genome.fa.s14159.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014159.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129192, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  462093

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786--1102	158	2.0	158	86	2	440	28	23	23	24	2.00
10359--10448	20	4.5	20	78	10	85	36	17	10	35	1.84
10402--10457	20	2.8	20	81	10	69	37	14	8	39	1.77
10501--10679	20	9.1	20	72	7	141	40	12	7	39	1.72
10533--10669	39	3.5	38	74	10	116	38	11	9	40	1.74
10791--10848	20	2.9	20	84	5	64	39	12	6	41	1.69
13216--13258	17	2.4	19	88	7	63	79	0	0	20	0.74
13222--13256	13	2.6	13	90	4	52	80	0	0	20	0.72
14024--14165	39	3.6	39	93	0	212	21	11	29	36	1.90
14233--14313	26	3.1	26	80	0	90	24	18	24	32	1.97
15130--15168	21	1.9	20	85	15	53	12	15	7	64	1.49
19504--19568	31	2.1	31	82	8	78	43	7	6	43	1.58
22022--22063	19	2.2	19	87	8	59	28	2	19	50	1.60
22102--22172	37	1.9	37	91	0	115	16	5	19	57	1.59
27894--27992	42	2.4	42	91	0	171	26	35	17	21	1.95
29340--29492	74	2.1	74	86	2	209	49	5	26	19	1.69
32664--32792	46	2.8	46	85	0	177	44	13	19	21	1.85
33737--33776	21	2.0	21	85	9	57	35	5	52	7	1.51
42488--42532	21	2.1	21	87	0	63	48	20	2	28	1.61
42499--42548	21	2.3	21	83	10	57	48	26	2	24	1.62
42906--42934	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
44961--44999	19	2.2	18	90	9	62	64	5	10	20	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55054--55201	25	6.1	25	86	10	218	39	24	25	10	1.87
55065--55214	47	3.2	47	96	0	273	41	25	23	10	1.85
55277--55324	24	1.9	26	84	16	66	31	20	0	47	1.50
61642--61679	18	2.1	19	85	5	51	42	0	13	44	1.43
63286--63342	24	2.4	24	100	0	114	15	24	21	38	1.92
65038--65082	18	2.5	17	89	7	63	80	2	2	15	0.92
65038--65105	22	3.1	21	78	14	75	77	4	2	14	1.04
65193--65231	19	2.2	18	90	9	62	64	5	10	20	1.44
65384--65451	36	1.9	35	85	8	93	70	1	8	19	1.21
66870--67415	100	5.4	100	75	5	431	26	19	17	36	1.94
66900--67265	50	7.3	50	66	13	169	26	20	18	34	1.95
68079--68325	129	1.9	129	84	4	327	19	27	14	37	1.92
69309--69354	22	2.1	22	84	4	58	78	2	4	15	1.01
69324--69369	14	3.1	14	81	6	56	78	4	2	15	1.01
69322--69358	20	2.0	20	89	10	60	78	2	0	18	0.87
69456--69494	19	2.2	17	90	9	60	61	5	10	23	1.48
75215--75395	40	4.4	40	84	6	227	21	23	20	34	1.96
84998--85076	41	1.9	41	92	0	131	30	18	13	36	1.90
94231--94471	52	4.6	52	93	1	369	25	12	25	36	1.91
94418--94541	61	2.0	61	84	6	162	33	14	20	30	1.93
101544--101730	52	3.6	52	89	0	257	28	13	22	35	1.93
106347--106430	35	2.3	36	83	4	98	30	27	23	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106347--106430	18	4.7	18	86	4	98	30	27	23	17	1.97
107961--108009	24	2.1	24	84	3	64	4	12	10	73	1.22
112369--112413	22	2.1	22	87	4	65	31	22	13	33	1.92
117776--117809	15	2.4	14	90	5	50	2	32	0	64	1.08
127398--127459	21	3.0	21	95	0	106	27	24	17	30	1.97
130867--130903	2	18.5	2	88	0	56	45	0	0	54	1.00
132414--132459	14	3.4	13	83	16	58	19	0	2	78	0.86
136512--137853	678	2.0	674	87	2	1956	36	17	8	37	1.81
141199--141411	109	2.0	108	89	2	329	40	14	13	30	1.85
149632--149772	50	2.9	48	81	6	158	37	12	21	28	1.89
154487--154569	24	3.5	24	88	0	121	24	22	12	40	1.88
156632--156766	52	2.6	52	89	0	198	35	22	13	28	1.92
157664--157712	22	2.3	22	92	3	82	24	10	16	48	1.76
171652--171889	52	4.6	52	80	0	287	32	25	16	25	1.96
171598--171891	104	2.8	104	84	1	365	32	24	16	26	1.96
178729--178997	52	5.2	52	88	1	380	31	23	15	29	1.95
178968--179027	30	2.0	30	93	0	102	31	20	10	38	1.85
178918--179080	82	2.0	82	91	2	265	31	21	12	33	1.91
178998--179105	52	2.1	52	89	0	162	33	22	13	30	1.93
183187--183231	23	2.0	24	83	12	60	17	4	28	48	1.66
183275--183350	21	3.6	21	76	15	59	31	14	27	26	1.95
209713--209835	52	2.4	51	85	10	169	45	14	23	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209913--210063	52	2.9	52	81	3	187	37	16	29	16	1.91
209941--210035	24	3.8	24	66	10	73	33	17	32	15	1.92
209753--209997	80	3.1	80	83	0	319	42	14	24	17	1.87
209885--210124	28	8.8	28	70	10	149	38	16	27	17	1.91
209846--210090	132	1.9	132	82	3	314	39	16	26	17	1.91
210017--210124	58	1.9	56	84	3	144	38	18	25	16	1.92
212099--212255	52	3.0	52	85	0	197	30	21	20	27	1.98
212137--212255	26	4.6	26	88	0	166	29	22	21	26	1.99
214838--214872	17	2.1	17	94	0	61	40	28	14	17	1.88
219201--219265	33	2.0	32	81	3	76	67	3	3	26	1.20
219353--219428	37	2.1	36	87	2	107	60	9	6	23	1.51
221149--221403	98	2.6	98	80	1	269	20	23	16	39	1.92
221149--221405	49	5.2	49	74	0	190	20	22	17	39	1.92
232890--232927	18	2.1	19	90	5	60	71	2	5	21	1.19
233002--233033	16	1.9	17	93	6	57	75	3	0	21	0.95
233014--233122	37	3.1	37	79	12	122	65	7	4	22	1.37
233018--233124	33	3.1	33	85	5	124	65	7	4	22	1.37
233993--234050	24	2.4	24	76	23	68	39	10	5	44	1.61
234807--234986	26	7.0	26	85	1	200	33	25	18	22	1.97
234818--234986	52	3.3	52	88	2	243	33	25	18	22	1.96
236889--237078	97	2.0	97	93	2	328	35	18	18	27	1.94
237207--237252	14	3.2	15	77	20	53	73	2	10	13	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237378--237577	29	7.0	28	80	6	186	32	4	28	35	1.77
237377--237539	29	5.7	29	85	2	204	33	4	27	34	1.77
237377--237539	57	2.8	58	84	1	186	33	4	27	34	1.77
238649--238677	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
238720--238768	21	2.5	19	81	18	57	59	0	8	32	1.27
239373--239426	18	3.1	18	78	2	65	59	7	3	29	1.42
239373--239450	35	2.3	35	86	4	106	56	6	2	34	1.39
239894--240631	39	19.3	39	68	11	333	25	19	30	24	1.98
239894--240409	78	6.6	77	85	2	640	25	19	30	24	1.98
254034--254078	24	2.0	24	86	8	67	66	0	0	33	0.92
254018--254084	24	2.7	24	74	21	66	64	0	0	35	0.94
258518--258568	15	3.5	15	83	5	77	56	11	7	23	1.61
258518--258582	14	4.5	14	80	5	67	56	12	7	23	1.61
258518--258585	29	2.3	29	97	0	127	57	11	7	23	1.59
260684--260712	15	1.9	15	100	0	58	0	24	0	75	0.80
263668--263710	20	2.2	20	87	8	61	65	2	18	13	1.38
270858--270903	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
271943--271996	15	3.5	15	82	9	63	9	11	1	77	1.06
272930--272973	6	7.3	6	84	0	52	75	4	4	15	1.14
286968--287009	13	3.2	13	78	21	52	73	0	2	23	0.94
294514--294561	25	2.0	24	91	4	78	41	4	0	54	1.20
295290--295334	21	2.2	20	84	4	54	53	13	4	28	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296126--296172	19	2.5	19	78	0	58	61	2	2	34	1.20
303359--303506	56	2.7	56	90	5	230	50	2	28	18	1.60
322248--322328	26	3.1	26	81	0	99	24	20	22	32	1.98
331032--331108	17	4.5	17	79	8	66	20	20	10	48	1.79
337894--337939	24	1.9	24	95	0	83	45	8	19	26	1.79
350119--350148	5	6.0	5	92	0	51	3	20	0	76	0.92
351144--351168	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
352829--352868	22	1.9	21	85	10	55	40	0	15	45	1.46
363985--364036	21	2.5	21	81	6	61	25	13	30	30	1.94
364892--364944	27	2.0	27	85	7	72	28	24	28	18	1.98

Tables:   1   2