genome.fa.s14005.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014005.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129036, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  328869

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 120 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19524--19665	71	2.0	71	100	0	284	33	9	21	35	1.86
26629--26854	82	2.8	81	79	6	258	36	16	26	19	1.93
26576--26854	41	6.8	41	78	6	210	37	18	25	18	1.94
28478--28577	42	2.4	42	84	3	130	36	21	18	25	1.95
28552--28923	41	9.1	41	78	6	396	32	16	27	22	1.96
28552--28923	82	4.5	81	84	2	451	32	16	27	22	1.96
31723--31821	36	2.7	35	84	6	128	36	13	23	27	1.92
31795--31849	28	2.0	28	85	7	76	34	12	25	27	1.92
50702--50758	26	2.2	26	84	6	71	29	21	21	28	1.98
65370--65396	13	2.1	13	100	0	54	55	14	22	7	1.64
65400--65441	17	2.4	18	88	4	59	73	7	16	2	1.15
65673--65713	10	4.1	10	82	17	50	29	0	9	60	1.28
65662--65713	19	2.6	20	78	9	61	30	0	7	61	1.24
81028--81058	15	2.1	15	100	0	62	61	6	19	12	1.53
81507--81582	39	1.9	39	97	0	143	36	18	13	31	1.89
82282--82454	94	1.8	95	85	10	248	63	4	6	25	1.38
82305--82451	46	3.2	46	67	18	117	64	3	5	26	1.31
87351--87579	75	3.1	74	89	1	359	32	12	23	31	1.91
102709--102774	24	2.6	25	86	11	82	37	1	7	53	1.39
103296--103338	21	2.0	22	86	8	63	30	2	11	55	1.48
104521--104558	20	1.9	20	94	0	67	31	31	5	31	1.80
107784--108119	53	6.5	53	78	6	330	38	21	13	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107784--108118	100	3.2	100	81	5	357	38	20	13	27	1.90
114443--114501	25	2.3	25	80	11	66	33	0	1	64	1.04
114437--114506	24	2.8	24	79	16	70	31	0	1	67	1.00
114513--114584	20	3.7	20	83	10	80	40	0	5	54	1.24
128186--128211	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
138684--138879	103	1.9	104	91	4	326	29	17	14	38	1.90
138791--139145	59	6.0	61	80	8	333	28	17	15	38	1.90
138786--139145	121	3.0	116	78	12	356	28	17	15	38	1.90
139963--140016	17	3.5	17	71	23	64	61	3	12	22	1.47
139953--140012	29	2.0	30	83	9	77	63	3	10	23	1.40
139963--140031	29	2.3	29	90	2	102	60	2	10	26	1.42
141189--141213	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
141231--141275	20	2.3	19	82	14	56	64	4	6	24	1.37
142424--142815	84	4.6	84	89	4	574	47	3	5	43	1.45
142424--142812	169	2.3	168	88	4	575	47	3	5	43	1.45
146385--146445	31	2.0	31	83	3	79	47	21	8	22	1.77
146605--147101	61	8.4	59	83	7	464	37	15	19	28	1.92
150829--150864	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
150867--150908	18	2.3	18	83	0	57	38	0	2	59	1.10
161676--161763	35	2.5	37	81	10	121	39	27	1	31	1.64
164801--164861	32	1.9	32	86	0	86	26	9	11	52	1.68
165456--165707	83	3.0	84	80	7	289	33	11	9	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165639--166193	276	2.0	276	97	0	1038	34	11	14	40	1.81
169443--169526	26	3.2	26	84	3	80	32	22	17	27	1.97
169464--169537	26	2.8	26	87	4	96	29	22	20	27	1.98
169703--169801	34	2.9	34	96	0	180	54	18	10	17	1.69
171343--171399	11	5.1	11	79	12	53	54	19	12	14	1.71
171343--171399	22	2.5	22	81	13	62	54	19	12	14	1.71
171438--171493	24	2.3	24	81	0	67	73	10	0	16	1.10
173682--173764	40	2.0	41	81	6	98	61	13	3	21	1.47
173702--173798	47	2.1	47	86	7	135	60	14	3	21	1.47
173739--173771	6	5.3	6	96	3	57	69	15	0	15	1.19
180273--180297	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
180477--180518	20	2.0	21	90	4	68	73	2	9	14	1.18
180855--180900	21	2.2	21	88	7	67	50	26	0	23	1.50
181345--181379	18	2.0	18	88	5	54	22	0	2	74	0.95
181323--181414	37	2.4	37	80	14	98	26	1	7	65	1.26
181374--181422	25	1.9	26	84	12	66	30	4	6	59	1.41
184076--184151	38	2.0	38	100	0	152	36	18	18	26	1.94
194481--194548	22	3.0	22	89	2	91	36	23	29	10	1.88
194769--194803	16	2.2	16	90	10	54	60	2	0	37	1.12
204100--204138	14	2.9	14	84	3	53	38	0	61	0	0.96
204360--204442	33	2.7	30	77	7	78	32	1	3	62	1.20
212908--213094	59	3.2	59	82	3	191	47	12	14	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215590--215781	95	2.0	95	100	0	384	28	15	31	25	1.96
218993--219207	108	2.0	108	88	0	322	23	22	15	38	1.92
221038--221089	17	2.9	19	78	18	58	44	0	3	51	1.19
225695--225735	14	2.9	14	96	0	73	51	2	4	41	1.36
226049--226124	38	2.0	39	82	7	93	50	0	1	48	1.09
226125--226181	26	2.2	26	87	6	80	52	0	3	43	1.18
230366--230410	24	1.9	23	81	4	54	42	2	2	53	1.25
232920--232958	20	1.9	21	84	5	53	53	5	0	41	1.23
233645--233686	22	1.9	22	90	0	66	35	14	4	45	1.66
236791--236829	16	2.4	17	86	4	53	51	2	0	46	1.14
236978--237013	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
244844--244887	20	2.2	20	88	8	63	13	13	2	70	1.26
244852--244888	14	2.7	14	88	12	51	13	13	2	70	1.28
247147--247200	18	3.1	18	75	5	56	22	11	12	53	1.70
256698--256926	49	4.6	50	72	11	155	44	1	9	43	1.47
256739--256952	52	4.3	51	67	15	117	42	2	9	46	1.49
257126--257173	25	2.0	24	87	4	69	54	4	8	33	1.50
258373--258414	12	3.6	12	87	6	68	59	21	7	11	1.56
258377--258415	11	3.5	11	86	6	60	58	17	7	15	1.59
258372--258437	23	2.9	23	90	0	96	57	21	7	13	1.61
259960--260001	22	1.9	22	95	0	75	23	42	16	16	1.88
259962--260010	22	2.2	22	85	0	62	22	36	18	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260004--260085	28	2.9	28	79	13	98	36	23	13	26	1.92
265562--265612	21	2.4	21	71	12	50	27	9	25	37	1.87
270573--270615	22	2.0	22	90	0	68	32	44	9	13	1.76
270600--270669	28	2.5	29	81	4	81	35	28	12	22	1.91
271337--271361	6	4.2	6	100	0	50	32	0	32	36	1.58
271904--271944	4	10.2	4	100	0	82	24	0	24	51	1.49
278480--278513	15	2.3	15	94	0	59	2	11	11	73	1.20
279254--279320	35	1.9	35	96	0	125	22	5	46	25	1.74
279253--279332	35	2.3	35	86	0	124	21	6	46	26	1.75
288089--288114	9	2.9	9	100	0	52	11	0	34	53	1.37
293531--293978	195	2.3	194	82	3	508	26	27	18	28	1.98
294451--294482	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
296819--296888	27	2.6	27	88	2	104	28	0	1	70	0.96
299404--299455	20	2.6	20	85	11	63	50	19	0	30	1.48
300605--300644	21	1.9	21	89	0	62	50	2	5	42	1.37
301015--301057	18	2.4	18	80	0	50	23	6	23	46	1.76
311468--311527	24	2.5	24	94	0	102	11	41	0	46	1.40
315081--315119	17	2.3	17	86	0	51	15	15	25	43	1.86
315109--315204	41	2.3	41	94	0	165	29	6	27	37	1.81
315879--315911	17	1.9	17	93	0	57	78	6	3	12	1.04
317159--317663	69	7.4	69	79	4	377	20	21	23	34	1.97
317154--317663	138	3.8	136	79	5	446	20	21	23	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317200--317552	137	2.6	138	80	4	397	20	22	22	33	1.97
317373--317663	65	4.4	65	79	6	230	19	22	22	35	1.96
319738--319799	14	4.2	14	75	16	54	83	3	9	3	0.86
319740--319799	10	5.8	10	84	7	75	83	3	10	3	0.88
320265--320292	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
321241--321294	5	10.8	5	97	0	72	68	0	20	11	1.19
321229--321300	5	14.8	5	91	4	67	73	1	16	8	1.14
323260--323764	255	2.0	255	96	0	920	31	17	20	30	1.95
326759--326955	48	4.1	45	81	11	189	23	9	13	53	1.68
326786--326959	48	3.6	48	88	0	222	25	9	12	52	1.68

Tables:   1

The End!