genome.fa.s14146.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014146.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129179, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  333395

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 101 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10466--10519	21	2.5	22	82	5	67	66	1	0	31	1.02
15401--15574	44	4.0	44	84	3	206	40	18	8	32	1.80
15465--15537	22	3.3	22	70	0	65	43	19	5	31	1.73
15478--15560	22	3.8	22	72	0	76	40	19	9	30	1.83
21832--21869	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
24680--24708	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
26546--26590	22	2.0	22	83	12	56	51	8	13	26	1.70
27170--27304	29	4.7	28	78	9	92	38	14	21	25	1.91
27159--27304	58	2.5	57	80	5	159	40	14	19	25	1.90
27222--27308	29	3.0	29	86	3	122	39	17	20	22	1.92
33902--34086	91	2.0	91	95	0	334	39	21	17	21	1.92
39572--39767	34	5.8	34	81	0	230	29	13	13	42	1.83
41258--41294	20	1.9	20	88	5	58	13	5	24	56	1.58
46736--46794	26	2.3	26	85	5	84	61	6	3	28	1.38
58875--58941	23	2.9	23	81	2	80	28	13	17	40	1.88
61432--61461	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
64697--64752	27	2.1	27	90	6	87	44	8	3	42	1.53
69063--69095	12	2.7	13	90	9	52	0	48	0	51	1.00
69355--69396	21	2.0	21	81	9	50	16	4	19	59	1.54
72694--72749	28	1.9	30	82	7	71	23	10	1	64	1.35
89166--89237	25	2.8	25	75	10	74	34	23	12	29	1.92
89128--89237	26	4.3	24	74	10	85	32	26	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92019--92060	19	2.2	19	87	8	59	4	14	16	64	1.45
93798--93865	27	2.6	26	75	6	66	30	1	0	67	0.99
93813--93858	17	2.6	18	86	6	58	34	0	0	65	0.93
93781--93867	26	3.4	26	75	20	76	29	2	1	66	1.11
123355--123401	16	2.9	16	72	15	51	68	2	0	29	1.02
126677--126718	23	1.9	21	90	9	66	33	0	0	66	0.92
127011--127052	22	2.0	22	85	4	59	64	7	9	19	1.46
131277--131323	24	2.0	25	87	8	71	36	2	2	59	1.21
134875--134904	15	2.0	15	100	0	60	20	20	13	46	1.83
154651--154722	35	2.1	35	100	0	144	33	11	15	40	1.82
160137--160174	16	2.3	17	86	4	51	52	0	36	10	1.36
161705--161754	26	2.0	24	88	7	73	62	4	4	30	1.32
163218--163282	6	11.0	6	79	9	71	43	0	3	53	1.16
163220--163297	18	4.4	17	80	7	84	42	1	2	53	1.22
163204--163284	12	6.9	12	75	9	69	40	0	4	54	1.22
165151--165240	29	3.1	28	80	12	92	36	26	4	32	1.77
165174--165312	29	4.8	29	73	15	101	32	30	5	31	1.81
165179--165284	28	3.7	28	76	9	90	33	29	3	33	1.75
165621--165802	96	1.9	96	88	4	278	30	19	12	37	1.89
177302--177353	22	2.3	22	83	9	61	50	0	3	46	1.20
192617--192704	24	3.8	24	79	11	112	44	3	2	50	1.31
192619--192707	44	2.0	44	97	0	169	44	3	2	49	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193273--193315	19	2.3	19	84	11	61	0	9	2	88	0.60
193273--193315	13	3.3	13	83	6	52	0	9	2	88	0.60
193353--193388	15	2.3	16	95	4	65	8	13	0	77	0.98
194253--194306	20	2.9	19	73	21	51	61	1	5	31	1.30
194235--194285	23	2.2	23	80	16	61	66	1	3	27	1.20
216974--217207	104	2.2	105	86	1	317	34	22	16	26	1.95
216974--217207	53	4.5	53	88	2	319	34	22	16	26	1.95
220173--220237	27	2.4	27	75	10	62	4	24	4	66	1.30
220652--220708	26	2.3	25	85	11	73	45	29	0	24	1.53
227647--227703	25	2.3	24	79	8	60	47	26	0	26	1.52
232655--232714	31	1.9	31	86	6	86	28	13	18	40	1.88
246144--246199	22	2.5	23	77	11	64	64	3	21	10	1.40
251090--251133	5	8.8	5	94	0	79	36	2	61	0	1.09
251367--251443	9	8.3	9	78	13	68	32	1	3	62	1.22
251370--251444	19	4.0	19	74	13	75	32	1	4	62	1.22
252499--252661	87	1.9	86	88	6	249	35	24	14	25	1.93
258962--259113	39	3.9	39	88	0	196	21	17	24	37	1.94
259208--259443	73	3.2	72	78	9	221	25	25	19	29	1.99
260288--260349	23	2.5	26	84	10	85	48	8	1	41	1.42
260748--260783	19	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
262433--262470	19	2.0	20	90	10	62	31	5	0	63	1.17
264519--264556	19	2.0	19	94	0	67	28	7	0	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264596--264737	40	3.3	40	65	25	101	17	7	9	64	1.46
264553--264733	89	2.0	89	98	0	353	17	8	9	64	1.48
269964--270320	49	7.4	48	72	7	197	36	17	25	19	1.94
269963--270330	147	2.5	146	81	3	402	36	17	25	19	1.94
270107--270300	98	2.0	98	82	2	237	36	18	25	19	1.95
270360--270469	42	2.6	42	91	2	168	42	17	21	18	1.89
270369--270508	42	3.3	42	86	4	140	41	17	22	18	1.90
270648--270935	78	3.7	78	78	5	285	34	23	15	27	1.95
270885--271040	42	3.9	40	76	11	151	26	26	19	27	1.99
270885--271060	42	4.3	41	74	9	148	25	28	17	28	1.97
272371--272446	25	3.1	25	86	3	100	38	23	17	21	1.93
272377--272466	23	3.8	24	85	8	112	31	25	18	24	1.98
272468--272555	27	3.3	27	93	0	149	37	23	15	22	1.93
274893--274926	12	2.8	12	91	8	52	11	2	0	85	0.71
274893--274926	11	3.0	11	91	4	50	11	2	0	85	0.71
275784--275850	30	2.2	29	79	10	73	23	13	0	62	1.30
275980--276039	19	3.2	18	76	21	61	21	11	3	63	1.42
291084--291157	32	2.4	30	81	4	85	22	6	13	56	1.60
292110--292173	19	3.4	18	77	10	65	59	1	1	37	1.16
292711--292761	25	2.0	25	85	7	68	33	7	0	58	1.27
293652--293728	40	1.9	40	89	0	118	33	5	10	50	1.59
307192--307223	12	2.6	12	95	5	55	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307420--307529	58	1.9	58	86	0	157	23	14	16	45	1.84
307303--308308	337	3.0	331	83	5	1205	30	13	15	40	1.86
310425--310546	26	5.1	26	84	13	165	9	27	24	39	1.85
311673--311706	17	1.9	18	94	5	61	64	8	0	26	1.22
319543--319601	31	2.0	29	86	6	82	27	11	15	45	1.81
319543--319653	30	3.7	30	75	17	86	30	8	14	46	1.73
322359--323814	363	4.0	362	92	1	2334	34	8	13	43	1.74
326850--327205	177	2.0	177	90	2	563	32	12	14	40	1.83
327884--327923	18	2.2	18	100	0	80	35	10	5	50	1.58
329763--329791	14	2.1	14	100	0	58	44	0	6	48	1.29
330766--330831	22	2.8	25	81	13	102	28	30	7	33	1.85
332323--332349	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
333221--333304	7	11.6	7	71	16	64	13	1	39	46	1.50

Tables:   1

The End!