATTTAATTA
194984 AATAATTAAATATTTTGAATTA
1 AATAATTAAATA-TTT-AATTA
195006 AATA
1 AATA
195010 TTGGGTTGTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 6
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 18 0.45
20 12 0.30
21 1 0.03
22 9 0.22
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
AATAATTAAATATTTAATTA
Found at i:195045 original size:123 final size:125
Alignment explanation
Indices: 194853--195089 Score: 370
Period size: 127 Copynumber: 1.9 Consensus size: 125
194843 GTTGTTTTTA
194853 ATAATTAAATAATTAAAAATCTTAAATTAAATATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATGAA-
1 ATAATTAAATAATTAAAAATCTTAAATTAAATATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATGAAG
* * *
194917 TTAATTAATTAATTAATTGAGTTGTTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATAATTAAAT
66 ATAATTAATTAATTAATTGAGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAATTAAATAATTAAAT
* * *
194977 ATAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATA-TTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATGAAG
1 ATAATTAAATAATTAAAAATCTTAAATTAAATATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATGAAG
*
195041 TAATTAATTAATTAATTAATTGGGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAA
66 --A-TAATTAATTAATTAATTGAGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAA
195090 ATATTTAGAT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 7, Indels: 5
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
123 30 0.29
124 30 0.29
127 42 0.41
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (125 bp):
ATAATTAAATAATTAAAAATCTTAAATTAAATATTTGGGTTGTTTTTAATAATTAAATAATGAAG
ATAATTAATTAATTAATTGAGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAATTAAATAATTAAAT
Found at i:195071 original size:50 final size:47
Alignment explanation
Indices: 194977--195095 Score: 150
Period size: 50 Copynumber: 2.5 Consensus size: 47
194967 ATAATTAAAT
* *
194977 ATAATTAAATAATTAAATATTTTGAATTAAATATTGGGTTGTTTTTA
1 ATAATTAAATAATGAAATATTTTGAATTAAATATTGGGTTGTTTTAA
* *
195024 ATAATTAAATAATGAAGTAATTAATT-AATTAATTAATTGGGTTGTTTTAA
1 ATAATTAAATAATGAAAT-ATT--TTGAATTAAAT-ATTGGGTTGTTTTAA
*
195074 ATAATTAAATAATTAAATATTT
1 ATAATTAAATAATGAAATATTT
195096 AGATTATTTT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 8
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
47 17 0.27
48 3 0.05
49 10 0.16
50 32 0.52
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (47 bp):
ATAATTAAATAATGAAATATTTTGAATTAAATATTGGGTTGTTTTAA
Found at i:195079 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 195041--195178 Score: 119
Period size: 34 Copynumber: 4.3 Consensus size: 33
195031 AATAATGAAG
* *
195041 TAATTAATTAATTAATTAATTGGGTTGTTTTAAA
1 TAATTAAATAATTAAATAATT-GGTTGTTTTAAA
* * *
195075 TAATTAAATAATTAAATATTTAGATTATTTT---
1 TAATTAAATAATTAAATAATT-GGTTGTTTTAAA
* *
195106 TAA-TAATTAATT-AAT--TCGGTTGTTTTAAA
1 TAATTAAATAATTAAATAATTGGTTGTTTTAAA
* *
195135 TAATTAAATAATTAAATATTTAGGTTGTTTTTAA
1 TAATTAAATAATTAAATAATT-GGTTGTTTTAAA
195169 TAATTAAATA
1 TAATTAAATA
195179 TTATTTATAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 13, Indels: 16
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
26 7 0.08
27 1 0.01
29 6 0.07
30 16 0.19
31 6 0.07
33 1 0.01
34 46 0.55
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (33 bp):
TAATTAAATAATTAAATAATTGGTTGTTTTAAA
Found at i:195110 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 195078--195148 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.7 Consensus size: 26
195068 TTTTAAATAA
*
195078 TTAAATAATTAAATATTTAGATTATT
1 TTAAATAATTAAATAATTAGATTATT
* * * * *
195104 TTTAATAATTAATTAATTCGGTTGTT
1 TTAAATAATTAAATAATTAGATTATT
195130 TTAAATAATTAAATAATTA
1 TTAAATAATTAAATAATTA
195149 AATATTTAGG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 9, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 36 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (26 bp):
TTAAATAATTAAATAATTAGATTATT
Found at i:195120 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 195044--195175 Score: 228
Period size: 60 Copynumber: 2.2 Consensus size: 60
195034 AATGAAGTAA
*
195044 TTAATTAATTAATTAATTGGGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAAATATTTAGATTATTT
1 TTAA-TAATTAATTAATTCGGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAAATATTTAGATTATTT
* *
195105 TTAATAATTAATTAATTCGGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAAATATTTAGGTTGTTT
1 TTAATAATTAATTAATTCGGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAAATATTTAGATTATTT
195165 TTAATAATTAA
1 TTAATAATTAA
195176 ATATTATTTA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 3, Indels: 1
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
60 64 0.94
61 4 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (60 bp):
TTAATAATTAATTAATTCGGTTGTTTTAAATAATTAAATAATTAAATATTTAGATTATTT
Found at i:195200 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 195166--195205 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
195156 AGGTTGTTTT
*
195166 TAATAATTAAATATTATTTA
1 TAATAATTAAATATAATTTA
195186 TAATAATTAAAATATAATTT
1 TAATAATT-AAATATAATTT
195206 TATTTTTATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.44
21 10 0.56
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TAATAATTAAATATAATTTA
Found at i:196294 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 196269--196308 Score: 80
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
196259 ATGAGAAAGA
196269 AACATTATCACATATGTCAT
1 AACATTATCACATATGTCAT
196289 AACATTATCACATATGTCAT
1 AACATTATCACATATGTCAT
196309 GGAGAAGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
AACATTATCACATATGTCAT
Done.