Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01000014.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_18143, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 5652
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.38


Found at i:241 original size:17 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 206--293  Score: 95
    Period size: 17  Copynumber: 5.1  Consensus size: 16

        196 TTTTTGGACT

                 *            
        206 TTTAATTTTGAAATTAAA
          1 TTTAAATTT-AAA-TAAA

                             
        224 TTTAAATTTAAATGAAA
          1 TTTAAATTTAAAT-AAA

                          *  
        241 TTTAAATTTAAGATTAA
          1 TTTAAATTTAA-ATAAA

                             
        258 TTTAAATTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTT-AAATAAA

             *               
        275 TCTAAATTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTT-AAATAAA

              
        292 TT
          1 TT

        294 AAAAAATGGG


Statistics
Matches: 62,  Mismatches: 5, Indels: 7
        0.84            0.07        0.09

Matches are distributed among these distances:
  16    1  0.02
  17   49  0.79
  18   12  0.19

ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.03, T:0.44


Consensus pattern (16 bp):   
TTTAAATTTAAATAAA

Found at i:268 original size:11 final size:11

Alignment explanation


    Indices: 206--268  Score: 56
    Period size: 11  Copynumber: 5.5  Consensus size: 11

        196 TTTTTGGACT

                         
        206 TTTAATTTTGAAA
          1 TTTAA-TTT-AAA

              *        
        219 TTAAATTTAAA
          1 TTTAATTTAAA

                 * *   
        230 TTTAAATGAAA
          1 TTTAATTTAAA

                         
        241 TTTAAATTTAAGA
          1 TTT-AATTTAA-A

                       
        254 -TTAATTTAAA
          1 TTTAATTTAAA

                 
        264 TTTAA
          1 TTTAA

        269 AATAAATCTA


Statistics
Matches: 41,  Mismatches: 6, Indels: 8
        0.75            0.11        0.15

Matches are distributed among these distances:
  10    1  0.02
  11   25  0.61
  12   10  0.24
  13    5  0.12

ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.05, T:0.48


Consensus pattern (11 bp):   
TTTAATTTAAA

Found at i:288 original size:7 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 206--286  Score: 73
    Period size: 6  Copynumber: 14.0  Consensus size: 6

        196 TTTTTGGACT

                 *                                *                  
        206 TTTAAT TTTGAAA -TTAAA TTTAAA TTTAAA -TGAAA TTTAAA TTTAAGA
          1 TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAA-A

                                  *      *           
        254 -TT-AA TTTAAA TTTAAA -ATAAA TCTAAA TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

        287 ATAAATTAAA


Statistics
Matches: 62,  Mismatches: 6, Indels: 14
        0.76            0.07        0.17

Matches are distributed among these distances:
   4    1  0.02
   5   14  0.23
   6   44  0.71
   7    3  0.05

ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.04, T:0.44


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA

Found at i:3447 original size:30 final size:31

Alignment explanation


    Indices: 3379--3436  Score: 93
    Period size: 30  Copynumber: 1.9  Consensus size: 31

       3369 AATAGTTTAT

                                           
       3379 ATTTTTA-TAATTTTTAAAATATTAAATTAA
          1 ATTTTTATTAATTTTTAAAATATTAAATTAA

                                 *       
       3409 ATTTTTATTAATTTTTAAAA-GTTAAATT
          1 ATTTTTATTAATTTTTAAAATATTAAATT

       3437 GTAATTTTAT


Statistics
Matches: 26,  Mismatches: 1, Indels: 2
        0.90            0.03        0.07

Matches are distributed among these distances:
  30   14  0.54
  31   12  0.46

ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.55


Consensus pattern (31 bp):   
ATTTTTATTAATTTTTAAAATATTAAATTAA
Done.