genome.fa.s14004.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014004.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129035, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  196764

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3394--3490	45	2.2	45	86	0	131	34	4	3	58	1.32
3431--3495	18	3.6	17	76	12	51	38	1	1	58	1.17
3451--3594	56	2.5	57	78	12	154	39	2	2	54	1.29
4227--4280	23	2.4	23	90	3	83	64	5	3	25	1.32
4492--4531	18	2.3	17	86	4	53	45	0	0	55	0.99
4533--4579	20	2.4	20	85	3	60	34	4	8	53	1.51
4536--4586	20	2.5	21	77	3	59	33	3	5	56	1.42
17657--17781	28	4.5	28	77	3	128	25	18	23	32	1.97
19869--19913	19	2.4	19	81	7	56	37	0	2	60	1.09
20714--20771	21	2.7	22	89	7	75	12	10	0	77	0.99
20714--20770	22	2.7	20	86	10	78	12	10	0	77	1.00
20725--20771	21	2.2	22	96	3	87	12	8	0	78	0.95
24331--24515	102	1.8	102	84	6	259	31	12	25	29	1.93
25955--25984	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
25950--25993	22	2.0	22	86	8	63	18	11	0	70	1.16
37580--37673	30	3.2	30	68	14	59	39	4	21	35	1.73
37508--37733	59	3.8	58	79	5	204	38	5	25	30	1.78
37690--37960	29	9.1	30	71	10	128	40	2	24	32	1.68
37690--37930	60	4.1	60	85	7	280	41	2	23	33	1.66
37721--37953	29	7.9	29	73	12	154	40	1	24	33	1.64
37690--37930	58	4.1	60	85	7	271	41	2	23	33	1.66
38518--38622	3	34.0	3	69	14	54	30	2	4	61	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39300--39379	17	4.7	17	82	0	97	53	5	0	41	1.22
39861--40008	49	3.0	49	71	14	151	16	22	18	41	1.90
39937--40077	69	2.0	69	93	2	239	17	25	14	42	1.87
39840--40172	167	2.0	167	88	1	497	18	24	16	40	1.91
40033--40507	49	9.7	49	74	9	414	18	25	18	37	1.94
40006--40529	98	5.3	98	90	0	778	18	25	18	38	1.93
40943--40977	18	1.9	18	94	0	61	57	11	11	20	1.64
50883--51316	30	15.0	29	69	19	223	37	2	25	34	1.68
50882--51337	58	7.8	58	80	10	364	37	1	25	34	1.67
50882--51079	59	3.4	59	89	4	287	38	1	25	34	1.63
51004--51253	86	2.9	84	81	9	256	38	2	24	33	1.70
51092--51336	115	2.1	115	86	5	334	38	2	24	35	1.67
50882--51324	29	15.3	29	67	14	170	37	2	25	34	1.68
52496--52530	13	2.7	13	90	0	52	31	8	2	57	1.44
52525--52572	12	3.9	12	91	2	69	39	2	2	56	1.23
53240--53285	23	2.0	23	91	4	74	52	2	0	45	1.13
53253--53315	17	3.7	17	80	6	74	52	4	0	42	1.22
53878--54058	51	3.5	51	84	6	240	28	23	16	32	1.96
56381--56444	32	2.0	32	96	0	119	29	3	23	43	1.69
60999--61050	24	2.3	23	81	18	65	42	0	11	46	1.40
64739--65029	52	5.6	52	90	1	424	36	22	14	26	1.93
72153--72197	21	2.2	21	88	4	65	37	15	8	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72148--72197	20	2.5	20	83	3	64	38	14	10	38	1.79
77293--77331	7	5.4	7	84	6	51	12	20	28	38	1.89
77974--78008	2	17.5	2	93	0	61	51	45	0	2	1.16
80589--80615	12	2.2	12	100	0	54	33	25	14	25	1.95
82816--82918	50	2.1	50	96	0	188	35	19	12	32	1.89
83688--83739	25	2.1	25	100	0	104	34	11	7	46	1.69
93127--93232	55	1.9	56	88	1	160	49	16	18	16	1.80
93224--93267	6	8.0	6	76	19	51	81	0	18	0	0.68
93236--93271	16	2.4	16	90	9	58	80	0	19	0	0.71
93230--93272	22	2.0	21	90	4	68	79	0	20	0	0.74
93947--94010	28	2.3	28	97	0	119	45	17	25	12	1.83
94437--94784	82	4.2	82	86	4	389	31	27	15	24	1.96
94476--94902	82	5.0	84	84	6	418	31	25	16	25	1.96
94476--94902	43	9.9	44	80	10	365	31	25	16	25	1.96
95255--95303	25	2.0	25	84	8	64	42	36	4	16	1.67
105477--105525	20	2.3	20	79	6	53	59	4	0	36	1.17
106031--106086	22	2.6	21	78	15	62	26	28	0	44	1.54
106009--106083	11	6.8	11	73	11	55	24	30	0	45	1.53
106262--106304	18	2.5	17	82	14	52	51	6	0	41	1.29
107011--107038	10	2.8	10	100	0	56	82	0	0	17	0.68
110959--111249	76	3.9	76	93	2	500	31	18	15	35	1.91
110959--111249	74	3.9	74	92	2	483	31	18	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116111--116169	26	2.3	24	82	11	64	62	0	0	37	0.95
117435--117484	20	2.6	19	84	6	64	56	4	0	40	1.18
117965--118022	24	2.3	26	82	14	77	29	5	0	65	1.14
118018--118062	20	2.3	20	88	3	74	33	0	4	62	1.15
119635--119685	17	3.3	17	74	25	58	58	5	3	31	1.40
119868--119909	17	2.4	18	84	8	59	71	7	0	21	1.09
119960--120047	11	8.1	11	75	12	76	69	0	3	27	1.04
119960--120047	33	2.7	32	80	16	101	69	0	3	27	1.04
120964--120994	14	2.2	14	100	0	62	6	0	19	74	1.03
125152--125270	59	2.0	59	98	0	229	33	13	32	20	1.91
129554--129770	108	2.0	110	94	2	384	26	12	27	34	1.92
132536--132573	16	2.4	16	82	4	51	15	5	0	78	0.91
134782--134917	40	3.4	40	86	0	173	16	20	27	35	1.94
134846--134972	64	2.0	64	90	0	200	14	19	28	37	1.92
134890--134941	24	2.2	24	89	0	77	13	21	26	38	1.90
134910--135028	40	3.0	40	81	1	139	16	21	27	34	1.95
134815--135010	104	1.9	105	88	3	297	16	19	27	36	1.94
135738--135781	22	2.0	22	95	0	79	31	15	18	34	1.92
138061--138180	7	17.9	7	84	8	135	52	0	47	0	1.00
138107--138200	47	2.0	45	86	12	127	52	0	47	0	1.00
138061--138200	54	2.6	52	87	7	210	51	0	48	0	1.00
138055--138189	61	2.2	61	86	5	193	52	0	46	0	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138055--138207	61	2.5	61	82	8	186	50	0	48	0	1.10
139347--139516	60	2.8	59	84	6	225	40	0	21	37	1.58
139316--139519	90	2.3	89	80	6	227	39	0	21	38	1.60
139323--139519	30	6.6	29	82	6	198	39	1	21	38	1.60
140282--140352	10	7.1	10	75	0	61	40	4	8	46	1.54
140292--140335	12	3.7	12	84	0	61	47	6	2	43	1.42
140282--140359	26	3.1	24	85	7	93	42	5	7	44	1.55
140291--140335	2	22.5	2	81	0	54	46	6	2	44	1.42
141205--142378	208	5.7	207	84	2	1361	25	22	15	37	1.93
141205--142378	415	2.8	415	84	2	1489	25	22	15	37	1.93
142034--142199	85	2.0	85	82	0	206	26	23	12	37	1.91
142428--142702	41	6.7	41	85	2	320	31	18	18	32	1.95
143084--143420	147	2.3	148	83	2	417	17	30	17	34	1.93
143005--143400	50	8.0	50	83	3	376	17	31	17	33	1.93
144331--144377	8	6.0	8	85	2	60	0	19	0	80	0.70
145065--145096	8	4.0	8	95	0	55	0	15	0	84	0.63
149511--149712	60	3.4	59	81	5	219	39	2	19	38	1.65
149537--149714	90	2.0	90	85	0	239	38	1	19	41	1.61
149536--149717	30	6.1	30	85	5	206	39	1	18	40	1.61
150498--150639	2	69.0	2	84	8	169	44	4	4	47	1.42
154057--154117	4	16.2	4	71	19	51	70	0	4	24	1.07
154047--154110	18	3.4	18	78	17	69	70	0	3	26	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154047--154110	7	8.6	7	74	19	58	70	0	3	26	1.02
154059--154114	29	1.9	29	85	7	78	69	0	5	25	1.09
154047--154123	15	4.7	16	73	22	63	70	1	3	24	1.12
164735--164792	26	2.1	29	84	9	77	29	0	1	68	0.99
164751--164808	24	2.4	22	83	16	71	29	0	0	70	0.87
164751--164792	14	3.4	12	84	15	59	30	0	0	69	0.89
166649--166684	17	2.1	17	94	0	63	38	22	11	27	1.88
166688--166730	17	2.5	18	88	11	72	46	23	0	30	1.52
166769--166943	76	2.3	76	81	5	210	25	28	19	26	1.99
167143--167197	18	3.1	18	70	0	56	43	16	9	30	1.79

Tables:   1   2