genome.fa.s14093.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014093.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129124, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310132

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9--111	37	2.7	38	74	6	100	23	19	25	32	1.98
9860--9898	16	2.4	16	82	0	51	35	2	0	61	1.10
17434--17490	19	3.0	20	77	17	75	40	0	1	57	1.09
23303--23336	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
44594--44840	127	2.0	126	93	0	422	26	24	9	39	1.86
45780--45826	23	1.9	25	83	12	62	46	2	0	51	1.13
48170--48229	22	2.7	21	82	15	68	58	0	3	38	1.15
48241--48275	17	2.1	17	89	10	54	62	0	0	37	0.95
49033--49094	29	2.1	29	88	5	90	61	4	3	30	1.33
49121--49171	27	1.9	27	92	4	86	15	13	1	68	1.30
50272--50317	23	2.0	23	82	0	56	32	6	4	56	1.45
65823--65866	18	2.5	17	82	10	52	43	0	6	50	1.29
65828--65871	19	2.2	20	84	11	56	38	0	6	54	1.27
66769--66886	31	3.9	30	79	10	116	59	6	3	30	1.40
73825--73857	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
74756--74819	28	2.2	30	94	5	114	51	9	4	34	1.55
78634--78730	23	4.5	22	79	17	107	39	28	19	12	1.88
78647--78727	39	2.0	40	88	6	121	38	27	20	13	1.90
78634--78753	62	2.0	60	82	14	147	38	25	22	13	1.91
83950--84394	59	7.4	60	77	9	324	26	18	17	37	1.93
83951--84379	119	3.6	118	75	9	358	26	17	17	38	1.92
83951--84356	120	3.4	118	78	8	351	27	18	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84978--85029	17	3.0	18	75	25	58	30	3	3	61	1.32
85082--85409	58	5.4	57	75	12	212	36	16	18	28	1.93
85035--85348	122	2.6	118	76	9	276	38	15	17	27	1.91
85032--85375	59	5.7	58	71	14	171	38	15	16	29	1.90
85074--85409	60	5.5	59	74	13	222	36	16	19	27	1.93
87969--88007	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
89065--89141	31	2.6	30	81	6	84	29	11	16	41	1.84
89093--89163	31	2.3	31	85	0	88	35	9	11	43	1.74
91365--91390	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95856--95907	18	2.8	17	75	16	50	34	1	3	59	1.27
99073--99160	46	1.9	46	86	4	124	61	10	3	25	1.43
102041--102183	47	3.0	47	86	4	180	51	8	6	32	1.59
102221--102278	30	2.0	29	86	3	80	34	6	6	51	1.55
102306--102379	35	2.1	35	92	0	121	45	17	1	35	1.57
104701--105096	96	4.1	96	93	2	666	29	23	7	38	1.83
104701--105096	195	2.0	193	93	2	668	29	23	7	38	1.83
107369--107416	3	16.0	3	91	0	69	64	0	31	4	1.12
108368--108392	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
108448--108487	18	2.2	18	90	0	62	50	0	17	32	1.47
108781--108811	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
110143--110169	6	4.5	6	100	0	54	0	0	18	81	0.69
112293--112379	24	3.6	24	92	0	138	54	10	11	24	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114288--114350	24	2.6	24	84	0	90	50	11	12	25	1.73
115523--115613	18	4.4	22	77	15	81	9	5	14	70	1.32
115607--115677	23	3.1	23	77	18	76	11	2	15	70	1.27
115525--115658	59	2.3	58	75	11	137	9	5	14	70	1.30
119956--120002	24	2.0	24	83	8	60	48	4	10	36	1.57
121430--121493	22	2.9	22	90	0	92	28	15	23	32	1.95
122004--122045	18	2.5	18	81	11	54	28	0	9	61	1.27
122134--122178	23	2.0	22	86	4	63	66	0	0	33	0.92
124423--124454	8	3.9	8	92	8	55	40	0	0	59	0.97
126610--126634	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
128320--128346	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
133938--134119	91	2.0	90	88	6	269	48	10	18	21	1.78
142761--142825	30	2.2	30	85	0	85	61	12	1	24	1.39
146347--146386	21	1.9	21	89	0	62	57	0	0	42	0.98
149195--149224	6	5.0	6	100	0	60	16	16	50	16	1.79
149522--149547	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
150420--151036	60	10.3	58	77	8	488	28	18	14	38	1.90
153101--153166	20	3.4	20	83	4	73	27	3	3	66	1.21
153123--153166	19	2.4	18	85	14	63	22	4	2	70	1.17
153183--153207	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
153329--153353	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
154304--154422	30	4.0	30	84	6	152	26	7	4	61	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155306--155857	120	4.7	119	80	6	497	39	16	17	26	1.91
155235--155857	180	3.5	177	79	7	566	39	16	17	26	1.90
155243--155844	60	10.3	59	78	7	418	38	15	17	27	1.91
155700--155857	55	2.9	53	84	3	199	39	19	18	22	1.92
156312--156398	27	3.2	26	75	12	68	35	5	1	57	1.30
156314--156398	28	3.1	27	75	9	66	34	5	1	58	1.30
156278--156431	36	4.2	37	74	20	119	35	5	1	57	1.32
157958--158030	37	2.0	37	94	5	130	13	32	10	42	1.79
160598--160631	16	2.1	16	89	10	52	70	0	0	29	0.87
167849--167893	21	2.2	20	84	4	54	66	17	6	8	1.40
171154--171199	19	2.3	20	85	10	60	54	8	0	36	1.32
174205--174241	19	1.9	19	94	0	65	24	5	8	62	1.44
181043--181067	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
183345--183407	30	2.1	31	90	3	101	57	4	19	19	1.58
188021--188063	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
194783--194814	3	10.7	3	93	0	55	37	31	31	0	1.58
201832--201869	12	2.8	13	88	11	51	60	0	2	36	1.11
207804--207843	21	1.9	20	85	10	53	60	2	0	37	1.11
210964--211023	8	7.0	8	76	14	50	13	5	3	78	1.04
218087--218119	16	2.0	17	88	5	50	30	9	0	60	1.27
218891--218948	30	2.0	29	86	10	82	27	6	1	63	1.29
219642--219684	20	2.0	20	83	16	52	51	6	0	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225870--225913	21	2.1	21	83	8	54	63	0	0	36	0.95
231643--231701	31	1.9	31	86	6	84	49	8	6	35	1.60
233307--233359	26	2.0	26	100	0	106	30	7	22	39	1.82
235526--235572	23	2.1	23	88	4	69	6	8	8	76	1.15
237789--237833	16	2.8	16	79	0	54	48	0	20	31	1.49
246035--246075	20	2.0	20	95	0	73	43	9	0	46	1.36
261351--262116	382	2.0	381	97	0	1433	25	16	17	41	1.89
264637--264739	51	2.0	51	98	0	197	33	19	8	37	1.83
268310--268360	15	3.5	15	71	15	52	60	9	0	29	1.28
268894--268924	14	2.3	14	94	5	55	35	0	9	54	1.33
271478--271534	26	2.2	26	83	0	69	59	7	1	31	1.34
275043--275075	10	3.3	10	100	0	66	78	0	0	21	0.75
284817--284852	18	2.0	18	88	0	54	25	8	5	61	1.46
286485--286510	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
293644--293725	25	3.1	25	63	19	58	46	6	9	37	1.62
293643--293749	54	2.0	54	94	0	187	44	6	10	38	1.64
293637--293724	28	3.2	28	63	23	69	44	6	11	37	1.67
294181--294236	12	4.7	12	81	0	58	25	19	39	16	1.91
294192--294232	18	2.3	18	86	0	55	24	19	39	17	1.92
294181--294220	6	6.7	6	85	0	53	25	22	35	17	1.95
295124--295165	11	3.8	11	81	9	50	16	4	2	76	1.07
295124--295165	22	1.9	22	85	9	59	16	4	2	76	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295401--295459	30	1.9	31	86	10	86	28	16	0	54	1.43
303537--303592	22	2.5	23	76	2	60	16	19	23	41	1.90
304828--304901	29	2.5	30	87	8	100	4	8	20	67	1.33
304806--304881	20	3.7	21	70	21	70	6	7	18	67	1.38
304903--305015	12	9.4	12	79	0	127	7	7	17	67	1.39
304868--305015	24	6.3	24	76	8	128	7	7	18	66	1.39
304903--305017	36	3.2	36	93	0	194	7	6	17	67	1.37
304990--305049	29	2.0	32	84	15	83	5	8	21	65	1.40
304972--305075	44	2.4	44	88	0	145	5	5	20	68	1.32
304892--305054	24	6.9	24	78	6	136	8	7	17	66	1.42

Tables:   1   2