Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014033.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129064, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7396
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Found at i:1483 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 1471--1496 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 3.7 Consensus size: 7
1461 TCCCTTTTTA
1471 TTATTAT
1 TTATTAT
1478 TTATTAT
1 TTATTAT
1485 TTATTAT
1 TTATTAT
1492 TTATT
1 TTATT
1497 TTATAATATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 19 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (7 bp):
TTATTAT
Found at i:1517 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1498--1542 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
1488 TTATTTATTT
*
1498 TATAATATTTTAAATGTA
1 TATATTATTTTAAA--TA
*
1516 TATTTTATTTTAAATA
1 TATATTATTTTAAATA
1532 TATATTATTTT
1 TATATTATTTT
1543 TGGTGGAGTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.50
18 12 0.50
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (16 bp):
TATATTATTTTAAATA
Found at i:1526 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1503--1537 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1493 TATTTTATAA
*
1503 TATTTTAAATGTATATTT
1 TATTTTAAATATATATTT
1521 TATTTTAAATATATATT
1 TATTTTAAATATATATT
1538 ATTTTTGGTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.03, T:0.60
Consensus pattern (18 bp):
TATTTTAAATATATATTT
Found at i:5030 original size:75 final size:72
Alignment explanation
Indices: 4974--5239 Score: 292
Period size: 75 Copynumber: 3.6 Consensus size: 72
4964 TCTTTCAATT
* * * *
4974 AATTTCTATTTTTTAAAAATTAAATTTATTGCTTTAAAATAATTTATTGTTCTTTAAATATGTTT
1 AATTTCTATTTTTT--AAATTTAATTTATTGCTTTAAATTGATTTATT-TTCTTTAAATATGTAT
5039 TATTTAATTTA
63 T-TTTAATTTA
* * *
5050 AATTATATATTTTTTAAATTTAATTTATTGTTTTAAATTGATTTATTATTCTTTAAACATGTATT
1 AATT-TCTATTTTTTAAATTTAATTTATTGCTTTAAATTGATTTATT-TTCTTTAAATATGTATT
5115 TTTAA-TTA
64 TTTAATTTA
* *
5123 AA-TTCTA-TTTTTGAATTTAATTTATTGCTTTTAATTGATTTA--TTCTTTAAATATGTATTTT
1 AATTTCTATTTTTTAAATTTAATTTATTGCTTTAAATTGATTTATTTTCTTTAAATATGTA--TT
5184 TTTAATTTA
64 TTTAATTTA
* * *
5193 AATTACTATTTTTTAAAAATTTAATTTATT-TTTTTAATTGATTTATT
1 AATTTCTATTTTTT--AAATTTAATTTATTGCTTTAAATTGATTTATT
5240 ATTTTTTATA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 16, Indels: 21
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
67 14 0.09
69 7 0.04
70 37 0.23
71 7 0.04
72 6 0.04
73 19 0.12
74 18 0.11
75 43 0.26
76 4 0.02
77 9 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.04, T:0.59
Consensus pattern (72 bp):
AATTTCTATTTTTTAAATTTAATTTATTGCTTTAAATTGATTTATTTTCTTTAAATATGTATTTT
TAATTTA
Found at i:5074 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5044--5106 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 3.1 Consensus size: 21
5034 TGTTTTATTT
5044 AATTTAAATTATATATTTTTTA
1 AATTT-AATTATATATTTTTTA
*
5066 AATTTAATT-TAT-TGTTTTA
1 AATTTAATTATATATTTTTTA
* * *
5085 AATTGATTTAT-TATTCTTTA
1 AATTTAATTATATATTTTTTA
5105 AA
1 AA
5107 CATGTATTTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 6
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.41
20 11 0.32
21 4 0.12
22 5 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (21 bp):
AATTTAATTATATATTTTTTA
Found at i:5078 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4970--5244 Score: 89
Period size: 18 Copynumber: 14.9 Consensus size: 17
4960 TTCATCTTTC
4970 AATTAATTTCTATTTTTTAAA
1 AATTAA-TT-TATTTTTT--A
*
4991 AATTAAATTTATTGCTTTA
1 AATT-AATTTATT-TTTTA
*
5010 AAATAATTTATTGTTCTTTA
1 AATTAATTTA-T-TT-TTTA
**
5030 AATATGTTTTATTTAATTTA
1 AAT-TAATTTATTT--TTTA
*
5050 AATT-ATATATTTTTTA
1 AATTAATTTATTTTTTA
5066 AATTTAATTTATTGTTTTA
1 AA-TTAATTTATT-TTTTA
*
5085 AATTGATTTATTATTCTTTA
1 AATTAATTTA-T-TT-TTTA
* *
5105 AA--CATGTA-TTTTT-
1 AATTAATTTATTTTTTA
*
5118 AATTAAATTCTATTTTTGA
1 AATT-AATT-TATTTTTTA
*
5137 ATTTAATTTATTGCTTTT-
1 AATTAATTTATT--TTTTA
* *
5155 AATTGATTTATTCTTTA
1 AATTAATTTATTTTTTA
*
5172 AA-T-ATGTATTTTTTTA
1 AATTAATTTA-TTTTTTA
*
5188 ATTTAAATTACTATTTTTTAAA
1 AATT-AATT--TATTTTTT--A
*
5210 AATTTAATTTATTTTTTT
1 AA-TTAATTTATTTTTTA
*
5228 AATTGATTTATTATTTT
1 AATTAATTTATT-TTTT
5245 TTATATAGGT
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 28, Indels: 67
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.01
14 3 0.02
15 6 0.03
16 19 0.10
17 20 0.10
18 53 0.27
19 25 0.13
20 40 0.21
21 16 0.08
22 8 0.04
23 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.04, T:0.60
Consensus pattern (17 bp):
AATTAATTTATTTTTTA
Found at i:5133 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5111--5148 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
5101 TTTAAACATG
5111 TATTTTT-AATTAAATT
1 TATTTTTGAATTAAATT
*
5127 CTATTTTTGAATTTAATT
1 -TATTTTTGAATTAAATT
5145 TATT
1 TATT
5149 GCTTTTAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.58
18 8 0.42
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.03, T:0.63
Consensus pattern (17 bp):
TATTTTTGAATTAAATT
Found at i:5213 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5187--5229 Score: 59
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
5177 GTATTTTTTT
5187 AATTTAAATTACTATTTTTTAAA
1 AATTTAAATTA-T-TTTTTTAAA
*
5210 AATTTAATTTATTTTTTTAA
1 AATTTAAATTATTTTTTTAA
5230 TTGATTTATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.42
22 1 0.05
23 10 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (21 bp):
AATTTAAATTATTTTTTTAAA
Found at i:5315 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 5257--5331 Score: 84
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32
5247 ATATAGGTCT
* *
5257 TCTTTT-AATTAATTTTTTAATTTAAATTTAA
1 TCTTTTAAATTAATATTTTAATTAAAATTTAA
* *
5288 TCTTTTAAATTGATATTTTAA-TAAAATTTGA
1 TCTTTTAAATTAATATTTTAATTAAAATTTAA
5319 T-TGTTTAAATTAA
1 TCT-TTTAAATTAA
5332 GAATCATGAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 4
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.03
31 24 0.65
32 12 0.32
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.04, T:0.56
Consensus pattern (32 bp):
TCTTTTAAATTAATATTTTAATTAAAATTTAA
Done.