genome.fa.s14094.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014094.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129125, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  157447

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
508--548	13	3.2	14	80	19	54	17	7	19	56	1.64
550--628	6	14.2	6	71	21	57	53	2	0	44	1.14
550--635	17	5.2	17	87	6	106	53	4	0	41	1.21
2461--2832	30	12.7	29	69	14	174	34	23	4	37	1.75
2531--2832	58	5.1	58	80	7	317	33	24	3	38	1.73
2551--2826	116	2.4	117	85	4	371	34	23	3	38	1.71
7982--8058	9	8.0	9	71	17	57	77	0	20	1	0.83
7972--8021	26	1.9	26	88	8	75	78	0	18	4	0.91
7982--8058	21	4.0	19	77	17	79	77	0	20	1	0.83
7968--8028	30	2.1	29	87	9	88	77	0	18	4	0.95
7975--8037	15	4.2	15	80	13	76	77	0	20	1	0.85
7975--8061	29	3.0	29	79	11	81	75	0	22	1	0.86
7968--8041	29	2.5	31	80	14	84	77	0	18	4	0.93
7982--8058	20	4.0	19	80	17	72	77	0	20	1	0.83
8001--8058	15	3.7	15	80	13	64	79	0	20	0	0.74
7975--8058	16	5.2	16	74	16	75	77	0	21	1	0.84
7987--8058	22	3.4	21	76	16	60	77	0	20	1	0.84
8008--8063	14	3.9	14	80	13	60	75	0	25	0	0.81
9385--9493	39	2.8	38	77	4	119	23	30	22	23	1.99
9504--11029	210	7.3	210	85	0	1838	37	19	21	22	1.94
12372--12418	17	2.8	17	83	0	58	55	2	2	40	1.24
14971--15029	29	2.0	30	90	3	93	28	5	15	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14976--15038	29	2.1	29	85	8	83	31	7	12	47	1.70
15418--15452	17	2.1	17	94	0	61	31	5	2	60	1.35
20336--20376	21	2.0	20	85	4	55	53	4	7	34	1.50
25233--25275	22	2.0	21	86	4	59	39	0	9	51	1.34
27916--27960	25	1.9	24	86	13	67	42	0	6	51	1.28
27924--27970	25	1.9	25	86	4	69	40	2	6	51	1.39
27924--27986	25	2.5	25	82	5	65	47	3	4	44	1.40
33488--33646	81	2.0	82	96	1	293	28	8	30	32	1.87
41610--41653	4	10.8	4	85	4	61	77	0	22	0	0.77
41610--41659	25	2.0	25	88	4	73	74	0	26	0	0.83
41695--41723	13	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
41828--41870	16	2.7	16	81	0	59	34	0	9	55	1.32
41877--41963	23	3.6	24	73	14	65	25	0	10	64	1.25
43620--43704	43	2.0	43	86	4	118	30	11	10	47	1.74
44259--44385	45	2.8	45	90	0	182	30	26	23	18	1.98
44389--44432	21	2.1	21	91	0	70	22	36	18	22	1.95
53376--53401	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
53869--53953	42	2.0	42	100	0	170	30	21	10	37	1.87
55046--55234	97	1.9	97	82	6	231	38	14	15	31	1.88
55529--55761	59	4.0	58	80	12	214	40	5	21	31	1.77
55523--55761	29	8.1	28	70	15	146	40	5	22	31	1.77
55499--55756	117	2.2	118	84	8	314	40	4	21	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55558--55761	59	3.5	59	82	11	240	40	4	22	31	1.75
57581--57688	17	6.3	17	84	8	139	55	2	0	40	1.21
57594--57660	6	11.3	6	80	7	75	56	1	1	40	1.17
57600--57660	23	2.6	24	84	7	81	59	1	0	39	1.08
58048--58210	49	3.3	49	86	5	199	17	24	18	39	1.91
58073--58495	49	8.6	49	77	10	348	15	25	20	38	1.92
58073--58546	98	4.8	98	74	11	355	15	25	20	38	1.92
58076--58553	147	3.2	145	81	7	518	15	25	19	39	1.91
58074--58563	49	10.0	48	75	11	277	15	25	20	38	1.91
58976--59010	18	1.9	18	94	0	61	57	11	11	20	1.64
64543--64602	29	2.1	29	100	0	120	15	20	18	46	1.84
66158--66466	155	2.0	155	98	0	591	17	21	17	43	1.89
69895--70088	97	2.0	97	81	6	223	39	14	15	29	1.88
70410--70554	30	4.9	30	69	16	106	41	4	23	31	1.73
70410--70607	59	3.4	59	88	1	274	41	3	23	31	1.71
70354--70615	117	2.2	116	81	5	312	40	5	23	31	1.77
70410--70645	59	4.0	56	78	10	190	38	4	25	31	1.76
70444--70617	29	6.0	29	73	15	146	39	4	25	31	1.74
71489--71532	21	2.1	21	91	0	70	36	15	13	34	1.87
72436--72491	17	3.3	17	80	7	60	55	3	0	41	1.17
72770--72825	24	2.2	25	81	9	69	37	3	5	53	1.41
75689--75755	30	2.2	32	84	10	86	52	5	1	40	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75708--75768	30	2.0	29	82	17	72	45	4	3	45	1.41
79575--79738	49	3.3	48	70	14	127	20	26	15	38	1.92
79569--79793	99	2.3	98	86	3	308	19	25	16	39	1.92
79614--79791	50	3.6	50	71	10	157	18	26	16	38	1.91
96438--96483	21	2.2	21	100	0	92	23	19	43	13	1.86
97855--98186	60	5.5	60	78	10	297	26	17	15	39	1.90
97843--98195	121	2.9	117	79	10	338	26	17	15	39	1.90
97852--98186	61	5.6	59	75	12	222	26	17	15	39	1.90
98194--98472	59	4.7	59	77	12	232	37	15	17	29	1.91
98198--98472	121	2.3	117	79	12	301	37	15	17	29	1.90
99452--99500	22	2.2	22	85	7	64	67	4	2	26	1.19
103881--103910	9	3.3	9	100	0	60	43	0	0	56	0.99
104961--105145	91	2.0	92	94	1	327	32	10	24	32	1.89
105872--105986	51	2.2	51	83	9	144	40	6	21	31	1.78
106652--106703	21	2.5	21	87	0	68	63	5	0	30	1.18
109735--109771	19	1.9	19	88	0	56	13	2	5	78	1.03
112021--112080	23	2.6	24	78	7	79	48	16	23	11	1.79
115929--115959	14	2.3	13	94	5	53	51	0	3	45	1.17
119814--119853	20	2.0	21	90	5	64	60	2	12	25	1.45
132418--132479	31	2.1	30	93	6	108	30	3	14	51	1.58
132863--132905	21	2.0	21	100	0	86	48	27	9	13	1.73
138567--138616	25	1.9	27	92	8	86	44	0	6	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138607--138756	58	2.6	59	85	8	209	53	2	1	42	1.23
138921--138969	13	3.8	13	97	0	89	42	16	8	32	1.77
141478--141828	30	11.9	27	76	15	272	28	4	33	33	1.78
141478--141828	59	5.9	59	91	3	528	28	4	33	33	1.78
142605--142661	24	2.4	24	100	0	114	17	19	26	36	1.94
142880--142912	12	2.6	13	95	4	59	45	0	0	54	0.99
143586--143633	17	2.8	17	83	0	60	54	4	2	39	1.32
145285--145321	12	3.3	12	78	21	53	35	0	0	64	0.94
147950--148041	45	2.0	45	89	0	139	32	28	17	21	1.96
149890--150034	23	6.3	23	86	6	147	40	24	24	11	1.88
151888--152341	226	2.0	226	98	0	872	33	21	15	29	1.95
157235--157336	23	4.5	22	81	2	96	41	26	19	12	1.87

Tables:   1

The End!